• 대한소아치과학회지
• /
• 제32권1호
• /
• pp.75-88
• /
• 2005

법랑아세포종은 1868년에 처음 보고된 이래 명칭, 발생기전, 분류 그리고 치료 방법 등에 관하여 수 많은 논란이 있어 왔는데 이는 법랑세포종이 양성종양임에도 불구하고 종양자체의 진행이 파괴적이고, 외과적 처치를 한 후에도 재발이 잘되며, 흔하지는 않지만 악성종양과 유사하게 전이를 보이는 등 독특한 특성을 지니고 있기 때문이다. 정상세포와 암 세포 간에 차이를 보이는 유전자 혹은 정상세포에서 변형이 일어날 때 특이적으로 발현하는 유전의 분리 및 분석하는 것은 암세포의 생성과정을 이해하는데 있어서 중요한 열쇠를 제공할 수 있다. 이에 본 연구는 RNA differential display 방법 중 재연성과 반복성이 개선된 Ordered differential display(ODD)RT-PCR과 보다 개선된 $GeneFishing^{TM}$기술을 이용하여 악성과 양성종양 사이의 유전자 발현의 차이를 조사하고, 특이 유전자의 profile을 확보하고자 하였다. $GeneFishing^{TM}$기술과 RT-PCR을 수행한 결과 nasopharyngeal carcinoma gene을 제외한 9개의 유전자는 악성에서 특이적으로 발현되는 것을 확인하였다. 따라서 $GeneFishing^{TM}$을 이용하면 각 시료간의 mRNA 상에서 발현차이를 보이는 DEG를 비교 분석하면 암관련 유전자, 항생제 태성 유전자, 그리고 분화 관련 유전자들에 대한 연구가 용이하게 수행할 수 있을 것으로 생각된다.

• 대한핵의학회지
• /
• 제28권2호
• /
• pp.220-226
• /
• 1994

RT-PCR법에 의한 HCV-RNA검출을 임상검사에 적용하는 노력의 일환으로 biotin 및 $^{125}I$을 표지시킨 primer를 이용하여 최근 개발되어 있는 상품화된 kit 로 HCV-RNA 검출을 시도하고 그 결과를 평가하여 보았다. 연구대상은 anti-HCV 양성인 118명의 성인환자로, 방법은 환자 혈청내의 HCV-RNA를 guanidium-thiocynate 용액을 이용하여 추출한 뒤 AMPLICIS II $HCV^{(R)}$(CIS, France)kit를 이용하여 cDNA로 역전사 후 1차 증폭을 시행하고, 다시 소량의 1차 증폭산물을 biotin과 $^{125}I$으로 각각 표지된 1쌍의 Primer로 이용하여 2차 증폭을 시행하였다. 증폭산물은 avidin이 코팅된 시험관에 반응시키고 감마선 계수기로 계수하였다. 검사의 재현성을 보기 위하여 anti-HCV 양성인 환자 혈청 중 무작위로 51개의 검체를 선정하여 반복실험하였고, 만성 간질환 환자로부터 얻은 34개의 검체는 본 연구소에서 확립된 다른 RT-PCR 방법으로도 검사를 병행하여 비교하였다. 결과는 다음과 같다. 1) Anti-HCV 양성이면서 조직검사상 만성감염이나 간경화 소견을 보이거나 6개월이상 지속적인 간기능 이상을 나타낸 환자 88명 중 85명 (97%)에서 HCV-RNA 양성이었고, 6개월 이상 간기능이 정상이었던 30명중에서는 73%인 22명에서 HCV-RNA양성 이었다. 2) 두가지 다른 방법으로 RT-PCR을 병행한 34명중, kit를 사용한 경우는 32명(94%)에서 양성소견을 보였고, 기존방법대로 전기 영동 후 ethidium bromide로 염색한 경우는 27명 (79%)에서 양성을 나타내었다. 3) 검사의 재현성을 보기 위하여 anti-HCV 양성인 51개의 검체를 2번 반복 실험하였을때, 82%에서 일치된 결과를 얻을 수 있었다. 이상에서 biotin 및 $^{125}I$ 표지된 primer로 구성된 kit를 이용했을 때 기존방법에 비하여 예민하게 HCV-RNA를 검출할 수 있었다. 그러나 여전히 검사에 많은 노력과 시간이 소요되고 반복 검사시 검사간 변이가 상당히 존재하고 있어 정도관리에 세심한 주의가 필요할 것으로 사료되었다.

• 식물병연구
• /
• 제16권3호
• /
• pp.326-330
• /
• 2010

2009년 가을, 배 주산단지인 나주, 울산, 안성의 3개 지역에서 신고, 원황, 추황 품종을 대상으로 배 바이러스병 발생률을 ELISA와 RT-PCR로 조사한 결과 ELISA 검정은 ACLSV, ASPV, ASGV 3종 바이러스가 검출되어 35.2%의 발생률을 보였다. RT-PCR 검정은 ELISA 검정 보다는 적은 시료로 검정을 수행하였지만 ACLSV, ASPV, ASGV 3종 바이러스가 검출되었고 86.3%의 높은 발생률을 보였다. ELISA와 RT-PCR 진단 모두 ASGV > ASPV > ACLSV 순으로 ASGV의 발생률이 높게 나타났지만 발생률에는 ELISA 22.1%, RT-PCR 74.2%로 큰 차이가 있었다. 따라서 배 바이러스 검정은 ELISA 방법 보다 RT-PCR 방법이 바이러스 검출에 적합하다. ASGV가 감염된 신고 잎에서는 부정형의 검은점 증상이 보였으며 ASPV와 ACLSV가 감염된 식물체에서는 별다른 이상증상은 보이지 않았다. RT-PCR로 증폭된 ACLSV, ASPV, ASGV 유전자는 기존에 보고된 바이러스와 83~94%의 상동을 보였고, 특히, ASPV는 국내에서 처음으로 발생이 확인되었다.

• 식물병연구
• /
• 제11권2호
• /
• pp.213-216
• /
• 2005

토마토 반점위조 바이러스(Tomato spotted wilt virus; TSWV)가 2004년 경기도 안양지역에서 토마토, 고추 등을 포함한 14개 채소 작물에서 발생하였다. TSWV검정은 지표식물 검정, IC/RT-PCR, VC/RT-PCR 및 Total RNA를 이용한 RT-PCR방법을 이용하였으며, TSWV가 발생한 작물의 종류는 토마토, 방울 토마토, 고추, 시금치, 치커리, 적치커리, 적겨자, 용설채, 트레비소, 감자, 들깨, 참깨, 호박, 쌈추 이었다. 포장에서의 발생율은 토마토, 고추 등 주요 작물에서 $30\%$에서 $100\%$ 발생하였으며,병징은 대부분 전형적인 원형반점이었으며, 괴저, 위조 및 심한 모자이크 병징으로 진전되었다. TSWV가 발생한 포장에서 채집한 꽃노랑 총채벌레(Frankliniella occidentalis)를 IC/RT-PCR 검정한 결과 감염율이 $90\%$이었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제25권5호
• /
• pp.621-628
• /
• 2012

The FAT-1 protein is an n-3 fatty acid desaturase, which can recognize a range of 18- and 20-carbon n-6 substrates and transform n-6 polyunsaturated fatty acids (PUFAs) into n-3 PUFAs while n-3 PUFAs have beneficial effect on human health. Fat1 gene is the coding sequence from Caenorhabditis elegans which might play an important role on lipometabolism. To reveal the function of fat1 gene in bovine fetal fibroblast cells and gain the best cell nuclear donor for transgenic bovines, the codon of fat1 sequence was optimized based on the codon usage frequency preference of bovine muscle protein, and directionally cloned into the eukaryotic expression vector pEF-GFP. After identifying by restrictive enzyme digests with AatII/XbaI and sequencing, the fusion plasmid pEF-GFP-fat1 was identified successfully. The pEF-GFP-fat1 vector was transfected into bovine fetal fibroblast cells mediated by Lipofectamine2000$^{TM}$. The positive bovine fetal fibroblast cells were selected by G418 and detected by RT-PCR. The results showed that a 1,234 bp transcription was amplified by reverse transcription PCR and the positive transgenic fat1 cell line was successfully established. Then the expression level of fat1 gene in positive cells was detected using quantitative PCR, and the catalysis efficiency was detected by gas chromatography. The results demonstrated that the catalysis efficiency of fat1 was significantly high, which can improve the total PUFAs rich in EPA, DHA and DPA. Construction and expression of pEF-GFP-fat1 vector should be helpful for further understanding the mechanism of regulation of fat1 in vitro. It could also be the first step in the production of fat1 transgenic cattle.

• 한국어병학회지
• /
• 제24권3호
• /
• pp.255-268
• /
• 2011

본 연구에서는 RT-nested PCR을 수행하여 부산 도심의 하천 중 동천에 존재하는 노로바이러스를 검출하고자 하였다. 기존에 보고되어진 노로바이러스의 capsid protein의 염기서열을 비교하여 노로바이러스 genogroup I,II (GI,II) 를 검출하기 위한 새로운 degenerated primer sets (PNK, KGIF/KGIR and KG2F/KG2R) 를 제작하였으며, 채수한 동천 시료를 초고속원심분리기를 통해 농축 후 물 속에 존재하는 노로바이러스의 검출을 시도하였다. 노로바이러스를 검출하기 위해 PCR primer를 비교한 결과 본 연구에서 제작한 capsid protein gene을 target으로 하는 primer set가 기존에 보고되어 있는 primer set보다 동일 시료에 대한 검출빈도가 우수하였다. 동천에 존재하는 노로바이러스의 오염 수준은 GI과 GII가 각각 76.47% (13/17), 70.59% (12/17) 로 나타났다. 그러나 기존에 알려진 primer와 본 연구에서 제작한 primer를 사용하였을 때 검출된 양성비율이 차이가 나지 않았다. 검출된 노로바이러스를 염기서열 비교를 통한 계통 발생학적 분석 결과, 동천에서 검출된 GI의 경우 1/2/4/5/9/10의 genotype이 GII의 경우 3/4/5/11/13의 genotype으로 분류되었다. 그리고 본 연구에서 검출된 major type 중 GII/4의 경우, 최근 아시아 각국에서 많은 문제를 일으키고 있는 major genotype으로 알려져 노로바이러스에 대한 위험성을 제고하게 하였다. 또한, 이러한 결과는 국내의 강, 호수, 하천 등이 비슷한 노로바이러스의 GI,II의 genotype으로 오염되어 있음을 암시하며 수계환경 중 미생물의 질을 개선하기 위한 지속적인 노로바이러스의 모니터링이 요구된다.

• Journal of Veterinary Science
• /
• 제22권6호
• /
• pp.87.1-87.12
• /
• 2021

Background: African swine fever virus (ASFV), classical swine fever virus (CSFV), and porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) are still prevalent in many regions of China. Co-infections make it difficult to distinguish their clinical symptoms and pathological changes. Therefore, a rapid and specific method is needed for the differential detection of these pathogens. Objectives: The aim of this study was to develop a multiplex real-time quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (multiplex qRT-PCR) for the simultaneous differential detection of ASFV, CSFV, and PRRSV. Methods: Three pairs of primers and TaqMan probes targeting the ASFV p72 gene, CSFV 5' untranslated region, and PRRSV ORF7 gene were designed. After optimizing the reaction conditions, including the annealing temperature, primer concentration, and probe concentration, multiplex qRT-PCR for simultaneous and differential detection of ASFV, CSFV, and PRRSV was developed. Subsequently, 1,143 clinical samples were detected to verify the practicality of the assay. Results: The multiplex qRT-PCR assay could specifically and simultaneously detect the ASFV, CSFV, and PRRSV with a detection limit of 1.78 × 10⁰ copies for the ASFV, CSFV, and PRRSV, but could not amplify the other major porcine viruses, such as pseudorabies virus, porcine circovirus type 1 (PCV1), PCV2, PCV3, foot-and-mouth disease virus, porcine parvovirus, atypical porcine pestivirus, and Senecavirus A. The assay had good repeatability with coefficients of variation of intra- and inter-assay of less than 1.2%. Finally, the assay was used to detect 1,143 clinical samples to evaluate its practicality in the field. The positive rates of ASFV, CSFV, and PRRSV were 25.63%, 9.36%, and 17.50%, respectively. The co-infection rates of ASFV+CSFV, ASFV+PRRSV, CSFV+PRRSV, and ASFV+CSFV+PRRSV were 2.45%, 2.36%, 1.57%, and 0.17%, respectively. Conclusions: The multiplex qRT-PCR developed in this study could provide a rapid, sensitive, specific diagnostic tool for the simultaneous and differential detection of ASFV, CSFV, and PRRSV.

• Journal of the Korean Association of Oral and Maxillofacial Surgeons
• /
• 제36권6호
• /
• pp.481-489
• /
• 2010

Introduction: TLR-5, a member of the toll-like receptor (TLR) family, is a element of the type I transmembrane receptors, which are characterized by an intracellular signaling domain homolog to the interleukin-1 receptor. These receptors recognize microbial components, particularly bacterial flagellin. All-trans retinoic acid (atRA, tretinoin), a natural metabolite of vitamin A, acts as a growth and differentiation factor in many tissues, and is also needed for immune functions. In this study, THP-1 human macrophage-monocytes were used to examine the mechanisms by which atRA regulated the expression of TLR-5. Because the molecular mechanism underlying this regulation at the transcriptional level is also unclear, this study examined which putative transcription factors are responsible for TLR-5 expression by atRA in immune cells. Materials and Methods: This study examined whether atRA induces the expression of TLR-5 in THP-1 cells using reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR), and which transcription factors are involved in regulating the TLR-5 promoter in RAW264.7 cells using a reporter assay system. Western blot analysis was used to determine which signal pathway is involved in the expression of TLR-5 in atRA-treated THP-1 cells. Results: atRA at a concentration of 10 nM greatly induced the expression of TLR-5 in THP-1 cells. Human TLR-5 promoter contains three Sp-1/GC binding sites around -50 bp and two NF-kB binding sites at -380 bp and -160 bp from the transcriptional start site of the TLR-5 gene. Sp-1/GC is primarily responsible for the constitutive TLR-5 expression, and may also contribute to NF-kB at -160 bp to induce TLR-5 after atRA stimulation in THP-1 cells. The role of NF-kB in TLR-5 expression was further confirmed by inhibitor pyrrolidine dithiocarbamate (PDTC) experiments, which greatly reduced the TLR-5 transcription by 70-80%. Conclusion: atRA induces the expression of the human TLR-5 gene and NF-kB is a critical transcription factor for the atRA-induced expression of TLR-5. Accordingly, it is conceivable that retinoids are required for adequate innate and adaptive immune responses to agents of infectious diseases. atRA and various synthetic retinoids have been used therapeutically in human diseases, such as leukemia and other cancers due to the antiproliferative and apoptosis inducing effects of retinoids. Therefore, understanding the molecular regulatory mechanism of TLR-5 may assist in the design of alternative strategies for the treatment of infectious diseases, leukemia and cancers.

• 한국수정란이식학회지
• /
• 제31권4호
• /
• pp.335-347
• /
• 2016

Multiple interferon tau (IFNT) genes exist in bovine. An antiluteolytic substance secreted by the bovine conceptus and primarily responsible for maternal recognition of pregnancy is bovine trophoblast protein 1 (bIFNT1), a new type I interferon tau (IFNT) genes. The objectives of this research were to investigate whether multiple, distinct gene encode bIFNT1 and other type I bIFNT gene in the bovine genome and to examine expression of bIFNT1 and other bIFNTc1 mRNAs during conceptus development. These transcrips could be regulated through caudal-related homeobox-2 (CDX2) and ETS2 and/or AP1 (JUN) expression, a transcription factor implicated in the control of cell differentiation in the trophectoderm. The presence of mRNAs encoded by bIFNT1 and type I bIFNTc1 genes were examined quantitatively via reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) analysis of total cellular RNA (tcRNA) extracted from on day 17, 20 and 22 bovine conceptuses. The expression level of bIFNT1 was higher on day 17 transcripts were gradually weakly detectable on day 20 and 22. However, the other bIFNTc1 gene examined transcripts was highly expressed on day 20 and transcripts were weakly detectable on day 17 and 22 bovine conceptuses. Furthermore, human choriocarcinoma JEG3 was co-transfected with an -1kb-bIFNT1/c1-Luc constructs and several transcription factor expression plasmids. Compared to each -1kb-bIFNT1/c1-Luc increased when this constructs were co-transfected with, ETS2, AP1(JUN), CREBBP and/or CDX2. Also, bIFNTc1 gene was had very effect on activity by alone ETS2, and AP1 (JUN) expression factors in choriocarcinoma JEG3 cell. However, bIFNT1 gene expression of the upstream region was not identified. We demonstrated that the activities of bIFN genes are regulated by differential, tissue-specific and developmental competence during pregnancy.

• Clinical and Experimental Pediatrics
• /
• 제49권11호
• /
• pp.1186-1193
• /
• 2006

목 적 : 장바이러스 감염은 하절기에 소아에서 비교적 흔하게 일어나는 바이러스 감염이다. 임상증상으로 비특이적인 열, 무균성 뇌수막염, 위장관 질환, 피부 발진, 수족구병 등을 일으키며 드물게 심근염, 심외막염, 횡단성 척수염, 사지마비 등 치명적으로도 나타날 수 있다. 장바이러스 유행에 대한 보고는 있었으나, 충남지역에서 장바이러스 감염에 대한 조사 및 연구 보고는 이루어지지 않고 있었다. 이에 저자들은 2005년 5월부터 8월까지 장바이러스 감염으로 의심되어 순천향대학교 천안병원에 입원한 소아를 대상으로 역전사 중합효소연쇄반응을 이용하여 원인 바이러스를 파악하고자 본 연구를 시행하였다. 방 법 : 같은 기간 순천향대학교 천안병원 소아과에 입원한 환자 중 임상적으로 장바이러스 감염이 의심되었던 환아 157명을 대상으로 입원 후 급성기에 뇌척수액 또는 분변을 채취하여 장바이러스 세포병변효과 관찰 및 역전사 중합효소연쇄반응검사를 시행하였다. 결 과 : 연구 기간동안 장바이러스 감염이 의심되어 입원하였던 환아는 157명이었고 역전사 중합효소연쇄반응 검사에서 양성을 보인 환아는 32명(20.4%)이었다. 양성 환아 중 남자가 20명, 여자가 12명으로 남녀비는 1.67:1 이었다. 이들의 임상증상은 발열이 93.7%로 가장 많았으며 두통(90.0%), 뇌막자극증상(65.0%), 복통(30.0%) 순이었다. 분리된 장바이러스는 Echovirus 18형 17례, Coxsackievirus B5형 6례 였으며, 그 외 Echovirus 9형 2례, Coxsackievirus A6형 1례, Coxsackievirus B3형 1례 분리되었으며 유전자형이 결정되지 않은 Enterovirus가 5례였다. 결 론 : 이번 연구로 Echovirus 18형을 국내 최초로 분리하였으며, 2005년 하절기에 충남지역에서 Echovirus 18형을 포함한 여러 장바이러스 감염 원인을 알 수 있었다. 향후 장바이러스 감염 환아의 진단 및 치료를 위한 지속적인 역학적 연구가 필요할 것으로 생각된다.