• 제목/요약/키워드: genetic network

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괸당, 정낭(錠木), 묘(墓)의 신문(神門)과 유전자(RNA)의 접목 (The Hyper Connection of The Heredity Gene(RNA) and The Goendang with Jong Nang/Tomb Gate)

  • 김정수;이문호
    • 문화기술의 융합
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    • 제3권4호
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    • pp.1-19
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    • 2017
  • 죽음의 문화는 삶의 문화의 반쪽이라는 의미에서 상보적(相補的)이다. 3개의 이승 정낭과 2개의 묘(墓)의 저승 신문(神門)은 올레길 공간체로 연결되어 있다. 그 공간체에는 삶과 죽음사이의 상생(相生)과 상극(相剋)이 공존하는 상보성(相補性)(complementarity) 원리가 제주 문화(文化)에 숨어있다. 대(對)와 대(待)이다. 즉 반대되는 것은 서로 보완적이다란 말이 "(Contraria Sunt Complementa 라틴어)" 서로 대립하면서도 서로 의존하는 관계로 서로가 서로를 품은 관계를 뜻한다. 정낭은 통신 원리로 사용될 뿐 아니라 인체의 RNA Codon에 기본 원리로 사용된다. 또한, 묘의 사각형 산담 귓돌과 한국의 태극과 괘(卦), 유전자(RNA)의 괘(卦), 연결고리의 유사성 Pattern을 들 수 있다. 제주에는 흑용만리 곡선밭담과 사각형 산담이 들판에 펼쳐있다. 제주에서 돌담은 괸담(Stone Networks)으로 연결되고, 괸담의 관습상 발음이 되는 괸당은 친족(Relative Family Networks)로 연결된다. 조상의 명당 묘와 자손들 관계는 영혼적으로 동기감응(同氣感應: Soul Synchronizing the Ancestor to Offspring)이 되어 발복(發福: Change in Future)이 된다고 믿고, 육체적인 피(血)인 유전인자가 자식들에게 직접 전수된다. DNA RNA를 행렬식으로 표시했다.

POTENTIAL OF NIRS FOR SUPPORTING BREEDING AND CULTIVATION OF MEDICINAL AND SPICE PLANTS

  • Schulz, Hartwig;Steuer, Boris;Kruger, Hans
    • 한국근적외분광분석학회:학술대회논문집
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    • 한국근적외분광분석학회 2001년도 NIR-2001
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    • pp.1162-1162
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    • 2001
  • Whereas NIR spectroscopy has been applied in agriculture for more than 20 years, few studies refer to those plant substances occurring only in smaller amounts. Nevertheless there is a growing interest today to support efficiently activities in the production of high-quality medicinal and spice plants by this fast and non-invasive method. Therefore, it was the aim of this study to develop new NIR methods for the reliable prediction of secondary metabolites found as valuable substances in various plant species. First, sophisticated NIR methods were established to perform fast quality analyses of intact fennel, caraway and dill fruits deriving from single-plants [1]. Later on, a characterization of several leaf drugs and the corresponding fresh material has been successfully performed. In this context robust calibrations have been developed for dried peppermint, rosemary and sage leaves for the determination of their individual essential oil content and composition [2]. A specially adopted NIR method has been developed also for the analysis of carnosic acid in the leaves of numerous rosemary and sage gene bank accessions. Carnosic acid is an antioxidative substance for which several health promoting properties including cancer preservation are assumed. Also some other calibrations have been developed for non-volatile substances such as aspalathin (in unfermented rooibos leaves), catechins (in green tea) and echinacoside (in different Echinacea species) [3]. Some NIR analyses have also been successfully performed on fresh material, too. In spite of the fact that these measurements showed less accuracy in comparison to dried samples, the calibration equations are precise enough to register the individual plant ontogenesis and genetic background. Based on the information received, the farmers and breeders are able to determine the right harvest time (when the valuable components have reached their optimum profile) and to select high-quality genotypes during breeding experiments, respectively. First promising attempts have also been made to introduce mobile diode array spectrometers to collect the spectral data directly on the field or in the individual natural habitats. Since the development of reliable NIRS methods in this special field of application is very time-consuming and needs continuous maintenance of the calibration equations over a longer period, it is convenient to supply the corresponding calibration data to interested user via NIRS network. The present status of all activities, preformed in this context during the last three years, will be presented in detail.

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Identification of growth trait related genes in a Yorkshire purebred pig population by genome-wide association studies

  • Meng, Qingli;Wang, Kejun;Liu, Xiaolei;Zhou, Haishen;Xu, Li;Wang, Zhaojun;Fang, Meiying
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제30권4호
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    • pp.462-469
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    • 2017
  • Objective: The aim of this study is to identify genomic regions or genes controlling growth traits in pigs. Methods: Using a panel of 54,148 single nucleotide polymorphisms (SNPs), we performed a genome-wide Association (GWA) study in 562 pure Yorshire pigs with four growth traits: average daily gain from 30 kg to 100 kg or 115 kg, and days to 100 kg or 115 kg. Fixed and random model Circulating Probability Unification method was used to identify the associations between 54,148 SNPs and these four traits. SNP annotations were performed through the Sus scrofa data set from Ensembl. Bioinformatics analysis, including gene ontology analysis, pathway analysis and network analysis, was used to identify the candidate genes. Results: We detected 6 significant and 12 suggestive SNPs, and identified 9 candidate genes in close proximity to them (suppressor of glucose by autophagy [SOGA1], R-Spondin 2 [RSPO2], mitogen activated protein kinase kinase 6 [MAP2K6], phospholipase C beta 1 [PLCB1], rho GTPASE activating protein 24 [ARHGAP24], cytoplasmic polyadenylation element binding protein 4 [CPEB4], GLI family zinc finger 2 [GLI2], neuronal tyrosine-phosphorylated phosphoinositide-3-kinase adaptor 2 [NYAP2], and zinc finger protein multitype 2 [ZFPM2]). Gene ontology analysis and literature mining indicated that the candidate genes are involved in bone, muscle, fat, and lung development. Pathway analysis revealed that PLCB1 and MAP2K6 participate in the gonadotropin signaling pathway and suggests that these two genes contribute to growth at the onset of puberty. Conclusion: Our results provide new clues for understanding the genetic mechanisms underlying growth traits, and may help improve these traits in future breeding programs.

한국인 건선 환자에서의 IL-1B (-511, +3954)와 IL-1RN 유전자의 다양성 조사 (Investigation of IL-1B (-511, +3954) and IL-1RN Gene Polymorphisms in Korean Psoriasis Patients)

  • 김양겸;표철우;김태윤;김태규
    • IMMUNE NETWORK
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    • 제3권3호
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    • pp.242-247
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    • 2003
  • Background: Psoriasis is an inflammatory skin disorder that is characterized by a marked proliferation of keratinocytes, vascular dilation and leukocyte infiltration. Cytokines play important roles in the pathogenesis of inflammatory disorders. An overexpression of proinflammatory cytokines was characterized in psoriasis plaque. Among these cytokines, IL-$1{\beta}$ is major pro-inflammatory cytokine synthesized during the infection and inflammatory process. The IL-1 receptor antagonist (IL-1Ra) competes for the same IL-1 receptor for $IL-1{\alpha}$ and $-1{\beta}$, which prevents activation of the target cells. Three single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the IL-$1{\beta}$ gene have been reported at position -31, -511 and +3954. Within the IL-1Ra gene (IL-1RN), there is a variable number of tandem repeats (VNTR) of an 86 bp length in intron 2. These polymorphisms related to cytokine production and associated with various diseases. Methods: We investigated the polymorphisms of IL-1B (promoter -511 and +3954) and IL-1RN on 114 psoriasis patients and 311 healthy normal controls in Korean. We performed PCR-RFLP on single nucleotide polymorphisms (SNPs) of IL-1B (promoter -511 and +3954) and fragment analysis on IL-1RN 86 bp VNTR polymorphism. Results: The frequency of IL-1B $-511^*1$ allele (patients vs. controls; 50.0% vs. 42.3%, RR=1.4) was significantly increased and IL-1B $-511^*2$ allele (patients vs. controls; 50.0% vs. 57.7%, RR=0.7) decreased in psoriasis patients compared to normal controls. We also analyzed the IL-1B -511 polymorphism according to patients' characters (age of onset, sex and family history). The IL-1B -511 alleles were significantly associated in patients with male and family history than health normal controls. There were no significant associations of IL-1B +3954 and IL-1RN polymorphisms with psoriasis patients. Conclusion: These results suggest that the polymorphism of IL-1B -511 could be genetic susceptibility to psoriasis in Koreans.

Endoplasmic recticulum stress와 관련된 유전자기능과 전사조절인자의 In silico 분석 (In Silico Analysis of Gene Function and Transcriptional Regulators Associated with Endoplasmic Recticulum (ER) Stress)

  • 김태민;여지영;박찬선;이문수;정명호
    • 생명과학회지
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    • 제19권8호
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    • pp.1159-1163
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    • 2009
  • ER stress에 관련된 유전자의 기능변화와 전사조절인자 분석하기 위해 ER stress를 유도한 간세포에서 expression microarray로 유전자 발현을 확보한 후 GSECA로 분석하였다. ER stress가 유도되면, ER에 주어지는 과도한 부하를 감소시키는 기능들이 증가하는 반면, ER stress가 더 증가함에 따라 ATP 생성이나 DNA repair, 더 나아가 세포분열의 기능이 감소하는 등 세포가 damage을 받음을 알 수 있었다. ER stress에 관련된 전사조절인자로는 FOX04, AP-1, FOX03, HNF4, IRF-1, GATA 등의 전사조절인자들이 ER stress에 의해 발현이 증가하는 유전자들의 promoter에 공통적으로 존재하였으며, E2F, Nrf-1, Elk-1, YY1, CREB, MTF-1, STAT-1, ATF 등의 전사인자들이 발현이 감소하는 유전자들의 promoter에서 공통적으로 존재하여, 이들의 전사인자들이 ER stress에 의한 유전자의 발현조절에 중요한 역할을 하는 전사조절인자임을 알 수 있었다.

Influence of the Adjuvants and Genetic Background on the Asthma Model Using Recombinant Der f 2 in Mice

  • Chang, Yoon-Seok;Kim, Yoon-Keun;Jeon, Seong Gyu;Kim, Sae-Hoon;Kim, Sun-Sin;Park, Heung-Woo;Min, Kyung-Up;Kim, You-Young;Cho, Sang-Heon
    • IMMUNE NETWORK
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    • 제13권6호
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    • pp.295-300
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    • 2013
  • Der f 2 is the group 2 major allergen of a house dust mite (Dermatophagoides farinae) and its function has been recently suggested. To determine the optimal condition of sensitization to recombinant Der f 2 (rDer f 2) in murine model of asthma, we compared the effectiveness with different adjuvants in BALB/c and C57BL/6 mice. Mice from both strains sensitized with rDer f 2 by intraperitoneal injection or subcutaneous injection on days 1 and 14. The dosage was $20{\mu}g$. Freund's adjuvants with pertussis toxin (FP) or alum alone were used as adjuvants. On days 28, 29, and 30, mice were challenged intranasally with 0.1% rDer f 2. We evaluated airway hyperresponsivenss, eosinophil proportion in lung lavage, airway inflammation, and serum allergen specific antibody responses. Naive mice were used as controls. Airway hyperresponsiveness was increased in C57BL/6 with FP, and BALB/c with alum (PC200: $13.5{\pm}6.3$, $13.2{\pm}6.7$ vs. >50 mg/ml, p<0.05). The eosinophil proportion was increased in all groups; C57BL/6 with FP, BALB/c with FP, C57BL/6 with alum, BALB/c with alum ($24.8{\pm}3.6$, $20.3{\pm}10.3$, $11.0{\pm}6.9$, $5.7{\pm}2.8$, vs. $0.0{\pm}0.0$%, p<0.05). The serum allergen specific IgE levels were increased in C57BL/6 with FP or alum (OD: $0.8{\pm}1.4$, $1.1{\pm}0.8$, vs. $0.0{\pm}0.0$). C57BL/6 mice were better responders to rDer f 2 and as for adjuvants, Freund's adjuvant with pertussis toxin was better.

한국인에서 HLA 유전자 부위 내 Microsatellite 표지자의 분포와 HLA 대립유전자의 유전적 연관성 (Distributions of HLA Microsatellite Markers and the Linkage Disequilibria between HLA and Microsatellites in Koreans)

  • 장정필;최은정;윤호열;최희백;김희제;조병식;민우성;이종욱;김춘추;김태규
    • IMMUNE NETWORK
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    • 제7권3호
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    • pp.149-157
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    • 2007
  • Background: The microsatellites within human leukocyte antigen (HLA) region show considerable polymorphism and strong linkage disequilibrium (LD) with HLA alleles. These microsatellites have been used for genetic analysis including disease mapping to understand susceptibility to autoimmune and infectious diseases. Also, use of microsatellites has recently been proposed as an approach for identifying non-HLA markers within the HLA region that could function as transplantation determinants and for the selection of potential donors for transplantation. Methods: To analyse the frequency of five microsatellites in the Korean population, genotyping for polymorphisms at five microsatellites markers (BAT2, MIB, DQCAR, D6S105 and TNFd) within HLA region was performed on 143 healthy Korean controls. Results: The most frequent genotype shown in healthy Korean controls were BAT2 8 (153 bp, 42.7%), MIB 1 (326 bp, 40.6%), DQCAR 3 (188 bp, 38.5%), D6S105 7 (126 bp, 58.0%) and TNFd 3 (128 bp, 58.0%). And common two-loci haplotypes were found as MIB 1-HLA-B*62 (HF: 10.6%), MIB 6-HLA-B*44 (HF: 7.8%), DQCAR 3-HLA-DRB1*13 (HF: 8.5%), TNFd 5-HLA-B*62 (HF: 7.8%) and D6S105 7-HLA-A*02 (HF: 16.2%). Conclusion: These data might provide useful information on the microsatellites markers with HLA region in Korean population and be helpful in further defining the clinical impact of these microsatellites.

시뮬레이티드 어니일링 기반의 랜덤 포레스트를 이용한 기업부도예측 (Predicting Corporate Bankruptcy using Simulated Annealing-based Random Fores)

  • 박호연;김경재
    • 지능정보연구
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    • 제24권4호
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    • pp.155-170
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    • 2018
  • 기업의 금융 부도를 예측하는 것은 전통적으로 비즈니스 분석에서 가장 중요한 예측문제 중 하나이다. 선행연구에서 예측모델은 통계 및 기계학습 기반의 기법을 적용하거나 결합하는 방식으로 제안되었다. 본 논문에서는 잘 알려진 최적화기법 중 하나인 시뮬레이티드 어니일링에 기반한 새로운 지능형 예측모델을 제안한다. 시뮬레이티드 어니일링은 유전자알고리즘과 유사한 최적화 성능을 가진 것으로 알려져 있다. 그럼에도 불구하고, 시뮬레이티드 어니일링을 사용한 비즈니스 의사결정 문제의 예측과 분류에 관한 연구가 거의 없었기 때문에, 비즈니스 분석에서의 유용성을 확인하는 것은 의미가 있다. 본 연구에서는 시뮬레이티드 어니일링과 기계학습의 결합 모델을 사용하여 부도예측모델의 입력 특징을 선정한다. 최적화 기법과 기계학습기법을 결합하는 대표적인 유형은 특징 선택, 특징 가중치 및 사례 선택이다. 이 연구에서는 선행연구에서 가장 많이 연구된 특징 선택을 위한 결합모델을 제안한다. 제안하는 모델의 우수성을 확인하기 위하여 본 연구에서는 한국 기업의 실제 재무데이터를 이용하여 그 결과를 분석한다. 분석결과는 제안된 모델의 예측 정확도가 단순한 모델의 예측 정확성보다 우수하다는 것을 보여준다. 특히 기존의 의사결정나무, 랜덤포레스트, 인공신경망, SVM 및 로지스틱 회귀분석에 비해 분류성능이 향상되었다.

선충 종류별 4종 포식성곰팡이의 포식력 차이 (Nematode-Trapping Fungi Showed Different Predacity among Nematode Species)

  • 강헌일;최인수;박남숙;배창환;김동근
    • 식물병연구
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    • 제25권3호
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    • pp.149-155
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    • 2019
  • 선충 포식성곰팡이는 유기물에서 번식하다가 양분이 부족해지면 특수 기관을 형성하여 선충을 포획하고 선충으로부터 양분을 섭취하기 때문에 토양 내 동물계와 먹이사슬을 이루며 생태계에서 중요한 부분을 차지한다. 본 연구에서는 끈끈이그물형 포식기관을 가진 3종, Arthrobotrys oligospora, A. sinensis, A. thaumasia과 수축성올가미형 포식기관을 가진 Drechslerella brochopaga 1종 등 4종의 선충 포식성곰팡이의 식세균성선충 9종, 식균성선충 1종, 식물기생성선충 2종 등 총 12종의 선충류에 대한 포식력을 검정하였다. 4종의 포식성곰팡이에 모두 감수성인 선충은 식물기생성선충 2종류(Meloidogyne incognita, Pratylenchus penetrans), Rhabditidae에 속하는 P. strongyloides, Mesorhabditis irregularis이었고 접종 4일 후부터 선충을 포식하였으며, 선충 내부로 곰팡이가 번식하여 15일째에는 거의 선충의 형태를 알아볼 수 없을 정도였다. 반면, Cephlobidae에 속하는 Acrobeloides spp., A. avenae는 4종의 포식성곰팡이에 모두 저항성을 보였으며 15일 후 관찰하였을 때, 접종배지 내에 선충 수가 초기접종 밀도와 같거나 오히려 2-3배 정도까지 번식되었다. 나머지 선충 종들은 포식성곰팡이 종류에 따라 감수성에 다소간 차이가 있었다. 본 연구결과, 선충 포식성곰팡이가 선충 종에 따라 특이적으로 반응하였으며 이러한 기주특이성을 이용하여 식물기생성선충의 친환경적 방제를 위한 하나의 수단으로 이용될 수 있다.

환상박피 처리에 의한 일본잎갈나무의 착과유도 효과와 대사물질의 변화 (Enhanced Strobilus Production and Metabolic Alterations in Larix kaempferi by Stem Girdling)

  • 이위영;박응준;강진택;안진권
    • 한국산림과학회지
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    • 제100권3호
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    • pp.367-373
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    • 2011
  • 낙엽송(Larix kaempferi)의 종자에 대한 수요는 증가하고 있으나 채종원에서의 종자생산량은 저조한 실정이다. 종자생산량을 증가시키기 위하여 42년생의 낙엽송 채종목에 환상박피처리를 한 결과 처리목에서 착과량과 착과목 비율이 무처리목에 비해 매우 높게 나타나 환상박피의 처리효과가 명확하였다. 환상박피처리에 의한 낙엽송 채종목의 대사물질 변화를 무처리간 비교분석하기위하여 GC/MS를 이용하여 주관부위의 흉고높이에서 체관부를 포함한 형성층조직 내의 대사물질을 분석하였다. 환상박피 처리목에서 14종의 극성 및 비극성 물질의 함량이 무처리목에 비해 유의적으로 차이가 있는 것으로 나타났다. 환상박피 처리에 의해 인산, sucrose, pimaric acid와 미지 물질 2종의 함량이 무처리목에 비해 상대적으로 증가하였고, malic acid, inositol, 2종의 2당류, 11-trans-Octadecenoic acid 및 4종의 미지 물질 함량은 상대적으로 감소한 것으로 나타났다. 또한 환상박피 처리 목은 무처리목에 비해 유의적으로 높은 전질소 함량을 나타냈다. 이러한 연구결과는 환상박피 처리에 의한 대사물질의 변화에 대한 정보를 제공하고 나아가 낙엽송 종자 생산 증진을 위한 연구에 이용될 수 있을 것이다.