• Journal of Plant Biology
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• 제39권1호
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• pp.49-55
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• 1996

본 연구는 마늘(Allium sativum L.)의 기초적인 유전적 특성을 파악하기 위해, 단양마늘을 대상으로 염색체 DNA의 반복서열의 양상을 확인하고, 고반복서열이 매우 빠르게 reassociation되는 특성을 이용하여 이들에 해당되는 부분을 분리하고, 클로닝하였다. 이들 고반복서열 클론의 게놈 내의 copy수는 대체적으로 $10^{5}~10^{7}$이었다. 이 중 일부 클론의 염기서열과 분석한 결과, G/C 함량은 25~40% 정도로 낮았고, 일부서열의 내부에서는 소단위의 염기서열이 반복배열되어 있었다. 단양을 비롯한 문경, 서산, 의성 품종 사이에서 해당 반복서열의 변이정도를 조사하기 위하여, 다섯종류의 고반복서열을 탐침으로 이들 품종 마늘에 대한 RELP(restriction fragment length polymorphism)분석을 한 결과 이들 서열의 유전적변이는 거의 나타나지 않았다.

• 생태와환경
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• 제33권3호통권91호
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• pp.206-212
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• 2000

남조류 분리균주들은 주어진 배양조건에 따라서 특징적인 세포모양이 결핍되거나 형태가 변형되기 쉽기 때문에, 형태학적으로 종을 정확하게 구분하기 어렵다. 형태학적 지표대신에 단일 혹은 조합된 반복염기를 프라이머로 이용한 repetitive oligonucleotides-primed PCR (ROP-PCR)을 수행하여 담수계 오염을 일으키는 독성 남조류 Anabaena와 Oscillatoria 속의 구성원들의 DNA 밴드양상을 구별하였다. 그람음성 세균에 빈번하게 분포한 것으로 알려진 ERIC및 REP 반복염기, 남조류의 게놈으로부터 파생된 STRRIA와 LTRR 반복염기, 그리고 진핵생물의 반복염기를 이용하여 수행한 ROP-PCR은 남조류 분리균주들의 특이적이고 반복적인 DNA 지문 및 뚜렷한 유전형을 동정하게 하였다. 분리균주의 그룹분석은 ROP-PCR에 이용된 프라이머에 따라서 유의성있는 차이를 나타내었다.

• 한국동물학회:학술대회논문집
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• 한국동물학회 1999년도 한국생물과학협회 학술발표대회
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• pp.89.2-89
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• 1999

No Abstract, See Full Text

• BMB Reports
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• 제45권2호
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• pp.126-131
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• 2012

We have previously identified a DNA silent region located downstream of the 3'-end of the ${\beta}^{major}$ globin gene (designated B1-559) that contains a B1 retrotransposon, consensus binding sites for erythroid specific transcription factors and shares the capacity to act as promoter in hematopoietic cells interacting with ${\beta}$-globin gene LCR sequences in vitro. In this study, we have cloned four new non-polyA RNA transcripts being detected upon blockade of murine erythroleukemia (MEL) cell differentiation to erythroid maturation by methylation inhibitors and demonstrated that two of them share high structural homology with sequences of B1 element found within the B1-559 region. Although it is not clear yet whether and how these RNAs interfere with induction of erythroid maturation, these data provide evidence for the first time showing that methylation inhibitors can activate silent repetitive DNA sequences in MEL cells and may have implications in cancer chemotherapy using demethylating drugs as antineoplastic agents.

• 한국수산과학회지
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• 제44권4호
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• pp.352-358
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• 2011

The presence of ISKNV-like viruses in various freshwater ornamental fish species imported from Asia was confirmed by polymerase chain reaction(PCR) amplification of the ATPase(adenosine triphosphatase) gene. Interestingly, molecular analyses of the Open Reading Frame 25(ORF25) region of these isolates based on the ISKNV(Infectious spleen and kidney necrosis virus) genome revealed the presence of various repetitive sequences. ORF25 repeat sequence length had no effect on cumulative mortality of rock bream Oplegnathus fasciatus challenged with tissue homogenates of infected pearl gourami, Trichogaster leeri; silver gourami, Trichogaster microlepis; blue gourami, or Trichogaster trichopterus. All isolates induce cumulative mortalities after 12 days of infection, confirming that ORF25 polymorphism did not affect the pathogenicity of ornamental fish megalocytiviruses that cross infect rock bream, a seawater fish. Also, no statistically significant differences in spleen index or viral copy number in infected tissues was detected between isolates with varying ORF25 repeat sequence lengths. However, further studies are necessary to fully characterize the functional characteristics of these polymorphisms in megalocytivirus disease in ornamental fishes.

• Genomics & Informatics
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• 제12권4호
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• pp.261-267
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• 2014

MicroRNAs (miRNAs) are known for their role in mRNA silencing via interference pathways. Repetitive elements (REs) share several characteristics with endogenous precursor miRNAs. In this study, 406 previously identified and 1,494 novel RE-derived miRNAs were sorted from the GENCODE v.19 database using the RepeatMasker program. They were divided into six major types, based on their genomic structure. More novel RE-derived miRNAs were confirmed than identified as RE-derived miRNAs. In conclusion, many miRNAs have not yet been identified, most of which are derived from REs.

• 한국식물병리학회지
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• 제12권4호
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• pp.389-394
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• 1996

도열병균, Magnaporthe grisea, 균주간의 유전적 유연관계를 분석하고 그들의 유전에 관한 '기본 정보를 얻고자 DNA polymorphism 분석을 실시하였다. 기주가 다른 도열병 균주들이 공시되었고 cloning에 의해 벼 도열병균 KJ201레이스 균주로부터 생성된 임의 선발 genomic clone들이 공시균주들간의 polymorphism을 밝히기 위해 사용되었던 바 그중 repectitive sequence를 보유한 repeated copy clone 하나가 선발되었다. Clone pMJ6에 의해 밝혀진 repetitive sequence는 Southern hybridization시 벼 분리균주에는 약 30개, 다른 기주 분리균에도 20∼33개의 밴드를 형성하였다. 반면 피 분리균주에는 단지 두 개의 밴드만을 나타내 분리기주가 다른 균주간에 뚜렷한 polymorphism이 존재하였으며 parsimony 분석에서도 역시 아주 먼 cluster를 형성하여 피 분리균은 다른 기주 분리균과 유전적으로 상당히 먼 것으로 추정되었다. 공시균의 genomic DNA를 HindIII로 처리했을 때 pMJ6에 의한 밴드양상은 공시균을 EcoRI으로 처리했을 때의 MGR probe의 밴드 양상과 유사하여 이 repeated copy clone이 도열병균주간의 유전적 유연관계를 분석하는데 MGR 못지않게 유용할 것으로 보인다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제22권1호
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• pp.13-24
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• 2012

The genetic diversity of plant growth-promoting rhizobacterial (PGPR) fluorescent pseudomonads associated with the sugarcane (Saccharum officinarum L.) rhizosphere was analyzed. Selected isolates were screened for plant growthpromoting properties including production of indole acetic acid, phosphate solubilization, denitrification ability, and production of antifungal metabolites. Furthermore, 16S rDNA sequence analysis was performed to identify and differentiate these isolates. Based on 16S rDNA sequence similarity, the isolates were designated as Pseudomonas plecoglossicida, P. fluorescens, P. libaniensis, and P. aeruginosa. Differentiation of isolates belonging to the same group was achieved through different genomic DNA fingerprinting techniques, including randomly amplified polymorphic DNA (RAPD), amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA), repetitive extragenic palindromic (REP), enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC), and bacterial repetitive BOX elements (BOX) analyses. The genetic diversity observed among the isolates and rep-PCR-generated fingerprinting patterns revealed that PGPR fluorescent pseudomonads are associated with the rhizosphere of sugarcane and that P. plecoglossicida is a dominant species. The knowledge obtained herein regarding the genetic and functional diversity of fluorescent pseudomonads associated with the sugarcane rhizosphere is useful for understanding their ecological role and potential utilization in sustainable agriculture.

• 한국식품과학회지
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• 제37권4호
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• pp.611-617
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• 2005

본 연구에서는 E. coli. Salmonella, Shigella, Vibrio 등 4속의 주요 식중독유발 그람 음성 세균들을 대상으로 반복성 염기서열인 REP DNA sequence를 응용한 REP-PCR을 실시하였다. 이전의 보고에서 이들 4속의 식중독 유발세균 중 각각 혹은 일부를 대상으로 반복성 염기서열을 이용한 PCR을 적용한 사례는 있지만 그때 적용한 primer, PCR 반응조건 및 전기영동조건 등이 다양하였다. 그러므로 본 연구에서는 이와같은 4속의 세균들에 대하여 최적화된 동일한 primer와 PCR 반응조건 및 전기영동조건을 표준조건으로서 적용하였다. 그 결과로서 모든 4속의 식중독 세균 균주마다 REP-PCR 후 생성되는 fingerprinting pattern에서 속마다 1-3개의 공통적이며 독특한 band가 생성되는 것이 확인되어 이러한 pattern을 이용한 속 수준의 분리 동정과 그와 같은 주요 band들 이외의 부수적인 band들을 고려하여 종 수준까지의 분리도 가능함을 확인하였다. 따라서 본 연구를 통하여 반복적 DNA 염기서열을 이용한 REP-PCR이 주요 식중독 세균의 분리 동정 방법으로 사용될 수 있음을 확인하였다. 또한 본 연구를 통하여 얻은 결과는 더 많은 속(genus)의 식중독세균을 대상으로 한 새로운 분리 동정 방법을 확립하기 위하여 사용될 수 있을 것이다.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 1995년도 Proceedings of special lectures on Molecular Biological Approaches to Plant Disease National Agricultural Science and Technology Institute Suwon, Korea
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• pp.1-19
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• 1995

The plasmid pJEL 101 contains a highly repetitive element from the genome of Xanthomonas oryae pv. oryzae that has properties of an insertional element. The insertional nature of the element, hereto referred to as IS203, was confirmed by molecular analyses of the element and three related elements that were isolated from X. oryzae. The related sequences were isolated on the basis of transposition to the transposon-trapping vector pL3SAC and hybridization with pJEL101. The trapped elements (IS203a, IS203b, and IS203c) were each composed of 1,055 base pairs with 25 base terminal inverted repeats. The elements caused a three base pair target site duplication at the site of insertion in the sacRB gene. The sequence of pJEL 101 has 96% base pair identity with IS203a and 99% identity with IS203a and IS203c but lacks three nucleotides of the consensus left terminal repeat. IS203b has the same DNA sequences as IS203c but is inserted ito the sacRB gene in the opposite orientation. The longest open reading frame of IS203a could code for a protein of 318 amino acids and molecular weight of 37, 151. A search of the Genbank database revealed that IS203 has 51% identity with 909 nucleotides of IS4551 from Escherichia coli. The predicted protein of ORF1 has 40% and 30% amino acid identity to the ORF1 of Tn4551 and the transposase of IS30, respectively.