Detection of Megalocytivirus in shellfish using PCR with various DNA extraction methods

In analysis of DNA viruses from the contaminated shellfish using PCR, preparation method of template DNA is an important factor to get enough copy number of viruses. In this study, we evaluated the efficiency of PCR template of Megalocytivirus (sT50mg-D) DNA obtained from 50 mg digestive gland homogenate of oyster using commercial method, and compared with that obtained from 5 g of the same tissues (T5g-D) after PEG precipitation procedures of virus. Both templates DNA suspended in the same volume of distilled water showed positive results by primary PCR with 35 cycles, and the presence of Megalocytivirus was confirmed in oysters collected from cultured farms in Korea. Moreover, PCR with sT50mg-D allowed us to discriminate the contaminated oyster individually, that can not be done in PCR with T5g-D prepared from the mixture of three different individual oyster to get 5 g digestive gland homogenate. In quantitative analysis with real time PCR, Megalocytivirus concentrations in 50 ${\mu}l$ templates prepared using 0.5~50 mg of one positive sample were appeared in the range 6.14E+00~1.2E+02/${\mu}l$. We were not able to get positive result using template DNA contained less than 6.14E+00 copies. Consequently, 2-step PCR performed with DNA extracts from oyster homogenate of small amount (sT50mg-D) i) was enough to detect the contaminated Megalocytivirus in shellfish, ii) allowed us to do the analysis for individual shellfish rather than mixture of several shellfish and iii) showed the presence of Megalocytivirus in oyster from Korea.

다양한 PCR용 DNA 추출법에 의한 패류 내 Megalocytivirus의 검출

패류 내에 오염되어 있는 바이러스의 검출에 있어서 정성 정량적 분석이 기능하며 신속하고 간편한 방법의 개발을 이루고자 하였다. 5g의 굴 중장선 조직을 Glycine buffer 및 PEG 8000 용액을 사용하여 제조한 농축 시료 (T5g-D)와 50mg의 굴 중장선 조직으로부터 직접적으로 제조한 시료(sT5Omg-D)를 대상으로 2-step PCR을 실시하여 검출감도를 비교하였다. 동일한 1 ${\mu}l$의 DNA template T5g-D와 sT50mg-D를 사용하였을 때, 35cycles의 1-step PCR에서 양성의 결과를 얻을 수 있었다. 인위적으로 sT50mg-D 혼합 시료를 사용하여 2-step PCR (35cycles)을 실시하였을 때 T5g-D를 사용한 것과 비교하여 뚜렷한 차이를 나타내지 않았다. 또한 megalocytivirus에 오염된 양성시료 0.5~50mg을 사용하여 조제한 각각 $50{\mu}l$의 template DNA 1 ${\mu}l$를 사용하여 qPCR을 하였을 때 6.14E+00~1.2E+02/${\mu}l$의 농도를 함유하고 있는 것으로 나타났다. 조제한 template DNA에 6.14E+00 copies/${\mu}l$ 이하의 농도가 있을 때는 qPCR에서 positive의 결과를 얻을 수 없었다. 결론적으로 패류 내 mega1ocytivirus의 오염 유무 판단을 위한 2-step PCR 및 qPCR에서 50mg의 중장선을 사용하는 것은 i) 굴의 조직으로부터 오염된 megalocytivirus의 정성 및 정량을 위한 최소 검출 한계에 벼하여 충분한 양이었으며 ii) 개체별 분석이 가능하다는 장점이 있었으며 iii) 이를 토대로 국내에서 서식하고 있는 굴에서 megalocytivirus의 오염을 확인할 수 있었다.