Maisha Tasneem;Shipan Das Gupta;Monira Binte Momin;Kazi Modasser Hossain;Tasnim Binta Osman;Fazley Rabbi
Genomics & Informatics
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제21권1호
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pp.7.1-7.11
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2023
The gram-positive bacterium Listeria monocytogenes is an important foodborne intracellular pathogen that is widespread in the environment. The functions of hypothetical proteins (HP) from various pathogenic bacteria have been successfully annotated using a variety of bioinformatics strategies. In this study, a HP Imo0888 (NP_464414.1) from the Listeria monocytogenes EGD-e strain was annotated using several bioinformatics tools. Various techniques, including CELLO, PSORTb, and SOSUIGramN, identified the candidate protein as cytoplasmic. Domain and motif analysis revealed that the target protein is a PemK/MazF-like toxin protein of the type II toxin-antitoxin system (TAS) which was consistent with BLASTp analysis. Through secondary structure analysis, we found the random coil to be the most frequent. The Alpha Fold 2 Protein Structure Prediction Database was used to determine the three-dimensional (3D) structure of the HP using the template structure of a type II TAS PemK/MazF family toxin protein (DB ID_AFDB: A0A4B9HQB9) with 99.1% sequence identity. Various quality evaluation tools, such as PROCHECK, ERRAT, Verify 3D, and QMEAN were used to validate the 3D structure. Following the YASARA energy minimization method, the target protein's 3D structure became more stable. The active site of the developed 3D structure was determined by the CASTp server. Most pathogens that harbor TAS create a crucial risk to human health. Our aim to annotate the HP Imo088 found in Listeria could offer a chance to understand bacterial pathogenicity and identify a number of potential targets for drug development.
바이오존의 대기압 플라즈마를 사용한 쥐치포(Stephanolepis cirrhifer) 중 미생물안전관리 대상인 B. cereus F4810/72와 S. aureus ATCC 6538의 저감화 정도 및 품질 특성을 관찰하였다. 대기중의 공기를 활용하여 플라즈마 발생을 유도하여 0 분, 1 분, 3 분, 5 분, 10 분 및 20 분 처리하였다. 이후 대상 미생물의 살균력 평가를 위해 표준평판법을 사용하여 로그 감소값을 계산하고 Color difference meter를 사용하여 Hunter "L"(명도), "a"(적색도) 및 "b"(황색도)의 차이를 분석했다. 대기압 플라즈마 3분 처리만으로도 이 두 세균을 1 로그 감소(=90% 감소) 시킬 수 있음이 확인되었다. 아울러 최대 20 분 처리시 쥐치포의 명도, 적색도 및 황색도의 차이는 관찰되지 않았다. 그러나, 본 연구에 사용된 대기압 플라즈마의 기타 수산 건어포와 일반 식품에 대한 산업적 적용을 위해서는 추가적인 목적 미생물의 살균력 연구와 각 품질의 특성을 고려한 품질평가 및 관능평가 등의 추가적인 연구의 확대가 필요하다고 사료된다.
본 연구는 2020년 10월 중 충청남도내 단체 급식소에서 발생한 대규모 집단 식중독 원인에 대하여 분석하였다. 전체 급식원 135명 중 21명(15.6%)에서 음식을 섭취한 후 1시간 이내에 주로 매스꺼움과 구토 증상을 보였다. 유증상자 21명 중 11명과, 조리종사자 1명, 조리기구 2건과 보존식 8건에서 B. cereus가 검출됨에 따라 B. cereus에 의한 집단 식중독으로 판단하였다. 분리된 21개의 균주를 PFGE 분석한 결과, 19개의 균주가 동일한 것으로 판단되었고, 이들 균주가 가지고 있는 독소 유전자는 CER, nheA, entFM이었다. 실험결과, CER을 포함하고, 증상 발현 시간이 1시간 이내로 매우 짧아 B. cereus의 구토형 식중독으로 판단하였다. 집단식중독 원인으로 안전하지 않은 급식환경과 제대로 관리되지 않은 음식에 의한 것이라 조사되었다. 이러한 결과는 단체급식에서의 급식환경과 제공되는 음식이 철저하게 관리되어야 한다는 것을 보여준다. 이와 더불어 보존식에서 원인 병원체를 찾아내는 것은 식중독의 원인을 추정하는데 매우 중요하므로, 집단급식소에서 규정에 맞는 보존식 용기를 이용하여 이를 적정온도에 잘 보관해야한다. 또한 정밀한 식중독 역학조사를 기반으로 사례를 분석하고 결과를 전파함으로써 유사한 식중독이 재발하지 않도록 해야 한다.
본 연구는 기존 기초 연구를 통해 효과가 확인된 '광에너지유도 활성산소'를 이용하여 세척용수를 소독할 수 있는 신개념의 순환형 물 소독 시스템에 대해 실증하는 것이다. 다양한 형태의 감광제 이용 광유도 ROS 발생장치를 이용하여 여러 종류의 병원성 세균을 1시간안에 3 log CFU/mL 이상의 밀도를 감소시키는 조건을 탐구하였다. PS-bead이용 광유도 ROS 발생장치의 밀도 감소 효과에 미치는 주요 요인을 분석한 결과, 세균의 종류에 따라 ROS에 대한 밀도 감소효과가 서로 상이 하였다. B. cereus와 P. carotovorum subsp. carotovorum에 대한 밀도 감소효과는 높았으나 대장균 등 식중독 세균들에 대한 밀도 감소 효과는 상대적으로 낮았다. 순환형 물 소독시스템에서 유속은 유속이 빨라질 수록, 초기 세균밀도가 낮을수록 밀도 감소효과가 증가하는 경향을 보였다. bead의 양이 증가함에 따라 밀도 감소 효과는 일부 대상세균에서 지수적으로 증가함을 알 수 있었다. 싱글 유닛 두 개를 연결한 더블원통유닛3280은 B. cereus 나 P. carotovorum subsp. carotovorum에 대한 실험에서 30 분 안에 약 3 log CFU/mL 이상의 균을 완전히 살균할 수 있었다.
살모넬라증은 대표적인 인수공통전염병의 하나로서 세포내 기생하며 질병을 유발하며 장염과 식중독 등을 유발하여 공중보건학적으로 심각한 문제를 야기하고 있다. 본 연구는 삼백초의 수용성 추출물을 (SCWE) 이용하여 숙주세포에 대한 안전성, S. typhimurium 균에 대한 항균효과 및 대식세포 내 균 증식억제 기능을 규명하였다. 본 실험을 통하여 SCWE 1, 10 및 $100{\mu}$g/ml 농도로 첨가한 배지에서 RAW 264.7 체포와 24 시간 반응 후 평가해본 결과 세포독성이 인정되지 않았으며, S. typhimurium 균에 대하여 시간 경과에 따라 항균효과가 증가되는 것을 확인하였고, SCWE 처리에 의해 대식세포의 형태적 변화가 증가되는 것으로 나타났으며 (p<0.05), 살모넬라균의 탐식능력 및 대식세포 내 균 증식 억제 능력이 비 처리군에 비해 현저히 증가되는 것이 확인되었다. 또한 SCWE 처리 한 대식세포에 살모넬라균 감염을 수행하였을 때 대식세포의 nitric oxide (NO) 산생능력이 비 처리 군에 비해 저하되는 것으로 나타나, 살모넬라균에 의한 대식세포의 세포독성을 억제하는 것으로 나타났다. 종합적으로 SCWE의 숙주세포에 대한 안전성, 살모넬라균에 대한 항균효과 및 대식세포 내 균 증식 억제 효과가 있는 것으로 나타나 SCWE를 이용한 세포내 기생세균의 치료제 개발이 가능할 것으로 판단된다.
본 연구에서는 영유아에게 치명적인 감염을 일으키는 C. sakazakii에 대하여 LAMP 검출법을 개발하였다. LAMP법에 의한 C. sakazakii의 검출율은 100%였으며 13개의 음성 지표군에 대해서는 모두 음성 반응을 보여 특이도가 매우 높은 것으로 판단되었다. 또한, HhaI과 NruI 두 개의 제한 효소를 LAMP product에 반응시킨 결과, 유전자의 특정 염기서열이 절단되는 것을 확인하였으며, 이를 통해 LAMP 검출법에 의해 증폭된 DNA가 C. sakazakii-specific ompA임을 확인하였다. 조제분유에 오염 된 C. sakazakii를 LAMP법으로 검출 시 검출한계는 $10^0$ CFU/mL이었으며 이는 기존의 PCR법이나 real-time PCR법에 비해 100-10,000배 높은 수준으로 민감도가 매우 높은 것으로 판단되었다. 이와 같이 높은 특이도와 민감도를 가진 LAMP 검출법은 C. sakazakii와 같은 급성 기회 감염균이나 병원성 미생물에 의한 식중독 발생시 현장에서 병원체를 간편하고 신속하게 검출할 수 있는 기술로 기대된다.
생육, 습식 숙성육, 건식 숙성육을 종류별 3종을 구입하여 냉장 상태로 보관하면서 pH, 휘발성 염기질소(VBN), 미생물 정량, 우점균을 분석하였다. 초기 생육, 건식 숙성육의 중온균은 3.3-3.9 Log CFU/g, 습식 숙성육은 경우 5.4 Log CFU/g 이였으나, 냉장으로 18일 보관 후 생육과 건식 숙성육에 존재하는 중온균은 6.1-6.4 Log CFU/g로 증가하였다. 습식 숙성육의 경우 Lactic acid bacteria (LAB)는 냉장 보관시 4.5-6.0 Log CFU/g으로 나타났으나, 건식숙성육에서는 검출되지 않았다. 저장 기간이 길어짐에 따라 중온균, 저온균, LAB, 효모 및 곰팡이 수가 증가하였으나, 식품매개 병원성 미생물은 검출되지 않았다. 식육의 오염 및 부패 판단은 7 Log CFU/g 이상으로 규정하고 있어 본 연구 결과에 의하면 12일 이상 냉장 보관하였을 경우 6-7 Log CFU/g으로 기준을 초과하였다. 이 때 VBN이 평균 15 mg%으로 부패의 초기 단계로 판단 할 수 있었다. 냉장 보관에 따른 우점 미생물은 다양한 양상으로 나타냈다. 생육에서는 초기 우점균으로 S. saprophyticus가 분석되었으나, VBN이 증가함에 따라 Carnobacterium divergens가 우점하는 양상을 나타냈다. 습식 숙성육에서 Carnobacterium divergens가 냉장보관 초기에 우점 미생물로 분석되었으나, 이후 Lactobacillus sakei가 우점균으로 분석되었다. 건식 숙성육의 경우 Dermacoccus nishinomiyaensis가 냉장보관 초기에 우점하였으나 이후 Pseudomonas fragi가 우점균으로 변화하였다. 부패의 초기 단계에서 특정 박테리아의 역할 외에도 부패, 향기 분석 및 숙성 육류의 성분 변화에 대한 연구를 수행하여 숙성 육류의 안전한 유통 및 보관에 활용할 수 있다고 판단된다.
본 연구는 건강한 식이에 대한 관심이 늘어나면서 그 수요량이 증가하고 있는 녹즙에 대한 미생물학적 품질평가를 목적으로 실시되었다. 또한 날것으로 섭취하는 과채류의 장출혈성 대장균의 오염으로 인한 집단식중독 사고가 많이 보고되고 있는 상황에서 E. coli O157:H7이 녹즙에 오염되었을 경우 보관온도, 보관 시간별 미생물 커뮤니티의 변화를 정량 분석법과 DGGE분석을 통해 확인하여 잠재적인 식중독 위험성을 확인해 보고자 하였다. 정량 분석 결과 초기부터 총 호기성 세균수가 식품위생법상 기준치($1.0{\times}10^5CFU/mL$)를 초과한 결과를 보였으며, E. coli O157:H7에 대한 세균수 측정결과를 보면 $5^{\circ}C$와 $10^{\circ}C$에서 균수가 감소하다가 증가하는 경향을 보였다. DGGE결과를 보면 보관시간이 길고 보관온도가 높을수록 더 많은 미생물 분포도를 보였고, 저장시간이 후반으로 갈수록 부패균인 젖산균이 다수 출현하는 것을 확인할 수 있었다. 이 외에 Rahnella aquatilis와 Citrobacter, Pseudomonas 등의 기회감염성 세균이 검출되었다. 이에, 위 녹즙시료는 잠재적인 식중독의 위험성을 보이므로 제품의 생산, 유통에 더욱 주의를 기울일 필요가 있다고 생각된다. 또한, 제품 구입 후 냉장저장을 하더라도 가능한 한 빠른 섭취가 권장되는 바이다. E. coli O157:H7에 위 제품이 오염되었을 경우 냉장과 실온조건 모두에서 세균수가 증가하였고, 특히 실온에 방치하였을 경우 그 증가폭이 크므로, 이에 특히 주의를 기울일 필요가 있다고 생각된다.
살모넬라증과 부루셀라증은 가축 및 사람에 심각한 피해를 유발하는 질병으로, 축산업과 식품산업에 많은 경제적 손실을 초래하고 있다. 본 연구에서는, 자몽종자추출물, 구연산, 사과산 그리고 염화벤잘코늄을 주성분으로 하는 스프레이형 소독제의 Salmonella Typhimurium과 Brucella ovis에 대한 효력시험을 수행하였다. 살균효력시험은 배지희석법에 따라 수행하였으며, 스프레이형 소독제와 시험 세균들을 처리조건에 따라 경수와 유기물로 희석하여 반응을 시켰다. 유기물 조건에서, Salmonella Typhimurium과 Brucella ovis에 대한 스프레이형 소독제의 살균력은 경수조건에서의 살균력과 비교하여 낮게 나타났는데, 이는 유기물들에 의한 소독제의 살균 유효성분에 대한 저해작용에 따른 것으로 사료된다. 스프레이형 소독제는 Salmonella Typhimurium과 Brucella ovis와 같은 인수공통전염병 유발 병원균들에 대해 살균효과를 나타내어, 살모넬라증과 브루셀라증과 같은 세균성 질병의 확산을 제어하는데 효과적으로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.
S. aureus, E. coli, C. albicans, A. niger 등 4종의 식중독균에 대해 agar diffusion법을 이용하여 홍삼(Panax ginseng C.A.Meyer)으로 부터 조제한 홍삼농축액, 조사포닌, 비수용성 분획에 대한 항균활성을 조사하였다. 그 결과, 홍삼농축액 및 비수용성분획은 E. coli, C. albicans, A. niger에 대해서는 항균활성을 나타내지 않았고 조사포닌도 고농도인 30%를 제외한 모든 농도에서 항균활성을 나타내지 않았다. S. aureus는 Gram positive 세균으로서 화농성 식중독의 원인균이면서 동시에 아토피성 피부염의 원인균으로 알려져 있는데, 홍삼농축액은 30% 농도에서 이 균에 대해 항균활성을 나타내었고 조사포닌도 7.5%에서 항균활성을 나타내었다. 홍삼으로부터 조제한 비수용성 분획도 10~200 mg/mL 농도로 실험한 결과 모든 분획에서 항균효과를 나타내었다. 조사포닌 및 홍삼농축액의 미생물 생육저해양상을 조사하기 위해 미리 S. aureus를 접종한 0.85% 생리식염수에 농축액 및 조사포닌을 농도별로 첨가하고 35℃, 12시간 배양한 후 생균수를 측정한 결과, 홍삼농축액은 10% 이상의 농도에서, 조사포닌은 2% 이상의 농도에서 각각 균의 생육을 억제하였다. 그러나 이러한 농도에서도 생균수는 완전히 사멸되지 않아서 홍삼농축액 및 조사포닌의 S. aureus에 대한 생육억제작용은 살균작용이 아닌 정균 작용으로 추정되었다. 사포닌의 항균활성 유무를 확인하기 위해 순수 분리된 ginsenoside 6종(PT saponin, PD saponin, ginsenoside-Rb2,-Rc,-Rd,-Rf,-Rg2)의 항균활성을 50~200 ㎍/mL의 농도에서 조사한 결과 모두 항균효과가 관찰되지 않아서 ginsenoside는 S. aureus에 대해서는 항균효과가 없는 것으로 사료된다. 한편 사포닌을 제외한 비사포닌 성분인 비수용성분획에 대해 상기의 4종 병원성미생물을 대상으로 항균활성을 조사한 결과 E. coli, C. albicans, A. niger에 대해서는 항균효과가 관찰되지 않았고 S. aureus에 대해서만 선택적인 항균활성을 나타내었다. 항균활성 발현 비수용성분획 중 15% methanol분획(MF-1)이 가장 높은 항균활성을 나타내어 이에 대한 최소생육저해농도를 조사한 결과 0.625 mg/mL 이었다. MF-1 분획을 질량분석기(HPLC-MS)로 조사한 결과 주요한 활성성분은 분자량 179.55 및 187.55를 가지는 물질로 추정되었다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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