• 제목/요약/키워드: signal alignment

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Characterization of a Novel Alkaline Family VIII Esterase with S-Enantiomer Preference from a Compost Metagenomic Library

  • Lee, Hyun Woo;Jung, Won Kyeong;Kim, Yong Ho;Ryu, Bum Han;Kim, T. Doohun;Kim, Jungho;Kim, Hoon
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제26권2호
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    • pp.315-325
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    • 2016
  • A novel esterase gene, est7K, was isolated from a compost metagenomic library. The gene encoded a protein of 411 amino acids and the molecular mass of the Est7K was estimated to be 44,969 Da with no signal peptide. Est7K showed the highest identity of 57% to EstA3, which is an esterase from a drinking water metagenome, when compared with the enzymes with reported properties. Est7K had three motifs, SMTK, YSV, and WGG, which correspond to the typical motifs of family VIII esterases, SxxK, Yxx, and WGG, respectively. Est7K did not have the GxSxG motif in most lipolytic enzymes. Three additional motifs, LxxxPGxxW, PLGMxDTxF, and GGxG, were found to be conserved in family VIII enzymes. The results of the phylogenetic analysis and the alignment study suggest that family VIII enzymes could be classified into two subfamilies, VIII.1 and VIII.2. The purified Est7K was optimally active at 40ºC and pH 10.0. It was activated to exhibit a 2.1-fold higher activity by the presence of 30% methanol. It preferred short-length p-nitrophenyl esters, particularly p-nitrophenyl butyrate, and efficiently hydrolyzed glyceryl tributyrate. It did not hydrolyze β-lactamase substrates, tertiary alcohol esters, glyceryl trioleate, fish oil, and olive oil. Est7K preferred an S-enantiomer, such as (S)-methyl-3-hydroxy-2-methylpropionate, as the substrate. The tolerance to methanol and the substrate specificity may provide potential advantage in the use of the enzyme in pharmaceutical and other biotechnological processes.

연속 웨이블릿 변환을 사용한 비프로파일링 기반 전력 분석 공격 (Non-Profiling Power Analysis Attacks Using Continuous Wavelet Transform Method)

  • 배대현;이재욱;하재철
    • 정보보호학회논문지
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    • 제31권6호
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    • pp.1127-1136
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    • 2021
  • 전력 분석 공격에서 소비 전력 파형의 잡음과 정렬 불량은 공격 성공 여부를 좌우하는 주요한 요인이다. 따라서 이를 완화하기 위한 여러 연구가 수행되고 있으며 웨이블릿 변환 기반의 신호처리 방법도 그중 하나이다. 대부분의 웨이블릿을 사용한 연구에서는 파형 압축할 수 있는 이산 웨이블릿 변환을 사용해 왔는데, 그 이유는 연속 웨이블릿변환 기법이 선택된 스케일의 개수에 따라 데이터 크기 및 분석 시간이 증가할 뿐만 아니라 효율적인 스케일 선택 방법도 없기 때문이다. 본 논문에서는 전력 분석 공격에 최적화된 연속 웨이블릿 변환의 효율적인 스케일 선택 방법을 제안하며 이를 이용해 파형을 인코딩할 경우 분석 성능이 크게 향상될 수 있음을 보인다. 비프로파일링 공격인 CPA(Correlation Power Analysis) 및 DDLA(Differential Deep Learning Analysis) 공격 실험 결과, 제안하는 방법이 잡음 감쇄와 파형 정렬에 효과적임을 확인하였다.

Isolation, characterization and expression of transcription factor ScDREB2 from wild, commercial and interspecific hybrid sugarcane in salinity condition

  • Chanprame, Sontichai;Promkhlibnil, Tanawan;Suwanno, Sakulrat;Laksana, Chanakan
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제46권2호
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    • pp.97-105
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    • 2019
  • Dehydration Responsive Element Binding (DREB) gene is one of the essential transcription factors plants use for responding to stress conditions including salinity, drought, and cold stress. The purpose of this study was to isolate the full length and characterize the DREB gene from three different genotypes of sugarcane, wild, commercial cultivar, and interspecific hybrid sugarcane. The length of the gene, designated ScDREB was 789 bp, and coding for a putative polypeptide of 262 amino acid residues. Sequences of the gene were submitted to the GenBank database with accession numbers of KX280722.1, KX280721.1, and KX280719.1 for wild sugarcane, commercial cultivar (KPS94-13), and interspecific hybrid (Biotec2), respectively. In silico characterization indicated that the deduced polypeptide contains a putative nuclear localization signal (NLS) sequence, and a conserved AP2/ERF domain of the DREB family, at 82-140 amino residues. Based on multiple sequence alignment, sequences of the gene from the three sugarcane genotypes were classified in the DREB2 group. Gene expression analysis indicated, that ScDREB2 expression pattern in tested sugarcane was up-regulated by salt stress. When the plants were under 100 mM NaCl stress, relative expressions of the gene in leaves was higher than those in roots. In contrast, under 200 mM NaCl stress, relative expressions of the gene in roots was higher than those in leaves. This is the first report on cloning the full length and characterization, of ScDREB2 gene of sugarcane. Results indicate that ScDREB2 is highly responsive to salt stress.

항공기-무장간의 연동 시험을 위한 MIL-STD-1760E 기반 테스트 벤치 구축 사례 연구 (A Case Study on MIL-STD-1760E based Test Bench Implementation for Aircraft-Weapon Interface Testing)

  • 김태복;박기석;김지훈;정재원;권병기
    • 한국항행학회논문지
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    • 제22권2호
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    • pp.57-63
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    • 2018
  • 항공기 발사용 유도무기는 자체점검시험(BIT; built in test) 뿐만 아니라 MIL-STD-1760표준을 준수하여 전원, 이산신호, MUX(multiplexer)통신 등 다양한 시험을 수행해야 시스템 안전성 및 신뢰성이 입증된다. 본 사례 연구 목적은 MIL-STD-1760E 기반 항공기-무장간 연동용 테스트 벤치 구축을 통하여 공대지 유도탄 개발 시 유도탄 전원인가부터 표적정보 입력, 전달정렬, 유도탄 분리 절차에 이르기까지 정의된 TIME LINE에 의거 유도탄 발사 시퀀스 구현 방안을 제시하기 위함이고, 추가적으로 오류삽입기능을 통해 비 활성탄에서 시험할 수 없는 항목까지 검증 범위를 극대화하는 참조 방안이 될 수 있다.

아래등세모근 저항운동이 둥근 어깨를 가진 성인의 어깨 정렬과 근활성도에 미치는 영향 (The Effect of Lower Trapezius Resistance Exercises on Shoulder Alignment and Muscle Activity in Patient with Rounded Shoulder Posture)

  • 김영미;한지원
    • 대한통합의학회지
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    • 제11권4호
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    • pp.41-50
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    • 2023
  • Purpose : The aim of study was to determine the effect of lower trapezius muscle strengthening exercises on the height of rounded shoulder posture and muscle activity in patients with rounded shoulder posture. Methods : Thirty-one subjects with rounded shoulders were selected and assigned, with the use of a random number table, to an experimental group (EG, n=16) that received resistance exercises of the trapezius (lower) muscles or a control group (CG, n=15) that received isometric exercises of the lower trapezius muscles. In the EG, with the subject in a prone position, both arms were abducted at the angles suggested for each posture (145 °, 45 ° abduction), with the hands holding dumbbells to assume a functional posture. The CG performed only isometric exercises without dumbbells in the same conditions. At the start signal, with the thumb raised, the arm was raised to the level of the ear. Both groups were assessed by the height of the rounded shoulder posture (RSP) and muscle activity (EMG). The intervention was performed three times a week. Results : The RSP significantly decreased during the intervention period in both the EG and CG (p<.05), and a significant difference was determined between the RSP of the two groups (p<.05). In the EG, the EMG significantly increased during the intervention period (p<.05), but the CG did not show any significant increase (p>.05). The final EMG was significantly higher in the EG than in the CG (p<.05). Conclusion : Both the EG and CG showed positive improvement in rounded shoulder posture during the intervention period. In particular, lower trapezius resistance exercise appears to reduce shoulder height and positively affects the activity of muscles around the shoulder.

Gamma/neutron classification with SiPM CLYC detectors using frequency-domain analysis for embedded real-time applications

  • Ivan Rene Morales;Maria Liz Crespo;Mladen Bogovac;Andres Cicuttin;Kalliopi Kanaki;Sergio Carrato
    • Nuclear Engineering and Technology
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    • 제56권2호
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    • pp.745-752
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    • 2024
  • A method for gamma/neutron event classification based on frequency-domain analysis for mixed radiation environments is proposed. In contrast to the traditional charge comparison method for pulse-shape discrimination, which requires baseline removal and pulse alignment, our method does not need any preprocessing of the digitized data, apart from removing saturated traces in sporadic pile-up scenarios. It also features the identification of neutron events in the detector's full energy range with a single device, from thermal neutrons to fast neutrons, including low-energy pulses, and still provides a superior figure-of-merit for classification. The proposed frequency-domain analysis consists of computing the fast Fourier transform of a triggered trace and integrating it through a simplified version of the transform magnitude components that distinguish the neutron features from those of the gamma photons. Owing to this simplification, the proposed method may be easily ported to a real-time embedded deployment based on Field-Programmable Gate Arrays or Digital Signal Processors. We target an off-the-shelf detector based on a small CLYC (Cs2LiYCl6:Ce) crystal coupled to a silicon photomultiplier with an integrated bias and preamplifier, aiming at lightweight embedded mixed radiation monitors and dosimeter applications.

지식 그래프와 딥러닝 모델 기반 텍스트와 이미지 데이터를 활용한 자동 표적 인식 방법 연구 (Automatic Target Recognition Study using Knowledge Graph and Deep Learning Models for Text and Image data)

  • 김종모;이정빈;전호철;손미애
    • 인터넷정보학회논문지
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    • 제23권5호
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    • pp.145-154
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    • 2022
  • 자동 표적 인식(Automatic Target Recognition, ATR) 기술이 미래전투체계(Future Combat Systems, FCS)의 핵심 기술로 부상하고 있다. 그러나 정보통신(IT) 및 센싱 기술의 발전과 더불어 ATR에 관련이 있는 데이터는 휴민트(HUMINT·인적 정보) 및 시긴트(SIGINT·신호 정보)까지 확장되고 있음에도 불구하고, ATR 연구는 SAR 센서로부터 수집한 이미지, 즉 이민트(IMINT·영상 정보)에 대한 딥러닝 모델 연구가 주를 이룬다. 복잡하고 다변하는 전장 상황에서 이미지 데이터만으로는 높은 수준의 ATR의 정확성과 일반화 성능을 보장하기 어렵다. 본 논문에서는 이미지 및 텍스트 데이터를 동시에 활용할 수 있는 지식 그래프 기반의 ATR 방법을 제안한다. 지식 그래프와 딥러닝 모델 기반의 ATR 방법의 핵심은 ATR 이미지 및 텍스트를 각각의 데이터 특성에 맞게 그래프로 변환하고 이를 지식 그래프에 정렬하여 지식 그래프를 매개로 이질적인 ATR 데이터를 연결하는 것이다. ATR 이미지를 그래프로 변환하기 위해서, 사전 학습된 이미지 객체 인식 모델과 지식 그래프의 어휘를 활용하여 객체 태그를 노드로 구성된 객체-태그 그래프를 이미지로부터 생성한다. 반면, ATR 텍스트는 사전 학습된 언어 모델, TF-IDF, co-occurrence word 그래프 및 지식 그래프의 어휘를 활용하여 ATR에 중요한 핵심 어휘를 노드로 구성된 단어 그래프를 생성한다. 생성된 두 유형의 그래프는 엔터티 얼라이먼트 모델을 활용하여 지식 그래프와 연결됨으로 이미지 및 텍스트로부터의 ATR 수행을 완성한다. 제안된 방법의 우수성을 입증하기 위해 웹 문서로부터 227개의 문서와 dbpedia로부터 61,714개의 RDF 트리플을 수집하였고, 엔터티 얼라이먼트(혹은 정렬)의 accuracy, recall, 및 f1-score에 대한 비교실험을 수행하였다.

순서형 프로빗 모형을 이용한 버스 운송사업 유형 별 사고심각도 영향요인 분석 (Factors Influencing Crash Severity by the Types of Bus Transportation Services Using Ordered Probit Models)

  • 윤상원;고승영;김동규
    • 대한교통학회지
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    • 제36권1호
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    • pp.13-22
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    • 2018
  • 버스는 대표적인 대중교통수단 중 하나로서, 운행 목적, 운영 거리, 관리 기관 등에 따라 운송사업 유형별로 구분되어 다양하게 운영되고 있다. 버스 관련 사고는 높은 재차인원으로 인하여 큰 피해를 야기할 수 있음에도 불구하고, 버스 운송사업 유형에 따른 사고심각도에 관한 연구는 상대적으로 기존 연구에서 많이 다루어지지 않았다. 본 연구는 버스 관련 사고의 심각도에 미치는 영향요인들을 분석하고 버스 운송사업 유형 별 사고심각도를 저감하기 위한 정책 방향을 제시하는 것을 목적으로 한다. 이를 위해 교통사고 분석시스템(TAAS)에서 추출된 5년 동안의 버스 관련 사고 자료가 사용된다. 시내버스, 시외 및 고속버스, 그리고 전세버스의 세 가지 운송사업 유형 별 순서형 프로빗 모형이 사고심각도 영향요인을 분석하기 위해 추정된다. 분석 결과 속도, 노면상태 등 모든 버스 운송사업 유형의 사고심각도에 유의미한 영향을 미치는 변수도 존재하는 반면 버스 운송사업 유형에 따라 상이하게 사고심각도에 유의미하게 영향을 미치는 변수들이 존재함을 확인하였다. 시내버스의 경우 시간대, 도로 선형 및 신호기 설치 여부가 통계적으로 유의한 변수인 것으로 확인되었다. 시외 및 고속버스의 경우 안전벨트 착용여부와 도로 등급이 사고심각도에 유의미한 영향을 미치는 변수였으며, 전세버스의 경우 시간대, 운전자의 운전 경험, 안전벨트 착용여부, 신호기 설치 여부 및 시간대가 통계적으로 유의한 변수인 것으로 분석되었다. 본 연구의 결과를 통해 버스 운송사업 유형 별 사고심각도를 저감하는 데 기여할 수 있을 것으로 사료된다.

돼지 신장의 Angiotensin I Converting Enzyme cDNA 클로닝 (Cloning of Pig Kidney cDNA Encoding an Angiotensin I Converting Enzyme)

  • 윤장호;윤주억;홍광원
    • Applied Biological Chemistry
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    • 제49권4호
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    • pp.293-297
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    • 2006
  • 포유류의 조직에 널리 분포되어 있으며 혈압 조절에 중요한 역할을 하는 Angiotensin-converting enzyme(ACE)은 아연을 함유하는 dipeptidase로서 angiotensin I을 가수분해하여 강력한 혈압상승제인 angiotensin II를 생성하는 효소이다. 최근에 돼지의 난소에서 ACE 활성이 측정되었으며, 돼지의 신장에서 ACE 단백질이 분리되어 그 특성이 알려졌다. 그러나 돼지의 어떠한 ACE DNA 염기서열도 아직까지 보고 된 바는 없다. 그러므로 본 연구에서 reverse transcriptase-polymerase chain reaction(RT-PCR)을 이용하여 돼지의 신장 ACE cDNA를 클로닝하고 그 염기서열을 분석하였다. ACE cDNA는 1309개의 아미노산으로 구성되어 있으며 그 분자량은 150kDa이다. 염기서열로부터 유추한 아미노산의 서열을 분석한 결과, N 말단의 33개 아미노산이 signal peptide 역할을 하는 것으로 보이며, C 말단 근처의 짧은 transmembrane 영역은 세포막에 anchor역할을 하는 것으로 보인다. 돼지 신장의 ACE에서 두 개의 매우 유사한 amino acid peptidase domain은 tandem duplication 되어 있으며, 각각의 domain은 다른 포유류의 체세포 ACE들과 마찬가지로 putative metal-binding site(His-Glu-Met-Gly-His)를 하나씩 가지고 있는 것으로 나타났다. 돼지 신장 ACE 서열과 인간, 토끼, 쥐 등과 같은 포유류의 ACE 아미노산 서열들과의 상동성 비교는 진화과정 중 두 domain이 매우 잘 보전되어 왔음을 보여주고 있다.

돌돔(Oplegnathus fasciatus) somatolactin cDNA의 분석 (Characterization of Somatolactin cDNA from Rock Bream (Oplegnathus fasciatus))

  • 강현실;여인규;이제희
    • 생명과학회지
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    • 제13권6호
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    • pp.805-813
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    • 2003
  • 돌돔 (Oplegnathus fasciatus) SL을 암호화하는 cDNA clone을 뇌하수체로부터 RT-PCR 방법에 의해 획득하였다. 돌돔 SL cDNA의 길이는 1636 bp로서 24개의 아미노산인 signal peptide와 207개 의 aa으로 구성된 mature protein을 암호화하는 696 bp의 open reading frame을 갖고 있다. 또한, 돌돔 SL 아미노산에는 이황화 결합에 관여하는 7개의 시스테인 잔기 $(Cys^{5},\; Cys^{15},\; Cys^{42},\; Cys^{65},\; Cys^{181},\; Cys^{198}\$$Cys^{206})$와 두 개의 potential N-glycosylation site인 $Asn^{121}$$Asn^{153}$을 확인하였다. 돌돔 SL은 goldfish와 channel catfish를 제외한 다른 경골어류 SL에 아미노산 서열은 61.1∼92.6%, 뉴클레오타이드 서열은 63∼92.6%의 일치를 나타낸다. 아미노산 서열 alingment에서 돌돔 SL은 다른 어류 SL에 공통적인 4개의 conserved domain $(A_{SL},\; B_{SL},\; C_{SL}$$D_{SL})$을 갖고 있음을 확인하였다. 이들중 $A_{SL},\; B_{SL}$,과 $D_{SL}$,은 경골어류 growth hormone과 prolactin에도 잘 보존되어 있었다 재조합 돌돔 SL 단백질을 E. coli에서 생산하기 위해 돌돔 SL cDNA를 발현벡터에 클로닝하여 단백질의 발현을 유도하였다 발현된 단백질은 SDS-PAGE에 의해 분자량 약 27 kDa의 재조합 단백질의 발현을 확인하였다.