• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제39권1호
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• pp.45-52
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• 2009

Purpose: Fibronectin(FN), one of the major components of ECM, mediates wide variety of cellular interactions including cell adhesion, migration, proliferation and differentiation. In this study, we used synthetic peptides based on fibrin binding sites of amino-terminal of FN and evaluated their biologic effects on periodontal ligament(PDL) cells. Materials and methods: PDL cells were cultured on synthetic oligopeptides coated dishes and examined for cell adhesion, proliferation via confocal microscope. For detection of ERK1/2, cells were plated and Western blot analysis was performed. Results: PDL cells on synthetic oligopeptide coated dishes showed enhanced cell adhesion and proliferation. Western blot analysis revealed increased level of ERK1/2 phosphorylation in cells plated on FN fragment containing fibrin-binding domain(FF1 and FF5) coated dishes. Conclusion: These results reveals that FN fragment containing fibrin-binding domain possess an enhanced biologic effect of PDL ligament cells.

• 대한화학회지
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• 제21권3호
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• pp.171-179
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• 1977

Glycine이 포함된 dipeptide인 glycyl-L-valine, L-valyl-glycine, glycyl-DL-alanine, glycyl-DL-serine 및 glycyl-L-aspartic acid의 중수용액속에서의 양성자 자기공명스펙트럼이 실온에서는 pH의 함수로 연구되었다. 이들 스펙트럼의 분석으로부터 $C_{\alpha}H,\;C_{\beta}H\;및\;C_rH$양성자의 chemical shift는 pH에 따라 일단계의 적정곡선으로 변하고 있으며 spin-spin coupling constant는 거의 변하지 않고 있음을 알 수 있다. Dipeptide 용액속에 있는 구성 아미노산의 $C_{\alpha}H\;C_{\beta}H\;및\;C_rH$양성자의 chemical shift가 각각 두개의 다른 값들로 나타나는 것은 이들 용액속에 두개의 자기적으로 서로 다른 site들이 들어있음을 말해준다. 이 연구에서는 다섯개 dipeptide의 구조를 양성자 자기공명스펙트럼에 의해 확인하였으며 결과는 앞으로 oligopeptide에서의 구조 변화, conformation, 구성 아미노산의 순서 결정등을 양성자 자기공명스펙트럼의 분석에 의해 알아낼 수 있음을 암시하고 있다.

• 폴리머
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• 제37권1호
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• pp.94-99
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• 2013

폴리디아세틸렌(polydiacetylene, PDA)은 자기조립된 디아세틸렌(diacetylene) 단량체의 광중합에 의해 만들어진다. 디아세틸렌 단량체들이 조직적으로 배열되면 254 nm의 자외선 노광에 의해 1,4-첨가 중합이 일어나 고분자 주사슬에 이중결합과 삼중결합이 교대로 존재하는 폴리디아세틸렌이 만들어진다. 폴리디아세틸렌 수용액은 일반적으로 약 640 nm에서 최대흡수파장을 지니는 청색을 띠게 되며 여기에 온도나 pH의 변화, 다른 물질의 결합 등 외부 자극에 의해 약 550 nm의 최대 흡수 파장을 띠는 적색으로 색 전이가 일어나게 된다. 본 연구에서, 우리는 고체상 펩티드 합성을 이용하여 PCDA(10,12-pentacosadyinoic acid) 리포좀의 표면에 양이온성 올리고펩티드를 도입하였다. 또한 다양한 몰 비율로 리포좀 수용액을 제조하여 동물 세포에 트랜스펙션한 결과, 향상된 유전자 전달 효율과 낮은 독성을 보이는 것을 확인하였고, PCDA의 특성을 이용하여 세포에 처리 후 세포 관련 비표지 형광을 관찰하였다.

• Molecules and Cells
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• 제42권2호
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• pp.151-160
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• 2019

Ultraviolet (UV) radiation of the sunlight, especially UVA and UVB, is the primary environmental cause of skin damage, including topical inflammation, premature skin aging, and skin cancer. Previous reports show that activation of nuclear $factor-{\kappa}B$ ($NF-{\kappa}B$) in human skin fibroblasts and keratinocytes after UV exposure induces the expression and release of proinflammatory cytokines, such as interleukin-1 (IL-1) and tumor necrosis $factor-{\alpha}$ ($TNF-{\alpha}$), and subsequently leads to the production of matrix metalloproteases (MMPs) and growth factor basic fibroblast growth factor (bFGF). Here, we demonstrated that TNFR2-SKEE and TNFR2-SKE, oligopeptides from TNF receptor-associated factor 2 (TRAF2)-binding site of TNF receptor 2 (TNFR2), strongly inhibited the interaction of TNFR1 as well as TNFR2 with TRAF2. In particular, TNFR2-SKE suppressed UVB- or $TNF-{\alpha}$-induced nuclear translocalization of activated $NF-{\kappa}B$ in mouse fibroblasts. It decreased the expression of bFGF, MMPs, and COX2, which were upregulated by $TNF-{\alpha}$, and increased procollagen production, which was reduced by $TNF-{\alpha}$. Furthermore, TNFR2-SKE inhibited the UVB-induced proliferation of keratinocytes and melanocytes in the mouse skin and the infiltration of immune cells into inflamed tissues. These results suggest that TNFR2-SKE may possess the clinical potency to alleviate UV-induced photoaging in human skin.

• 미생물학회지
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• 제54권4호
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• pp.320-324
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• 2018

발효대두 청국장에는 대두단백질이 발효에 의해 분해 형성된 다양한 펩타이드류가 들어 있다. 청국장 추출물이 처리된 유방암세포의 microarray data와 잘 알려진 유방암 전이 마커를 합쳐서 새로운 연결망이 제조되었으며 이를 이용해 전이 마커와 발현 차이가 있는 단백질 사이의 상호작용을 체크하였다. 연결망 분석을 통해 PLAU (plasminogen activator, urokinase, uPA)와 ERBB2 (epidermal growth factor receptor 2)를 실제 전이 가능성을 보여주는 유전자로 선택하였다. MCF7 암세포를 청국장추출물로 처리하고 PLAU와 ERBB2 발현정도를 측정하였다. 청국장 추출물은 PLAU와 ERBB2 발현을 상당히 억제하였다. 청국장 추출물을 처리한 암세포에서 염증 마커인 NO의 생산이 감소하였다. 인간 유방암세포에서 PLAU와 ERBB2 발현을 특이적으로 감소시키는 펩타이드를 찾아내는 것은 흥미로운 일일 것이다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제65권2호
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• pp.387-400
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• 2023

Ruminal protozoa, especially entodiniomorphs, engulf other members of the rumen microbiome in large numbers; and they release oligopeptides and amino acids, which can be fermented to ammonia and volatile fatty acids (VFAs) by amino acid-fermenting bacteria (AAFB). Studies using defaunated (protozoa-free) sheep have demonstrated that ruminal protozoa considerably increase intraruminal nitrogen recycling but decrease nitrogen utilization efficiency in ruminants. However, direct interactions between ruminal protozoa and AAFB have not been demonstrated because of their inability to establish axenic cultures of any ruminal protozoan. Thus, this study was performed to evaluate the interaction between Entodinium caudatum, which is the most predominant rumen ciliate species, and an AAFB consortium in terms of feed degradation and ammonia production along with the microbial population shift of select bacterial species (Prevotella ruminicola, Clostridium aminophilum, and Peptostreptococcus anaerobius). From an Ent. caudatum culture that had been maintained by daily feeding and transfers every 3 or 4 days, the bacteria and methanogens loosely associated with Ent. caudatum cells were removed by filtration and washing. An AAFB consortium was established by repeated transfers and enrichment with casamino acids as the sole substrate. The cultures of Ent. caudatum alone (Ec) and AAFB alone (AAFB) and the co-culture of Ent. caudatum and AAFB (Ec + AAFB) were set up in three replicates and incubated at 39℃ for 72 h. The digestibility of dry matter (DM) and fiber (NDF), VFA profiles, ammonia concentrations, pH, and microscopic counts of Ent. caudatum were compared among the three cultures. The co-culture of AAFB and Ent. caudatum enhanced DM degradation, VFA production, and Ent. caudatum cell counts; conversely, it decreased acetate: propionate ratio although the total bacterial abundance was similar between Ec and the Ec + AAFB co-culture after 24 h incubation. The ammonia production and relative abundance of C. aminophilum and P. anaerobius did not differ between AAFB alone and the Ec + AAFB co-culture. Our results indicate that Ent. caudatum and AAFB could have a mutualistic interaction that benefited each other, but their interactions were complex and might not increase ammoniagenesis. Further research should examine how such interactions affect the population dynamics of AAFB.

• 한국식품과학회지
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• 제29권2호
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• pp.230-239
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• 1997

본 연구는 시판되고 있는 일반토하젓과 양념토하젓의 맛과 밀접한 관계를 가지고 있는 함질소엑스성분 조성을 분석하여 품질실태를 파악하는 한편 품질개선과 품질지표에 관한 자료를 얻고자 하였다. 시료로 사용한 일반토하젓 2종과 양념토하젓 4종의 엑스성분을 추출하여 엑스분질소, 유리아미노산, oligopeptide류, 핵산관련물질, betaine류, 4급암모늄염기, 구아니시노화합물 등을 분석하였다. 일반토하젓의 염분함량은 $23.6{\sim}25.1%$로서 저염화에 의한 품질개선이 필요하며, 양념토하젓에서는 $8.4{\sim}11.4%$로서 일반토하젓과는 차이가 많았다. 일반토하젓의 엑스분질소 함량은 고형물과 액즙에서 각각 $503{\sim}531\;mg$과 $311{\sim}493\;mg$이었으며, 양념토하젓은 $256{\sim}429\;mg$으로서 일반토하젓의 72.6% 수준이었다. 일반토하젓에서는 23종의 유리아미노산이 검출되었고 그 총량은 $1,159{\sim}2,584\;mg$으로서 바다새우젓의 $1,509{\sim}2,131\;mg$보다 높았다. 시판되고 있는 일반토하젓의 유리아미노산 총량은 토하원료에서와 유사한 수준으로서 함량증가가 미약하였다. 일반토하젓에서 함량이 많은 유리아미노산으로서는 glutamic acid, leucine, lysine, histidine, alanine, ornithine, tyrosine 등이었다. 양념토하젓에서는 34종의 유리아미노산이 검출되어 일반토하젓에서 보다 다양한 조성을 갖고 있었으나 그 총량은 $1,012{\sim}1,672\;mg$으로서 일반토하젓의 70% 수준이었다. 양념토하젓에서 함량이 많은 유리아미노산으로는 glutamic Acid, lysine, arginine, aspartic acid, histidine, leucine, alanine 등으로서 일반토하젓에서의 조성과 상이하였다. 양념토하젓은 glutamic acid를 제외한 대부분의 유리아미노산이 일반토하젓에서보다 낮았다. 일반토하젓과 양념토하젓의 핵산관련물질함량은 각각 $2.64{\sim}4.82\;{\mu}mol$과 $1.08{\sim}1.93\;{\mu}mol$로서 제품에 따른 차이가 많았다. 일반토하젓에서는 homarine이 $18{\sim}86\;mg$ 검출되었으나 바다새우젓의 30.7%였고 trigonelline은 비슷한 수준이었다. 양념토하젓은 homarine이 흔적${\sim}39\;mg$, trigonelline $0{\sim}5\;mg$으로서 일반토하젓보다 낮았다. 일반토하젓과 양념토하젓의 TMAO와 TMA 함량은 미량으로서 바다새우젓의 20.9%와 27.7% 수준이었다. 일반토하젓과 양념토하젓에서 분석된 각성분들에 대한 질소분포는 모두 유리아미노산이 가장 중요한 함질소성분으로서 평균 65.7%와 60.8%였고, 다음은 oligopeptide류로서 17.8%와 16.6%였다. 핵산관련물질은 3.9%와 2.2%, betaine류는 1.1%와 0.4%, TMAO와 TMA는 1.2%와 1.8%, 그리고 creatine은 0.4%와 9.6%로서 엑스분질소의 회수율은 90.3%와 91.2%였다. 이상에서 분석된 토하젓의 엑스분질소와 함질소 엑스성분들을 상관분석한 결과 엑스분 질소, betaine 총량, 유리아미노산 총량 및 유리아미노산의 일종인 phenylalanine 이 토하젓의 품질지표로 활용가능성이 가장 높은 것으로 평가되었다.

• 한국수산과학회지
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• 제29권1호
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• pp.51-63
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• 1996

한국 동해안에서 어획되는 연어 Oncorhynchus keta에 대한 식품학적인 연구로서 1991년 $10\~12$월에 강원도 양양군 남대천에 올라오는 시료를 대상으로 등육의 일반성분, 엑스분 질소 및 함질소 엑스성분 즉, 유리아미노산, oligopeptide류, 핵산관련물질, guanidino화합물, 4급암모늄염기 등을 분석하여 각 성분조성을 밝히고 이들 각 성분에 대한 질소분포를 살펴보았다. 엑스분 질소 함량은 $478\~648mg$ 범위였고, 암컷은 평균 604mg으로서 수컷 537ing 보다 높았다. 유리아미노산 총량은 $1,049\~1,441mg$ 범위였으며 10월에 어획된 것은 11월, 12월에 어획된것보다 그리고 암컷은 수컷보다 그 함량이 높았다. 함량이 많고 중요한 유리아미노산으로는 anserine, taurine, alanine, glycine, glutamic acid, lysine 등의 순이었으며, 특히 anserine 함량은 $724\~1,242mg$ 범위로서 엑스분 질소의 평균 $38\%$를, 그리고 유리아미노산 총량의 평균 $84\%$를 차지하였다. 또한 anserine 함량은 어획시기에 따라 차이가 많아서 10월에서 11, 12월로 경과됨에 따라 현저히 감소되었다. Oligopeptide류는 anserine이 가수분해로 생성된 $\pi-methylhistidine$과 $\beta-alanine$이 대부분을 차지 하였으며, 그 다음으로는 hydroxyproline, glycine, glutamic acid, aspartic acid, alanine의 순이었으나 함량은 낮았다. 핵산관련물질 총량은 $3.32\~9.22{\mu}mol/g$, 범위였으며, inosine 5'-monophosphate$(61.2\%)$와 inosine$(29.9\%)$이 $90\%$ 이상을 차지하였다. Betaine류로서는 일부시료에서 glycinebetaine $23\~43mg,\;\beta-alaninebetaine\;2\~11mg$, 그리고 homarine이 1mg 이하 검출되었다. TMAO는 $107\~148mg$ 범위였고, TMA는 $6\~11mg$으로 미량이었다. Creatine 함량은 $477\~642mg$으로서 엑스분질소의 평균 $31\%$를 차지 하였으나 creatinine은 $8\~11mg$으로서 낮았다. 엑스분중의 질소분포는 유리아미노산질소가 가장 높고 $(41.5\~50.1)$, 다음이 creatine과 creatinine$(26.0\~35.7\%)$, oligop-eptide류$(5.3\~12.3\%)$, 핵산관련물질$(3.2\~8.8\%)$, TMAO와 TMA$(3.6\~6.1\%)$, betaine류$(0.1\~0.9\%)$의 순이었다. 연어 엑스분중의 질소분포 특징은 모든 시료에서 공통적으로 anserine과 creatine이 중요한 함질소 성분으로서 엑스분 질소에 대한 양 성분질소의 비율은 anserine이 평균 $38\%$, creatine이 평균 $31\%$로서 이 두 성분만으로 엑스분질소의 $60.9\~76.5\%$에 달하였다. 분석된 성분에 의한 엑스분 질소의 회수율은 모든 시료에서 $91.4\~98.1\%$ 범위였다.

• Molecules and Cells
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• 제25권1호
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• pp.30-42
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• 2008

The disease-specific (dsp) region and the hypersensitive response and pathogenicity (hrp) genes, including the hrpW, $hrpN_{Ep}$, and hrpC operons have previously been sequenced in Erwinia pyrifoliae WT3 [Shrestha et al. (2005a)]. In this study, the remaining hrp genes, including the hrpC, hrpA, hrpS, hrpXY, hrpL and hrpJ operons, were determined. The hrp genes cluster (ca. 38 kb) was comprised of eight transcriptional units and contained nine hrc (hrp conserved) genes. The genetic organization of the hrp/hrc genes and their orientation for the transcriptions were also similar to and collinear with those of E. amylovora, showing ${\geq}80%$ homologies. However, ORFU1 and ORFU2 of unknown functions, present between the hrpA and hrpS operons of E. amylovora, were absent in E. pyrifoliae. To determine the HR active domains, several proteins were prepared from truncated fragments of the N-terminal and the C-terminal regions of $HrpN_{Ep}$ protein of E. pyrifoliae. The proteins prepared from the N-terminal region elicited HR, but not from those of the C-terminal region indicating that HR active domains are located in only N-terminal region of the $HrpN_{Ep}$ protein. Two synthetic oligopeptides produced HR on tobacco confirming presence of two HR active domains in the $HrpN_{Ep}$. The HR positive N-terminal fragment ($HN{\Delta}C187$) was further narrowed down by deleting C-terminal amino acids and internal amino acids to investigate whether amino acid insertion region have role in faster and stronger HR activity in $HrpN_{Ep}$ than $HrpN_{Ea}$. The $HrpN_{Ep}$ mutant proteins $HN{\Delta}C187$ (D1AIR), $HN{\Delta}C187$ (D2AIR) and $HN{\Delta}C187$ (DM41) retained similar HR activation to that of wild-type $HrpN_{Ep}$. However, the $HrpN_{Ep}$ mutant protein $HN{\Delta}C187$ (D3AIR) lacking third amino acid insertion region (102 to 113 aa) reduced HR when compared to that of wild-type $HrpN_{Ep}$. Reduction in HR elicitation could not be observed when single amino acids at different positions were substituted at third amino acids insertion region. But, substitution of amino acids at L103R, L106K and L110R showed reduction in HR activity on tobacco suggesting their importance in activation of HR faster in the $HrpN_{Ep}$ although it requires further detailed analysis.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제19권7호
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• pp.95-104
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• 2018

이성질체의 형태는 수용액 상태에서 종종 안정성과 반응성 등의 기본상태 뿐만 아니라 사슬성장 및 접힘 과정으로 인하여 형태형성에 영향을 주기 때문에 올리고펩티드의 형태를 이해하는 것이 중요하다. 본 논문에서는 L-알라닌(LA), 글리신(G) 5량체 모델의 무수 및 수화물(수화율; h/1) 상태의 구조와 에너지를 4가지 형태이성질체 (베타-확장형;= t-/t+, $PP_{II}$형; g-/t+, $PP_{II}$-유사형; g-/g+ 및 알파-나선형; g-/g-)에 대하여 B3LYP/6-31G(d,p)를 이용하여 양자화학계산(QCC) 방법으로 분석하였다. 구조최적화는 밀도함수 이론(DFT)으로써 B3LYP를 사용하였으며, 기본설정(Basic set)으로는 6-31G(d,p)를 이용하였다. 이미노 양성자(NH)를 갖는 LA와 G에서 베타-확장형, $PP_{II}$-유사형, 알파-나선형의 3가지 형태가 얻어졌으며, 대부분 물 분자가 $PP_{II}$-유사형과 알파-나선형에서는 CO-HN 분자 내 수소결합 사이에 주로 삽입되었고, 베타-확장형은 CO기에 부착되었다. 또한, LA와 G에서 $PP_{II}$-유사형 형태이성질체가 무수 및 수화물 상태에서 가장 안정적이었으며, $PP_{II}$ 형태이성질체는 얻어지지 않았다. LA에 대한 결과는 알라닌 올리고펩티드의 안정적인 형태가 주로 $PP_{II}$라고 보고한 다른 연구의 실험적 및 이론적인 결과와는 상이했다. 올리고펩티드 형태이성질체의 생성패턴과 안정성이 CO-HN의 분자 내 수소결합의 존재 여부 또는 출발 아미노산 내 $NH_2$기의 존재 여부에 강한 영향을 받는 것을 알 수 있었다.