In this study, we reported the morphogenetic analysis and genome sequence by genomic analysis of the newly isolated staphylococcal phage SMSAP5 from soil of slaughterhouses for cattle. Based on transmission electron microscopy evident morphology, phage SMSAP5 belonged to the Siphoviridae family. Phage SMSAP5 had a double-stranded DNA genome with a length of 45,552 bp and 33 % G+C content. Bioinformatics analysis of the phage genome revealed 43 open reading frames. A blastn search revealed that its nucleotide sequence shared a high degree of similarity with that of the Staphylococcus phage tp310-2. In conclusion, this study is the first report to show the morphological features and the complete genome sequence of the phage SMSAP5 from soil of slaughterhouses for cattle.
Dumortiera hirsuta (Sw.) Nees (Dumortieraceae) is a thallose liverwort distributed in tropics and subtropics. It is the only species in family Dumortieraceae, which is the second basal family in order Marchantiales. D. hirsuta is characterized by hairy receptacles and lacking air chamber. The complete chloroplast genome of D. hirsuta was successfully rescued from raw reads generated by HiSeq4000. Its total length is 122,050 bp consisting of four regions: large single copy (LSC) region (81,697 bp), small single copy (SSC) region (20,061 bp), and two inverted repeats (IRs; 10,146 bp per each). It contained 129 genes (84 coding DNA sequence (CDS), eight rRNAs, and 37 tRNAs); 18 genes including four rRNAs, and five tRNAs are duplicated in the IR regions. The overall GC content of D. hirsuta is 28.7%, which is almost same to that of Marchantia paleacea. Phylogenetic tree based on all genes from whole chloroplast genomes will provides phylogenetic position of D. hirstua. This sequence will be an fundamental resources for further researches of order Marchantiales.
In Jun-Gyo;Lee Bum-Soo;Song Won-Seob;Bae Chang-Hyu;Choi Seong-Kyu;Yang Deok-Chun
Plant Resources
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제8권2호
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pp.155-160
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2005
A full-length cDNA (PPrx1) encoding peroxidase has been isolated and its nucleotide sequence determined from flower bud in ginseng plant (Panax ginseng). A PPrx1 cDNA is 1192 nucleotides long and has an open reading frame of 1062 bp with a deduced amino acid sequence of 354 residues (pI 7.53). The deduced amino acid sequence of PPrx1 matched to the previously reported peroxidase protein genes. The PPrx1 showed a high similarity with the $64\%$ identity with peroxidase of N. tabacum (AAK52084). In the phylogenetic analysis based on the amino acid residues, the PPrx1 was closer with peroxidase of G. max (AAD37376).
This paper presents stacking sequence optimization of laminated angle-ply cylindrical panel based on natural frequency. Finite element method (FEM) is used to obtain the vibration characteristic of an anisotropic panel using the first order shear deformation theory(FSDT) and genetic algorithm (GA) is used to obtain the optimal stacking sequence of the layers. Cylindrical panel has finite length and arbitrary boundary conditions. The thicknesses of the layers are assumed constant and their angles are specified as design variables. The effect of the number of plies and boundary conditions in the fitness function is considered. Numerical examples are presented for four, six and eight layered anisotropic cylindrical panels.
The complete chloroplast (cp) genome sequence of Neolitsea sericea was determined by Illumina sequencing. The complete cp genome was 152,446bp in length, containing a large single-copy region of 93,796 bp and a small single-copy region of 18,506bp, which were separated by a pair of 20,072bp inverted repeats. A total of 112 unique genes were annotated, including 78 protein-coding genes (PCGs), 30 transfer RNAs, and four ribosomal RNAs. Among the PCGs, 18 genes contained one or two introns. A very low level of sequence variation between two cp genomes of N. sericea was found with seven insertions or deletions and only one single nucleotide polymorphism. An analysis using the maximum likelihood method showed that N. sericea was closely related to Actinodaphne trichocarpa.
Let $p_1$ and $p_2$ be two distinct odd primes with gcd($p_1-1$, $p_2-1$) = 6. In this paper, we compute the linear complexity of the first class two-prime Whiteman's generalized cyclotomic sequence (WGCS-I) of order d = 6. Our results show that their linear complexity is quite good. So, the sequence can be used in many domains such as cryptography and coding theory. This article enrich a method to construct several classes of cyclic codes over GF(q) with length $n=p_1p_2$ using the two-prime WGCS-I of order 6. We also obtain the lower bounds on the minimum distance of these cyclic codes.
From the mathematical and statistical point of view, a segment of a DNA strand can be viewed as a sequence of four-state (A, C, G, T) trials. Herein, we consider the distributions of runs and patterns related to the run lengths of multi-state sequences, especially for four states (A, B, C, D). Let X1, X2, . . . be a sequence of four state independent and identically distributed trials taking values in the set 𝒢 = {A, B, C, D}. In this study, we obtain exact formulas for the probability distribution function for the discrete distribution of runs of B's of order k. We obtain longest run statistics, shortest run statistics, and determine the distributions of waiting times and run lengths.
인터넷이 지속적으로 발달하면서 이에 따른 부작용으로 사이버 해킹 공격 또한 지능적인 공격으로 진화하고 있다. 해킹 공격의 도구로 사용되는 악성코드는 공격자들이 자동 제작 툴을 이용해 손쉽게 악성코드를 생성할 수 있기 때문에 악성코드의 수가 급증하고 있다. 그러나 수많은 악성코드를 모두 분석하기에는 많은 시간과 노력이 요구됨에 따라 신 변종 악성코드에 대한 별도의 분류가 필요한 상황이다. 이에 따라 신 변종 악성코드를 분류하는 다양한 연구들이 등장하고 있으며, 해당 연구들은 악성코드 분석을 통해 악성 행위를 나타내는 다양한 정보를 추출하고 이를 악성코드를 대표하는 특징으로 정의하여 악성코드를 분류한다. 그 중, 대부분이 API 함수와 API 함수로부터 추출한 특정 길이의 API 시퀀스를 이용하여 악성코드를 분류하고 있다. 그러나 API 시퀀스의 길이는 분류의 정확성에 영향을 미치기 때문에 적합한 API 시퀀스의 길이를 선택하는 것이 매우 중요하다. 따라서 본 논문은 특정 길이에 한정하지 않고, 다양한 길이의 API 시퀀스를 생성 및 조합하여 악성코드 분류의 정확성을 향상시키기 위한 최적의 API 시퀀스 및 조합을 찾는 방법론을 제안한다.
본 논문에서는 전송되는 메시지의 무결성과 출처 인증을 위해 광범위하게 사용되는 메시지 인증 코드 (Message Authentication Code :MAC) 알고리즘을 제안하고 안전성을 분석한다. 제안된 MAC 알고리즘은 기본 블록 암호로 64-비트 블록과 56-비트 키를 가진 64비트 블록 암호 알고리즘을 이용하여 MAC 값의 길이를 64-비트와 32-비트를 사용하였을 경우의 안전성을 비교한다. 또한, 128-비트 블록과 128-비트 키를 가진 128비트 블록 암호 알고리즘을 이용하여, MAC 값의 길이를 128비트와 64-비트를 사용하였을 경우의 안전성을 비교한다 그래서 메시지의 길이와 MAC값의 길이에 따른 위장 공격의 안전성을 분석한다.
본 논문에서는 IBCA(Intermediate Boundary Cellular Automata)에 기반을 둔 여원 MLCA(Maximum Length Cellular Automata)와 2D CAT(Cellular Automata Transform)를 단계적으로 이용하여 영상을 암호화하는 방법을 제안한다. 암호화 방법은 먼저, 여원 MLCA를 이용하여 원 영상의 크기만큼 PN(pseudo noise) 수열을 생성한다. 그리고, 원 영상과 생성된 수열을 XOR 연산하여 여원 MLCA 영상으로 변환한다. 그 후, 게이트웨이 값을 설정하여 2D CAT 기저함수를 생성한다. 생성된 기저 함수를 변환된 여원 MLCA 영상에 곱하여 암호화를 한다. 마지막으로 PSNR(Peak Signal to Noise Ratio) 및 안정성 분석을 통하여 제안한 방법이 높은 암호화 수준의 성질을 가졌음을 검증한다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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