Le, Xuan The;Pham, Dung Tien;Pham, Tuan Anh;Tran, Tung Thanh;Khuat, Thanh Huu;Le, Hoa Quang;Vu, Ut Ngoc
Fisheries and Aquatic Sciences
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제22권8호
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pp.17.1-17.9
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2019
Bacillus is a diverse genus consisting of more than 200 species with extensive genetic diversity. Their beneficial effects in industrial shrimp farming have been well documented. However, little is known about the biodiversity of the Bacillus spp. in this aquaculture system. Taxonomic analysis by 16S rRNA sequencing does not always allow species-level identification of Bacillus spp. In this study, 26 Bacillus isolates from two industrial Litopenaeus vannamei shrimp ponds in Bac Lieu Province, Vietnam, were analyzed for their genetic diversity by multi-locus sequence typing (MLST). A total of 22 sequence types were identified and segregated into four distinct clusters, corresponding to B. subtilis, B. velezensis, B. siamensis, and B. licheniformis. Bacillus subtilis and B. velezensis accounted for more than 73% of the Bacillus isolates. Notably, the MLST scheme exhibited high discriminatory power and might be further simplified to be a convenient method to identify species of the genus Bacillus.
Three species belonging to the genus Trapania Pruvot-Fol, 1931 are redescribed from Korea in this paper: Trapania euryeia Gosliner & Fahey, 2008, T. japonica (Baba, 1935), and T. toddi Rudman, 1987. Among these species, T. japonica is newly added to Korean fauna. The genus Trapania is characterized by a pair of extra-rhinophoral appendages on each side of the head, tentacular foot corners, a pair of extra-branchial appendages present around the gill, radula formula N×1.0.1. and consists of denticulated teeth, triaulic reproductive system, and minute spines on the armed penis. Herein, synonyms of the genus Trapania are summarized through a detailed literature review and the diagnostic characters of the genus Trapania are provided. Three species of the genus Trapania from Korea are distinguished from each other based on the color of extra-rhinoporal appendages and extra-branchial appendages, ground color, and distribution range of the brown markings on the dorsal surface. A taxonomic key to the genus Trapania in Korea is provided. In addition, the morphological characteristics of three trapanian nudibranchs in Korea are described and detailed photos of living animal are provided.
This study was conducted to clarify the phylogenetic position and relationships of Korean Poaceae taxa. A total of 438 taxa including 155 accessions of Korean Poaceae (representing 92% and 72% of Korean Poaceous genera and species, respectively) were employed for phylogeny reconstruction. Sequence data of eight chloroplast DNA markers were used for molecular phylogenetic analyses. The resulted phylogeny was mostly concordant with previous phylogenetic hypotheses, especially in terms of subfamilial and tribal relationships. Several taxa-specific indels were detected in the molecular phylogeny, including a 45 bp deletion in rps3 (PACMAD [Panicoideae, Arundinoideae, Chloridoideae, Micrairoideae, Aristidoideae, Danthonioideae] clade), a 15 bp deletion in ndhF (Oryzeae + Phyllorachideae), a 6 bp deletion in trnLF (Poeae s.l.), and two (17 bp and 378 bp) deletions in atpF-H (Pooideae). The Korean Poaceae members were classified into 23 tribes, representing eight subfamilies. The subfamilial and tribal classifications of the Korean taxa were generally congruent with a recently published system, whereas some subtribes and genera were found to be non-monophyletic. The taxa included in the PACMAD clade (especially Andropogoneae) showed very weak and uncertain phylogenetic relationships, presumably to be due to evolutionary radiation and polyploidization. The reconstructed phylogeny can be utilized to update the taxonomic positions of the newly examined grass accessions.
조직의 데이터를 효과적으로 관리하는 대표적 방법은 기존 데이터의 공유와 재사용을 촉진하여 데이터의 중복 생산을 방지하는 것이다. 데이터 공유와 재사용의 촉진을 위해서 기존 데이터의 체계적 구조화와 효율적인 검색이 지원되어야 한다. 이러한 점이 고려되지 않은 조직간 단절된 데이터 개발은 데이터 중복을 양산하고 데이터의 품질을 저하시킨다. 데이터 분류는 관리하는 데이터에 대한 체계적 정리로 원하는 데이터 요소의 빠른 검색을 가능하게 한다. 본 논문에서는 데이터 공유, 재사용과 통합을 극대화하고 MDR과 시멘틱 웹에서 효과적으로 사용될 수 있는 본질기반 데이터 분류 방법론을 제안한다. 본질기반 데이터 분류 방법론은 데이터 본질을 기반으로 데이터 분류 구조를 구성하여 업무분류에 독립적인 데이터 분류가 가능하다. 또한 제시된 데이터 분류 구조를 지원하는 데이터 분류 절차를 제시하여 다양한 데이터 요소들을 데이터 분류 구조에 따라 배치하는 방법을 보인다. 사례연구에서는 제안된 데이터 분류 구조와 데이터 분류절차가 효과적으로 실제에 적용 될수 있음을 보였다.
Selenium (Se) is an essential trace mineral that plays an important role in physiological processes by regulating the antioxidant defense system and enhancing immunity. Chromium is an essential mineral involved in carbohydrate and lipid metabolism and also plays a role in maintaining normal insulin function. Based on these advantages, we hypothesized that the addition of selenomethionine (SeMet) and organic chromium (OC) to broiler diets would increase Se deposition, antioxidant capacity and immune response in meat. Therefore, this study analyzed the effects of OC and SeMet on growh performance, nutrients digestibility, blood profiles, intestinal morphology, meat quality characteristics, and taxonomic analysis of broilers. A total of 168 one-day-old broiler chicken (Arbor Acres) were randomly allotted to 3 groups based on the initial body weight of 37.33 ± 0.24 g with 7 replicate per 8 birds (mixed sex). The experiments period was 28 days. Dietary treatments were folloewd: Basal diets based on corn-soybean meal (CON), basal diet supplemented with 0.2 ppm OC and 0.2 ppm SeMet (CS4), and basal diet supplemented with 0.4 ppm OC and 0.4 ppm SeMet (CS8). Supplementation of OC and SeMet did not affect on growth performance, nutrient digestibility. However, CS8 supplementation increased in duodenum villus height and villus height : crypt depth, and increased in breast meat Se deposition. In addition, CS8 group showed higher uric acid and total antioxidant status than CON group. Taxonomic analysis at phylum level revealed that Proteobacteria and Firmicutes of CS4 and CS8 were lower than CON group. In genus level, the relative abundance of fecal Lactobacillus and Enterococcus of CS4 and CS8 groups were higher than CON group. In short, 0.4 ppm OC and 0.4 ppm SeMet supplementation to broiler diet supporitng positive gut microbiome change, also enhancing antioxidant capacity, and Se deposition in breast meat.
식물플랑크톤의 동정은 숙련된 전문가에게도 어려운 과제이다. 별 특징없는 외형과 다양한 크기와 종은 형태학적으로 구분하기에 어려움이 있다. 본 연구에서는 미생물 군집의 다양성을 분석하는데 효과적인 fingerprinting 기법인 PCR-DGGE 방법을 사용하여 이런 형태학적 동정의 제한점을 보완하고자 하는데 목적이 있다. 5곳의 호수 샘플로부터 2008년 8월 총 46개의 band를 찾을 수 있었고, 2008년 11월 총 26개 band를 찾을 수 있었다. 이 fingerprint 결과는 각각 다른 샘플링 장소를 비교하는데 용이하였다. 본 연구에서 PCR-DGGE 방법은 북한강 호수들의 플랑크톤 군집의 다양성을 파악하는데 사용되었고, 이 DGGE 기법이 플랑크톤의 동정기법으로써의 가능성을 검토해보았다.
본 연구는 Klopfer의 교육목표 분류를 이용하여 한국의 제7차 교육과정의 중학교 7학년 과학과의 교육목표와 제7차 교육과정에 따른 중학교 교과서에 나타난 학습 목표를 분석하여 교과서에 반영된 교육목표가 교육과정상의 요구 목표와 어느 정도 부합하는지를 알아보고 문제점을 분석하여 제시함으로써 교육과정에서 요구하는 목표와 교과서가 연계성을 가지도록 하는데 있다. 연구결과 제7차 교육과정의 과학과 교육목표는 Klopfer의 교육목표 분류5의 조작적 기능(G.0)을 제외한 전 범주에 걸쳐 그 목표를 설정하고 있으며, 정의적인 영역(범주 $H.0\~I.0$)을 더욱 강조하고 있다. 그러나 제7차 교육과정의 중학교 교과서는 NSTA의 권장 목표 비율과 비교해 볼 때 인지적 영역에 더욱 비중을 두고 출판되었으며, 교과서에 지향(범주 I.0)에 관한 목표가 전혀 언급되지 않고 있었다.
동복호의 식물플랑크톤 성장을 제한하는 영양염을 파악하기 위하여 기존자료 분석과 계절별 영양염 첨가 배양 실험을 실시하였다. 장기간 자료를 분석한 결과, TN과 TP는 강우와 유의한 상관성을 보였지만 DIN, DIP는 강우와 유의한 상관성을 나타내지 않았다. TN/TP와 DIN/DIP는 16 이상의 결과를 나타냄으로서 인산염에 의하여 식물플랑크톤의 성장이 잠재적으로 제한될 수 있음을 확인하였다. 영양염 첨가 배양 실험을 수행한 결과, 모든 계절에서 클로로필 a가 인산염 첨가군에 반응을 나타내었지만 암모니아, 질산, 규산염과 같은 영양염에 대해서는 크게 반응하지 않았다. 또한 크기에 따른(net and nano size) 식물플랑크톤의 반응 역시 인산염에서 반응을 나타냄으로서 인산염이 식물플랑크톤의 성장을 제한하는 영양염임을 검정하였다. 가을철 배양실험에서 배양 전과 배양 후 인산염 첨가군의 우점종 변화를 보면, 배양 전에는 일부 유글레나류가 우점을 나타내었지만, 배양 후 인산염 첨가군에서는 규조류의 우점을 나타내었다.
Objective: This study was to evaluate the effect of husbandry systems and strains on cecum microbial diversity of Jingyang chickens under the same dietary conditions. Methods: A total of 320 laying hens (body weight, 1.70±0.15 kg; 47 weeks old) were randomly allocated to one of the four treatments: i) Silver-feathered hens in enrichment cages (SEC) with an individual cage (70×60×75 cm), ii) Silver-feathered hens in free range (SFR) with the stocking density of 1.5 chickens per ten square meters, iii) Gold-feathered hens in enrichment cages (GEC), iv) Gold-feathered hens in free range (GFR). The experiment lasted 8 weeks and the cecum fecal samples were collected for 16S rDNA high throughput sequencing at the end of experiment. Results: i) The core microbiota was composed of Bacteroidetes (49% to 60%), Firmicutes (21% to 32%) and Proteobacteria (2% to 4%) at the phylum level. ii) The core bacteria were Bacteroides (26% to 31%), Rikenellaceae (9% to 16%), Parabacteroides (2% to 5%) and Lachnoclostridium (2% to 6%) at the genus level. iii) The indexes of operational taxonomic unit, Shannon, Simpson and observed species were all higher in SFR group than in SEC group while in GEC group than in GFR group, with SFR group showing the greatest diversity of cecum microorganisms among the four groups. iv) The clustering result was consistent with the strain classification, with a similar composition of cecum bacteria in the two strains of laying hens. Conclusion: The core microbiota were not altered by husbandry systems or strains. The free-range system increased the diversity of cecal microbes only for silver feathered hens. However, the cecum microbial composition was similar in two strain treatments under the same dietary conditions.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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