• 한국미생물·생명공학회지
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• 제43권2호
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• pp.134-141
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• 2015

대한민국 대천 해수로부터 agarase를 생산하는 균주 H9을 분리하였다. 본 균주는 16S rRNA 염기 염기서열 분석결과로부터 Pseudoalteromonas espejiana NCIMB2127^T (98.98%), Pseudoalteromonas carrageenovora ATCC12662^T (98.78%), Pseudoalteromonas atlantica IAM12927^T (98.64%), Pseudoalteromonas issachenkonii KMM3549^T (98.63%) 등과 높은 상동성을 보였다. 균주 H9은 genomic DNA 내 G+C 농도가 41.56%이고 주요 퀴논으로 quinone-8을 포함하고 있다. 균주 H9의 주요 지방산으로 C_16:1ω7c (34.3%), C_16:0 (23.72%), C_18:1ω7c (13.64%) 등이 포함되었다. 이러한 유전적, 생리적 특성에 따라 균주 H9은 Pseudoalteromonas 속의 균으로 분류하여 Pseudoalteromonas sp. H9으로 명명하였다. 균주 H9이 세포외부로 분비하는 총 agarase는 40-45℃와 pH 7.0-8.0의 조건에서 높은 효소 활성을 갖으며, agarose를 분해하여 (neo)agarotetraose와 (neo)agarohexaose를 생산하였다. 균주 H9은 한천분해를 위해 유용하게 사용될 수 있으며, 다양한 생리활성을 갖는 (neo)agarooligosaccharide는 기능성 식품, 화장품 등의 산업에 유용하게 사용될 수 있을 것으로 기대된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제27권1호
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• pp.179-188
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• 2017

White-rot basidiomycetes are the organisms that decompose lignin most efficiently, and Trametes villosa is a promising species for ligninolytic enzyme production. There are several publications on T. villosa applications for lignin degradation regarding the expression and secretion of laccase and manganese peroxidase (MnP) but no reports on the identification and characterization of lignin peroxidase (LiP), a relevant enzyme for the efficient breakdown of lignin. The object of this study was to identify and partially characterize, for the first time, gDNA, mRNA, and the corresponding lignin peroxidase (TvLiP) protein from T. villosa strain CCMB561 from the Brazilian semiarid region. The presence of ligninolytic enzymes produced by this strain grown in inducer media was qualitatively and quantitatively analyzed by spectrophotometry, qPCR, and dye fading using Remazol Brilliant Blue R. The spectrophotometric analysis showed that LiP activity was higher than that of MnP. The greatest LiP expression as measured by qPCR occurred on the $7^{th}$ day, and the ABSA medium (agar, sugarcane bagasse, and ammonium sulfate) was the best that favored LiP expression. The amplification of the TvLiP gene median region covering approximately 50% of the T. versicolor LPGIV gene (87% identity); the presence of Trp199, Leu115, Asp193, Trp199, and Ala203 in the translated amplicon of the T. villosa mRNA; and the close phylogenetic relationship between TvLiP and T. versicolor LiP all indicate that the target enzyme is a lignin peroxidase. Therefore, T. villosa CCMB561 has great potential for use as a LiP, MnP, and Lac producer for industrial applications.

• 미생물학회지
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• 제46권4호
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• pp.326-333
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• 2010

2003년부터 2009년까지 서울지역 소아에서 분리된 nontyphoid Salmonella 105주에 대해서 혈청형, 항생제 내성양상, integron의 특징과 PFGE를 수행하였다. 혈청형은 총 18종으로 S.Enteritidis가 가장 많이 분리되었고, 그 다음은 Montevide였다. 항균제 내성은 혈청형별로 차이가 있었으나 전체 살모넬라에 대해서 10종의 항균제에 대한 내성률은 ampicillin이 60%로 가장 높았으며, tetracycline 46.7%, streptomycin 35.2%, nalidixic acid 28.6% 순이었다. 다재내성 유형을 알아본 결과 nalidixic acid 단독 내성이 15.7%로 가장 많았고, ampicillinampicillin/sulbactam-tetracycline형이 14.5%, ampicillin-streptomycin-chloramphenicol-tetracycline형이 10.8%였다. Integron에 대한 연구 결과 integron 보유율은 19%로 20주에서 class 1 integron을 가지고 있었고 gene cassette는 20%만 확인이 되었다. 확인된 gene cassette는 aadA2, blaP1과 dfrA12-aadA2, dfr17-aadA5, aadA7이였다. 연도별 분리균의 유연관계를 확인 하고자 가장 분리율이 높은 S. Enteritidis 50주에 대해서 PFGE를 수행한 결과 3가지 Pulsotype으로 나눠어졌다. 3주를 제외한 모든 균주는 similarity 89.8%의 비교적 유연관계가 높은 균임을 확인할 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제41권1호
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• pp.81-86
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• 2005

국내에서 분리된 우수섬유소분해 균주인 Trichodema sp. C-4가 생성하는 endoglucanase 중하나를 $(NH_4)_2SO_4$ 침전, Sephacryl S-200 gel filtration, DEAE-Sepharose A-50 ion exchange, Mono-P chromatofocusing (EPLC)의 단계로 정제하고 이를 F-I-III라 명명하였다. 분리된 효소 F-I-III는 분자량 56,000Da, 둥전점 4.9로 측정된 단일 단백질이었다. F-I-III는 $55^{\circ}C$에서 가장 높은 활성을 보였으며, pH 5.0이 반응 최적 조건이었다. $50^{\circ}C$에서 24시간 동안 안정하였으며, pH 4-7의 범위에서 안정하였다. CMC에 대한 비활성은 315.4U/mg 이었으며, PNPG2에 대한 Km 값은 2.69 mM이었다. 이 효소는 같은 균주에서 분리한 다른 endoglucanase와 exoglucanase를 섞었을 때 결정형 섬유소인 Avicel분해에 대한 상승효과를 보였다. $Mg^{2+},\;CO^{2+},\;Fe^{2+},\;Ca^{2+},\;CS^+,\;Li^+$ 등의 이온은 1 mM의 농도에서 효소의 활성에 큰 영향을 미치지 않았고, 1 mM의 환원제 (cystein, EDIA, \beta-mercaptoethanol, dithiothreitol(DTT), L-ascorbic acid)들은 효소의 활성을 증가시켰다. E-I-III의 N-말단 서열을 분석하여 QPGTSTPEVHPKKLTTYK의 서열을 얻었다. 이는 Trichodema reesei의 endoglucanase인 EGI과 $95\%$의 유사도를나타내었다. 분리된 효소 F-I-III는 높은 비활성을 가지고 있어서 활용가치가 높을 것으로 사료되었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제16권4호
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• pp.297-302
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• 1988

고온발효성인 Sacch. cerevisiae D-71과 내삼투압성인 Zygosacch. rouxii SR-S를 세포융합시킨 후 유전적으로 안정한 융합주 FS-RN1를 선별하여 각종 특성을 조사하였다. FS-RN-1은 이를 4$^{\circ}C$에서 6개월 보관했을 때 5.8%의 친주복귀율을 보여 유전적으로 안정하였고 친주에 비하여 세포체적이 컸고 DNA 함량이 많았으며 유도기가 다소 길었다. 또한 FS-RN1은 TTC 정색 시험에서 홍색을 띠었고 5% NaCl 함유되어 있는 간장국가수분해액의 한천배지에서 포자를 형성하였다. FS-RN1의 NaCl에 대한 내성은 친주의 중간이었으나 탄소원 자화성, KC1과 sodium propionate 및 cycloheximide 내성은 친주중 어느 한쪽의 성질을 띠었다. FS-RN1를 72시간 배양한 후 회수한 세포를 ethyl acetate로 처리한 세포현탁액의 $\beta$-fructofuranosidase 활성은 건물 g당 24.2$\times$$10^{-3}$ IU로 친주보다 훨씬 높았다. 또한 FS-RN1의 발효력은 40% glucose와 20% sucrose를 3$0^{\circ}C$에서 4일간 발효시켰을 때 각각 6.0%(v/v)와 8.8%(v/v)의 에탄올을 생성하여 친주보다 높았다.

• 생명과학회지
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• 제33권8호
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• pp.605-611
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• 2023

최근에 재조합 H7Nx 인플루엔자 바이러스가 산발적으로 인체 감염 사례가 보고되고 있으며 이러한 바이러스는 조류 종으로부터 지속적으로 분리되고있다. 본 연구에서는 조류에서 유래된 H7N1 인플루엔자 바이러스를 분리하여 A/wild bird/South Korea/sw-anu/2023로 명명하였고, 전장유전체 분석과 분자적 특성을 분석하였다. 계통발생학적 분석 결과 A/wild bird/South Korea/sw-anu/2023는 유라시아 혈통에 속하는 H7N1 인플루엔자 바이러스로 확인되었다. A/wild bird/South Korea/sw-anu/2023 바이러스의 polymerase basic 1(PB)2, PB1, polymerase acidic (PA), nucleoprotein (NP) 유전자는 야생 조류에서 분리되었던 조류 인플루엔자 바이러스유전자와 밀접한 관련이 있는 것으로 밝혀졌으며, hemagglutinin (HA), neuraminidase (NA), matrix (M), nonstructural (NS) 유전자는 집오리에서 분리되었던 조류 인플루엔자 바이러스와 유사하였다. 이러한 결과는 동아시아-호주 이동 경로를 따라 이동하는 야생 조류들 사이에서 새롭게 유전자가 재배열된 재조합 H7N1 조류 인플루엔자 바이러스가 순환되고 있음을 시사하고 있다. 따라서, H7Nx 인플루엔자 바이러스는 전 세계적으로 순환하며, 돌연변이된 H7N1 조류 인플루엔자 바이러스는 인간을 감염시킬 수 있으므로 야생 조류 및 가금류에서 H7N1 조류 인플루엔자 바이러스의 지속적인 감시가 필요할 것이다.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제4권2호
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• pp.147-152
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• 2000

본 연구는 은어의 clone을 생산하여 생리적 형질에 대한 유전적 특성을 조사하고 또 clone의 유전율을 추정했다. 성숙한 완전 동형접합형 자성발생 2배체(난할형 2배체)에서 채란한 후 자성발생을 반복하여 4계통의 clone을 생산하였으며 부화 전부터 같은 수조에 혼합하여 사육하였다. 10개월간 사육한 후 사육수조의 수심을 낮추었을 때의 스트레스가 clone의 혈액성상과 유전율에 미치는 영향에 대해서 조사했다. 생산된 각 계통의 clone은 실험에 사용하기 전에 DNA fingerprint법을 이용하여 유전적 균질성을 확인한 후 스트레스어와 비스트레스어의 hematocrit 값, hemoglobin량, 적혈구수 및 평균적 혈구용적 (MCV)을 측정하였다. 비스트레스어에서 측정한 hematocrit값과 MCV에서 각 clone간에 유의차가 인정되었다. 실험어는 모두 같은 환경에서 사육하였기 때문에 이러한 유의차는 주로 각 clone의 유전적인 차이를 반영한 것으로 생각한다. 스트레스 반응률 (SRR)은 기대값보다 낮았으며 유전율 (h$^2$)은 비스트레스 group에서는 평균 0.238로 높았으나 스트레스 group에서는 매우 낮거나 거의 0에 가까웠다. 따라서 혼합 사육한 clone 계통은 생리적 형질의 유전적 특성을 조사하는데 좋은 수단이 된다. 또한 선발 육종의 선발형질로서도 유용하다.

• Molecules and Cells
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• 제25권1호
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• pp.30-42
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• 2008

The disease-specific (dsp) region and the hypersensitive response and pathogenicity (hrp) genes, including the hrpW, $hrpN_{Ep}$, and hrpC operons have previously been sequenced in Erwinia pyrifoliae WT3 [Shrestha et al. (2005a)]. In this study, the remaining hrp genes, including the hrpC, hrpA, hrpS, hrpXY, hrpL and hrpJ operons, were determined. The hrp genes cluster (ca. 38 kb) was comprised of eight transcriptional units and contained nine hrc (hrp conserved) genes. The genetic organization of the hrp/hrc genes and their orientation for the transcriptions were also similar to and collinear with those of E. amylovora, showing ${\geq}80%$ homologies. However, ORFU1 and ORFU2 of unknown functions, present between the hrpA and hrpS operons of E. amylovora, were absent in E. pyrifoliae. To determine the HR active domains, several proteins were prepared from truncated fragments of the N-terminal and the C-terminal regions of $HrpN_{Ep}$ protein of E. pyrifoliae. The proteins prepared from the N-terminal region elicited HR, but not from those of the C-terminal region indicating that HR active domains are located in only N-terminal region of the $HrpN_{Ep}$ protein. Two synthetic oligopeptides produced HR on tobacco confirming presence of two HR active domains in the $HrpN_{Ep}$. The HR positive N-terminal fragment ($HN{\Delta}C187$) was further narrowed down by deleting C-terminal amino acids and internal amino acids to investigate whether amino acid insertion region have role in faster and stronger HR activity in $HrpN_{Ep}$ than $HrpN_{Ea}$. The $HrpN_{Ep}$ mutant proteins $HN{\Delta}C187$ (D1AIR), $HN{\Delta}C187$ (D2AIR) and $HN{\Delta}C187$ (DM41) retained similar HR activation to that of wild-type $HrpN_{Ep}$. However, the $HrpN_{Ep}$ mutant protein $HN{\Delta}C187$ (D3AIR) lacking third amino acid insertion region (102 to 113 aa) reduced HR when compared to that of wild-type $HrpN_{Ep}$. Reduction in HR elicitation could not be observed when single amino acids at different positions were substituted at third amino acids insertion region. But, substitution of amino acids at L103R, L106K and L110R showed reduction in HR activity on tobacco suggesting their importance in activation of HR faster in the $HrpN_{Ep}$ although it requires further detailed analysis.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제42권2호
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• pp.88-92
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• 2015

카사바는 열대와 아열대지역 뿌리작물로서 중요한 식량자원일 뿐만 아니라 동물 사료, 전분, 바이오에탄올 등 다양한 산업소재로서 이용이 가능하다. 그러나 카사바의 산업적 중요성에 비해 형질전환기술을 이용한 신품종 개발은 아직까지 제한적이다. 본 연구에서는 인도네시아 IDB사가 개발한 다수확 카사바 품종을 이용하여 영양강화 및 환경스트레스에 저항성을 향상시킨 카사바를 개발하기 위하여 체세포배를 이용한 식물체 재분화시스템을 확립하였다. 카로티노이드 축적에 관련된 IbOr 유전자를 체세포배를 이용한 Agrobacterium 매개방법으로 카사바에 형질전환하였다. gDNA PCR과 RT-PCR을 통해 19개의 형질전환식물체를 성공적으로 확보하였다. 향후 카로티노이드 함량분석, 환경스트레스 내성분석 등을 통하여 IbOr 카사바 식물체의 농업적 유용성을 검정할 예정이다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제54권5호
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• pp.375-379
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• 2012

본 연구는 제주마 월라(Wolla) 모색의 백반형태 (Tobiano, frame Overo, sabino)에 대해 유전학적 특성을 구명하고자 수행하였다. 제주마 376두 (월라 142두, 비월라 234두)에 대해 Tobiano 모색 확인을 위해 ECA3-inversion을 분석하였으며, frame Overo 모색은 EDNRB 2-bp 염기치환 상태를 확인하였고, sabino 모색인자형 확인은 KIT intron 16 SNP를 분석하였다. 제주마 월라 모색 개체에서 ECA3-inversion 유전자형이 +/To 이형접합 형태가 140두 (0.986), To/To 동형접합 형태 2두 (0.013)가 나타나 제주마 월라 모두에서 ECA3-inversion이 확인되었다. 반면에 EDNRB와 KIT intron 16 SNP에서는 frame Overo나 sabino 인자는 나타나지 않았다. 제주마 비월라에서는 ECA3-inversion, EDNRB 그리고 KIT intron 16 SNP에서 백반형태와 관련된 인자는 나타나지 않았다. 따라서, 본 연구 결과 제주마 월라(Wolla) 모색은 모색 유전학적 분류에서 Tobiano 모색 유형에 속하는 것으로 사료된다.