콩 알레르기에 민감한 사람들은 15가지가 넘는 콩 알레르기 단백질을 인지한다. 이러한 알레르기 단백질 때문에 콩의 광범위한 사용이 제한적이다. 시스테인 프로테아제에 속하는 P34 단백질은 콩의 주된 알러젠이다. 미국 국무부에서 16,226개의 유전자원에서 P34 단백질이 결핍된 PI567476 유전자원을 찾아냈다. P34 유전자 염기서열과 P34 유전자가 결실된 염기서열을 NCBI 데이터베이스에서 확인한 결과 P34 유전자가 결실된 염기서열에서 4 bp 가 삽입되었다는 것을 확인하였고, 그 부위에서 SSLP 마커를 개발하였다. 본 연구에서는 태광콩과 PI567476을 이용한 교배조합 $F_2$ 339개체를 개발한 분자표지마커로 확인하였다. 실험결과 태광콩 유형과 heterozygous 유형 및 PI567476 유형의 분리비는 85: 187: 67로 $X^2{_{0.05}}=5.99$, df=2에서 1:2:1의 분리비로 하나의 유전자가 관여한다는 것으로 나타났다. 앞으로 P34 단백질 관련 분자마커가 단백질 수준에서 정확히 일치하는지 확인 할 것이다.
Park, Kyung-Je;Kim, Song-Hee;Kim, Min-Gon;Chung, Duck-Hwa;Ha, Sang-Do;Kim, Keun-Sung;Jahng, Deok-jin;Lee, Kyu-Ho
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
제14권5호
/
pp.1063-1066
/
2004
The rpoS gene product is a global transcriptional factor, which is involved in bacterial survival under various stress conditions. An rpoS-homologous gene was cloned from a septicemia-causing pathogenic Vibrio vulnificus. Introduction of this gene as a multicopy plasmid into various E. coli strains displayed functional complementation, for examples, increased survivability of an rpoS-defective E. coli cell and induction of known $\delta^S$-dependent, stress-responding promoters of E. coli genes.
An RNase P ribozyme library has been developed as a tool for functional genomics studies. Each clone of this library contains a random 18-mer and the sequence of M1 RNA, the catalytic subunit of RNase P. Repression of target gene expression is thus achieved by the complementary binding of mRNA to the random guide sequence and the successive target cleavage via M1 RNA. Cellular expression of the ribozyme expression was confirmed, and EGFP mRNA was used as a model to demonstrate that the RNase P ribozyme expression system can inhibit the target gene expression. The constructed RNase P ribozyme library has a complexity of $1.4\times10^7$. This novel library system should become a useful in functional genomics, to identify novel gene functions in mammalian cells.
Mouse models are crucial for the functional annotation of human genome. Gene modification techniques including gene targeting and gene trap in mouse have provided powerful tools in the form of genetically engineered mice (GEM) for understanding the molecular pathogenesis of human diseases. Several international consortium and programs are under way to deliver mutations in every gene in mouse genome. The information from studying these GEM can be shared through international collaboration. However, there are many limitations in utility because not all human genes are knocked out in mouse and they are not yet phenotypically characterized by standardized ways which is required for sharing and evaluating data from GEM. The recent improvement in mouse genetics has now moved the bottleneck in mouse functional genomics from the production of GEM to the systematic mouse phenotype analysis of GEM. Enhanced, reproducible and comprehensive mouse phenotype analysis has thus emerged as a prerequisite for effectively engaging the phenotyping bottleneck. In this review, current information on systematic mouse phenotype analysis and an issue-oriented perspective will be provided.
Kim, So-Young;Kim, Chang-Kug;Kang, Min;Ji, Seung-Uk;Yoon, Ung-Han;Kim, Yong-Hwan;Lee, Gang-Seob
Plant Breeding and Biotechnology
/
제6권4호
/
pp.313-320
/
2018
Rice is the staple food of more than 50% of the world population. Cultivated rice has the AA genome (diploid, 2n = 24) and small genome size of only 430 megabase (haploid genome). As the sequencing of rice genome was completed by the International Rice Genome Sequencing Project (IRGSP), many researchers in the world have been working to explore the gene function on rice genome. Insertional mutagenesis has been a powerful strategy for assessing gene function. In maize, well characterized transposable elements have traditionally been used to clone genes for which only phenotypic information is available. In rice endogenous mobile elements such as MITE and Tos have been used to generate gene-tagged populations. To date T-DNA and maize transposable element systems have been utilized as main insertional mutagens in rice. The Ac/Ds system offers the advantage of generating new mutants by secondary transposition from a single tagged gene. To enhance the efficiency of gene detection, advanced gene-tagging systems (i.e. activation, gene or enhancer trap) have been employed for functional genomic studies in rice. Internationally, there have been many projects to develop large scales of insertional mutagenized populations and databases of insertion sites has been established. Ultimate goals of these projects are to supply genetic materials and informations essential for functional analysis of rice genes and for breeding using agronomically important genes. In this report, we summarize the current status of Ac/Ds-mediated gene tagging systems that has been conducted by collaborative works in Korea.
Kim, Dae-Won;Yang, Joshua SungWoo;Kim, Pan-Jun;Chu, In-Sun;Jeong, Ha-Woong;Park, Hong-Seog
한국생물정보학회:학술대회논문집
/
한국생물정보시스템생물학회 2005년도 BIOINFO 2005
/
pp.361-365
/
2005
Over the past few years, the complex and subtle roles of microRNA (miRNA) in gene regulation have been increasingly appreciated. Computational approaches have played one of important roles in identifying miRNAs from plant and animals, as well as in predicting their putative gene target. We present a new approach of comprehensive analysis of the evolutionarily conserved element scores and applied data compression technique to detect putative miRNA genes. We used the evolutionarily conserved elements [19] (see more detail on method and material) to calculate for base-by-base along the candidate pre-miRNA gene region by detecting common conserved pattern from target sequence. We applied the data compression technique [20] to detect unknown miRNA genes. This zipping method devises, without loss of generality with respect to the nature of the character strings, a method to measure the similarity between the strings under consideration [20]. Our experience to using our new computational method for detecting miRNA gene identification (or miRNA gene prediction) has been stratified and we were able to find 28 putative miRNA genes.
Appressorium is a specialized infection structure of filamentous pathogenic fungi and plays an important role in establishing a pathogenic relationship with the host. The Egh16/Egh16H family members are involved in appressorium formation and pathogenesis in pathogenic filamentous fungi. In this study, a homolog of Egh16H, Magas1, was identified from an entomopathogenic fungus, Metarhizium acridum. The Magas1 protein shared a number of conserved motifs with other Egh16/Egh16H family members and specifically expressed during the appressorium development period. Magas1-EGFP fusion expression showed that Magas1 protein was not localized inside the cell. Deletion of the Magas1 gene had no impact on vegetative growth, conidiation and appressorium formation, but resulted in a decreased mortality of host insect when topically inoculated. However, the mortality was not significant between the Magas1 deletion mutant and wild-type treatment when the cuticle was bypassed by injecting conidia directly into the hemocoel. Our results suggested that Magas1 may influence virulence by affecting the penetration of the insects' cuticle.
The dpp gene originated from the silkworms is an important gene that is well conserved in the genome of humans, cattle, rodents, poultry and Drosophila. The dpp gene belonging to the TGF-beta (Transforming Growth Factor-beta) superfamily is known to play an important role in several developmental stages. The $TGF-{\beta}$ gene family is a genetically well-conserved and playing an important role gene family in various species such as determining cell proliferation and differentiation, apoptosis and cell fate. In this review, we have confirmed the following studies data. The recent studies on the silkworm dpp gene have confirmed for the first time the biological functions such as promoting osteogenesis activity. In addition, previous data shows that dpp have developmental functions such as morphogenetic materials at the blastophyllum stage, induction of the mesoblast at the late embryonic stage and involved in the proliferation and morphogenesis of imaginal disc in adult development. We found the splice variant of the dpp gene originated from the wildtype silkworm by using comparative genomics. It has provided important data for basic research based on genetics studies of these processes may promote a better understanding of evolution. Silkworm is a medicinal insect and is approved for its safety. It is used as a natural antibiotic for promoting growth as a medical material, a health functional food, and a feed additive. Therefore, it is necessary to present various data to obtain more value of functional insect.
Single nucleotide polymorphism (SNP) is an abundant form of genetic variation within individuals of species. DNA polymorphism can arise throughout the whole genome at different frequencies in different species. SNP may cause phenotypic diversity among individuals, such as individuals with different color of plants or fruits, fruit size, ripening, flowering time adaptation, quality of crops, grain yields, or tolerance to various abiotic and biotic factors. SNP may result in changes in amino acids in the exon of a gene (asynonymous). SNP can also be silent (present in coding region but synonymous). It may simply occur in the noncoding regions without having any effect. SNP may influence the promoter activity for gene expression and finally produce functional protein through transcription. Therefore, the identification of functional SNP in genes and analysis of their effects on phenotype may lead to better understanding of their impact on gene function for varietal improvement. In this mini-review, we focused on evidences revealing the role of functional SNPs in genes and their phenotypic effects for the purpose of crop improvements.
Oh, Ji Hee;Kim, Yun Kyoung;Moon, Sanghoon;Kim, Young Jin;Kim, Bong-Jo
Genomics & Informatics
/
제12권4호
/
pp.225-230
/
2014
Platelets are derived from the fragments that are formed from the cytoplasm of bone marrow megakaryocytes-small irregularly shaped anuclear cells. Platelets respond to vascular damage, contracts blood vessels, and attaches to the damaged region, thereby stopping bleeding, together with the action of blood coagulation factors. Platelet activation is known to affect genes associated with vascular risk factors, as well as with arteriosclerosis and myocardial infarction. Here, we performed a genome-wide association study with 352,228 single-nucleotide polymorphisms typed in 8,842 subjects of the Korea Association Resource (KARE) project and replicated the results in 7,861 subjects from an independent population. We identified genetic associations between platelet count and common variants nearby chromosome 4p16.1 ($p=1.46{\times}10^{10}$, in the KIAA0232 gene), 6p21 ($p=1.36{\times}10^{-7}$, in the BAK1 gene), and 12q24.12 ($p=1.11{\times}10^{-15}$, in the SH2B3 gene). Our results illustrate the value of large-scale discovery and a focus for several novel research avenues.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.