• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제86권3호
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• pp.166-175
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• 2023

Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) is a leading cause of morbidity and mortality worldwide. The lower airways contain a rich and diverse microbiome, which may play a significant regulatory role in both health and disease. In COPD, the microbiome becomes perturbed, causing dysbiosis. Increased representation of members in the Proteobacteria phylum and certain members in the Firmicutes phylum has been associated with increased risk of exacerbations and mortality. Therapies such as inhaled corticosteroids and azithromycin may modulate the airway microbiome or its metabolites in patients with COPD. This paper provides an up-to-date overview of the airway microbiome and its importance in the pathophysiology of COPD and as potential therapeutic target in the future.

• Journal of Species Research
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• 제8권2호
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• pp.191-196
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• 2019

In 2015 and 2017, the National Institute of Biological Resources has isolated four unrecorded prokaryotic species designated as R-1-5, R-2-13, R-2-1, and R-1-8 from the peatland soil of Yongneup. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequence similarity determined the four strains (R-1-5, R-2-13, R-2-1, R-1-8) were most closely related to Curvibacter lanceolatus (99.93%), Massilia brevitalea (98.7%), Pseudomonas lini (99.54%), and Pseudomonas vancouverensis (99.93%), respectively. The four unrecorded strains belong to the phylum Proteobacteria, in which the genera Curvibacter and Massilia are assigned to the class Betaproteobacteria, and the genus Pseudomonas to the class Gammaproteobacteria. Since there are no publications or official reports on these four strains, these four species are new records to Korea. The strains were further characterized by Gram reaction, colony and cell morphology, basic biochemical properties, and phylogenetic position. Descriptive information of the four unrecorded species is provided.

• 보존과학회지
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• 제37권4호
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• pp.357-361
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• 2021

In order to determine the changes in microbial community due to termites, soil microorganisms surrounding the termites were investigated. First, bacterial communities from soil with termites collected at Seonamsa temple, Suncheon city, Korea were compared by next-generation sequencing (NGS, Illumina Miseq). The bacterial composition of soil from Daeungjeon without termites and the soil from Josadang, Palsangjeon, and Samjeon with termites were compared. Next, the bacterial composition of these soils was also compared with that of humus soil cultured with termites. A total high-quality sequences of 71,942 and 72,429 reads were identified in Seonamsa temple's soil and humus soil, respectively. The dominant phyla in the collected Seonamsa temple's soil were Proteobacteria (27%), Firmicutes (24%) and Actinobacteria (21%), whereas those in the humus soil were Bacteriodetes (56%) and Proteobacteria (37%). Using a two-dimensional plot to explain the principal coordinate analysis of operational taxonomic unit compositions of the soil samples, it was confirmed that the samples were divided into soil with and without termites, and it was especially confirmed that the Proteobacteria phylum was increased in humus soil with termites than in humus soil without termites.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제48권1호
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• pp.57-63
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• 2020

지구 온난화로 인한 제주도의 해양 생태계는 지난 20년동안 온대에서 아열대로 변화되었다. 이러한 기후 변화는 난대성 어류가 서식할 수 있는 환경이 되며, 최근 제주 연안에서는 가시복(diodon holoanthus)이 발견되고 있다. 본 연구에서는 가시복의 장내미생물의 다양성을 파악하였다. 그리고 다양한 균주 중 어류 또는 인체 유해세균 가능성을 확인하고자 항균 활성 탐색을 수행하였다. Proteobacteria는 분리 된 균주 중 91%를 차지한 우점문으로 γ-proteobacteria강은 11속 142종으로 Vibrio속 35%, Photobacterium속 32%, Shewanella속 6%, Psychrobacter속 4%, Acinetobacter속 3% 및 나머지 Enterovibrio, Moraxella_g2속이 각각 1%를 차지했다. α-proteobactera강은 5속 5종으로 Brevundimonas속, Allorhizobium속, Pseudoceanicola속, Erythrobacter속 및 Methylobacterium속이 각각 1%로 나타났다. Firmicutes문 Bacilli강은 6속 10종으로 Bacillus속 5%가 가장 높았고 나머지 Terribacillus속, Paenibacillus속, Salinicoccus속, Staphylococcus속 및 Streptococcus속은 1%로 관찰됐다. Actinobacteria문 Actinobacteria강은 3속 3종으로 Janibacter속, Micrococcus속 및 Isoptericola속이 각각 1%를 차지했다.

• 미생물학회지
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• 제51권4호
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• pp.347-354
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• 2015

콩은 우리나라와 극동아시아가 원산지로 알려져 있으나 국산 콩의 근권 세균 군집에 대한 연구는 미흡하다. 따라서 본 연구에서는 국산 재배콩을 대상으로 차세대 염기서열 분석 방법인 파이로시퀀싱 방법을 사용하여 콩 근권 세균 군집 구조를 해석하고 생육단계별 군집의 변화 및 콩 근권의 핵심 세균 군집을 구명하고자 하였다. 세균 군집 분석 결과, 근권 세균의 군집은 근권과 비근권간에 뚜렷한 차이를 보였으며, 총 21개의 문으로 구성되었다. Proteobacteria가 가장 우점(36.6-42.5%)하였고, Acidobacteria (8.6-9.4%), Bacteroidetes (6.1-10.9%), Actinobacteria (6.4-9.8%), Firmicutes (5.7-6.3%) 등의 순으로 상대풍부도가 감소하였다. 모든 생육단계에 걸쳐 콩 근권의 핵심 세균 군집에는 Proteobacteria에 속한 OTU들이 가장 많이 분포하였으며, 이들 중 Bradyrhizobium에 속한 OTU의 상대 풍부도가 가장 높았다. 본 연구결과는 콩 근권의 핵심 세균 군집은 주로 생육 촉진 기능과 유기물 순환에 관련된 OTU로 구성되어 있다는 것을 보여주었다.

• 한국물환경학회지
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• 제23권3호
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• pp.397-402
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• 2007

Anammox reactor seeded with sewage sludge from RBC reactor and anaerobic granule from full-scale UASB reactor treating distillery wastewater was operated. Mixed granule and suspended sludge in the ammonium oxidizing process were taken and analyzed to investigate microbial community structure by molecular methods such as gene cloning and phylogenetic tree analysis after 250 days of continuous cultivation. The average nitrogen removal rate showed $0.9kg\;N/m^3-day$ after 250 days of continuous operation, then the maximum nitrogen removal rate showd $1.9kg\;N/m^3-day$ when $2.1kg\;N/m^3-day$ of nitrogen loading rate was applied. As results of gene cloning and phylogenetic tree analysis, Three kinds of phylum were found to be Proteobacteria, Acidobacteria and Planctomycetes (anammox bacteria) in mixed granule. Five kinds of phylum were found to be Proteobacteria, Chlorobi, Planctomycetes, Nitrospirae and Verrucomicrobia in suspended sludge. We found planctomycete KSU-1 and putative new anammox bacteria in the reactor. Microbial structure represented different consortia depending on the types of sludge in the anammox reactor.

• Journal of Species Research
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• 제9권2호
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• pp.85-104
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• 2020

In 2019, after a comprehensive investigation of indigenous prokaryotic species in Korea, a total of 12 bacterial strains assigned to the phylum Proteobacteria were isolated from soil. With the high 16S rRNA gene sequence similarity (>98.8%) and formation of a robust phylogenetic clade with the closest species, it was determined that each strain belonged to independent, predefined bacterial species. This study identified two species in the family Burkholderiaceae, one species in the family Comamonadaceae, two species in the family Oxalobacteraceae, one species in the family Micrococcaceae, one species in the family Bradyrhizobiaceae, one species in the family Methylobacteriaceae, one species in the family Rhizobiaceae, one species in the family Rhodocyclaceae, and one species in the family Sphingomonadaceae. There is no official report about these 12 species in Korea, so are described as unreported bacterial species in Korea in this study. Gram reaction, basic biochemical characteristics, colony, and cell morphology are also described in the species description section.

• 한국식품과학회지
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• 제53권3호
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• pp.334-343
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• 2021

본 연구에서는 16S rRNA 염기서열 분석을 통하여 시설재배 오이 내 상재균총 군집 특성을 분석하였으며, 수확 시기 및 지역에 따른 상재균총에 대한 정보를 제공하였다. 상재균총 다양성 분석(α-diversity)의 경우 5월 시료에서 더 높은 수치의 Observed OTUs와 Chao1 index가 나타났다. PCoA (β-diversity)분석을 통해서 수확 시기에 따른 상재균총의 차이가 존재함을 확인하였다. Phylum 수준에서는 Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria가 우점하였고, class 수준에서는 Gammaproteobacteria, Bacilli, Alphaproteobacteria, Actinobacteria가 주로 존재하였다. Genus 수준에서는 시기적인 요인이 주로 상재균총에 영향을 끼치는 것을 확인할 수 있었으며, 일부 지역적 요인의 영향도 관찰 되었다. 5월 시료에서는 Aureimonas, Escherichia, Microbacterium이 11월 시료에서는 Enterococcus, Pseudomonas, Rhizobium이 더 높은 비율을 차지하였다. 이외에도, Acinetobacter, Aerococcus, Aureimonas, Enterobacter, Enterococcus, Escherichia, Pantoea, Pseudomonas, Staphylococcus와 같이 잠재적인 위험성을 가지는 genus가 존재함을 확인하였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제44권1호
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• pp.84-88
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• 2016

본 연구에서는 파이로시퀀싱 분석법을 이용하여 주거 환경 중 거실과 화장실의 세균 다양성을 분석하였다. 주거 환경 중 거실과 화장실에 존재하는 세균의 총 유전자량과 다양성 지수는 차이가 없었으나, 존재하는 세균의 종류에서는 차이가 나타났다. Phylum-level에서는 거실에서 나타나지 않은 Acidobacteria, Chlorobi, Chloroflexi, Fusobacteria, Nitrospirae 및 Planctomycetes문이 화장실 공기중에서 분석되어 상대적으로 넓은 영역의 세균 분포가 추정되었으며, class-level에서는 우점하는 Proteobacteria문 중 ${\beta}$-Proteobacteria와 ${\delta}$-Proteobacteria강이 거실에 비해 화장실에서 높은 비율로 분석되었다. 한편 genus-level에서는 거실이 화장실에 비해 상대적으로 다양한 속이 분석되었으나, 모두 Methylobacterium속이 우점하였으며 두 주거 환경에서 각각 특징적으로 분포하는 미생물이 존재하였다.

• 한국환경농학회지
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• 제30권4호
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• pp.367-376
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• 2011

논 토양의 미생물 생태 다양성을 조사하기 위한 효과적인 방법으로 qRT-PCR을 적용하고자 본 연구를 수행하였다. 논 토양 미생물의 gDNA를 분리하기 위하여 Mo Bio kit를 사용한 효과적이고 안정적인 gDNA 분리 방법을 확립하였다. 논 토양 미생물 다양성을 qRT-PCR로 검출하기 위하여 bacteria를 세분한 ${\alpha}$-Proteobacteria, ${\beta}$-Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes 다섯 가지 문과 전체 bacteria, 전체 fungi를 구분할 수 있는 특이 primer set을 선정하여 다양한 조건의 시험을 통하여 최종 조건을 확립하였으며 재현성 실험을 통하여 방법의 유의성을 검증하였다.