• 제목/요약/키워드: real-time quantitative PCR (RT-qPCR)

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파브리병의 바이오마커 발굴을 위한 파브리 마우스와 세포모델에서의 microRNA 발현 분석 (MicroRNA Expression Profiling in Cell and Mouse Models of Fabry Disease to Identify Biomarkers for Fabry Disease Nephropathy)

  • 정남희;박세영;전여진;최윤영;정성철
    • 대한유전성대사질환학회지
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    • 제15권3호
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    • pp.127-137
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    • 2015
  • 본 연구에서는 파브리병의 마우스 모델과 세포모델을 대상으로 miRNA expression microarray를 적용시켜 질환 모델과 정상 대조군 간의 전체 miRNA의 발현 차이를 조사하였고, 발현량에서 차이를 보인 특정 miRNA를 선별한 후, 해당 miRNA의 표적 유전자의 발현량 변화를 살펴보아 파브리병의 신장병변에 대한 바이오마커 발굴과 발병기전을 알아보고자 하였다. MicroRNA array 결과, 파브리 마우스 신장 조직의 경우, 1,247개의 분석 대상 miRNA 중 5개가 발현이 증가되어 있으며 3개가 발현이 감소되어 있음을 확인하였다. 그 중에서 miR-149-5p의 발현이 파브리 마우스의 신장에서 2배 이상 감소되어 있으며, 특히 35주령 이하의 파브리 마우스에서 이러한 감소현상이 나타남을 확인하였고, 또한 lyso-Gb3를 처리하여 배양한 SV40 MES 13 세포에서도 miR-149-5p의 발현이 감소됨을 알 수 있었다. miR-149-5p의 발현감소는 EMT와 관련된 유전자의 발현을 증가시킴을 확인하였다. 본 연구를 통해 miR-149-5p의 생체지표로서의 가능성과 함께 miR-149-5p의 발현감소가 EMT를 통한 파브리병에서의 사구체 섬유화에 관여할 것이라는 가능성을 제시하고 있다.

담관결찰 쥐 모델에서 태반유래중간엽줄기세포 이식에 의한 miRNA 표적 인테그린 변화의 간재생 효과 (Alteration of MicroRNAs Targeted Integrins by PD-MSCs Transplantation Is Involved in Hepatic Regeneration in a Rat Model with BDL)

  • 박소혜
    • 생명과학회지
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    • 제31권8호
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    • pp.710-718
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    • 2021
  • 태반유래 중간엽줄기세포(PD-MSCs)는 재생의학에서 세포기반치료제로 잘 알려진 세포군이다. PD-MSCs의 손상된 부위로의 이동과 호밍 기능은 MSC 생착의 중요한 특성이다. miRNA는 최근 MSC의 증식, 생존 이동과 같은 중요한 기능을 조절하는 것으로 알려져 있다. 본 연구의 목적은 담관결찰(BDL) 쥐 모델에서 PD-MSCs 호밍에 관련된 miRNA 및 표적 유전자를 동정하는 것으로, 마이크로어레이 분석을 이용하여 PD-MSCs 호밍에 관여하는 유전자 표적 miRNA를 선별하였다. BDL 쥐모델에 PD-MSCs을 이식한 일주일 후 간 조직에서 PD-MSCs 생착여 부는 면역형광분석법과 qRT-PCR에 의한 인간 Alu유전자 발현으로 확인되었다. 저산소 및 정상조건(Hyp/Nor)에서 이동한 PD-MSC에 비하여, PD-MSCs 이식한 BDL군 간 조직에서 miRNAs 발현의 차이가 크게 나타났으며, PD-MSCs 호밍 관련 miRNA와 표적유전자를 검증하였다. miR199a-5p 및 miR-148a-3p에 대한 표적 유전자 인테그린 α4 (ITGA4)와 α5 (ITGA5)의 발현은 이식(Tx)그룹에서(p<0.05) 유의하게 상향 조절되었다. 또한 인테그린 β1 (ITGB1)과 β8 (ITGB8)의 발현은 miR-183-5p 및 miR-145-5p억제에 의하여 크게 증가되었다. 따라서 이러한 결과는 BDL에 의해 손상된 쥐간에서 PD-MSCs가 호밍효과을 위해 인테그린 그룹과 관련된 miRNA 발현 조절에 관여함을 나타내었다. 본 연구결과는 miRNA에 의한 인테그린 그룹 조절기능이 BDL에 의해 유도된 간섬유증 쥐모델에서 PD-MSCs의 치료효과에 기여할 수 있음을 시사한다.

유산 및 글루코노락톤 혼합물을 함유하는 수중유형 나노에멀젼의 피부장벽개선 효과 (Effect of Oil in Water Nanoemulsion Containing a Mixture of Lactic Acid and Gluconolactone for Skin Barrier Improvement)

  • 홍지혜;최영덕;이계원;조영호
    • 생명과학회지
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    • 제33권11호
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    • pp.905-914
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    • 2023
  • 본 연구에서는 lactic acid (LA) 및 gluconolactone (GL)의 피부 장벽 개선 효능을 평가하기 위하여 피부세포에서 필라그린, 로리크린, hyaluronic acid (HA), hyaluronan synthase-2 (HAS2), aquaporine-3 (AQP3)의 발현량 및 임상시험을 통한 수분 함유량과 경표피수분손실량(transepidermal water loss, TEWL)을 평가하였다. 장벽 기능(필라그린, 로리크린)과 보습 기능(HA, HAS2, AQP3)에 관련된 인자들의 발현량을 qRT-PCR과 Western blot으로 측정한 결과, H2O2 처리에 의해 감소된 인자들의 발현량이 LA, GL 및 혼합물 처리로 mRNA전사량과 단백질 발현량을 유의적으로 증가하는 것으로 나타났다(p<0.05). LA와 GL 혼합물을 함유하는 나노에멀젼을 에멀젼 반전법으로 제조한 결과 평균 입자 크기는 299.9±0.287 nm로 확인되었다. 나노에멀젼의 TEWL을 Vapometer로 측정한 결과, 제품 사용 2주 후 및 제품 사용 4주 후에 제품 사용 전에 비하여 각각 15.53%, 26.73% 정도 TEWL이 감소하는 것으로 나타났다(p<0.001). 나노에멀젼의 피부 수분함유량을 Corneometer로 측정한 결과, 제품 사용 2주 후 및 제품 사용 4주 후에 제품 사용 전에 비하여 각각 15.40%, 26.59% 정도 수분 함유량이 유의적으로 증가하는 것으로 나타났다(p<0.001). 따라서 LA 및 GL의 피부 장벽 기능 및 보습 효과는 피부 보습 관련 단백질인 HA, HAS2 및 AQP3 발현 증가와 피부 장벽 기능의 주요인자인 필라그린과 로리크린의 발현 증가를 통한 수분 함유량 증가 및 TEWL 감소에 의해 나타나는 것으로 기능성 화장품 소재로서의 개발 가능성을 제시한다.

어린 돌기해삼 Apostichopus japonicus (Echinodermata; Holothuroidea) 방류 방법에 따른 열충격단백질90 유전자의 발현 분석 (Heat Shock Protein 90 Gene Expression in Juvenile Sea Cucumber Apostichopus japonicus (Echinodermata; Holothuroidea) according to Releasing Methods)

  • 이동한;이승헌;정동빈;손영창
    • 한국해양생명과학회지
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    • 제7권1호
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    • pp.29-36
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    • 2022
  • 돌기해삼 Apostichopus japonicus는 주요 양식 대상 무척추동물로서 우리나라 연안 해역에 서식하고 있다. 본 연구는 방류 방법에 따른 단기간의 생리학적 스트레스 정도를 평가하기 위하여 heat shock protein 90 (HSP90) 유전자의 발현 변화를 실시간 정량적 중합효소연쇄반응법으로 조사하였다. 어린 돌기해삼을 비닐봉지에 산소 포장하여 30분간 수송하거나 방류 해역의 간조기에 1시간 공기 중에 노출된 실험군의 HSP90 유전자 발현은 대조군의 HSP90 유전자 발현에 비하여 통계학적으로 유의미하게 증가하였다(수송 후 실험군 p=0.001; 간조기 실험군 p=0.032). 어린 돌기해삼을 방류 후 6시간까지 분석한 결과, 선상에서 씨뿌림 방식으로 방류된 6시간째의 개체 및 호스를 통과하여 수중으로 방류된 2~6시간째의 HSP90 유전자 발현율은 대조군에 비하여 약간 감소하는 경향을 보였다(씨뿌림 실험군 p=0.069; 호스 방류군 p=0.093). 한편, 잠수부에 의해 수중에서 방류된 어린 돌기해삼은 방류 후 시간이 경과할수록 HSP90 유전자 발현율은 증가하는 패턴이 관찰되었다(p=0.061). 이상의 결과는 방류된 어린 돌기해삼의 단기간 스트레스 반응 연구와 효과적인 방류 방법의 개발에 HSP90 유전자 발현이 유용하게 사용될 수 있음을 시사한다.

LPS로 자극된 RAW 264.7 세포에서 찹쌀떡버섯 균사체로 생물전환된 루모라고사리 추출물의 항염증 효과 (Anti-inflammatory Effects of Rumohra adiantiformis Extracts Fermented with Bovista plumbea Mycelium in LPS-stimulated RAW 264.7 Cells)

  • 홍지혜;장은서;길명철;이계원;조영호
    • 생명과학회지
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    • 제33권6호
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    • pp.471-480
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    • 2023
  • 본 연구에서는 LPS로 자극된 RAW 264.7 세포에서 생물전환 루모라고사리 추출물(B-RAE)의 항염증 효과 및 작용기전을 연구하였다. B-RAE의 총 폴리페놀과 총 플라보노이드 함량을 측정한 결과 379.26±7.77 mg/g과 50.85±3.08 mg/g으로 각각 나타났다. B-RAE의 항산화효과를 측정한 결과 DPPH, ABTS, superoxide anion radical을 농도의존적으로 소거하는 것으로 확인되었다. 또한, B-RAE는 세포생존에 영향을 미치지 않으면서 NO 생성을 처리 농도의존적으로 저해하였다. 전염증성 사이토카인(TNF-α, IL-1β, IL-6) 발현에 미치는 영향을 정량적 실시간 PCR로 측정한 결과 전염증성 사이토카인의 mRNA발현량을 LPS 처리군과 비교하여 B-RAE 처리 농도 의존적으로 유의성 있게 감소시키는 것으로 나타났다. 염증 관련 단백질(iNOS, COX-2)의 발현 및 전사인자인 NF-κB와 MAPK 신호경로 단백질의 인산화에 미치는 영향을 Western blot분석으로 평가하였다. 그 결과 LPS 처리에 의하여 증가된 iNOS와 COX-2의 발현을 유의적으로 억제하였다. 또한, LPS 처리에 의하여 증가된 NF-κB와 IκB의 인산화가 B-RAE 처리에 의하여 감소되는 것으로 나타났다. MAPK 신호경로 단백질의 인산화에 미치는 영향을 측정한 결과 ERK와 p38 MAPK 단백질의 인산화는 농도의존적으로 감소하는 것으로 나타났으나 JNK의 인산화는 증가하는 것으로 나타났다. 따라서 이러한 B-RAE의 항염증 효과는 높은 항산화 활성, iNOS와 COX-2 발현 억제를 통한 NO 생성 억제, NF-κB경로 저해, MAPK 신호경로 조절 및 전염증성 사이토카인 발현 저해에 의해 가능하다는 것을 제시한다.

Characterizing Milk Production Related Genes in Holstein Using RNA-seq

  • Seo, Minseok;Lee, Hyun-Jeong;Kim, Kwondo;Caetano-Anolles, Kelsey;Jeong, Jin Young;Park, Sungkwon;Oh, Young Kyun;Cho, Seoae;Kim, Heebal
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제29권3호
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    • pp.343-351
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    • 2016
  • Although the chemical, physical, and nutritional properties of bovine milk have been extensively studied, only a few studies have attempted to characterize milk-synthesizing genes using RNA-seq data. RNA-seq data was collected from 21 Holstein samples, along with group information about milk production ability; milk yield; and protein, fat, and solid contents. Meta-analysis was employed in order to generally characterize genes related to milk production. In addition, we attempted to investigate the relationship between milk related traits, parity, and lactation period. We observed that milk fat is highly correlated with lactation period; this result indicates that this effect should be considered in the model in order to accurately detect milk production related genes. By employing our developed model, 271 genes were significantly (false discovery rate [FDR] adjusted p-value<0.1) detected as milk production related differentially expressed genes. Of these genes, five (albumin, nitric oxide synthase 3, RNA-binding region (RNP1, RRM) containing 3, secreted and transmembrane 1, and serine palmitoyltransferase, small subunit B) were technically validated using quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) in order to check the accuracy of RNA-seq analysis. Finally, 83 gene ontology biological processes including several blood vessel and mammary gland development related terms, were significantly detected using DAVID gene-set enrichment analysis. From these results, we observed that detected milk production related genes are highly enriched in the circulation system process and mammary gland related biological functions. In addition, we observed that detected genes including caveolin 1, mammary serum amyloid A3.2, lingual antimicrobial peptide, cathelicidin 4 (CATHL4), cathelicidin 6 (CATHL6) have been reported in other species as milk production related gene. For this reason, we concluded that our detected 271 genes would be strong candidates for determining milk production.

난소암 세포주의 CD44 발현에 미치는 Cucurbitacin-I의 효과 (Cucurbitacin-I, a Naturally Occurring Triterpenoid, Inhibits the CD44 Expression in Human Ovarian Cancer Cells)

  • 서희원;김진경
    • 생명과학회지
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    • 제28권6호
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    • pp.733-737
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    • 2018
  • 박과 작물에 함유되어 있는 tetracyclic triterpene 성분 중 하나인 쿠쿠르비타신(cucurbitacin)-I는 대장암, 유방암, 간암세포에서의 항종양 활성이 밝혀져 있으나 난소암에서의 쿠쿠르비타신-I의 역할은 보고된 바 없다. CD44는 세포막에 존재하는 당단백질로 생체 내 리간드인 glycosaminoglycan hyaluronic acid를 통해 세포 외부 매트릭스와 다른 세포와의 접촉을 매개한다. 최근 연구에 의해 CD44의 발현이 난소암세포의 증식 및 세포 부착과 침윤을 증가시키는 주요 원인이라는 것이 보고되었다. 이러한 결과는 CD44의 발현을 억제함으로써 난소암의 진행을 조절할 수 있음을 시사하고 있다. 본 연구에서는 쿠쿠르비타신-I가 난소암세포의 CD44의 발현을 억제할 수 있는 지의 여부를 조사하였다. 인간의 난소암 세포인 SKOV-3를 이용한 MTS assay를 수행한 결과, 쿠쿠르비타신-I는 100 nM이상의 농도에서 세포독성을 나타내었다. 세포독성을 나타내지 않는 농도의 쿠쿠르비타신-I를 SKOV-3 세포에 처리하여 Western blot 분석과 qRT-PCR을 수행한 결과, 쿠쿠르비타신-I에 의해 CD44의 단백질과 mRNA의 발현이 유의적으로 감소되는 것을 확인하였다. 또한 쿠쿠르비타신-I에 의한 CD44의 발현 억제가 $NF-{\kappa}B$와 AP-1의 인산화 감소에 기인하고 있음을 밝혔다. 이러한 결과는 쿠쿠르비타신-I가 CD44 발현을 억제하는 기능을 가지며, 이는 난소암 치료에 도움을 줄 수 있는 제재로서 쿠쿠르비타신-I의 가능성을 제시하는 것이다.

$In$ $vitro$ development and gene expression of frozen-thawed 8-cell stage mouse embryos following slow freezing or vitrification

  • Shin, Mi-Ra;Choi, Hye-Won;Kim, Myo-Kyung;Lee, Sun-Hee;Lee, Hyoung-Song;Lim, Chun-Kyu
    • Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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    • 제38권4호
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    • pp.203-209
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    • 2011
  • Objective: This study was performed to compare the efficiency of slow freezing and vitrification based on survival, development to blastocysts, and cell numbers of blastocysts. Changes in embryonic gene expression in fresh and frozen-thawed embryos were also examined. Methods: Eight-cell stage embryos were collected from superovulated female BDF1 mice. The collected embryos were randomly divided into three groups. One group was maintained as fresh controls (n=42), one was frozen by slow freezing (n=43), and one was cooled by vitrification (n=43). After thawing or cooling, survival rates, development to blastocyst, and cell numbers and inner cell mass (ICM) cell numbers of blastocysts were compared with those of the control group. The expressions of eight genes ($Rbm3$, $Birc5$, $Sod1$, $Sod2$, $Cirbp$, $Caspase3$, $Trp53$, $Hsp70.1$) were examined by real time-quantitative polymerase chain reaction in the fresh and frozen-thawed embryos. Results: There were no significant differences in the slow freezing and vitrification groups' survival rate after thawing (88.4% vs. 88.4%), development to blastocyst (100% vs. 97.4%), cell numbers ($107.0{\pm}21.0$ vs. $115.0{\pm}19.7$), or ICM cell numbers of blastocysts ($11.3{\pm}5.2$ vs. $11.1{\pm}3.7$). Cell numbers of blastocysts were significantly ($p$ <0.05) lower in the frozen-thawed embryos than the fresh embryos. There were no significant differences in the slow freezing and the vitrification groups' expressions of the eight genes. The expressions of $CirbP$ and $Hsp70.1$ were higher in the frozen-thawed embryos than in the fresh embryos but there were no significant differences. Conclusion: These results suggest that there were no significant differences between embryos that underwent slow freezing and vitrification.

Expression Levels of Tetraspanin KAI1/CD82 in Breast Cancers in North Indian Females

  • Singh, Richa;Bhatt, Madan Lal Brahma;Singh, Saurabh Pratap;Kumar, Vijay;Goel, Madhu Mati;Mishra, Durga Prasad;Srivastava, Kirti;Kumar, Rajendra
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제17권7호
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    • pp.3431-3436
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    • 2016
  • Background: Carcinogenesis is a multifaceted intricate cellular mechanism of transformation of the normal functions of a cell into neoplastic alterations. Metastasis may result in failure of conventional treatment and death Hence, research on metastatic suppressors in cancer is a high priority. The metastatic suppressor gene CD82, also known as KAI1, is a member of the transmembrane 4 superfamily which was first identified in carcinoma of prostate. Little work has been done on this gene in breast cancer. Herein, we aimed to determine the gene and protein level expression of CD82/KAI1 in breast cancer and its role as a prognosticator. Materials and Methods: In this study, 83 histologically proven cases of breast cancer and a similar number of controls were included. Patient age ranged from 18-70 years. Quantitative Real Time Polymerase Chain Reaction (q-RT PCR) and immunohistochemistry (IHC) were used to investigate KAI1 expression at gene and protein levels, respectively. Statistical analysis was done to correlate expression of KAI1 and clinicopathological parameters. Results: It was revealed that: (i) KAI1 was remarkably diminished in metastatic vs non metastatic breast cancer both at the gene and the protein levels (P < .05); (ii) KAI1 expression levels were strongly correlated with TNM staging, histological grade and advanced stage (p<0.001) and no association was found with any other studied parameter; (iii) Lastly, a significant correlation was observed between expression of KAI1 and overall median survival of BC patients (P = 0.04). Conclusions: Our results suggest that lack of expression of the KAI1 might indicate a more aggressive form of breast cancer. Loss of KAI1 may be considered a significant prognostic marker in predicting metastatic manifestation. When evaluated along with the clinical and pathological factors, KAI1 expression may be beneficial to tailor aggressive therapeutic strategies for such patients.

Four Novel Synthetic Tryptamine Analogs Induce Head-Twitch Responses and Increase 5-HTR2a in the Prefrontal Cortex in Mice

  • Abiero, Arvie;Ryu, In Soo;Botanas, Chrislean Jun;Custodio, Raly James Perez;Sayson, Leandro Val;Kim, Mikyung;Lee, Hyun Jun;Kim, Hee Jin;Seo, Joung-Wook;Cho, Min Chang;Lee, Kun Won;Yoo, Sung Yeun;Jang, Choon-Gon;Lee, Yong Sup;Cheong, Jae Hoon
    • Biomolecules & Therapeutics
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    • 제28권1호
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    • pp.83-91
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    • 2020
  • Tryptamines are monoamine alkaloids with hallucinogenic properties and are widely abused worldwide. To hasten the regulations of novel substances and predict their abuse potential, we designed and synthesized four novel synthetic tryptamine analogs: Pyrrolidino tryptamine hydrochloride (PYT HCl), Piperidino tryptamine hydrochloride (PIT HCl), N,N-dibutyl tryptamine hydrochloride (DBT HCl), and 2-Methyl tryptamine hydrochloride (2-MT HCl). Then, we evaluated their rewarding and reinforcing effects using the conditioned place preference (CPP) and self-administration (SA) paradigms. We conducted an open field test (OFT) to determine the effects of the novel compounds on locomotor activity. A head-twitch response (HTR) was also performed to characterize their hallucinogenic properties. Lastly, we examined the effects of the compounds on 5-HTR1a and 5-HTR2a in the prefrontal cortex using a quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) assay. None of the compounds induced CPP in mice or initiated SA in rats. PYT HCl and PIT HCl reduced the locomotor activity and elevated the 5-HTR1a mRNA levels in mice. Acute and repeated treatment with the novel tryptamines elicited HTR in mice. Furthermore, a drug challenge involving a 7-day abstinence from drug use produced higher HTR than acute and repeated treatments. Both the acute treatment and drug challenge increased the 5-HTR2a mRNA levels. Ketanserin blocked the induced HTR. Taken together, the findings suggest that PYT HCl, PIT HCl, DBT HCl, and 2-MT HCl produce hallucinogenic effects via 5-HTR2a stimulation, but may have low abuse potential.