• 제목/요약/키워드: helical structure

검색결과 265건 처리시간 0.026초

Replication origins oriGNAI3 and oriB of the mammalian AMPD2 locus nested in a region of straight DNA flanked by intrinsically bent DNA sites

  • Balani, Valerio Americo;De Lima Neto, Quirino Alves;Takeda, Karen Izumi;Gimenes, Fabricia;Fiorini, Adriana;Debatisse, Michelle;Fernandez, Maria Aparecida
    • BMB Reports
    • /
    • 제43권11호
    • /
    • pp.744-749
    • /
    • 2010
  • The aim of this work was to determine whether intrinsically bent DNA sites are present at, or close to, the mammalian replication origins oriGNAI3 and oriB in the Chinese hamster AMPD2 locus. Using an electrophoretic mobility shift assay and in silico analysis, we located four intrinsically bent DNA sites (b1 to b4) in a fragment that contains the oriGNAI3 and one site (b5) proximal to oriB. The helical parameters show that each bent DNA site is curved in a left-handed superhelical writhe. A 2D projection of 3D fragment trajectories revealed that oriGNAI3 is located in a relatively straight segment flanked by bent sites b1 and b2, which map in previously identified Scaffold/Matrix Attachment Region. Sites b3 and b4 are located approximately 2 kb downstream and force the fragment into a strong closed loop structure. The b5 site is also located in an S/MAR that is found just downstream of oriB.

분지 베타 글루칸의 저분자화 기술 연구 (Study on the Process to Decrease the molecular Weight of $\beta$-[1,6]-branched $\beta$-[1,3]-D-Glucans)

  • 신현재;이동철
    • KSBB Journal
    • /
    • 제18권5호
    • /
    • pp.352-355
    • /
    • 2003
  • 분자량이 1 MDa 이상인 $\beta$-(1,6)-branched $\beta$-(1,3)-glucan의 효과적인 저분자화 방법을 물리적인 방법, 화학적인 방법, 효소적인 방법으로 나누어 고찰하였다. 물리적인 방법인 초음파처리의 경우엔, 저분자화가 진행됨에 따라 감소하는 저분자화의 효율로 인하여 산업적으로 일정 수준이하의 BBG을 수득하기에 난점이 있으며, 또한 3차 구조의 변성 문제도 주목해야 할 것이다. 화학적인 산 처리법의 경우, 분자량 100,000 Da 이하의 BBG을 산업적으로 수득하기에는 유리할 수 있으나, 약리적 효능에 결정적인 $\beta$-(1,6)-branch의 파괴가 단점이라 할 수 있다. 효소적인 방법이야말로 triple helix 3차 구조의 변성 문제나 $\beta$-(1,6)-branch의 감소 문제를 피하며, 효과적으로 분자량을 감소시킬 수 있음이 확인되었으나, 아직 분지도가 높은 $\beta$-(1,6)-branched $\beta$-(1,3)-glucan까지 효과적으로 가수분해 할 수 있는 효소를 screening 하지는 못하였다.

EPS 감속 모터 개발 (The Development of Decelerating Motor of Electronic Power Steering)

  • 이정익
    • 한국융합학회논문지
    • /
    • 제2권2호
    • /
    • pp.27-34
    • /
    • 2011
  • 본 연구는 호빙 가공공정 없이 워엄 휠 기어 형상을 만들기 위한 워엄 휠의 개발을 위한 제품을 만드는 것이다. 호빙 가공 공정이 없기 때문에, 증가된 생산성과 등가의 품질을 가지는 플라스틱 워엄 휠이 결국 만들어지게 된다. 그 결과, 이 제품은 현대 모비스, 만도, TRW, KOYO/NSK/Showa(Japan), Delphai(Amercia)에 판매 될 것이다. 핵심 기술 및 전략은 다음과 같다. 워엄 휠의 성형을 위한 기술 보호는 최근 "헬리컬 기어(No. 10-2008-0105908) 성형"이 특허 공정으로 되어 있다. 나아가, "보스 삽입을 위한 위치 결정을 위한 성형 시스템"을 위한 특허 절차가 준비 중이다. 기어 기계가공 절차 없이 호빙 머신에 기어 성형 절차로서, 무엇보다 먼저, 기어를 만드는 코어 개발 기술이 주된 주제이다. 따라서, 코어 및 성형 기초가 초기 순서로 개발되지 않아서, 현재 개발되는 워엄 휠의 경우, 기어는 이차적으로 호빙 M/C로 기계가공 된다. 최종적으로는, 성형 기초 구조체를 위한 특허가 본 연구결과로 만들어질 예정이다.

Numerical Investigation on a Rotor Tip-Vortex Instability in Very Low Advance Ratio Flight

  • Chung, Ki-Hoon;Hwang, Chang-Jeon;Lee, Duck-Joo;Yim, Jong-Bong
    • International Journal of Aeronautical and Space Sciences
    • /
    • 제6권2호
    • /
    • pp.84-96
    • /
    • 2005
  • Helical tip vortex is known as stable vortex structure, however the specific frequency component of far wake perturbation induces the vortex pairing in hover and axial flight. It is expected that the tip vortex pairing phenomena may happen in transition flight and very low advance ratio flight so that inflow may be most nonuniform in the low advance ratio flight. The objectives of this paper are that a tip-vortex instability during the transition from hover into very low advance ratio forward flight is numerically predicted to understand a physics by using a time-marching free-wake method. To achieve the objectives, numerical method is firstly validated in typical axial and forward flights cases. Present scheme with trim routine can predict airloads and inflow distribution of forward flight with good accuracy. Then, the transition flight condition is calculated. The rotor used in this wake calculation is a small-scale AH-1G model. By using a tip-vortex trajectory tracking method, the tip-vortex pairing process are clearly observed in transient flight($\mu$=0.03) and disappears at a slightly higher advance ratio($\mu$=0.05). According to the steady flight simulation at $\mu$=0.03, it is confirmed the tip-vortex pairing process is continued in the rear part of rotor disk and not occurs in the front part. Time averaged inflow in this case is predicted as smooth distribution.

Investigation of the effect of Erythrosine B on a β-amyloid (1-40) peptide using molecular modeling method

  • Lee, Juho;Kwon, Inchan;Cho, Art E.;Jang, Seung Soon
    • EDISON SW 활용 경진대회 논문집
    • /
    • 제4회(2015년)
    • /
    • pp.14-23
    • /
    • 2015
  • Alzheimer's disease is one of the most common types of degenerative dementia. As a considerable cause of Alzheimer's disease, neurotoxic plaques composed of 39 to 42 residue-long amyloid beta($A{\beta}$) fibrils have been found in the patient's brain in large quantity. A previous study found that erythrosine B (ER), a red color food dye approved by FDA, inhibits the formation of amyloid beta fibril structures. Here, in an attempt to elucidate the inhibition mechanism, we performed molecular dynamics simulations to demonstrate the conformational change of $A{\beta}40$ induced by 2 ERs in atomistic detail. During the simulation, the ERs bound to the surfaces of both N-terminus and C-terminus regions of $A{\beta}40$ rapidly. The observed stacking of the ERs and the aromatic side chains near the N-terminus region suggests a possible inhibition mechanism in which disturbing the inter-chain stacking of PHEs destabilizes beta-sheet enriched in amyloid beta fibrils. The bound ERs block water molecules and thereby help stabilizing alpha helical structure at the main chain of C-terminus and interrupt the formation of the salt-bridge ASP23-LYS28 at the same time. Our findings can help better understanding of the current and upcoming treatment studies for Alzheimer's disease by suggesting inhibition mechanism of ER on the conformational transition of $A{\beta}40$ at the molecular level.

  • PDF

5MW급 풍력발전기용 기어박스 하우징의 형상 최적설계 (Optimum Shape Design of Gearbox Housing for 5MW Wind Turbines)

  • 정기용;이대연;최은호;조진래;임오강
    • 한국전산구조공학회논문집
    • /
    • 제25권3호
    • /
    • pp.237-243
    • /
    • 2012
  • 5MW급 풍력발전용 기어박스의 효율적인 구조해석과 근사모델을 생성하여 경량화를 위한 형상 최적설계를 수행하였다. 풍력발전용 기어박스의 구조는 기어 트레인, 축, 베어링, 하우징과 같이 복잡한 구성요소로 이루어져 있어 구조해석에 많은 요소 수를 요구하고 있다. 본 연구에서는 헬리컬 기어의 치강성 계수를 고려한 효과적인 기어박스의 구조해석 모델을 생성하였다. 치강성 계수를 사용한 유성 기어열은 상대적으로 적은 요소 수와 해석시간으로도 전체 기어박스 시스템의 구조해석과 형상 최적화를 가능케 한다. 치강성을 이용한 단순화된 해석모델과 근사모델을 적용하여 하우징 무게에 영향이 큰 부위의 두께를 설계변수로 설정하여 케이스 최적설계안을 도출하였으며, 최적설계를 위해 사용된 근사모델의 신뢰성과 최적 기어박스 하우징 형상의 수치해석을 통해 타당성을 검증하였다.

Development of RF Ion Source for Neutral Beam Injector in Fusion Devices

  • 장두희;박민;김선호;정승호
    • 한국진공학회:학술대회논문집
    • /
    • 한국진공학회 2013년도 제44회 동계 정기학술대회 초록집
    • /
    • pp.550-551
    • /
    • 2013
  • Large-area RF-driven ion source is being developed at Germany for the heating and current drive of ITER plasmas. Negative hydrogen (deuterium) ion sources are major components of neutral beam injection systems in future large-scale fusion experiments such as ITER and DEMO. RF ion sources for the production of positive hydrogen ions have been successfully developed at IPP (Max-Planck- Institute for Plasma Physics, Garching) for ASDEX-U and W7-AS neutral beam injection (NBI) systems. In recent, the first NBI system (NBI-1) has been developed successfully for the KSTAR. The first and second long-pulse ion sources (LPIS-1 and LPIS-2) of NBI-1 system consist of a magnetic bucket plasma generator with multi-pole cusp fields, filament heating structure, and a set of tetrode accelerators with circular apertures. There is a development plan of large-area RF ion source at KAERI to extract the positive ions, which can be used for the second NBI (NBI-2) system of KSTAR, and to extract the negative ions for future fusion devices such as ITER and K-DEMO. The large-area RF ion source consists of a driver region, including a helical antenna (6-turn copper tube with an outer diameter of 6 mm) and a discharge chamber (ceramic and/or quartz tubes with an inner diameter of 200 mm, a height of 150 mm, and a thickness of 8 mm), and an expansion region (magnetic bucket of prototype LPIS in the KAERI). RF power can be transferred up to 10 kW with a fixed frequency of 2 MHz through a matching circuit (auto- and manual-matching apparatus). Argon gas is commonly injected to the initial ignition of RF plasma discharge, and then hydrogen gas instead of argon gas is finally injected for the RF plasma sustainment. The uniformities of plasma density and electron temperature at the lowest area of expansion region (a distance of 300 mm from the driver region) are measured by using two electrostatic probes in the directions of short- and long-dimension of expansion region.

  • PDF

Structures of antimicrobial peptides HP (2-20) and interactions between HP(2-20) and membrain studied by NMR spectroscopy

  • Lee, Kwang-Hwan;Lee, Dong-Gun;Park, Yoonkyung;Hahm, Kyung-Soo;Kim, Yangmee
    • 한국생물물리학회:학술대회논문집
    • /
    • 한국생물물리학회 2003년도 정기총회 및 학술발표회
    • /
    • pp.68-68
    • /
    • 2003
  • HP(2-20) (AKKVFKRLEKLEKLFSKIQNDK) derived from the N-terminus of Helicobacter pylori Ribosomal Protein L1 shows potent antimicrobial activity against bacterial, fungi and cancer cells without cytotoxic effect. In order to investigate the relationships between antimicrobial activity and the structures, several analogues have been designed and synthesized. The structures of these peptides in SDS micelles have been investigated using NMR spectroscopy and they revealed that analogue 3 has the longest, well-defined alpha-helix from Val5 to Trp19. NOESY experiments performed on HP and its analogues in nondeuterated SDS micelles show that protons in the indole ring of Trp16 are in close contact with methylene protons of SDS micelles. In order to probe the position of HP and its analogues relative to the SDS micelles, spin-labeled stearate was added. Large effects are observed for the chemical shifts and the intensities of Phe5, Glu9, Phe12, and Trp16 within the helix region by 16-doxylstearate. This result implies that 16-doxylstearate is located in the center of the micelles and the hydrophobic phase of the amphiphilic ${\alpha}$-helix is located in contact with the acyl chains of the micelles. Also, Lys3 and Lys4 at N-terminus and Lys20 at C-terminus may produce an optimal arrangement for electrostatic interactions between the sulfate head groups of the SDS and the positively charged lysyl N$\sub$3/$\^$+/. Interactions between the indole ring of Trp and the membrane, as well as the amphiphilic ${\alpha}$-helical structure of HP induced by Trp at the C-terminus may allow HP to span the lipid bilayer. These structural features are crucial for their potent antibiotic activities.

  • PDF

소형화 구조를 위한 koch curve 마이크로스트립 패치 안테나 설계 (Design of Koch Curve Microstrip Patch Antenna for Miniaturization Structure)

  • 김선웅;김걸범;윤중현;최동유
    • 한국정보통신학회논문지
    • /
    • 제18권12호
    • /
    • pp.2823-2830
    • /
    • 2014
  • 안테나에서의 소형화 기법은 안테나의 물리적인 모양을 변형하여 공진에 필요한 전기적인 길이를 주어진 공간에서 최대화하고 경우에 따라서 고차의 공진모드를 이용하는 방법이다. 가장 대표적인 설계방법으로는 헬리컬 안테나, 미앤더 안테나, 프랙탈 안테나 등이다. 본 논문에서 제안한 소형화 안테나는 프랙탈 개념의 koch curve 구조이다. 안테나는 ISM 대역의 2.45 GHz 주파수이며, 마이크로스트립 패치 안테나로 제작하였다. koch curve 마이크로스트립 패치 안테나는 유전율 4.7, 유전체 높이 1.6 mm, 손실 탄젠트 0.02의 FR4 epoxy 기판을 사용하였으며, 에칭공정으로 제작하였다. 제작된 안테나의 반사손실 결과는 2.45 GHz 대역에서 -23.17 dB, VSWR 결과는 1.1491, 임피던스 정합은 $46{\Omega}$이다.

AM/FM/TDMB/GPS 수신용 전장 안테나 제작 (Implementation of the Vehicle Antenna for the AM/FM/TDMB/GPS Receiver)

  • 김주만;손태호
    • 한국ITS학회 논문지
    • /
    • 제8권5호
    • /
    • pp.105-113
    • /
    • 2009
  • 본 논문에서는 AM, FM, TDMB, GPS 수신용 전장 안테나를 설계하고 이를 제작하였다. 소형의 샤크 안테나에 탑재하기 위한 AM 안테나는 페라이트 턴 스타일 안테나로 설계하였다. FM, TDMB 수신용으로는 헤리컬 소자를 접은 접힌 모노폴 안테나로 설계하였다. 대역확보 및 이득향상을 위한 GPS 수신 안테나는 프랙털 구조의 공기층 사다리꼴 마이크로스트립 패치 안테나로 설계하였다. 제작된 AM 수신용 안테나의 수신신호 세기는 -65.7dBm 으로 기존의 외장형 폴 안테나의 -63.5dBm 과 비교하면 소형이면서도 유사한 수신 성능을 나타냄으로써 외장형 폴 안테나 및 glass 안테나 대체품으로 적용할 수 있음을 보였다. FM 및 TDMB 수신신호 세기는 각각의 중심 주파수에서 -55.66dBm, -43.50dBm 측정됨으로써 기존 안테나에 비해 5~10dB 높은 특성이 나타났다. GPS 안테나에 대한 측정은 VSWR 2 : 1 기준으로 135 MHz의 넓은 대역특성과 4.31dBi의 이득이 측정되어, GPS 전 대역에서 일반 세라믹 패치안테나의 이득보다 3~5dB 높은 이득을 얻었다.

  • PDF