• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2006년도 Grop Science and Biotechnology in the 21st Century
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• pp.29.2-29.2
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• 2006

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제24권10호
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• pp.1389-1396
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• 2014

The entire nucleotide sequence of the TKL1 gene encoding transketolase (TKL) in an erythritol-producing yeast of Candida magnoliae was determined by degenerate polymerase chain reaction and genome walking. Sequence analysis revealed an open reading frame of C. magnoliae TKL1 (CmTKL1) that spans 2,088 bp and encodes 696 amino acids, sharing 61.7% amino acid identity to Kluyveromyces lactis TKL. Functional analysis showed that CmTKL1 complemented a Saccharomyces cerevisiae tkl1 tkl2 double mutant for growth in the absence of aromatic amino acids and restored transketolase activity in this mutant. An enzyme activity assay and RT-PCR revealed that the expression of CmTKL1 is induced by fructose, $H_2O_2$, and KCl. The GenBank accession number for C. magnoliae TKL1 is KF751756.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제23권7호
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• pp.984-992
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• 2013

The entire nucleotide sequence of the xylose reductase (XR) gene in Candida milleri CBS8195 sourdough yeast was determined by degenerate polymerase chain reaction (PCR) and genome walking. The sequence analysis revealed an open-reading frame of 981 bp that encoded 326 amino acids with a predicted molecular mass of 36.7 kDa. The deduced amino acid sequence of XR of C. milleri was 64.7% homologous to that of Kluyveromyces lactis. The cloned XR gene was expressed in Saccharomyces cerevisiae, and the resulting recombinant S. cerevisiae strain produced xylitol from xylose, indicating that the C. milleri XR introduced into S. cerevisiae is functional. An enzymatic activity assay and semiquantitative reverse transcription-PCR revealed that the expression of CmXR was induced by xylose. The GenBank Accession No. for CmXR is KC599203.

• Applied Biological Chemistry
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• 제39권2호
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• pp.112-117
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• 1996

ADC는 diamine인 putrescine 생합성의 두가지 경로중에서 식물계에서 특히 중요한 효소이며, ADC 유전자는 E. coli, 귀리, 토마토 genome에서 이미 cloning된 바 있다. 벼 (Oryza sativa L.) 게놈 DNA의 PCR 증폭을 위해서 토마토와 E. coli의 ABC cDNA의 보존된 부분과 일치하는 두개의 degenerate oligonucleotides (17mer)를 인위 합성하였으며, 증폭의 결과 약 1 kbp 크기의 DNA가 관찰되었다. 증폭된 DNA 절편은 1,022bp 염기서열을 포함하고 있는 ORE (open reading frame)으로 확인되었다. 이 PCR product는 POEM-originated T vector에 재조합하였으며 PstI 제한효소로 약 500bp 크기로 절단하여 pGEM-3Zf(+/-) vector에 subcloning하였다. 벼 ADC clone의 염기서열은 귀리와 토마토 ADC cDNA 서열의 같은 부분과 각각 74%와 70%의 동질성을 갖는 것으로 나타났으며, 예상되는 아미노산 서열은 귀리와 토마토 ADC 단백질과 각각 45%와 62%의 동질성이 관찰되었다. 귀리와 E. coli, 토마토와 귀리 그리고 토마토와 E. coli ADC 아미노산 서열에서 각각 34%, 47%, 그리고 38%의 유사성 정도가 보고된 것을 비교하여 볼 때, 벼와 귀리 및 토마토 사이의 유사성 정도는 다른 비교 보다도 월등히 높았다. 벼 유묘기 잎조직에서 추출한 RNA를 이용한 Northern blot 분석에서 ADC는 약 2.5kbp의 전사체로 발현됨이 확인되었다.

• 미생물학회지
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• 제35권1호
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• pp.25-27
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• 1999

Coprinus congregatus 의 염색체 DNA를 주형으로 사용하고 균류 laccase에서 잘 보존된 copper binding region의 염기서열을 primer 로 사용하여 PCR을 수행한 결과 144 bp 길이의 laccase 유전자 일부를 cloning 하였다. 이의 염기서열을 분석한 결과 다른 균류의 lacacse 와 60-69% 정도의상동성을 보였으며 추정된 아미노산 서열은 68-75%의 상동성을 보였다.

• 식물병연구
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• 제14권3호
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• pp.233-237
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• 2008

국내에서 최근 발견된 Tomato yellow leaf curl virus(TYLCV)가 토마토에 발생하여 큰 피해가 발생하였다. TYLCV의 피해 발생 예방을 위하여 농업현장의 연구지도연구기관에서 쉽고 간편하게 사용할 수 있는 조기 정밀 유전자 진단기술 개발은 매우 중요하다. TYLCV에 대해 특이적 프라이머를 제작하고 특별한 핵산분리 기술이나 도구가 필요 없는 빠르고 정확하며 경제적인 VC/PCR 진단법을 이용한 유전자 진단법을 개발하였다. TYLCV 진단용 프라이머를 22개 제작하여 감염주 및 건전 토마토의 전체 핵산을 이용해 특이성 검정으로 PCR용으로 9점을 선발하였고, VC/PCR 진단법 용으로 9종을 선발하였다. 이러한 두 가지 진단법에 모두 특이적인 프라이머를 6종을 선발한 후 TLCV로 알려진 다른 Geminivirus와의 특이성 검정결과로 총 4종이 최종 선발하였다. 이들 중 Deng(540,541) 프라이머는 Ceminivirus를 진단할 수 있는 degenerate 프라이머로 VC/PCR진단법이 개발 되었다.

• Journal of Plant Biology
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• 제39권2호
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• pp.85-92
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• 1996

Small GTP-binding proteins are divided into three major group: Ras, Rho and Ypt/Rab. They have the conserved regions designed G1 to G5 that are critical in GDP/GTP exchange, GTP-induced conformational change and GTP hydrolysis. We isolated and characterized genomic DNA or cDNAfragments encoding G1 to G3 domains of small GTP-binding protein Rab and Rho from several plant species using two different PCR-based cloning strategies. Seven rab DNA fragments were isolated from 4 different plants, mung-bean, tobacco, rice and pepper using two degenerate primers corresponding to the GTP-binding domain G1 and G3 in small GTP-binding proteins. The amino acid sequences among these rab DNA fragments and other known small GTP-binding proteins shows that they belong to the Ypt/Rab family. Six rho DNA fragments were isolated from 5 different plants, mung-bean, rice, Arabidopsis, Allium and Gonyaulax using the nested PCR method that involves four degenerate primers corresponding to the GTP-binding domain G1, G3 and G4. The rho DNA fragments cloned show more than 90% homology to each other. Sequence comparison between plant and other known Rho family genes suggests that they are closely related (67 to 82% amino acid identity). Sequence analysis and southern blot analysis of rab and rho in mung-bean suggest than thses genes are encoded by multigene family in mung-bean.

• 미생물학회지
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• 제40권1호
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• pp.12-16
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• 2004

Acid proteinase는Aspergillus niger (acid pretense A)와 Cryphonectria parasitica (acid proteinase EapC)에서 분비하는 단백질로서 치즈를 제조할 때 이용하는 단백질이다. 본 연구에서는 Penicillium oxalicum HCLF-34로부터 acid proteinase의 부분유전자를 기존에 밝혀진 acid proteinase의 homology 정보로부터 degenerate primer를 제작하여 PCR방법을 이용하여 cloning하였다. Cloning된 유전자로부터 438 bp 염기서열을 분석하였으며, 이 염기서 열을 146개의 아미노산 정보로 변환하여 acid proteinase family와 homology를 비교한 결과 acid protease A와 71% 아미노산 서열의 homology를 나타내었고, EapC와 67%의 아미노산 서열 homology가 확인되었다.

• KSBB Journal
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• 제19권4호
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• pp.308-314
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• 2004

모넨신, 니저리신, 사이클로스포린 등을 하이드록실레이션 시키는 균주인 S. benihana에 존재하는 여러 가지 CYP를 클로닝하기 위해, 방선균 CYP의 보존된 부분을 통해서 degenerate primer를 제작하였고, colony hybridization을 통해서 스크리닝 한 결과 총 5 종류의 CYP가 검색되었다. 아미노산 서열의 분석 결과 방선균의 CYP 들과 매우 높은 유사성을 가졌으며, 이들 CYP의 앞 뒤 서열의 검색 결과 이 중 4개의 CYP의 downstream에는 FD 유전자가 존재함을 알 수 있었다. CYP503의 경우 다른 나머지 4개의 CYP의 서열과 차이가 많았으며, 2차 대사산물의 변형과 관련되어 있을 것으로 예상되며, ChoP와 유사성을 보이는 나머지 4개의 CYP는 스테로이드 계열 물질의 하이드록실레이션과 밀접한 연관이 있을 것으로 추정된다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제44권3호
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• pp.153-161
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• 2001

Ecdysteroid 생합성에 관련된 식물 유전자를 분리할 목적으로 ecdysteroid 생성능이 확인된 쇠무릎(Achyranthes japonica Nakai)으로부터 RNA를 분리하고, ecdysteroid 생합성에 관여한다고 알려진 cytochrome P45O family 유전자 4개와 곤충의 ecdysone 20-hydroxylase 유전자의 다중정렬 분석결과를 토대로 상동성이 높은 부위의 염기서열에 상응하는 degenerate primer를 사용하여 RT-PCR을 행하고, 고유한 염기서열을 가진 partical cDNA clone 14개를 선발했다. 기존에 ecdysteroid 생합성에 관여한다고 알려진 cytochrome P450 family 유전자들과의 염기 및 아미노산 서열의 상동성을 분석한 결과, 선발된 cDNA 중 6개가 cytochrome P45O fumily 유전자들과 상동성이 있는 것으로 나타났다. 이 중에서 4개의 clone은 곤충의 ecdysone 20-hydroxylase 유전자와도 상동성이 높아 ecdysteroid 생합성에 관련된 유전자로 추정되었다.