• 산업식품공학
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• 제15권4호
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• pp.370-375
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• 2011

현재 식중독 미생물의 검사에 전통적인 배지법이 다수를 차지하고 있으나 PCR이나 면역 분석법과 같은 신속 검출 법들의 사용이 증가하는 추세이다. 그러나 대개 speciesspecific 프라이머를 이용한 PCR에 의한 DNA 증폭산물을 전기영동을 통해 확인하는 방법을 사용하고 있는데 이는 각종 균주에 대해 각기 다른 프라이머를 사용하여야하는 단점이 있다. 이러한 단점을 보완하기 위하여 본 연구에서 는 여러 가지 균주를 동시에 신속하게 검지할 수 있도록 PCR-DGGE 기술을 연구하게 되었다. 그 결과 6종(S. typhimurium, P. fluorescens, B. cereus, S. aureus, E. coli, L. monoytogenes)의 유해 미생물을 선정하였고 DGGE 상에서 확실한 분리능을 보여 유해미생물의 인공마커로 사용할 수 있음을 보였다. 또한 실제 PCR-DGGE 기법을 사용하기 위하여 채소에서의 유해미생물 검출 감도를 확인한 결과 B. cereus를 제외한 5종(S. typhimurium, P. fluorescens, S. aureus, E. coli, L. monoytogenes)의 균들은 모두 $10^1$ CFU/g까지 검출할 수 있었고 B. cereus는 $10^3$ CFU/g이상 채소에 존재할 때 검출할 수 있었다. 또한 균질화 방법에 따라서 식물 DNA와 유해 미생물 간의 경쟁적 증폭현상이 일어남도 확인할 수 있었다. 이로써 본 연구에서는 유해 미생물의 검지, 인공마커의 제조, 식물 DNA와 유해미생물간의 경쟁적 증폭 현상 방지책과 유해미생물의 검출 감도 확인 및 염기서열을 통한 동정을 통해 PCR-DGGE가 식품에서 유해 미생물의 신속 검지 방법으로써 활용할 수 있을 것으로 사료된다. 향후 국내 식품소비 패턴이 유기농 채소의 수요와 공급이 날로 증대 되고 있기 때문에 PCR-DGGE 기법이 유기농 채소들의 식중독 균에 대한 database를 구축하여 안전성을 확보하는데 기여할 수 있다고 생각된다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제34권3호
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• pp.290-295
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• 2019

최근 한국에서 발생한 Salmonella로 인한 식중독 사고는 2018년 9월 학교급식에서 제공된 초콜릿 무스 케이크가 원인이 되었다. 이 연구의 목적은 Salmonella Typhimurium이 인위적으로 접종된 무스케이크와 티라미수에서 3M Molecular Detection Assay 2 - Salmonella와 식품공전에 등재된 방법인 분리배지와 real-time PCR을 비교하는 것이었다. 무스케이크 2종과 티라미수 2종 25 g에 225 mL BPW를 넣고 $37^{\circ}C$에서 24시간 동안 증균 배양하였다. 배양 후, 3M Molecular Detection Assay 2 - Salmonella, 분리배지 그리고 real-time PCR로 분석하였다. 초콜릿 무스 케이크를 제외하고 3가지 방법은 유사한 결과를 보였다. 초콜릿 무스 케이크에서 분리배지와 3M Molecular Detection Assay 2 - Salmonella는 모든 접종수준에서 동일한 결과를 나타낸 반면 real-time PCR은 $10^4CFU/25g$ 수준에서 1번의 양성결과를 제외하고 모두 검출되지 않았다. 초콜릿 무스에 S. Typhimurium을 $10^2CFU/25g$ 수준으로 접종하였을때, real-time PCR를 이용한 검출은 15%에서는 부분적인 음성을 나타냈고, 20-100% 함량의 초콜릿 무스에서는 모두 음성이었다. Real-time PCR로는 chocolate이 15% 이상 함유된 식품에서의 Salmonella균 검출이 불가능하였지만, LMAP 기반의 3M Molecular Detection Assay 2으로는 chocolate 농도에 관계없이 검출이 가능하였다.

• 생물정신의학
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• 제2권2호
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• pp.248-251
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• 1995

정신분열병의 약물치료에서 중요한 역할을 하는 도파민의 기전은 지금까지 5종류의 수용체들이 발견되고 클론되면서, 새롭고 보다 근본적인 유전학적 접근을 통해 규명될 수 있게 되었다. 특히, 도파민 수용체 D4 (DRD4)는 막단백질의 세포질쪽 세번째굴곡에 48-bp반복 다형성배열을 가지고있다. 이러한 다형성 반복배열이 신호전달에 참여할 가능성이 높은 막단백질의 세포질쪽 굴곡에 있다는것은, 각 개인의 항정신병약물에 대한 민감성의 차이를 포함하여 정신분열병에 대한 개개인의 유전적 차이를 진단할 수 있는 가능성을 제시한다. 이러한 가능성을 검증하기 위하여 주로 손쉽고 빠른 중합효소연쇄반응(PCR)을 사용하여 DRD4의 아형들을 분류하게 되는데, DRD4의 PCR은 그 반복배열과 그 주변배열의 높은 GC함량(78% G+C) 때문에 일반적인 PCR 방법을 변형시켜 사용해야한다. DRD4의 아형을 분류하기 위해 변형된 PCR은 통상적으로 7-deaza dGTP와 10% DMSO를 사용하게된다. 이러한 DRD4 PCR은 대부분의 경우 성공하지만, 항상 모든 시료에서 PCR이 성공되는것은 아니었으며 반복적으로 시도하여 증폭시킬 수 있었다. 이러한 어려움은 대부분이 template DNA에 문제가 있을것으로 의심되며 DNA정제 또는 template DNA를 제한효소로 적절하게 무작위절단하여 성공율을 높일 수 있었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제26권8호
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• pp.1398-1403
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• 2016

The simultaneous detection and accurate identification of hepatitis A virus (HAV) is critical in food safety and epidemiological studies to prevent the spread of HAV outbreaks. Towards this goal, a one-step duplex reverse-transcription (RT)-PCR method was developed targeting the VP1/P2B and VP3/VP1 regions of the HAV genome for the qualitative detection of HAV. An HAV RT-qPCR standard curve was produced for the quantification of HAV RNA. The detection limit of the duplex RT-PCR method was 2.8 × 10¹ copies of HAV. The PCR products enabled HAV genotyping analysis through DNA sequencing, which can be applied for epidemiological investigations. The ability of this duplex RT-PCR method to detect HAV was evaluated with HAV-spiked samples of fresh lettuce, frozen strawberries, and oysters. The limit of detection of the one-step duplex RT-PCR for each food model was 9.4 × 10² copies/20 g fresh lettuce, 9.7 × 10³ copies/20 g frozen strawberries, and 4.1 × 10³ copies/1.5 g oysters. Use of a one-step duplex RT-PCR method has advantages such as shorter time, decreased cost, and decreased labor owing to the single amplification reaction instead of four amplifications necessary for nested RT-PCR.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제11권5호
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• pp.788-797
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• 2001

The usefulness of three PCR methods were evaluated for the epidemiological typing of Staphylococcus aureus: an enterobacterial repetitive intergenic consensus sequence PCR (ERIC-PCR), repetitive extragenic palindromic element PCR (REP-PCR), and 16S-23S intergenic spacer PCR (ITS-PCR). The analysis was performed using a collection of S. aureus strains comprised of 6 reference and 79 isolates from patients with various diseases. Among the 85 S. aureus strains tested, 6 references and 6 isolates were found to be susceptible to methicillin, whereas the remaining 73 isolates were resistant to it. PCR methods are of special concern, as conventional phenotypic methods are unable to clearly distinguish among methicillin-resistant S. aureus (MRSA) strains. The ability of the techniques to detect different unrelated types was found to be as follows: ERIC-PCR, 19 types; REP-PCR, 36 types; and ITS-PCR, 14 types. On the basis of combining the ERIC, REP, and ITS fingerprints, the 85 S. aureus strains were grouped into 56 genetic types (designated G1 to G56). The diversities for the 85 S. aureus strains, calculated according to Simpson\`s index, were 0.88 for an ERIC-PCR, 0.93 for a REP-PCR, and 0.48 for an ITS-PCR, and the diversity increased up to 0.97 when an ERIC-PCR and REP-PCR were combined. The above discrimination indices imply that the genetic heterogeneity of S. aureus strains is high. Accordingly, this study demonstrates that DNA sequences from highly conserved repeats of a genome, particularly a combination of ERIC sequences and REP elements, are a convenient and accurate tool for the subspecies-specific discrimination and epidemiologic tracking of S. aureus.

• 한국산림과학회지
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• 제96권4호
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• pp.425-431
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• 2007

Rhizina undulata의 PCR 검정 및 유전적 특성 분석을 목적으로, rDNA ITS 영역의 염기배열 해석 및 PCR 방법에 의한 토양으로부터 R. undulata의 진단법을 개발하였다. 18S rDNA 부분의 염기서열 분석 결과, 공시한 4종의 균주 모두 1,375 nt의 크기로 동일하였으며, 염기배열도 100% 일치하였다. 한편, rDNA ITS 영역의 염기배열은 585 nt이었고, PDK-1, PTT-1 및 PDJ-9 균주는 염기배열이 100% 동일하였으나, PDS-5균주에서는 두 곳에서 염기의 치환이 발견되었다. 이와 같은 염기배열을 분석하여 제작한 R. undulata rDNA ITS 영역 특이적 primer를 이용한 PCR 검정 결과, R. undulata 균주들에서만 약 525 bp 크기의 ITS 영역 특이적인 증폭산물이 검출되었다. PCR 방법에 의하여 검출할 수 있는 토양 중의 R. undulata 최소 균사량의 한계를 확인하기 위해서, 순수 배양한 R. undulata 균사현탁액을 순차 희석하여 100g의 사양토에 혼합한 다음, 농도별로 균사 혼합한 각각의 토양 시료로부터 추출한 total DNA의 PCR 증폭산물을 분석한 결과, PCR 방법에 의하여 100g의 토양 중에 1 ng의 R. undulata 균사가 함유되어 있는 경우까지 검출이 가능하였다.

• Journal of Microbiology
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• 제43권5호
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• pp.430-436
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• 2005

In this study, the prevalence and quantity of a latent pseudorabies virus (PrV) infection in the nervous tissues of randomly selected pigs was determined via nested and real-time PCR. The nervous tissues, including the trigeminal ganglion (TG), olfactory bulb (OB), and brain stem (BS), were collected from the heads of 40 randomly selected pigs. The majority of the nervous tissues from the selected pigs evidenced a positively amplified band on nested PCR. In particular, nested PCR targeted to the PrV glycoprotein B (gB) gene yielded positive results in all of the BS samples. Nested PCR for either the gE or gG gene produced positive bands in a less number of nervous tissues ($57.5\%$ and $42.5\%$, respectively). Real-time PCR revealed that the examined tissues harbored large copy numbers of latent PrV DNA, ranging between $10^{0.1}\;and\;10^{7.2}(1-1.58{\times}10^7)$ copies per $1{\mu}g$ of genomic DNA. Real-time PCR targeted to the PrV gE gene exhibited an accumulated fluorescence of reporter dye at levels above threshold, thereby indicating a higher prevalence than was observed on the nested PCR ($100\%$ for BS, $92\%$ for OB, and $85\%$ for TG). These results indicate that a large number of farm-grown pigs are latently infected with a field PrV strain with a variety of copy numbers. This result is similar to what was found in association with the human herpes virus.

• 디지털융복합연구
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• 제18권12호
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• pp.425-434
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• 2020

바이러스감염으로 인한 설사는 전 세계적으로 공중 보건의 주요 문제이며 사망률의 큰 부분을 차지하고 있지만 기후데이터를 이용하여 분석한 연구는 많지 않다. 따라서 본 연구는 설사를 유발하는 바이러스인 Rotavirus Gr.A, Norovirus G-I & GII의 감염과 기후와의 인과관계를 분석하여 조기진단과 치료를 용이하게 하고 계절성 질환을 더욱 관리하고 예방하는데 기여하고자 하였다. 2010년 6월부터 2019년 12월까지 단국대학교 병원에서 시행한 대변 시료 4,009개의 설사바이러스 6종의 멀티플렉스 역전사 PCR(mRT-PCR)검사결과와 다양한 기후 요인 중 체감온도, 상대습도, 일조율과의 상관관계를 후향적으로 분석하였다. 4,009 개의 대변 샘플 중 985 개는 Rotavirus Gr.A, Norovirus G-I & GII 감염에 대해 양성이었다. 이 985 건 중 95.3 % (n = 939)는 10 세 미만으로 Rotavirus Gr.A, Norovirus G-I & GII는 10 세 미만 환자에서 높은 감염률을 보였다. 우리는 기상 빅데이터와 연령, 시기별 감염분석 등에 기초하여 Rotavirus Gr.A의 감염이 상대 습도에 따라 유의한 상관 관계가 있음을 확인하였고 Norovirus G-II의 감염은 체감 온도와 유의한 상관 관계가 있음을 확인하였다. 본 연구는 기후요인에 따른 Rotavirus Gr.A, Norovirus G-I & GII 감염의 분포에 대한 이해도를 향상시킴으로써 바이러스성 설사질환과 관련된 보건정책의 설정이나 계절적 영향에 대한 새로운 통찰력을 제공하는데 유용한 자료가 될 것으로 기대한다.

• 한국어병학회지
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• 제24권2호
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• pp.65-73
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• 2011

패류 내에 오염되어 있는 바이러스의 검출에 있어서 정성 정량적 분석이 기능하며 신속하고 간편한 방법의 개발을 이루고자 하였다. 5g의 굴 중장선 조직을 Glycine buffer 및 PEG 8000 용액을 사용하여 제조한 농축 시료 (T5g-D)와 50mg의 굴 중장선 조직으로부터 직접적으로 제조한 시료(sT5Omg-D)를 대상으로 2-step PCR을 실시하여 검출감도를 비교하였다. 동일한 1 ${\mu}l$의 DNA template T5g-D와 sT50mg-D를 사용하였을 때, 35cycles의 1-step PCR에서 양성의 결과를 얻을 수 있었다. 인위적으로 sT50mg-D 혼합 시료를 사용하여 2-step PCR (35cycles)을 실시하였을 때 T5g-D를 사용한 것과 비교하여 뚜렷한 차이를 나타내지 않았다. 또한 megalocytivirus에 오염된 양성시료 0.5~50mg을 사용하여 조제한 각각 $50{\mu}l$의 template DNA 1 ${\mu}l$를 사용하여 qPCR을 하였을 때 6.14E+00~1.2E+02/${\mu}l$의 농도를 함유하고 있는 것으로 나타났다. 조제한 template DNA에 6.14E+00 copies/${\mu}l$ 이하의 농도가 있을 때는 qPCR에서 positive의 결과를 얻을 수 없었다. 결론적으로 패류 내 mega1ocytivirus의 오염 유무 판단을 위한 2-step PCR 및 qPCR에서 50mg의 중장선을 사용하는 것은 i) 굴의 조직으로부터 오염된 megalocytivirus의 정성 및 정량을 위한 최소 검출 한계에 벼하여 충분한 양이었으며 ii) 개체별 분석이 가능하다는 장점이 있었으며 iii) 이를 토대로 국내에서 서식하고 있는 굴에서 megalocytivirus의 오염을 확인할 수 있었다.

• Environmental Engineering Research
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• 제20권1호
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• pp.51-57
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• 2015

As expected, the expression of denitrifying genes in a Typha wetland (relatively stagnant compared to other ponds), showing higher nitrogen removal efficiency in summer, was affected by temperature. The abundance and gene transcripts of nitrate reductase (narG), nitrite reductase (nirS), nitric oxide reductase (norB), and nitrous oxide reductase (nosZ) genes in seasonal sediment samples taken from the Acorus and Typha ponds of free surface flow constructed wetlands were investigated using quantitative polymerase chain reaction (Q-PCR) and quantitative reverse transcription PCR (Q-RT-PCR). Denitrifying gene copy numbers ($10^5-10^8$ genes $g^{-1}$ sediment) were found to be higher than transcript numbers-($10^3-10^7$ transcripts $g^{-1}$ sediment) of the Acorus and Typha ponds, in both seasons. Transcript numbers of the four functional genes were significantly higher for Typha sediments, in the warm than in the cold season, potentially indicating greater bacterial activity, during the relatively warm season than the cold season. In contrast, copy numbers and expression of denitrifying genes of Acorus did not provide a strong correlation between the different seasons.