• 한국자원식물학회지
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• 제16권1호
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• pp.55-60
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• 2003

암$.$수 개체 사이에 상이한 성염색체 조성을 지니는 자웅 이주 식물인 수영 (Rumex acetsa L.)에서 120개 의 10-mer random primer를 이용하여 RAPD 분석을 수행하였다. 적용한 primer들 중 24개의 primer 에서 34개의 암$.$수 특이 밴드가 관찰되었다 암 개체 특이 밴드는 16개였으며, 수 개체 특이 밴드는 18개로 나타났다. 특히 OPC-10 primer로부터 얻은 1,440 bp인 DNA 단편은 수 개체 특이적으로 나타났다. 본 연구에서 얻어진 성 특이적인 RAPD 마커들은 식물에서 성 결정 메커니즘 구명의 기본 자료로 활용될 수 있을 것이다.

• 한국식품영양학회지
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• 제17권3호
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• pp.254-259
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• 2004

Primer 20가지로 Listeria spp.에 대해 screening을 하여 병원균인 L. monocytogenes를 구별하게 하는 RAPD-PCR의 band pattern을 나타내는 10-mer random primer가 OPG-13이 라는 것을 알았다. OPG-13은 GC%가 70%이므로 계산상으로는 annealing 온도가 34$^{\circ}C$이다. 32～36$^{\circ}C$까지 다섯 가지의 온도로 annealing한 결과 L. monocytogenes만이 갖는 특정한 크기의 band가 역시 34$^{\circ}C$에서 형성됨을 알아냈고, 34$^{\circ}C$를 annealing 온도로 정하였다. Line 1부터 4까지 1. monocytogenes ATCC15313, 19111, 19112, 19113은 2개의 700 bp와 1500 bp band를 형성하였고 그 밖의 Listeria spp.들 Line 6부터 11까지 L. ivanovii ATCC 19119, L. grayi ATCC19120, L. murrayi ATCC25401, L. innocua ATCC33090, L. welshimeri ATCC35897, L. seeligeri ATCC35967은 약 2,000 ～ 2,300 bp크기 한 개의 band를 보여 병원성 균과 비병원성 균이 매우 확실하게 구분되는 band pattern이 나타나는 이러한 결과로 10-mer random primer인 OPG-13을 이용한 RAPD-PCR 방법이 병윈균인 L. monocytogenes를 검색하는데 이용될 수 있음을 확인할 수 있었다.

• 한국어병학회지
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• 제16권1호
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• pp.51-59
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• 2003

Streptococcal infection is one of the most serious disease of cultured olive flounder, Paralychthys olivaceus in Korea and caused by more than one species. However, there has been considerable confusions about the taxonomic position of the fish pathogenic streptococci. In this study, We performed the randomly amplified polymorphic DNA(RAPD) pattern analysis to evaluate the possible classification in 8 streptococci isolated from diseased olive flounder and reference strains based on their DNA structure. RAPD PCR with DNA solution prepared by simple boiling and 10-mer random primer was appeared to be a good tool for discrimination of different streptococcal strains. Phenotypical characters by simple biological test and API 20 Strep corresponded well to the specific profiles of RAPD in streptococcal isolates of this study. Therefore, the RAPD profile was considered as one of differential characters to discriminate the streptococcal isolates from diseased olive flounder.

• 생명과학회지
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• 제14권3호
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• pp.521-524
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• 2004

본 연구는 short oligonucleotide primer를 이용하여 마 품종간 유전 분석을 실시 하고자 PCR증폭 기법을 확립하고, 확립된 기술을 이용하여 제주도에 사육중인 천념기념물 347호로 등록된 제주말과 경주마로 잘 알려진 더러브렛간의 유전적인 다양성을 분석한 결과 마 품종간 차이를 보이는 DNA marker는 9개의 primer에서 확인되었으며, 이중 6개의 primer에서 더러브렛 특이 밴드와 나머지 3개에서 제주 마 특이 RAPD 밴드가 확인되어 cloning과 sequencing후에 SCAR primer를 제작하여 마 품종 식별에 활용할 수 있을 것으로 사료되며, 본 연구결과 RAPD표지인자는 마 품종간의 유전 분석에 매우 유용한 것으로 판단되었다.

• 농업과학연구
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• 제33권1호
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• pp.1-10
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• 2006

본 연구는 개발된 품종 특이적인 DNA 표지인자를 이용하여 한우와 비한우의 고기를 판별하고자 하였다. 한우와 유럽종 고기소들의 유전적 차이를 Random amplified polymorphic DNA(RAPD) 분석으로 조사한 바, 홀스타인, 헤어포드, 에버딘엥거스, 리모진 및 시멘탈과 같은 한우가 아닌 유럽 종들의 RAPD 패턴들은 동일하였으나, 한우는 이들과 다른 패턴을 보였다. 한우는 유럽종들에서 모두 검출된 특정의 밴드가 발견되지 않았다. 1.4Kbp인 밴드는 한우와 수입소 고기를 판별해 낼 수 있는 유용한 DNA 표지인자로 인정되었다. 실제로, 한우 673 마리, 홀스타인 141 마리의 혈액시료 및 수입육 115의 고기시료를 가지고 시행한 실험에서 그 DNA 표지인자는 비한우에서는 256두 중 245두에서 검출되었으나, 한우에서는 673두 중 644두의 시료에서 검출되지 않아서, 비한우의 검출율은 95%, 한우의 비검출율은 96%를 보였다. 이러한 결과는 그 DNA 표지인자를 이용하여 한우와 비한우 고기를 판별할 수 있음을 시사하였다. 그러나 두 품종 사이의 교잡종은 한우나 비한우의 RAPD 패턴 중에서 한 가지를 무원칙하게 선택하여 나타내고 있으므로, 이러한 DNA 표지인자만으로서는 판별하기가 어려웠다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제39권1호
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• pp.43-48
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• 2001

We have studied the genetic differences among four isolates of Trichinella including a new strain of Trichinella spiralis (ISS 623) recently found from a human case who took a badger in Korea. Because they have a different host origin and came from geographically separated regions, we supposed the genetic pattern of the isolates might be different as had been previously reported. It was analysed by PCR-RFLP analysis of the rDNA repeat that can readily distinguish a species or strain from others. Isolated genomic DNA of each isolate of Trichinella larvae was amplified with ITSl specific primers and digested with restriction endonucleases. The PCR product of ITSl was confirmed using Southern blot analysis to be a 910 Up fragment. The restriction fragments of each isolate had variable patterns when it was digested with Rsa I only. According to the RFLP patterns, the estimated genetic divergence between each isolate was different. In conclusion, four isolates of Thichinella including a new strain of T. spiralis obtained from a Korean patient may have genetic differences in the ITSl region and the Shanghai isolate was genetically more similar to the Japanese unknown isolate than others in the ITSl region.

• The Plant Pathology Journal
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• 제22권1호
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• pp.36-45
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• 2006

Twenty isolates of Didymella bryoniae were isolated from infected cucurbit plants in various growing areas of southern Korea in 2001 and 2002. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) group [RG] I of D. bryoniae was more virulent than RG IV to watermelon. Virulence of the RG I isolate was strong to moderate to cucumber, whereas that of the RG IV varied from strong, moderate to weak. Two hundred seventy-three amplified fragments were produced with 40 primers, and were analyzed by a cluster analysis using UPGMA method with an arithmetic average program of NTSYSPC. At the distance level of 0.7, two major genomic DNA RAPD groups were differentiated among 20 isolates. The RG I included 7 isolates from watermelon and one isolate from melon, whereas the RG IV included 12 isolates from squash, cucumber, watermelon and melon. Amplification of internal transcribed spacer (ITS) region and small subunit rRNA region from the 20 isolates yielded respectively a single fragment. Restriction pattern with 12 restriction enzymes was identical for all isolates tested, suggesting that variation in the ITS and small subunit within the D. bryoniae were low. Amplification of the genomic DNAs of the tested isolates with the sequence characterized amplified regions (SCAR) primer RG IF-RG IR specific for RG I group resulted in a single band of 650bp fragment for 8 isolates out of the 20 isolates. Therefore, these 8 isolates could be assigned into RG I. The same experiments done with RG IIF-RG IIR resulted in no amplified PCR product for the 20 isolates tested. An about 1.4 kb-fragment amplified from the RG IV isolates was specifically hybridized with PCR fragments amplified from genomic DNAs of the RG IV isolates only, suggesting that this PCR product could be used for discriminating the RG IV isolates from the RG I isolates as well other fungal species.

• 원예과학기술지
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• 제19권1호
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• pp.29-33
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• 2001

감자 DNA의 다형성을 통한 품종 및 육종 계통의 구분이 가능한 특이적 분자 마커를 찾기 위해 URP primer를 이용한 RAPD 분석을 실시하였다. 8 가지의 감자 품종과 5가지의 감자 육종계통을 분석 재료로 이용하였으며, 이들 중 '조풍', '대관70호', '가원'과 '대관 72호'는 '수미', '남작', '남서'와 '대서'를 각각 모본으로 이용되어 육성되었으며, 다양한 표현형질에서 유사성을 가지고 있다. 따라서 생육단계별 표현형질들 만으로는 각각을 구분하기 곤란한 경우가 있다. 벼(Oriza sativa)의 repetitive sequence로부터 고안된 URP primer는 비교적 높은 annealing 온도를 가지며, 20 mer의 비교적 길이가 긴 RAPD용 primer로써 증폭산물의 다형성과 재현성이 높아 다양한 생물종의 구분이 가능한 것으로 보고되고 있다. 국내에서 상품화되어 시판되는 URP primer 들 중에 URP2, URP4, URP8 등이 감자에 적용될 수 있을 것으로 확인하였다. 전기영동된 DNA 밴드들의 유사성을 분석해본 결과 유전적 유사도와는 차이를 나타내고 있었다. 그러나 높은 재현성을 갖는 URP primer들에 의해 증폭된 DNA 밴드의 다형성은 감자의 종내변이를 구분할 수 있는 분자 마커로서 이용할 수 있을 것으로 확인되었다.

• 한국수산과학회지
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• 제30권3호
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• pp.388-392
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• 1997

해조류중 우리나라 전연안에 가장 흔히 분포하는 갈파래목 녹조류인 참홑파래와 구멍갈파래, 참갈파래, 잎파래, 실파래, 가시파래등을 대상으로 RAPD방법을 이용한 각 지역 개체간의 유전적 유사도를 조사하였다. Total DNA는 엽체로부터 LiCl를 사용한 DNA추출방법으로 분리하였으며, 추출된 DNA는 $3ng/{\mu}\ell$되게 희석한후 in vitro에서 arbitrary primer와 함께 45회 PCR amplification시켰다. 그 결과 34종류 primer들로부터 240bp에서 1.5kb의 다양한 크기로 증폭된 1227개의 전기영동상의 band를 볼 수 있었으며, Jaccard공식에 따라 그 유사도를 구하였다. 파래목의 유전적 유사도는 $7\%$에서 $36\%$범위의 유사도를 보였다. 그중 참흩파래가 다른 갈파래과들로부터 가장 낮은 유사도값을 보여주었으며, 또한 primer OPB-01 (CATCCCCCTG)을 사용하였을때 갈파래과에서 공통적인 630bp크기의 생성물을 생산하지않는 특징을 나타내었다.

• 한국자원식물학회지
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• 제14권1호
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• pp.65-70
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• 2001

본 연구는 random primer를 이용하여 PCR을 수행하기 위한 딸기 DNA증폭의 최적조건을 구명하여 조직배양된 딸기 배양묘와 모본과의 유전적인 동일성의 여부 및 품종을 판별할 수 있는 marker를 개발하기 위하여 수행하였다. 추출한 딸기 커(\ulcorner)잣 DNA를 proteinase-K나 RNase-H를 처리하였을때 깨끗하고 순수한 DNA band를 확인할 수 있었으며, 50ng의 template DNA, 10pmol의 primer, 37oC annealing 온도로 45 cycle로서 PCR을 행하는 것이 가장 효율적이었다. 상기 실험결과로서 PCR적정조건을 확립한 후, UBC primer를 대상으로 딸기 여봉 DNA에서 PCR를 수행하여 RAPD의 양상을 조사한 결과 총 90개의 primer 중에서 딸기 genomic DNA에서 PCR product를 형성한 것은 46개였으며, 총 형성된 band의 수는 158개로 나타났다. Band를 형성한 primer와 band를 형성하지 않은 primer간의 GC content를 비교하면 band를 형성한 primer의 경우 GC content는 평균 67.4%이었다. 그러나 band를 형성하지 못한 primer의 경우에는GC함량이 평균58%이었다.