• 한국정보과학회논문지:컴퓨팅의 실제 및 레터
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• 제16권6호
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• pp.712-716
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• 2010

본 논문에서는 레퍼런스 시퀀스에 기가 시퀀싱데이터를 매핑하여 얻어지는 커버리지 데이터를 이용한 모양 기반의 단위반복변이 영역 (CNVR) 추출 방식을 제안한다. 제안하는 CNVR 검색 알고리즘은 후보 영역 추출 단계와 후처리 단계로 이루어진다. 후보 영역 추출 단계에서는 추출하고자 하는 CNV의 모양을 입력 변수로 조절하여 다양한 높이 및 크기를 갖는 CNV 후보 영역을 추출한다. 다음, 후처리 단계에서는 레퍼런스 시퀀스와 기가 시퀀싱 데이터에 포함되어 있는 시퀀싱 에러 문제를 보완하기 위하여, 레퍼런스 시퀀스의 에러 영역 보정, GC-content 영역 보정 등의 정제 과정을 거친 후, 최종 CNVR을 추출한다. 제안된 방식의 유용성을 보이기 위하여 "1000 게놈 프로젝트"에 의하여 공개된 실 데이터를 이용한 다양한 실험을 수행하였으며, DGV를 이용하여 추출된 CNVR의 정확도를 검증하였다. 실험 결과에 의하면 제안된 방식은 HLA 영역에 존재하는 반복되거나 결실되는 다양한 모양의 CNV를 효율적으로 검출하였다.

• 해양환경안전학회지
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• 제27권6호
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• pp.890-897
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• 2021

최근 선박용 연료유에 대한 황 함유량 규제를 준수하기 위해 저유황유의 수요가 증가하고 있다. 그러나 저유황유를 공급하는 시기, 지역, 회사 별로 그 품질이 상이함에 따라 선내 연료유 저장탱크에서는 과도한 슬러지가 발생하는 등 혼합 안정성에 대한 문제가 제기되고 있다. 따라서 본 연구는 초음파의 캐비테이션 현상을 이용하여 저유황유의 품질 향상을 하고자 하였다. 선내 저장 탱크에서 이종의 연료유가 혼합되는 상황을 모사하기 위해 두 가지 종류의 저유황유(황 함유량 0.5 % 이하 MGO, MDO)를 혼합하여 시료유로 사용하였다. 원료유와 50 wt.% 씩 혼합한 시료유를 120분 동안 초음파 처리하였으며, 40분 주기로 채취된 샘플은 GC/MS 분석을 수행하여 초음파 조사 시간에 따른 시료유의 조성 변화를 분석하였다. 연구결과, 초음파의 캐비테이션 효과로 인하여 화학결합이 깨지면서 MGO 내 존재하는 고분자량 화합물의 감소와 저분자량의 화합물 증가가 관찰되었다. MDO와 혼합유의 경우, 초음파 조사 후 저분자 화합물에 대한 상대 존재비의 부분적 증가가 관찰되었지만 시간과 상대 존재비 사이의 상관관계는 관찰되지 않았다.

• 생명과학회지
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• 제29권12호
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• pp.1314-1320
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• 2019

본 연구는 한우 CLMN 유전자 exon 8번 영역의 단일염기다형과 육량 및 육질형질과의 연관성을 평가하기 위해 수행하였다. 또한, 한우 등심조직에서 근육 내 지방함량의 극명한 차이를 나타내는 고지방육 그룹과 저지방육 그룹 간 CLMN 유전자의 발현양상을 비교 분석하였다. 그 결과 CLMN 유전자는 고지방육 그룹에서 더 높게 발현되었다. 한우 CLMN 유전자의 exon 8번 영역에서 총 9개의 단일염기다형을 검출하였으며, 이들 SNP의 유전자형과 육량 및 육질형질과의 연관성을 평가하기 위해 direct-sequencing 분석을 통하여 각 개체별 SNP genotyping을 수행하였다. 그 결과, exon 8번 영역 내에 존재하는 g.23249G>C SNP가 근내지방도 형질과 유의적인 연관성이 있는 것으로 분석되었다 즉, CC 및 GC 유전자형을 가진 개체들은 GG 유전자형을 가진 개체들에 비해 유의적으로 더 높은 근내지방도를 갖는 것으로 분석되었다. 연관불평형 분석을 통해 CLMN 유전자의 haplotype을 구성하고 육량 및 육질형질과의 연관성을 분석한 결과 근내지방도와 유의적 연관성이 입증되었다. 즉, CC-CC haplotype(g.23249G>C and g.23465T>C SNPs)을 가진 개체들이 CT 및 GT haplotype을 갖는 개체들에 비해 유의적으로 더 높은 근내지방도를 갖는 것을 확인하였다. 따라서 본 연구에서 발굴된 CLMN 유전자의 SNP는 육량과 육질형질이 우수한 한우를 선발하기 위한 분자 마커로 활용 가능할 것으로 사료된다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제42권1호
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• pp.60-70
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• 2015

본 연구의 목적은 적외선 분광스펙트럼 데이터를 이용하여 대두 종자내의 지방산 함량을 동시에 예측할 수 있는지 여부를 조사하기 위한 것이다. 총 153종의 대두(Glycine max Merrill) 종자로부터 적외선 분광스펙트럼 및 지방산의 함량을 기체크로마토그라피 분석을 통하여 확인하였다. 적외선 분광스펙트럼 조사결과 대두는 단백질이나 아미노산의 amide bond region ($1,700{\sim}1,500cm^{-1}$), 핵산이나 인지질의 phosphodiester groups ($1,500{\sim}1,300cm^{-1}$) 그리고 탄수화물 등 다당류의 sugar region ($1,200{\sim}1,000cm^{-1}$)에서 계통별로 큰 차이가 이루어짐을 알 수 있었다. 총 29라인의 대두 계통별 시료로부터 지방산 함량을 조사한 결과 총 지방산의 함량은 건조 시료 0.1 g 당 $185.57{\mu}g$에서 $325.9{\mu}g$으로 계통간에 차이가 있었음을 알 수 있었으며 평균 함량은 $244.48{\mu}g$이었다. PLS regression 분석을 이용하여 총 5개 지방산(팔미틱산, 스테아릭산, 올레익산, 리노레익산 그리고 리노레닉산) 함량 예측 calibration models의 실측 검증 결과, 팔미틱산($R^2=0.8002$), 올레익산($R^2=0.8909$) 그리고 리노레익산($R^2=0.815$)은 회귀분석 상관계수가 0.8 이상으로 정확도 높음을 알 수 있었다. 그러나 스테아릭산($R^2=0.4598$)과 리노레닉산($R^2=0.6868$)의 경우 상관계수가 0.7 이하로 상대적으로 예측정확도가 낮음을 알 수 있었다. 본 연구에서 확립된 기술은 지방산의 조성 변환을 통하여 새로운 대두 품종 개발을 위한 계통선발 과정에서 매우 효율적인 수단으로 활용이 가능할 것으로 사료된다. 더 나아가 본 기술은 대두는 물론 대두 유래 농산물이나 식품의 품질 검증 수단으로 활용이 가능할 것으로 기대된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제5권3호
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• pp.117-124
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• 1995

A gene (xynA) encoding the endo-xylanase (E.C.3.2.1.8) from Bacillus stearothermophilus was cloned in E. coli, and its complete nucleotide sequence was determined. The xynA gene consists of a 636 base pairs open reading frame coding for a protein of 212 amino acids with a deduced molecular weight of 23, 283 Da. A putative signal sequence of 27 amino acid residues shows the features comparable with the Bacillus signal sequences; namely, the signal contains a positively charged region close to the N-terminus followed by a long hydrophobic string. The coding sequence is preceded by a possible ribosome binding site with a free energy value of -16.6 kcal/mol and the transcription initiation signals are located further upstream. The translation termination codon (TAA) at the 3 end of the coding sequence is followed by two palindrome sequences, one of which is thought to act as a terminator. The xynA gene has a high GC content, especially in the wobble position of codons (64%). Comparison of the primary protein sequence with those of other xylanases shows a high homology to the xylanases belonging to family G.

• 한국대기환경학회지
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• 제19권5호
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• pp.491-502
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• 2003

In the present work, the distribution characteristics of ambient volatile organic compounds (VOCs) were investigated at high temporal resolution from a monitoring station located in a mid-eastern area of Seoul. A total number of 587 samples were collected during December 2002 to January 2003. The measurements of VOC were conducted by a combination of on-line air sampling and thermal desorption unit (TDU) coupled with capillary GC/FID analysis. A total of five aromatic compounds (BTEX: benzene, toluene, ethylbenzene, m, p-xylene, and o-xylene) were measured routinely at hourly intervals during the whole study period. The mean concentrations of BTEX measured in our study period were found in the order: toluene (8.99 $\pm$5.38 ppb) > benzene (0.92$\pm$0.52 ppb) > m, p-xylene (0.51$\pm$0.34 ppb) > 0- xylene (0.48$\pm$0.35 ppb) > ethyl benzene (0.43$\pm$ 0.32 ppb). The BTEX concentrations were generally higher during the daytime than the nighttime, exhibiting certain patterns on a weekly basis. Results of our analysis indicate that the unusually high concentrations of toluene, while showing good correlations with other VOCs, can be a good indicator of air pollution in the study area.

• Molecules and Cells
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• 제25권2호
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• pp.265-271
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• 2008

Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the most common form of human genetic variation. Non-synonymous SNPs (nsSNPs) change an amino acid. Organic anion transporters (OATs) play an important role in eliminating or reabsorbing endogenous and exogenous organic anionic compounds. Among OATs, hOAT4 mediates high affinity transport of estrone sulfate and dehydroepiandrosterone sulfate. The rapid bone loss that occurs in post-menopausal women is mainly due to a net decrease of estrogen. In the present study we searched for SNPs within the exon regions of hOAT4 in Korean women osteoporosis patients. Fifty healthy subjects and 50 subjects with osteoporosis were screened for genetic polymorphism in the coding region of SLC22A11 (hOAT4) using GC-clamp PCR and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). We found three SNPs in the hOAT4 gene. Two were in the osteoporosis group (C483A and G832A) and one in the normal group (C847T). One of the SNPs, G832A, is an nsSNP that changes the $278^{th}$ amino acid from glutamic acid to lysine (E278K). Uptake of [$3^H$] estrone sulfate by oocytes injected with the hOAT4 E278K mutant was reduced compared with wild-type hOAT4. Km values for wild type and E278K were $0.7{\mu}M$ and $1.2{\mu}M$, and Vmax values were 1.8 and 0.47 pmol/oocyte/h, respectively. The present study demonstrates that hOAT4 variants can causing inter-individual variation in anionic drug uptake and, therefore, could be used as markers for certain diseases including osteoporosis.

• The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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• 제19권4호
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• pp.319-325
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• 2015

Among solute carrier proteins, the organic anion transporters (OATs) play an important role for the elimination or reabsorption of endogenous and exogenous negatively charged anionic compounds. Among OATs, SLC22A9 (hOAT7) transports estrone sulfate with high affinity. The net decrease of estrogen, especially in post-menopausal women induces rapid bone loss. The present study was performed to search the SNP within exon regions of SLC22A9 in Korean females with osteoporosis. Fifty healthy controls and 50 osteoporosis patients were screened for the genetic polymorphism in the coding region of SLC22A9 using GC-clamped PCR and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). Six SNPs were found on the SLC22A9 gene from Korean women with/without osteoporosis. The SNPs were located as follows: two SNPs in the osteoporosis group (A645G and T1277C), three SNPs in the control group (G1449T, C1467T and C1487T) and one SNP in both the osteoporosis and control groups (G767A). The G767A, T1277C and C1487T SNPs result in an amino acid substitution, from synonymous vs nonsynonymous substitution arginine to glutamine (R256Q), phenylalanine to serine (F426S) and proline to leucine (P496L), respectively. The Km values and Vmax of the wild type, R256Q, P496L and F426S were 8.84, 8.87, 9.83 and $12.74{\mu}M$, and 1.97, 1.96, 2.06 and 1.55 pmol/oocyte/h, respectively. The present study demonstrates that the SLC22A9 variant F426S is causing inter-individual variation that is leading to the differences in transport of the steroid sulfate conjugate (estrone sulfate) and, therefore this could be used as a marker for certain disease including osteoporosis.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권4호
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• pp.1575-1579
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• 2014

Background: There is a close relationship between Helicobacter pylori (H pylori)-specific factors and different gastroduodenal diseases. The present study aimed to investigate the prevalence of vacA d1, d2 genotypes in the H pylori isolates from patients with gastric adenocarcinoma, peptic ulcer disease (PUD) and gastritis in East Azerbaijan region, where the incidence of gastric cancer (GC) is high. Strains isolated from this area are likely to be of European ancestry. Materials and Methods: In this study, genotyping of the vacA d region of 115 isolates obtained from patients with different gastrodoudenal diseases was accomplished by PCR methods. In addition to PCR amplification of H pylori 16S rDNA, rapid urease tests or histological examination were used to confirm the presence of H pylori in biopsy specimens. Data were collected and analyzed using SPSS version 19. Results: Of the total of 83 H pylori isolates, 36 (43.4%) contained the d1 allele and 47 (56.6%) were subtype d2. The results of the multiple linear/logistic regression analysis showed high correlation between allele d1 and gastric adenocarcinoma or PUD. Conclusions: This study suggests that the H pylori vacA d1 genotype helps predict risk for gastric adenocarcinoma and PUD in East Azerbaijan, Iran.

• 한국자원식물학회지
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• 제19권1호
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• pp.161-168
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• 2006

제주도에 자생하는 부채 선인장인 백년초의 기원 규명을 목적으로 ITS primer를 이용하여 685 bp의 ITS 영역을 분리하였다. ITS 영역의 염기서열을 분석한 결과 18S rRNA의 길이는 54 bp, 26S rRNA는 55 bp, ITS1은 193 bp, ITS2는 220 bp로 구성되어 있었다. 백년초 ITS 영역은 기존에 보고된 Cucurbitoideae 식물들의 ITS 영역에 비하여 ITS2 스페이서 영역의 239-254 bp보다는 다소 짧았다. 그러나 이들 스페이서 영역의 GC 함량은 백년초의 경우 ITS1은 66.8%, ITS2의 경우에는 67.7%로 Cucurbitoideae 식물들에서 보다 높은 GC 함량을 나타내었다. 백년초 선인장의 rDNA 영역에 가장 높은 상동성을 나타낸 것은 같은 Opuntioideae에 속하는 Pereskiopsis porteri(L78037)로 95%의 유사도를 나타내었다. 백년초 rDNA Clustal W 프로그램을 이용하여 유연관계를 조사한 결과 같은 Opuntioideae에 속하는 Pereskiopsis porteri(L78037)와 같은 cluster로 분리되었다.