• 제목/요약/키워드: genetic characterization

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밀버섯의 항암성분에 관한 연구 (Studies on Antitumor Components of Collybia confluens)

  • 김숙희;김진숙;진미림;김하원;최응칠;김병각
    • 생약학회지
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    • 제24권4호
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    • pp.267-281
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    • 1993
  • To find antitumor components from higher fungi, the mycelia of Collybia confluens (Pers. ex Fr.) Kummer were cultured in artificial media. For efficient production of the mycelia, the influences of various modifications of culture conditions were examined. A water-soluble protein-bound polysaccharide fraction, Fr. A, was obtained from the mycelia by hot water extraction. When Fr. A was purified and fractionated by DEAE-cellulose and Sepbadex G-200 gel filtration chromatographies into four fractions which were designated B, C, C-I and C-II. The tumor inhibition ratios of these fractions ranged from 46% to 75% against the solid forms of sarcoma 180 in ICR mice at doses of 20 and 50 mg/kg/day when given intraperitoneally. Especially, Fr. C which was named Collyban(CB) exhibited a marked life-prolonging effect of the mice against ascitic forms of sarcoma 180 at a dose of 50 mg via i.p. administration. To extend spectra of the antitumor activities and eliminate the effects of allograft rejection, the characterization of antitumor effects of CB was performed in syngeneic host-tumor systems. It did not show any antitumor activity against L1210 murine leukemia in $CD_2Fl$ mice but prolonged their life span against ascitic forms of $MM_{46}$ carcinoma in $C_3H/He$ mice. Also it exhibited antitumor activity against human cervical cancer HeLa cells that were xenografted into nude mice having BALB/c genetic backgrounds by the i.p. injection at a dose of 100 mg/kg/day. In order to characterize the antitumor components, CB was examined by chemical analysis. It was acidic protein-bound polysaccharides composed of 31% polysaccharide, 27% protein and 3% hexosamine. CB was fractionated into two fractions, Fr. C-I(M.W.: 500 Kd) and Fr. C-II(M.W.:30 and 8 Kd) by Sephadex G-200 gel filtration chromatography.

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Immunosuppression-enhancing effect of the administration of allogeneic canine adipose-derived mesenchymal stem cells (cA-MSCs) compared with autologous cA-MSCs in vitro

  • Wi, Hayeon;Lee, Seunghoon;Kim, Youngim;No, Jin-Gu;Lee, Poongyeon;Lee, Bo Ram;Oh, Keon Bong;Hur, Tai-young;Ock, Sun A
    • Journal of Veterinary Science
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    • 제22권5호
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    • pp.63.1-63.14
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    • 2021
  • Background: Recently, mesenchymal stem cells therapy has been performed in dogs, although the outcome is not always favorable. Objectives: To investigate the therapeutic efficacy of mesenchymal stem cells (MSCs) using dog leukocyte antigen (DLA) matching between the donor and recipient in vitro. Methods: Canine adipose-derived MSCs (cA-MSCs) isolated from the subcutaneous tissue of Dog 1 underwent characterization. For major DLA genotyping (DQA1, DQB1, and DRB1), peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from two dogs (Dogs 1 and 2) were analyzed by direct sequencing of polymerase chain reaction (PCR) products. The cA-MSCs were co-cultured at a 1:10 ratio with activated PBMCs (DLA matching or mismatching) for 3 days and analyzed for immunosuppressive (IDO, PTGS2, and PTGES), inflammatory (IL6 and IL10), and apoptotic genes (CASP8, BAX, TP53, and BCL2) by quantitative real-time reverse transcriptase-PCR. Results: cA-MSCs were expressed cell surface markers such as CD90+/44+/29+/45- and differentiated into osteocytes, chondrocytes, and adipocytes in vitro. According to the Immuno Polymorphism Database, DLA genotyping comparisons of Dogs 1 and 2 revealed complete differences in genes DQA1, DQB1, and DRB1. In the co-culturing of cA-MSCs and PBMCs, DLA mismatch between the two cell types induced a significant increase in the expression of immunosuppressive (IDO/PTGS2) and apoptotic (CASP8/BAX) genes. Conclusions: The administration of cA-MSCs matching the recipient DLA type can alleviate the need to regulate excessive immunosuppressive responses associated with genes, such as IDO and PTGES. Furthermore, easy and reliable DLA genotyping technology is required because of the high degree of genetic polymorphisms of DQA1, DQB1, and DRB1 and the low readability of DLA 88.

충청남도 해안지역의 비브리오 패혈증균 분포 및 분리주의 특성 분석 (Distribution and Characterization of Vibrio vulnificus Isolated in Coastal Areas of Chungcheongnam-do Province)

  • 이현아;고영은;최지혜;이다연;여성순;박종진;이미영;최진하;박준혁
    • 한국환경보건학회지
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    • 제47권5호
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    • pp.479-485
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    • 2021
  • Background: Vibrio vulnificus has been frequently detected in seawater, fish, and shellfish mainly in the coastal areas of Chungcheongnam-do Province. Objectives: This study was conducted to investigate the analyzed biochemical properties, genetic characteristics, and distribution of Vibrio vulnificus isolated from environmental sources in coastal areas of Chungcheongnam-do Province from 2019 to 2020. Methods: A total of 1,510 samples were obtained from six different sites in Chungcheongnam-do Province. Isolated strains from the samples were identified by a VITEK 2 system and MALDI-TOF. Antibiotic susceptibility testing for 85 isolates was done by microdilution minimum inhibitory concentration methods, and 11 isolates were analyzed for 16s rRNA sequences in multiple alignments. Results: Among the 1,510 samples taken during the investigation period, 306 strains were isolated and the detection rate of V. vulnificus was 20.3%. One hundred eighty-eight strains (24.6%) from seawater and 118 strains (15.8%) from mud flats were isolated. It was mainly detected in July (17.3%), August (36.5%), and September (28.8%), and the proportion was 82.0%. Based on the CLSI-recommended breakpoints, V. vulnificus isolates were all susceptible to amoxicillin/clavulanic acid, amikacin, gentamicin, ciprofloxacin and trimethoprim/sulfamethoxazole. However, nonsusceptible isolates to ampicillin, ampicillin/sulbactam, cefazolin, cefoxitin, imipenem, tetracycline and chloramphenicol were identified. In the analysis of the nucleotide sequences for 16s rRNA of V. vulnificus isolates, it was confirmed that mutations frequently occurred between nucleotide number 922 and 952, and 98.2% to 100% nucleotide identities between isolates was verified. Conclusions: The results of this study can be used as a basic data for infection control and prevention of Vibrio vulnificus infection by describing the distribution and characteristics of Vibrio vulnificus strains isolated in coastal areas of Chungcheongnam-do Province.

톨 페스큐 신품종 '그린마스터4호'의 품종 특성 및 수량성 (Development and Characterization of New Tall fescue Variety 'Greenmaster4ho')

  • 이기원;지희정;최기준;김지혜;송요욱;우제훈;이상훈
    • 한국초지조사료학회지
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    • 제38권4호
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    • pp.280-285
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    • 2018
  • 본 시험은 사료가치가 우수하고 엔도파이트에 감염되지 않은 톨 페스큐 신품종을 개발하기 위하여 2010년부터 2017년까지 농촌진흥청 국립축산과학원 초지사료과에서 수행되었다. 톨 페스큐 신품종 '그린마스터4호'는 6배체 품종으로서 잎은 녹색이며, 출수기가 5월 16일경으로서 대비품종인 'Fawn' 보다 5일 늦은 중생품종이고, 출수기에 초장은 74.6cm 정도이다. 지역적응시험 4개 지역평균 건물수량은 '그린마스터4호'가 16.2톤/ha로서 대비품종인 'Fawn'보다 5% 많았으며, 지역별 생산성이 4개 지역 모두에서 'Fawn'보다 우수하였다. '그린마스터4호'의 사료가치는 조단백질(CP) 함량이 15.2%, 건물소화율(IVDMD)이 70.0%, 가소화양분총량(TDN)이 63.6%, 중성세제불용섬유(NDF)가 58.7%, 산성세제불용섬유(ADF)는 32.0%로서 Fawn보다 높거나 대등하였다. '그린마스터4호'는 엔도파이트에 감염되지 않는 품종이면서 'Fawn'보다 국내 기후환경 적응성과 영속성이 우수하여 초지조성에 알맞은 품종으로서 우리나라 전국에서 재배 가능하다.

청청/낙동 배가반수체 집단에서 QTL을 통한 출수기와 수량관련 유전자좌 분석 (Characterization of Heading- and Yield-related Gene Loci in the Cheongcheong/Nagdong Doubled Haploid Line using Rice QTLs)

  • 장윤희;박재령;김경민
    • 한국작물학회지
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    • 제64권1호
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    • pp.1-17
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    • 2019
  • 본 연구는 2017년 CNDH 계통을 이용하여 출수기와 수량을 QTL 조사하여 다음과 같은 결과를 가졌다. 1. 도수분포표에서 QHD, QTPW, QM, QTGW, QY는 정규분포를 이루고 있었다. 2. 출수기 관련 QTLs은 총 1개가 잡혔고, 수량관련 QTLs은 총 9개가 잡혔다. QHD에서는 LOD 2.85가 가장 컸고, QTPW에서는 5.39, QM에서는 3.92, QTGW에서는 4.80, QY에서는 3.7이 가장 컸다. 3. 유전자 분석을 통해, 2, 3, 7, 8, 10번 염색체에서 총58개의 후보유전자를 찾았다. 이 중 수량요소인 QM에서 Rcd1 protein, OsERF3 유전자, QTGW에서 MtN3, Zinc finger protein 유전자, QY에서 OsNAC3 protein 유전자를 발견하였다. 4. 본 연구를 통해 발견된 CNDH 계통 내의 수분함량, 천립중, 수량에 관련된 유전자의 존재여부를 찾아낸다면 조생종, 수중형에 가까운 품종을 개발하는 데 기초자료로 이용될 수 있을 것이라 판단된다.

갯장어(Muraenesox cinereus) 장으로부터 호기적 조건에서 분리된 미생물의 다양성 및 세포외 효소 생산능 분석에 관한 연구 (A Study of the Diversity and Profile for Extracellular Enzyme Production of Aerobically Cultured Bacteria in the Gut of Muraenesox cinereus)

  • 이용직;오도경;김혜원;남개원;손재학;이한승;신기선;이상재
    • 생명과학회지
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    • 제29권2호
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    • pp.248-255
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    • 2019
  • 국내 삼천포 및 서천에서 채집한 갯장어(Muraenesox cinereus)의 장내기관으로부터 분리된 미생물들의 다양성 및 특성에 관하여 조사하였다. 장내 미생물의 순수 분리를 위하여 marine agar 배지를 사용하였으며 $37^{\circ}C$에서 호기적으로 배양하였다. 순수 분리 후, 49 균주를 분리하였으며 16S rRNA 염기서열 분석 결과를 바탕으로 계통학적 분석을 실시한 결과, 3문, 13과, 14속, 34종으로 구성되어 있는 것을 확인하였다. 특히, Proteobacteria 문은 83.7%의 분포를 나타내었으며 8과, 8속, 26종으로 Aeromonadaceae, Pseudoalteromonadaceae, Shewanellaceae, Enterobacteriaceae, Morganellaceae, Moraxellaceae, Pseudomonadaceae와 Vibrionaceae로 분포하는 것을 확인하였다. 그리고 분리한 균주들이 amylase, lipase, protease와 같은 산업적으로 유용한 효소를 생산하는지 확인하기 위하여 효소 활성 평가를 실시하였으며, 39 균주가 최소 한 종류 이상의 효소 활성을 가지고 있는 것을 확인하였다. 특히 Aeromonas 속의 균주들은 테스트한 모든 효소의 활성을 나타내는 것을 확인하였다. 이러한 결과는 본 연구를 통하여 분리한 미생물들의 산업적 활용 가능성을 나타내었다. 그러므로 이번 연구는 국내 유전자원 확보 및 갯장어의 장내마이크로비옴의 과학적 지식 확장에 도움이 될 것으로 생각된다.

멜론 유전자원의 생육 평가와 과육색 유전형 분석 (Characterization of Phenotypic Traits and Application of Fruit Flesh Color Marker in Melon (Cucumis melo L.) Accessions)

  • 배익현;강한솔;정우진;유재황;이오흠;정희
    • 한국자원식물학회지
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    • 제34권5호
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    • pp.478-490
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    • 2021
  • 멜론은 세계 각지에서 재배되는 경제적으로 중요한 작물중의 하나이다. 본 연구는 농업유전자원센터에서 수집 보관중인 멜론 유전자원을 대상으로 다양한 생육 특성을 특성을 조사하고, 멜론의 중요한 육종 형질중의 하나인 과육색의 유전형과 표현형을 조사하여 멜론 육종에 필요한 육종 재료 확보를 위한 기초 자료를 마련하고자 수행되었다. 총 219개의 멜론 유전자원을 대상으로 19개의 생육 특성과 PCA분석을 수행하고, 멜론의 중요한 육종 형질중의 하나인 과육색의 유전형을 조사하여 표현형과 비교하였다. 과육색은 오렌지색, 백색, 녹색, 유백색, 황색의 5가지로 분류하였으며, 이중 오렌지색이 87개로 가장 많았으며, 그 다음으로 백색이 75개였다. 그리고, 오렌지색과 녹색 과육 구별용 마커를 적용한 결과, 녹색 과육 21개의 경우는 표현형과 유전형 일치율이 100%였으며, 오렌지색의 경우는 98%, 백색은 97%, 유백색의 경우는 80%의 일치율을 보였다. 표현형과 유전형이 일치하는 않는 총 8개 유전자원의 염기서열을 분석한 결과, 3곳의 위치에서 단일염기다형성(SNP; single nucleotide polymorphism)이 있었다. 이러한 결과는 멜론의 과육색을 결정하는 아직 알려지지 않은 유전기작이 존재한다는 것을 제시하였으며, 본 연구에서 얻어진 다양한 유전자원의 생육조사 결과는 멜론 육종에 유용하게 쓰일 것으로 생각된다.

한우 등심의 지방산 유전특성 분석을 위한 유전모수 추정 (Estimation of Genetic Parameters for Characterization of Carcass Traits and Fatty Acid in Hanwoo)

  • 김현권;선두원;주선태;이정규
    • 농업생명과학연구
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    • 제53권4호
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    • pp.55-59
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    • 2019
  • 한우는 도체형질의 개량으로 높은 개량의 효과를 보이고 있다. 특히 한우의 육질은 등급이 높을수록 식감과 맛이 좋다고 알려져 있기 때문에 가격을 결정하는 핵심적인 요소이다. 식육에서 맛을 결정하는 여러 가지 요인 중 크게 작용하는 부분 중 하나가 풍미이다. 식육의 풍미는 열처리를 통해 발현되고 풍미에 중요하게 영향을 미치는 성분은 지방, 탄수화물 및 수용성 비단백질 물질들이다. 이에 본 연구는 풍미에 영향을 미치는 지방산의 특성을 알아보고 높은 가치의 식육 생산을 위한 개량방향을 제시하기 위해 한우 후대검정우 373두의 등심을 채취하여 지방산과 도체형질의 특성을 알아보았다. 도체중, 배최장근단면적, 등지방두께, 근내지방도의 성적은 각각 383.73 kg, 83.88 ㎠, 10.91 mm, 3.89로 나타났고 한우 등심의 oleic acid (C18:1)와 Linolenic acid (C18:3)의 조성비율은 각각 48.08%와 0.11%로 나타났다. Oleic acid의 유전력은 0.726으로 추정되었고 배최장근단면적과 근내지방도와의 표현형 상관이 각각 0.105와 0.141로 추정되었다. 근내지방도와 배최장근단면적의 표현형은 Oleic acid와 정의 상관을 나타내고 있는 것으로 보아 이 두 형질의 개량은 불포화 지방산 함유량의 증가에도 영향을 미쳐 우수한 풍미를 가진 개체가 생산될 확률이 높아질 것이라고 사료된다.

Analysis of 16S rRNA gene sequencing data for the taxonomic characterization of the vaginal and the fecal microbial communities in Hanwoo

  • Choi, Soyoung;Cha, Jihye;Song, Minji;Son, JuHwan;Park, Mi-Rim;Lim, Yeong-jo;Kim, Tae-Hun;Lee, Kyung-Tai;Park, Woncheoul
    • Animal Bioscience
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    • 제35권11호
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    • pp.1808-1816
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    • 2022
  • Objective: The study of Hanwoo (Korean native cattle) has mainly been focused on meat quality and productivity. Recently the field of microbiome research has increased dramatically. However, the information on the microbiome in Hanwoo is still insufficient, especially relationship between vagina and feces. Therefore, the purpose of this study is to examine the microbial community characteristics by analyzing the 16S rRNA sequencing data of Hanwoo vagina and feces, as well as to confirm the difference and correlation between vaginal and fecal microorganisms. As a result, the goal is to investigate if fecal microbiome can be used to predict vaginal microbiome. Methods: A total of 31 clinically healthy Hanwoo that delivered healthy calves more than once in Cheongju, South Korea were enrolled in this study. During the breeding season, we collected vaginal and fecal samples and sequenced the microbial 16S rRNA genes V3-V4 hypervariable regions from microbial DNA of samples. Results: The results revealed that the phylum-level microorganisms with the largest relative distribution were Firmicutes, Actinobacteria, Bacteroidetes, and Proteobacteria in the vagina, and Firmicutes, Bacteroidetes, and Spirochaetes in the feces, respectively. In the analysis of alpha, beta diversity, and effect size measurements (LefSe), the results showed significant differences between the vaginal and fecal samples. We also identified the function of these differentially abundant microorganisms by functional annotation analyses. But there is no significant correlation between vaginal and fecal microbiome. Conclusion: There is a significant difference between vaginal and fecal microbiome, but no significant correlation. Therefore, it is difficult to interrelate vaginal microbiome as fecal microbiome in Hanwoo. In a further study, it will be necessary to identify the genetic relationship of the entire microorganism between vagina and feces through the whole metagenome sequencing analysis and meta-transcriptome analysis to figure out their relationship.

갓이 백색인 느타리 신품종 '세나'의 육성 및 특성 (Breeding and characterization of a new white cultivar of Pleurotus ostreatus, 'Sena')

  • 오민지 ;김민식 ;임지훈 ;오연이
    • 한국버섯학회지
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    • 제21권3호
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    • pp.179-184
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    • 2023
  • 국내에서 많이 재배되는 버섯 품목 중 하나인 느타리는 병재배 자동생산 시스템이 개발되면서 대량생산이 가능해졌다. 그러나, 생산량이 과잉되며 소비가 줄어들면서 농가에서는 다양한 품목과 품종의 버섯을 요구하고 있다. 이에 갓이 백색이면서 수량이 높고 품질이 우수한 느타리 품종 '세나'를 개발하였다. 국립원예특작과학원 버섯과에서 보유중인 유전자원 중 기존 백색느타리 품종인 '고니'와 '미소'를 선발하여 포자 간 교잡을 통해 계통을 육성하고 재배시험과 특성평가를 통해 최종 우량계통을 선발하였다. '세나' 품종의 균사생장 적온은 25~30℃이고, 버섯생육 적온은 14~18℃이며 다발 형태로 생육하고 갓은 백색이며 얕은 깔때기 형태이다. 균사 생장은 맥아한천배지(MEA)에서 가장 우수하고 30℃ 이상의 고온에서는 생장하지 않았다. 1,100cc 병재배 시 유효경수는 약 35개로 대조품종 '고니' 16개보다 많았으며, 수량도 약 157 g으로 24% 증수됨을 확인하였다. 수확된 버섯 300 g을 간이 포장하여 4℃ 저온저장고에서 28일 간 저장했을 때, 중량 감모율은 약 4.22%로 대조품종보다 낮았으며, 백색도 변화값도 갓, 대가 각각 6.99, 8.33으로 대조품종보다 낮았다. 갓이 백색으로 육안으로 보이는 품질 또한 중요하기 때문에, 대조품종 '고니'에 비해 '세나' 품종이 저온 저장을 거쳤을 때 중량과 품질 측면에서 모두 우수함을 확인하였다.