• 제목/요약/키워드: docking analysis

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노후화된 플로팅도크의 잔류 구조강도 평가 (Estimation of Residual Strength for an Aged Floating Dock)

  • 서광철;홍태호;박주신
    • 해양환경안전학회지
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    • 제25권1호
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    • pp.122-129
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    • 2019
  • 신조 방식의 제조업의 특성상 경기 사이클이 존재하기 때문에, 장기적으로 이를 대처할 동반 산업이 절실하게 필요로 하고 있다. 이러한 요구에 적합한 분야가 수리조선업 분야이다. 수리조선업을 운영하기 위해서는 플로팅도크가 필수적으로 필요로 하며, 대부분 노후화된 플로팅도크를 해외로부터 수입한 후, 개/보수를 통하여 운용하고 있다. 그러나, 사용연한이 최소 30년 이상이고, 운용 시 특정 선급에 입급을 시키지 않기 때문에, 안전성에 대한 정확한 지침은 전무한 상태이다. 본 연구에서는 노후화된 플로팅도크의 계측한 두께 정보를 활용하여, 구조강도 검토를 수행하고, 운용중인 플로팅도크의 잔류 구조강도를 분석하였다. 연구를 통하여 도출된 주요 결과들은 유사 설비의 구조 안전성 검토에 대한 가이드라인을 참조할 수 있으며, 개/보수 시 이러한 방법을 활용하면 빠른 시간 내에 최적 해를 찾을 수 있을 것으로 기대된다.

대형종합병원의 헬스케어 공급망관리 도입에 관한 탐색적 연구 (An Exploratory Study on Healthcare Supply Chain Management of Large Hospitals)

  • 박성택;김태웅;김미량
    • 디지털융복합연구
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    • 제17권5호
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    • pp.145-155
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    • 2019
  • 의료산업분야에서도 헬스케어 공급망관리는 서비스품질 개선과 운영비용 절감을 위한 핵심도구로 많은 주목을 받고 있다. 특히 대형병원의 경우 서비스품질 제고와 병행하여 지속적으로 증가하기만 하는 헬스케어비용을 줄이기 위해 노력하는 현 상황에서 공급망 부문의 성과제고는 전략적으로 더욱 중요해지고 있다. 본 논문은 공급망관리를 통해 대형병원의 성과제고에 기여할 수 있는 병원운영상의 전략적 이슈에 대해 논의하고자 한다. 기존 연구논문 및 관련 자료분석을 통해 대형병원의 헬스케어 공급망관리의 기본 틀을 제시하고 운영 과정상의 정보 가시성과 공유 그리고 표준화 등이 핵심 요소임을 논리적으로 제시하였다. 또한 실제적인 공급망 운영을 위해 효율적인 계획수립과 운영프로세스, 각종 기자재의 추적가능성 극대화를 위한 RFID 활용, 의약품과 각종 소모품재고 절감을 위한 크로스 도킹시스템의 도입도 제안하였으며, 본 연구에서 논의한 공급망관리 운영기법에 대한 시사점도 제시하였다.

Exploring the Catalytic Significant Residues of Serine Protease Using Substrate-Enriched Residues and a Peptidase Inhibitor

  • Khan, Zahoor;Shafique, Maryam;Zeb, Amir;Jabeen, Nusrat;Naz, Sehar Afshan;Zubair, Arif
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제49권1호
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    • pp.65-74
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    • 2021
  • Serine proteases are the most versatile proteolytic enzymes with tremendous applications in various industrial processes. This study was designed to investigate the biochemical properties, critical residues, and the catalytic potential of alkaline serine protease using in-silico approaches. The primary sequence was analyzed using ProtParam, SignalP, and Phyre2 tools to investigate biochemical properties, signal peptide, and secondary structure, respectively. The three-dimensional structure of the enzyme was modeled using the MODELLER program present in Discovery Studio followed by Molecular Dynamics simulation using GROMACS 5.0.7 package with CHARMM36m force field. The proteolytic potential was measured by performing docking with casein- and keratin-enriched residues, while the effect of the inhibitor was studied using phenylmethylsulfonyl fluoride, (PMSF) applying GOLDv5.2.2. Molecular weight, instability index, aliphatic index, and isoelectric point for serine protease were 39.53 kDa, 27.79, 82.20 and 8.91, respectively. The best model was selected based on the lowest MOLPDF score (1382.82) and DOPE score (-29984.07). The analysis using ProSA-web revealed a Z-score of -9.7, whereas 88.86% of the residues occupied the most favored region in the Ramachandran plot. Ser327, Asp138, Asn261, and Thr326 were found as critical residues involved in ligand binding and execution of biocatalysis. Our findings suggest that bioengineering of these critical residues may enhance the catalytic potential of this enzyme.

Characterization of Vancomycin Resistant Enterococci and Drug Ligand Interaction between vanA of E. faecalis with the Bio-Compounds from Aegles marmelos

  • Jayavarsha V;Smiline Girija A.S;Shoba Gunasekaran;Vijayashree Priyadharsini J
    • 대한약침학회지
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    • 제26권3호
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    • pp.247-256
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    • 2023
  • Objectives: Enterococcus faecalis is a gram positive diplococci, highly versatile and a normal commensal of the gut microbiome. Resistance to vancomycin is a serious issue in various health-care setting exhibited by vancomycin resistant Enterococci (VRE) due to the alteration in the peptidoglycan synthesis pathway. This study is thus aimed to detect the VRE from the patients with root caries from the clinical isolates of E. faecalis and to evaluate the in-silico interactions between vanA and the Aegles marmelos bio-compounds. Methods: E. faecalis was phenotypically characterized from 20 root caries samples and the frequency of vanA and vanB genes was detected by polymerase chain reaction (PCR). Further crude methanolic extracts from the dried leaves of A. marmelos was assessed for its antimicrobial activity. This is followed by the selection of five A. marmelos bio-compounds for the computational approach towards the drug ligand interactions. Results: 12 strains (60%) of E. faecalis was identified from the root caries samples and vanA was detected from two strains (16%). Both the stains showed the presence of vanA and none of the strains possessed vanB. Crude extract of A. marmelos showed promising antibacterial activity against the VRE strains. In-silico analysis of the A. marmelos biocompounds revealed Imperatonin as the best compound with high docking energy (-8.11) and hydrogen bonds with < 140 TPSA (Topological polar surface area) and zero violations. Conclusion: The present study records the VRE strains among the root caries with imperatorin from A. marmelos as a promising drug candidate. However the study requires further experimentation and validation.

Alpha-Glucosidase Inhibitory Activity of Saponins Isolated from Vernonia gratiosa Hance

  • Pham Van Cong;Hoang Le Tuan Anh;Le Ba Vinh;Yoo Kyong Han;Nguyen Quang Trung;Bui Quang Minh;Ngo Viet Duc;Tran Minh Ngoc;Nguyen Thi Thu Hien;Hoang Duc Manh;Le Thi Lien;Ki Yong Lee
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제33권6호
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    • pp.797-805
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    • 2023
  • Species belonging to the Vernonia (Asteraceae), the largest genus in the tribe Vernonieae (consisting of about 1,000 species), are widely used in food and medicine. These plants are rich sources of bioactive sesquiterpene lactones and steroid saponins, likely including many as yet undiscovered chemical components. A phytochemical investigation resulted in the separation of three new stigmastane-type steroidal saponins (1 - 3), designated as vernogratiosides A-C, from whole plants of V. gratiosa. Their structures were elucidated based on infrared spectroscopy (IR), one-dimensional (1D) and two-dimensional nuclear magnetic resonance (2D NMR), high-resolution electrospray ionization mass spectrometry (HR-ESI-MS), and electronic circular dichroism analyses (ECD), as well as chemical reactivity. Molecular docking analysis of representative saponins with α-glucosidase inhibitory activity was performed. Additionally, the intended substances were tested for their ability to inhibit α-glucosidase activity in a laboratory setting. The results suggested that stigmastane-type steroidal saponins from V. gratiosa are promising candidate antidiabetic agents.

한국 선박관리업의 국제경쟁력 실태분석에 관한 연구 (A Study on International Competitiveness Analysis of Korean Ship Management Service)

  • 조규성;안기명;신용존
    • 한국항해항만학회지
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    • 제27권1호
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    • pp.9-18
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    • 2003
  • 이 연구는 산업현장에서 직접 수집한 자료를 근거로 수행된 한국 선박관리업의 국제경쟁력 실태에 대한 분석이다. 본 연구에서는 국내 선박관리회사를 국제시장에 존재하는 다국적 선박관리회사와 비교하는 것이 보다 목적에 부합할 것이다. 그러나 국내 선박관리회사는 전반적으로 국제경쟁력 수준이 너무 낮아 다국적 선박관리회사와 비교하기에는 부적절하였다. 때문에 본 연구에서는 국적 외항선사의 선박관리부문을 국내 선박관리업의 비교주체이자 표본으로 선정, 비교하였다. 경쟁력분석은 크게 가격 경쟁력과 비가격 경쟁력으로 구분하여 실시하였다. 각격 경쟁력 요소로는 선원비, 입거수리비, 운항수리비, 선용품비, 기부속비, 윤활유비 및 관리수수료를 포함하였으며, 비가격 경쟁력 요소로는 선원 및 육상관리인의 자질, 관리조직의 효율성, 관리체계의 역량, 산업규격인증, 선박관리 노하우, 대선박 관리지원체계, 사무. 선박자동화 등으로 구성되었다. 분석결과 국적선사 선박관부문은 외국의 전문 선박관리회사들에 비해 전박적으로 국제경쟁력을 확보한 것으로 나타났다. 따라서 한국의 선박관리 사업은 선박관리 경쟁력 수준을 지속적으로 재고하여 적극적으로 국제시장 진출은 시도할 필요성이 있다.

선체 블록 진수 시 필요한 최소 용접 구조 강도 평가에 관한 연구 (A Study on the Determination of Minimum Welding Condition Based on Structural Strength under Launching for Tandem Blocks)

  • 이명수;박주신
    • 해양환경안전학회지
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    • 제28권7호
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    • pp.1267-1273
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    • 2022
  • 최근 한국 조선업계가 세계 선박 발주 물량의 대부분을 수주하고 있지만, 생산 현장에서는 인력난으로 생산공정 차질을 겪고 있다. 오랜 조선업 불황으로 일감과 임금 모두 줄어든 탓에 근로자들이 조선소를 떠났기 때문이다. 수주가 증가한 주요 요인은 카타르 LNG선 대량 발주였으며, 선박에 요구되는 기술 사양이 복잡해지는 상황도 유리하게 작용하고 있다. 선박은 계약한 인도 시점이 무엇보다도 중요하기 때문에, 조선소의 주요 공정 중 도크 진수 계획이 무엇보다도 중요한 관리 아이템이다. 도크에서 건조되는 구조물은 의장 작업을 남긴 선체 혹은 완성형 선박일 수 있으며, 때에 따라서 선체의 일부 블록 수준일 경우도 많다. 진수 시, 선체는 유체력에 의한 호깅(hogging) 혹은 새깅(sagging) 모멘트 영향을 받게 되고, 블록 연결부의 구조강도에 대한 안전성 확보가 무엇보다도 중요하다. 정상적인 공정이라면 연결 부재는 용접을 끝낸 상태에서 진수하지만, 실제 조선사에서는 도크 일정을 준수하기 위하여 구조 안전성이 확보되는 조건에 대한 빠른 의사결정이 필요하다. 본 연구에서는 앞서 언급한 문제점들을 엔지니어링 관점에서 합리적으로 판단하기 위하여 휨 응력평가법과 유한요소해석 모델링을 사용한 상세 해석법과 적용성을 분석하였다. 논문에서 언급된 주요 내용은 향후 유사 구조 강도 평가의 진행 시 좋은 사례로 활용될 수 있을 것으로 생각한다.

해당화 열매 성숙단계에 따른 생리활성 및 기능성 물질 변화 분석 (Variation in bioactive principles and bioactive compounds of Rosa rugosa fruit during ripening)

  • 곽민정;엄승희;길진수;김주성;현태경
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제46권3호
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    • pp.236-245
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    • 2019
  • 열매가 성숙하는 과정은 유전학적으로 프로그램화 되어 있는 과정으로 다른 여러 유전자 발현과 효소의 작용에 의한 생화학적, 생리적 조절의 결과물이다. 이런 일련의 과정에서 과실과 채소에 화학적 조성과 활성 물질에 변화가 나타나는 것을 당연한 결과일 것이다. 해당화의 열매가 성숙하는 과정에서 이들 활성 물질의 변화를 측정하기 위해 우리는 성숙단계 별로 채집 된 열매 시료 추출물에서의 항산화 활성의 차이, 항 elastase 활성 및 polyphenol 화합물의 함량을 분석하였다. 결과적으로 미성숙 단계의 열매 추출물에서 높은 phenolic 화합물과 플라보노이드 함량이 검출되었으며, 그에 따라 높은 radical 소거능, 환원력 및 ORAC 활성을 나타냈다. 또한 elastase 저해 활성에서도 다른 성숙 단계의 추출물에 비해 미성숙 단계의 열매 추출물에서 높은 활성을 나타내는 것으로 조사되었다. 더불어 성숙과정에서 플라보노이드 생합성 과정에 관련된 유전자의 발현이 감소하는 것을 확인하였으며, 이를 통해 플라보노이드의 함량이 감소하는 것을 설명할 수 있었다. HPLC분석을 통해 다른 성숙 단계의 추출물과 비교하여 미성숙 열매 추출물에서 높은 함량의 myricetin, caffeic acid, chlorogenic acid, syringic acid, р-coumaric acid 등이 검출되었다. 구조 기반의 molecular doking을 사용하며 이들 화합물과 elastase의 결합부위와 패턴을 분석하였으며 이를 통해 chlorogenic acid와 elastase가 강하게 결합하는 것을 확인하였다. 따라서, 본 연구를 통해서 해당화 열매의 성숙 정도가 이 식물의 약리학적 가치에 영향을 미치는 것을 규명하였고, 미성숙한 해당화 열매는 향후 활성산소 생성에 의해 유발되는 피부 노화 억제 효과뿐 아니라 피부의 탄력성 강화를 위한 기능성 천연소재로서의 가능성을 입증하였다.

Protein target identification of ginsenosides in skeletal muscle tissues: discovery of natural small-molecule activators of muscle-type creatine kinase

  • Chen, Feiyan;Zhu, Kexuan;Chen, Lin;Ouyang, Liufeng;Chen, Cuihua;Gu, Ling;Jiang, Yucui;Wang, Zhongli;Lin, Zixuan;Zhang, Qiang;Shao, Xiao;Dai, Jianguo;Zhao, Yunan
    • Journal of Ginseng Research
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    • 제44권3호
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    • pp.461-474
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    • 2020
  • Background: Ginseng effectively reduces fatigue in both animal models and clinical trials. However, the mechanism of action is not completely understood, and its molecular targets remain largely unknown. Methods: By screening for proteins that interact with the primary components of ginseng (ginsenosides) in an affinity chromatography assay, we have identified muscle-type creatine kinase (CK-MM) as a potential target in skeletal muscle tissues. Results: Biolayer interferometry analysis showed that ginsenoside metabolites, instead of parent ginsenosides, had direct interaction with recombinant human CK-MM. Subsequently, 20(S)-protopanaxadiol (PPD), which is a ginsenoside metabolite and displayed the strongest interaction with CK-MM in the study, was selected as a representative to confirm direct binding and its biological importance. Biolayer interferometry kinetics analysis and isothermal titration calorimetry assay demonstrated that PPD specifically bound to human CK-MM. Moreover, the mutation of key amino acids predicted by molecular docking decreased the affinity between PPD and CK-MM. The direct binding activated CK-MM activity in vitro and in vivo, which increased the levels of tissue phosphocreatine and strengthened the function of the creatine kinase/phosphocreatine system in skeletal muscle, thus buffering cellular ATP, delaying exercise-induced lactate accumulation, and improving exercise performance in mice. Conclusion: Our results suggest a cellular target and an initiating molecular event by which ginseng reduces fatigue. All these findings indicate PPD as a small molecular activator of CK-MM, which can help in further developing better CK-MM activators based on the dammarane-type triterpenoid structure.

곽향의 성분 분석 및 주요 성분들의 in silico 항당뇨 타겟 단백질 탐색 (Analysis of Chemical Constituents of Agastachis Herba and in silico Investigation on Antidiabetic Target Proteins of its Major Compounds)

  • 최종근
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제22권4호
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    • pp.483-492
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    • 2021
  • 곽향은 식욕부진, 메스꺼움 등의 치료에 사용될 뿐만 아니라 최근에는 항당뇨 효능도 알려졌다. 본 연구에서는 곽향의 항산화력과 주요 성분들을 조사한 다음, in-silico 방법론을 적용하여 타겟 단백질들을 예측하였다. 먼저 메탄올 추출물의 DPPH와 ABTS 라디칼 소거능의 EC50 값은 각각 78.6 ㎍/mL과 31.0 ㎍/mL이었다. 이것은 ascorbic acid의 값(9.9 ㎍/mL, 5.2 ㎍/mL)과 비교할 때 항산화력이 뛰어나다고 할 수 있다. HPLC-PDA-MS/MS를 이용하여 성분들을 정성 분석한 결과, 추출물의 주요 화합물로 rosmarinic acid, tilianin, agastachoside 그리고 acacetin을 확인하였다. 이들 성분들의 항당뇨 작용 타겟 단백질을 DIA-DB 서버를 사용하여 구조 유사도와 inverse doking 방법론을 적용하여 예측하였다. 본 가상 탐색 결과, 주요 타겟 단백질들은 PPAR-γ, DPP IV, glucokinase, α-glucosidase, SGLT2, aldose reductase, corticosteroid 11-beta-dehydrogenase로 예측되었다. 그리고 이들 단백질들 중 일부는 이미 실험적으로 검증된 타겟 단백질이었다. 따라서 in silico 검색 방법이 유효하다고 생각할 수 있다. 마지막으로 활성성분들의 최적의 추출 조건을 결정하기 위하여 여러 추출 용매들로 곽향을 추출하였다. 여러 유기 용매들 중에는 메탄올이 그리고 에탄올-물 혼합용매에서는 80% 에탄올이 가장 효과적인 추출 용매로 확인되었다.