• Journal of Species Research
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• 제12권spc2호
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• pp.23-32
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• 2023

During screening for indigenous prokaryotic species in Republic of Korea in 2021, a total of 21 bacterial strains assigned to the phylum Bacteroidota were isolated from a variety of environmental habitats including pine cone, seaweed, soil, sea sediment, brackish water and moss. Based on the 16S rRNA gene sequence similarity value of more than 98.7% and formation of a robust phylogenetic clade with the type strain of the closest bacterial species, it was found that the 21 strains belong to independent and recognized bacterial species. There has been no official report that the identified 21 species have been isolated in Republic of Korea up to date. Therefore, 16 species in six genera of two families in the order Flavobacteriales, two species in two genera of two families in the order Cytophagales, one species in one genus of one family in the order Chitinophagales and two species in one genus of one family in the order Sphingobacteriales are proposed as unrecorded species of the phylum Bacteroidota isolated in Republic of Korea. Their Gram reaction, colony and cell morphology, basic phenotypic characteristics, isolation source, taxonomic status, strain ID and other information are described in the species descriptions.

• Journal of Species Research
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• 제12권spc2호
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• pp.33-44
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• 2023

In 2021, a total of 27 bacterial strains were isolated from soil, tree bark, moss, wetland, sea sediment, tidal flat, seawater and seaweed within Republic of Korea. Based on the analysis of 16S rRNA gene sequence (>98.7% sequence similarity), these isolates were assigned to the class Alphaproteobacteria as unrecorded species in Korea. The 27 strains were classified into the 10 families: Maricaulaceae of the order Caulobacterales; Brucellaceae, Methylobacteriaceae, Nitrobacteraceae and Rhizobiaceae of the order Hyphomicrobiales; Micropepsaceae of the order Micropepsales; Rhodobacteraceae of the order Rhodobacterales; Azospirillaceae of the order Rhodospirillales; and Erythrobacteraceae and Sphingomonadales of the order Sphingomonadaceae. There is no official report of these 27 species in Korea. Therefore, we report 27 isolates as unrecorded species, and described isolation sources, Gram-stain reactions, physiological and biochemical properties and morphologies of these strains.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권8호
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• pp.1379-1384
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• 2007

Four Gram-negative, chemoheterotrophic, non-motile, yellow-colored strains were isolated from the East Sea or from deep-sea sediments of Nankai Trough by standard dilution plating. Characterization by polyphasic approaches indicated that the four strains are members of the same species. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene sequences revealed that the strains formed a coherent and novel genus-level lineage within the family Flavobacteriaceae. The dominant cellular fatty acids were i-C15:0, 3-OH i-C17:0, and 2-OH i-C15:0 and/or C16:1 ${\omega}7c$. Predominance of 2-OH i-C15:0 and/or C16:1 ${\omega}7c$ clearly differentiated the strains from closely related members. The DNA G+C contents ranged 35.1-36.2 mol%. It is proposed, from the polyphasic evidence, that the strains should be placed into a novel genus and species named Sufflavibacter maritimus gen. nov., sp. nov., with strain $IMCC1001^T(=KCCM\;42359^T=NBRC\;102039^T)$ as the type strain.

• 생명과학회지
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• 제17권2호통권82호
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• pp.272-278
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• 2007

단백질분해효소는 다른 단백질들의 아미노산 간에 존재하는 peptide 결합을 절단하며 생리학적, 상업적 측면에서 중요한 위치를 차지하는 효소의 한 부류이다. 이러한 단백질분해효소의 새로운 공급원을 찾기 위하여 비교적 저온에서 체외단백질분해효소를 생산하는 세균을 동해심층수로부터 분리하였다. 분리된 균 중 저온에서의 생육정도와 높은 활성을 가지는 균주를 선별하여 HJ 47이라 명명하였다. 형태학적, 생리생화학적 특성과 16s rRNA gene의 염기서열을 조사한 후 Pseudoalteromonas sp.에 포함하는 것으로 나타났다. 분리된 Pseudoalteromonas sp. HJ 47은 $10^{\circ}C$에서도 비교적 잘 자랐으며, $37^{\circ}C$에서 최적의 생육을 보여 주었다. 최적생육온도와는 달리 배양시간당 최대 체외단백질분해효소의 생산은 $20^{\circ}C$에서 최대였고 대수기 후반과 정지기에 생산이 시작되어 15시간 경과 후 최대의 생산을 보여주었다. 효소활성의 최적온도는 $35^{\circ}C$, 최적 pH는 8로 판명되었다.

• 한국어병학회지
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• 제30권2호
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• pp.79-88
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• 2017

현재 양식장에서는 Aeromonad를 비롯한 다양한 병원균에 의한 전염병으로 인해 많은 경제적 손실을 겪고 있다. 연어과 어류뿐만 아니라 담수 및 해수어류에도 치명적인 감염을 야기하는 Aeromonas 종은 적어도 26종 이상이 보고되어왔으며, 전염병을 유발하는 유비쿼터스 세균이다. Aeromonas 종을 확인하기 위해 16S rDNA 및 하우스 키핑 유전자의 핵산 서열을 기반으로 한 분자생물학적 기술이 사용될 수 있다. 본 연구에서 Aeromonas 종은 강원도 16개 양식장의 연어과 어류로부터 분리되었으며 Aeromonad의 16S rDNA와 하우스 키핑 유전자의 서열, 즉 RNA polymerase sigma factor ${\sigma}^{70}$ (rpoD) 또는 DNA gyrase subunit B (gyrB)를 기반으로 계통 발생 학적으로 동정했다. 그 결과 대서양 연어 (Salmo salar), 은연어 (Oncorhynchus keta), 산천어 (Oncorhynchus masou masou), 무지개송어 (Oncorhynchus mykiss)에서 96 개의 균주가 수집되었으며, 36개의 균주가 16S rDNA 분석에 의해 Aeromonas 속으로 확인되었다. 확인된 Aeromonas 속 균주는 rpoD 또는 gyrB 유전자 서열을 기반으로 추가 분석되어 Aeromonas salmonicida (24 균주), A. sobria (10 균주), A. media (1 균주) 및 A. popoffii (1 균주)로 검출되었으며, 이 것은 Aeromonas salmonicida가 강원도의 연어과 어류에서 주요 감염균임을 나타낸다. 또 하우스 키핑 유전자의 서열에 기초한 Aeromonas 종의 계통발생학적 동정은 16S rDNA 서열보다 더 정확하다는 것이 또한 증명되었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제16권12호
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• pp.1882-1889
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• 2006

A 16S rDNA clone library was generated to investigate the bacterial diversity in intertidal sediment from the coast of the Yellow Sea, P. R. China. A total of 102 clones were sequenced and grouped into 73 OTUs using a phylogenetic approach. The sequenced clones fell into 11 bacterial lineages: Proteobacteria, Bacteroidetes, Planctomycetes, Chloroflexi, Acidobacteria, Actinobacteria, Firmicutes, Spirochaetes, and candidate divisions of BRCl, OP3, and OP1l. Based on a phylogenetic analysis of these bacteria, together with the ten most closely related sequences deposited in the GenBank, it was concluded that intertidal bacteria are most likely derived from marine bacteria with a remarkable diversity, and some are particularly abundant in intertidal sediment.

• 한국해양학회지:바다
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• 제12권3호
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• pp.225-233
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• 2007

Small subunit ribosomal RNA (18S rRNA)의 loop 부위들의 변이를 분석하여 해양 섬모충류의 종 특이 유전적 마커로써 이용 가능성을 확인하고자 9종의 Euplotes (Hypotrichia : Ciliophora)에 대하여 18S rRNA 유전자의 염기서열 변이성을 조사하였다. 연구 결과에 의하면 V1, V3 그리고 V5 부위는 종간 변이가 없었고, V7과 V8은 종간변이는 높으나 염기서열의 길이가 각각 44 bp와 79 bp로 길이가 짧아서 충분한 유전 정보를 가지기 어렵기 때문에이 부위들은 종특이 분자마커로 적합하지 않았다. 그러나 V2와 V4부위는 $1.75{\sim}20.61%$로 높은 변이성을 보여주었고 종간 계통 관계도 잘 나타내었다. 또한 염기서열의 길이도 각각 123 bp와 306 bp로 마커 개발에 충분한 길이를 가지고 있었다. 따라서 18S rRNA의 V2와 V4부위는 섬모충류의 종 특이 분자 마커 개발에 가장 적합한 부위라는 결론을 얻었다.

• 한국어류학회지
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• 제22권4호
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• pp.279-284
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• 2010

2010년 9월 남해 상주 앞바다에서 정치망으로 바다뱀과 엽상자어 4개체(TL 109.8~129.7mm)를 채집하였다. 형태적으로 엽상자어는 8개의 소낭이 항문 앞까지 존재하고, 전체 근절수가 141~151개, 전장에 대한 체고가 10% 이하인 점, 흑색소포가 항문 뒤부터 꼬리지느러미 앞까지 8~9개 분포하는 특징에 따라 까치물뱀속(Ophichthus sp.) 어류와 유사한 것으로 확인되었다. 형태적 결과와는 달리 미토콘드리아 DNA 12S rRNA 826 bp의 염기서열을 분석한 결과, 엽상자어는 돛물뱀속(Pisodonophis sp.) 성어와 100% 일치하였고, 돌기바다뱀(Pisodonophis cancrivorus) 성어와는 98.1% 일치하였다. 본 연구결과에서는 형태 동정결과가 분자 동정결과와 일치하지 않는 결과를 보였고, 이는 까치물뱀속과 돛물뱀속 엽상자어기의 형태적 구분이 매우 어렵다는 것을 의미한다. 본 연구에서는 처음으로 한국에서 채집된 돛물뱀속 엽상자어의 형태적 특징을 상세히 기술하였다.

• 미생물학회지
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• 제50권3호
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• pp.191-200
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• 2014

가스 하이드레이트는 높은 지구 온난화 잠재력을 가지고 있는 메탄가스를 해수 또는 대기 중으로 유입시킬 수 있어 전 지구적 탄소순환과정과 기후 변화에 중요한 역할을 한다. 따라서 해양 또는 대기로 방출되는 메탄의 90% 이상을 미생물 반응을 통해 산화시킬 수 있는 혐기적 메탄산화 과정이 매우 중요하다. 본 연구에서는 동해 울릉분지내 메탄 가스 하이드레이트 퇴적토에 서식하는 미생물 군집의 mcrA 유전자와 16S rRNA 유전자를 분석하였다. 혐기적 메탄산화 고세균(Anaerobic methane oxidizer: ANME) 군집의 수직적 분포를 조사한 결과, 표층과 황산염 메탄전이대(Sulfate methane transition zone: SMTZ)에서는 ANME-1 그룹이, high methane 층에서는 ANME-2c 그룹이 우점하였다. 16S rRNA 유전자를 이용한 고세균의 군집분석 결과, 혐기적 메탄산화가 일어나는 지역에서 주로 발견되는 marine benthic group-B가 50% 이상의 비율로 우점하였다. 세균의 경우 질산염을 환원시킬 수 있는 세균이 SMTZ (Halomonas 속: 56.5%)와 high methane 층(Achromobacter 속: 52.6%)에서 우점하였으며 황산염 환원 세균 군집은 확인되지 않았다. 동해 울릉분지 메탄가스 하이드레이트의 혐기적 메탄산화과정은 일반적으로 해양 퇴적토에서 알려진 혐기적 메탄산화 고세균과 황산염 환원 세균과의 공생에 의한 반응이 아닌 혐기적 메탄산화 고세균과 질산염 환원세균에 의한 반응이 주도할 것이라 생각된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제25권3호
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• pp.353-357
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• 2015

A new actinomycete strain NA4 was isolated from a deep-sea sediment collected from the South China Sea and showed promising antifungal activities against soilborne fungal pathogens. It was identified as Streptomyces cavourensis by morphological, physiological, and phylogenetic analyses based on its 16S rRNA gene sequence. The main antifungal components were isolated and identified from the fermentation culture as bafilomycins B1 and C1. These compounds exhibited significant antifungal activities and a broad antifungal spectrum. The results suggest that the Streptomyces cavourensis NA4 and bafilomycins B1 and C1 could be used as potential biocontrol agents for soilborne fungal diseases of plants.