DNA methyltransferase (DNMT) 1 is the key enzyme responsible for DNA methylation, which often occurs in CpG islands located near the regulatory regions of genes and affects transcription of specific genes. In this study, we examined the possible association of DNMT1 polymorphisms with HBV clearance and the risk of hepatocellular carcinoma (HCC). Seven common polymorphic sites were selected by considering their allele frequencies, haplotype-tagging status and LDs for genotyping in larger-scale subjects (n = 1,100). Statistical analysis demonstrated that two intron polymorphisms of DNMT1, +34542G > C and +38565G > T, showed significant association with HBV clearance in a co-dominant model (OR = 1.30, $P^{corr}$ = 0.03) and co- dominant/recessive model (OR = 1.34-1.74, $P^{corr}$ = 0.01-0.03), respectively. These results suggest that two intron polymorphisms of DNMT1, +34542G > C and +38565G > T, might affect HBV clearance.
We have investigated the spectral properties of DNA, including its electric absorption, circular and linear dichroism (CD and LD), and fluorescence emission, in the DNA-linear polyethyleneimine (LPEI) and DNA-branched polyethyleneimine (BPEI) complexes at various polymer concentrations. The spectral properties of both complexes are similar. We observed a relatively moderate change in the absorption and CD spectra at low amine/DNA phosphate (NIP) ratios (< 0.5), followed by a drastic collapse within the N/P range from 0.8 and 1.0. The absorption and CD spectra recovered as the N/P ratio increased to ca. 1.2. In contrast, the LD and emission of ethidium intercalated between the DNA bases decreased almost linearly at N/P ratios between 0.0 and 1.0. These spectra never recovered at higher N/P ratios. We believe that the moderate changes in the spectrum at low N/P ratios occurred because of electrostatic interactions between DNA and BPEI, while the collapsed spectra at N/P ratios between 0.5 and 1.5 occurred because of condensation/aggregation of the DNA. Considering the structure of the polymers, we suggest that the secondary amino group of LPEI and all three amino groups of BPEI are equally involved in DNA condensation.
The objective of the present study was to investigate the chemical composition of anthocyanin-enriched extract of radiation-induced blackberry (Rubus fruticosus L.) mutant (${\gamma}$-B201) as well as the protective effect of ${\gamma}$-B201 against oxidative stress in vitro. The cytotoxicity, reactive oxygen species (ROS) scavenging capacity, and DNA damage were assessed by WST-1 assay, flow cytometry, and comet assay, respectively. Lactate dehydrogenase, superoxide dismutase, and catalase activities were determined by using a commercial kit. The in vitro results showed that ${\gamma}$-B201 increased the cell viability, reduction of lactate dehydrogenase release, and intracellular ROS scavenging capacity in hydrogen peroxide ($H_2O_2$)-treated HepG2 cells. Furthermore, treatment with ${\gamma}$-B201 attenuated DNA damage in $H_2O_2$-treated HepG2 cells and treatment with ${\gamma}$-B201 restored the activity of superoxide dismutase and catalase in $H_2O_2$-treated HepG2 cells. In conclusion, the present study suggests that ${\gamma}$-B201 blackberry extract can exert a significant cytoprotective effect against $H_2O_2$-induced cell damage.
Background: Efficient gene editing technology is needed for successful knock-in. Homologous recombination (HR) is a major double-strand break repair pathway that can be utilized for accurately inserting foreign genes into the genome. HR occurs during the S/G2 phase, and the DNA mismatch repair (MMR) pathway is inextricably linked to HR to maintain HR fidelity. This study was conducted to investigate the effect of inhibiting MMR-related genes using CdCl2, an MMR-related gene inhibitor, on HR efficiency in HC11 cells. Methods: The mRNA and protein expression levels of MMR-related genes (Msh2, Msh3, Msh6, Mlh1, Pms2), the HR-related gene Rad51, and the NHEJ-related gene DNA Ligase IV were assessed in HC11 cells treated with 10 μM of CdCl2 for 48 hours. In addition, HC11 cells were transfected with a CRISPR/sgRNA expression vector and a knock-in vector targeting Exon3 of the mouse-beta casein locus, and treated with 10 μM cadmium for 48 hours. The knock-in efficiency was monitored through PCR. Results: The treatment of HC11 cells with a high-dose of CdCl2 decreased the mRNA expression of the HR-related gene Rad51 in HC11 cells. In addition, the inhibition of MMR-related genes through CdCl2 treatment did not lead to an increase in knock-in efficiency. Conclusions: The inhibition of MMR-related gene expression through high-dose CdCl2 treatment reduces the expression of the HR-related gene Rad51, which is active during recombination. Therefore, it was determined that CdCl2 is an inappropriate compound for improving HR efficiency.
While searching for the bacteria which are responsible for degradation of pesticide in soybean field soil, a novel bacterial strain, designated 5-5T, was isolated. The cells of the strain were Gram-staining-positive, aerobic and non-motile rods. Growth occurred at 10-42℃ (optimum, 30℃), pH 5.5-9.0 (optimum, pH 7.0-7.5), and 0-2% (w/v) NaCl (optimum, 1%). The predominant fatty acids were C15:0 anteiso, C17:0 anteiso, and summed feature 8 (C18:1 ω7c and/or C18:1 ω6c). The predominant menaquinone was MK-9 (H2). Diphosphatidylglycerol, glycolipids, phosphatidylinositol, and phosphatidylglycerol were the major polar lipids. Phylogenetic analysis of 16S rRNA gene sequences indicated that strain 5-5T is a member of the genus Sinomonas and its closest relative is Sinomonas humi MUSC 117T, sharing a genetic similarity of 98.4%. The draft genome of strain 5-5T was 4,727,205 bp long with an N50 contig of 4,464,284 bp. Genomic DNA G+C content of strain 5-5T was68.0 mol%. The average nucleotide identity (ANI) values between strain 5-5T and its closest strains S. humi MUSC 117T and S. susongensis A31T were 87.0, and 84.3 % respectively. In silico DNA-DNA hybridization values between strain 5-5T and its closest strains S. humi MUSC 117T and S. susongensis A31T were 32.5% and 27.9% respectively. Based on the ANI and in silico DNA-DNA hybridization analyses, the 5-5T strain was considered as novel species belonging to the genus Sinomonas. On the basis of the results from phenotypic, genotypic and chemotaxonomic analyses, strain 5-5T represents a novel speciesof the genus Sinomonas, for which the name Sinomonas terrae sp. nov. is proposed. The type strain is 5-5T (=KCTC 49650T =NBRC 115790T).
Ve Van Le;So-Ra Ko;Mingyeong Kang;Hee-Mock Oh;Chi-Yong Ahn
Journal of Microbiology and Biotechnology
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v.32
no.12
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pp.1553-1560
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2022
A Gram-stain-negative, rod-shaped bacterial strain, JC4T, was isolated from a freshwater sample and determined the taxonomic position. Initial identification based on 16S rRNA gene sequences revealed that strain JC4T is affiliated to the genus Mucilaginibacter with a sequence similarity of 97.97% to Mucilaginibacter rigui WPCB133T. The average nucleotide identity and digital DNA-DNA hybridization values between strain JC4T and Mucilaginibacter species were estimated below 80.92% and 23.9%, respectively. Strain JC4T contained summed feature 3 (C16:1 ω7c and/or C16:1 ω6c) and iso-C15:0 as predominant cellular fatty acids. The dominant polar lipids were identified as phosphatidylethanolamine, one unidentified aminophospholipid, one unidentified phospholipid, and two unidentified lipids. The respiratory quinone was MK-7. The genomic DNA G+C content of strain JC4T was determined to be 42.44%. The above polyphasic evidences support that strain JC4T represents a novel species of the genus Mucilaginibacter, for which the name Mucilaginibacter aquariorum sp. nov. is proposed. The type strain is JC4T (= KCTC 92230T = LMG 32715T).
Here we report essential features of the draft genome of an AmpC-β-lactamase-producing bacterial isolate obtained from farm tomatoes in South Africa. The isolate designated strain Tom1 featured a genome of 4950426 bp with a G+C% of 59.83. It was identified as Serratia marcescens by ribosomal multilocus sequence typing (rMLST), digital DNA-DNA hybridization (dDDH), average nucleotide identity (ANI), and phylogenetic analysis using reference genomes. Its genome encoded an AmpC-β-lactamase (blaSST-1), an efflux pump providing tetracycline resistance (tet(41)), and an aminoglycoside acetyltransferase (aac(6')-Ic). Additionally, genes encoding proteins involved in prodigiosin biosynthesis and associated with adherence, biofilm formation, virulence, and pathogenicity were detected.
Controlled release of medications remains the most convenient way to deliver drugs. In this study, we precipitated gold nanoparticles with quercetin. We loaded gold-quercetin into poly(DL-lactide-co-glycolide) nanoparticles (NQ) and tested the biological activity of NQ on HepG2 hepatocarcinoma cells to acquire the sustained release property. We determined by circular dichroism spectroscopy that NQ effectively caused conformational changes in DNA and modulated different proteins related to epigenetic modifications and c ell cycle control. The mitochondrial membrane potential (MMP), reactive oxygen species (ROS), cell cycle, apoptosis, DNA damage, and caspase 3 activity were analyzed by flow cytometry, and the expression profiles of different anti- and pro-apoptotic as well as epigenetic signals were studied by immunoblotting. A cytotoxicity assay indicated that NQ preferentially killed cancer cells, compared to normal cells. NQ interacted with HepG2 cell DNA and reduced histone deacetylases to control cell proliferation and arrest the cell cycle at the sub-G stage. Activities of cell cycle-related proteins, such as $p21^{WAF}$, cdk1, and pAkt, were modulated. NQ induced apoptosis in HepG2 cells by activating p53-ROS crosstalk and induces epigenetic modifications leading to inhibited proliferation and cell cycle arrest.
A bacterial strain, designated B301T and isolated from raw chicken meat obtained from a local market in Korea, was characterized and identified using a polyphasic taxonomic approach. Cells were gram-negative, non-motile, obligate-aerobic coccobacilli that were catalase-positive and oxidase-negative. The optimum growth conditions were 30℃, pH 7.0, and 0% NaCl in tryptic soy broth. Colonies were round, convex, smooth, and cream-colored on tryptic soy agar. Strain B301T has a genome size of 3,102,684 bp, with 2,840 protein-coding genes and 102 RNA genes. The 16S rRNA gene analysis revealed that strain B301T belongs to the genus Acinetobacter and shares highest sequence similarity (97.12%) with A. celticus ANC 4603T and A. sichuanensis WCHAc060041T. The average nucleotide identity and digital DNA-DNA hybridization values for closely related species were below the cutoff values for species delineation (95-96% and 70%, respectively). The DNA G+C content of strain B301T was 37.0%. The major respiratory quinone was Q-9, and the cellular fatty acids were primarily summed feature 3 (C16:1 ω6c/C16:1 ω7c), C16:0, and C18:1 ω9c. The major polar lipids were phosphatidylethanolamine, diphosphatidyl-glycerol, phosphatidylglycerol, and phosphatidyl-serine. The antimicrobial resistance profile of strain B301T revealed the absence of antibiotic-resistance genes. Susceptibility to a wide range of antimicrobials, including imipenem, minocycline, ampicillin, and tetracycline, was also observed. The results of the phenotypic, chemotaxonomic, and phylogenetic analyses indicate that strain B301T represents a novel species of the genus Acinetobacter, for which the name Acinetobacter pullorum sp. nov. is proposed. The type strain is B301T (=KACC 21653T = JCM 33942T).
Khan, Shehzad Abid;Kim, Hyung Min;Baek, Ju Hye;Jung, Hye Su;Jeon, Che Ok
Journal of Microbiology and Biotechnology
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v.31
no.9
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pp.1210-1217
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2021
Two gram-negative, catalase-positive, strictly aerobic, and white colony-forming bacteria, strains H242T and B156T, were isolated from soil in South Korea. Cells of strain H242T were oxidase-positive and non-motile short rods, while those of strain B156T were oxidase-negative and long non-motile rods. Ubiquinone-8 was identified as the sole isoprenoid quinone in both strains. C16:0, cyclo-C17:0, andsummed feature 3 (C16:1 ω7c and/or C16:1 ω6c) and phosphatidylethanolamine, phosphatidylglycerol, and diphosphatidylglycerol were identified in both strains as the major cellular fatty acids and polar lipids, respectively. The DNA G+C contents of strains H242T and B156T were 69.4 mol% and 69.3 mol%, respectively. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA and 92 concatenated core gene sequences revealed that strains H242T and B156T formed distinct phylogenic lineages from other Ramlibacter type strains. The DNA-DNA hybridization (DDH) value between strains H242T and B156T was 24.6%. Strains H242T and B156T were most closely related to Ramlibacter ginsenosidimutans BXN5-27T and Ramlibacter monticola G-3-2T with 98.4% and 98.6% 16S rRNA gene sequence similarities, respectively. Digital DDH values between strain H242T and R. ginsenosidimutans and between strain B156T and R. monticola were 23.5% and 26.1%, respectively. Phenotypic, chemotaxonomic, and molecular analyses indicated that strains H242T and B156T represent two novel species of the genus Ramlibacter, for which the names Ramlibacter terrae sp. nov. and Ramlibacter montanisoli sp. nov., respectively, are proposed. The type strains of R. terrae and R. montanisoli are H242T (=KACC 21667T=JCM 33922T) and B156T (=KACC 21665T=JCM 33920T), respectively.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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