• 미생물학회지
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• 제52권3호
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• pp.243-248
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• 2016

RNase E는 대장균(Escherichia coli)에서 수많은 RNA의 가공 및 분해에 관여하는 필수적인 효소이다. RNase E의 효소 활성은 RraA와 RraB에 의해 조절된다. 그람양성균인 Streptomyces coelicolor는 RNase ES, RraAS1, RraAS2라고 명명되는 RNase E와 RraA의 동족체를 가지고 있다. 이 연구에서는 S. coelicolor 유래의 RraAS1이 E. coli에서 RNase E의 효소활성을 저해하는지 연구하였다. 대장균에서 RraAS1의 발현은 RNase E의 과발현에 의해 감소된 세포생장을 더욱 저하시켰으며, RNase E의 기질인 rpsO, ftsZ, rnhB mRNA의 양을 감소시키는 것을 확인 하였다. 이러한 RraAS1의 효과는 공동면역침전실험을 수행한 결과에서 유추할 수 있듯이, Rne 단백질과 RraAS1의 결합으로 유도되는 것으로 보인다. 이러한 결과는 RraAS1이 대장균에서 RNase E의 리보핵산 가수분해 활성을 유도함을 시사한다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제30권11호
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• pp.1720-1728
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• 2020

We have previously characterized AprESJ4, the major fibrinolytic enzyme from Bacillus subtilis SJ4 (Yao et al., 2019). During that study, we observed a 68 kDa protein with fibrinolytic activity. In this study, we cloned the gene (vprSJ4) encoding the 68 kDa protein, a mature Vpr and minor protease secreted by Bacillus species. vprSJ4 encodes a preproenzyme consisting of 810 amino acids (aa) including signal sequence (28 aa) and prosequence (132 aa). The mature enzyme (650 aa) has a predicted molecular weight of 68,467.35. Unlike Vprs from other B. subtilis strains, VprSJ4 has 4 additional amino acids (DEFA) at the C-terminus. vprSJ4 was overexpressed in Escherichia coli. PreproVprSJ4 was localized in inclusion bodies, and subjected to in vitro renaturation and purification by an affinity column. SDS-PAGE and western blot showed that autoprocessing of preproVprSJ4 occurred and 68 kDa and smaller proteins were produced. The optimum pH and temperature of the recombinant VprSJ4 were pH 7.0 and 40℃, respectively. Kinetic parameters of recombinant VprSJ4 were measured by using an artificial substrate, N-succinyl-ala-ala-pro-phe-p-nitroanilide. Coexpression of vprSJ4 and aprESJ4 using pHY300PLK increased the fibrinolytic activity a further 117% when compared with aprESJ4 single expression using the same vector in B. subtilis WB600.

• 원예과학기술지
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• 제33권1호
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• pp.114-123
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• 2015

식물은 다양한 생화학적 및 생리적 과정에 속한 유전자들의 발현 수준을 조절함으로써 저온 스트레스에 반응 및 적응을 할 수 있다. 이러한 스트레스 환경은 막 기능 손실, 세포벽의 변화, 대사 속도 변화 등과 같이 부정적인 영향을 초래한다. 따라서 본 연구는 배추(Brassica rapa ssp. pekinensis)에서의 시간 변화에 따른 저온 스트레스 반응 기작 관련 유전자 상호발현 네트워크를 구축하였다. 배추의 저온 스트레스 네트워크는 2,030개 node, 20,235개 edge, 및 34개 connected component로 구성되었으며, 구축된 네트워크는 배추에서 저온에 관여하는 유전자가 생육도 조절한다는 것을 보여 주었다. 구축한 네트워크를 이용하여 배추에서 저온 스트레스($4^{\circ}C$) 처리가 미치는 영향을 분석한 결과 WRKY 전사인자와 살리실산 신호에 의해 chitinase 부동 단백질이 활성화되고, 전신적 획득저항성을 작동하기 위해 기공 개폐 및 탄수화물 대사과정이 조절됨을 확인하였다. 또한 저온 처리 후 48시간 후에 저온 스트레스가 영양생장에서 생식 생장 및 분열 조직 단계의 변화를 초래하는 것으로 나타났다. 본 연구에서 구축한 네트워크 모델은 배추에서 저온 저항성 관련 유전자들의 발현 패턴을 정확히 유추하는 데 이용될 수 있을 것이다.

• Animal Bioscience
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• 제34권11호
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• pp.1739-1748
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• 2021

Objective: In recent years, long noncoding RNAs (lncRNAs) have been identified in many species, and some of them have been shown to play important roles in muscle development and myogenesis. However, the differences in lncRNAs between Kazakh cattle and Xinjiang brown cattle remain undefined; therefore, we aimed to confirm whether lncRNAs are differentially expressed in the longissimus dorsi between these two types of cattle and whether differentially expressed lncRNAs regulate muscle differentiation. Methods: We used RNA-seq technology to identify lncRNAs in longissimus muscles from these cattle. The expression of lncRNAs were analyzed using StringTie (1.3.1) in terms of the fragments per kilobase of transcript per million mapped reads values of the encoding genes. The differential expression of the transcripts in the two samples were analyzed using the DESeq R software package. The resulting false discovery rate was controlled by the Benjamini and Hochberg's approach. KOBAS software was utilized to measure the expression of different genes in Kyoto encyclopedia of genes and genomes pathways. We randomly selected eight lncRNA genes and validated them by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (RT-qPCR). Results: We found that 182 lncRNA transcripts, including 102 upregulated and 80 downregulated transcripts, were differentially expressed between Kazakh cattle and Xinjiang brown cattle. The results of RT-qPCR were consistent with the sequencing results. Enrichment analysis and functional annotation of the target genes revealed that the differentially expressed lncRNAs were associated with the mitogen-activated protein kinase, Ras, and phosphatidylinositol 3-kinase (PI3k)/Akt signaling pathways. We also constructed a lncRNA/mRNA coexpression network for the PI3k/Akt signaling pathway. Conclusion: Our study provides insights into cattle muscle-associated lncRNAs and will contribute to a more thorough understanding of the molecular mechanism underlying muscle growth and development in cattle.

• Journal of Ginseng Research
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• 제47권1호
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• pp.123-132
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• 2023

Background: Pseudotyped virus systems that incorporate viral proteins have been widely employed for the rapid determination of the effectiveness and neutralizing activity of drug and vaccine candidates in biosafety level 2 facilities. We report an efficient method for producing severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pseudovirus with dual luciferase and fluorescent protein reporters. Moreover, using the established method, we also aimed to investigate whether Korean Red Ginseng (KRG), a valuable Korean herbal medicine, can attenuate infectivity of the pseudotyped virus. Methods: A pseudovirus of SARS-CoV-2 (SARS-2pv) was constructed and efficiently produced using lentivirus vector systems available in the public domain by the introduction of critical mutations in the cytoplasmic tail of the spike protein. KRG extract was dose-dependently treated to Calu-3 cells during SARS2-pv treatment to evaluate the protective activity against SARS-CoV-2. Results: The use of Calu-3 cells or the expression of angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) in HEK293T cells enabled SARS-2pv infection of host cells. Coexpression of transmembrane protease serine subtype 2 (TMPRSS2), which is the activator of spike protein, with ACE2 dramatically elevated luciferase activity, confirming the importance of the TMPRSS2-mediated pathway during SARS-CoV-2 entry. Our pseudovirus assay also revealed that KRG elicited resistance to SARS-CoV-2 infection in lung cells, suggesting its beneficial health effect. Conclusion: The method demonstrated the production of SARS-2pv for the analysis of vaccine or drug candidates. When KRG was assessed by the method, it protected host cells from coronavirus infection. Further studies will be followed for demonstrating this potential benefit.

• Applied Microscopy
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• 제38권3호
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• pp.151-157
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• 2008

삼차신경계에서 $P2X_3$와 TRPV1 면역양성 일차들신경섬유는 통각정보의 전달에 중요한 역할을 한다. 본 연구에서는 삼차신경절 및 삼차신경꼬리핵에서 $P2X_3$와 TRPV1 면역양성 신경세포의 형태학적 특성 및 투사양식을 이해하기 위하여, 흰쥐 삼차신경절 및 삼차신경꼬리핵에서 $P2X_3$와 TRPV1에 대한 항체를 사용하여 형광면역염색법 및 형태계측학적인 기법을 시행하여 다음과 같은 결과를 얻었다. $P2X_3$ 면역양성 신경세포중 77.4%의 신경세포에서 (1,401/1,810) TRPV1이 동시에 발현되었으며, TRPV1 면역양성 신경세포중 51.9% (1,401/2,698)의 신경세포에서 $P2X_3$와 공존을 보였다. $P2X_3$와 TRPV1에 동시에 면역양성반응을 보이는 신경세포는 중간크기의 신경세포에서 주로 관찰되었으며, $P2X_3$ 혹은 TRPV1 면역양성 신경세포중 아주 작거나 큰 신경세포에서는 공존하지 않았다. 삼차신경꼬리핵에서 $P2X_3$ 면역양성 신경섬유 및 신경종말들은 제1층과 제2층에 분포하는데 주로 제2층의 안쪽부위에서 밀도가 높게 관찰되었으며, TRPV1 면역양성 신경섬유 및 신경종말들은 제1층과 제2층의 바깥쪽에서 밀도가 높게 관찰되었다. $P2X_3$와 TRPV1이 공존하는 신경섬유 및 신경종말들은 제2층의 안쪽과 바깥쪽의 경계부위에서 관찰되었다. 이러한 연구결과는 $P2X_3$와 TRPV1을 동시에 발현하는 신경세포는 구강안면영역에서 통각정보의 처리에 독특한 역할을 수행할 것이라는 것을 시사한다.

• Applied Microscopy
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• 제42권1호
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• pp.27-33
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• 2012

Transient receptor potential ankyrin 1 (TRPA1)은 $17^{\circ}C$보다 낮은 유해한 온도 및 자극적인 화합물에 의해 활성화되며 통각을 조절한다. 그러나 TRPA1에 의한 통각정보가 어떻게 처리되는지에 대한 정보는 많이 알려져 있지 않다. 본 연구에서는 흰쥐의 삼차신경절에서 TRPA1을 발현하는 신경세포의 특성을 규명하기 위해서, 면역형광기법을 사용하여 TRPA1을 발현하는 신경세포에서 다른 통각수용기들에서 발현되며, 특징적인 기능을 수행하는 수용기인 transient receptor potential vanilloid 1 (TRPV1)와 $P2X_3$와의 발현양상을 조사하였다. TRPA1을 발현하는 신경세포에서 열감각수용기이며, 통각표지자인 TRPV1과의 공존을 조사해 본 결과, TRPA1 면역양성 신경세포 중에서 58.8% (328/558)가 TRPV1을 동시에 발현하였으며, 41.2% (230/558)가 TRPA1만 발현하고 TRPV1을 발현하지 않았다. TRPA1을 발현하는 신경세포 중 TRPV1을 동시에 발현하는 신경세포는 대부분 작거나 중간크기였다. 또한 TRPA1과 조직의 손상, 그리고 염증 시 분비되는 ATP와 결합하는 $P2X_3$와의 공존을 조사해 본 결과, TRPA1 면역양성 신경세포 중에서 26.1% (310/1186)의 신경세포에서 $P2X_3$을 동시에 발현하였으며, 73.9% (876/1186)의 신경세포에서 TRPA1만 발현하였다. TRPA1을 발현하는 신경세포 중 $P2X_3$을 동시에 발현하는 신경세포는 대부분 작거나 중간크기였다. 이러한 결과는 TRPA1을 발현하는 신경세포가 TRPV1 또는 $P2X_3$를 동시에 발현함으로써 동일한 신경세포가 구강안면영역에서의 냉통각 및 열통각을 조절할 뿐 아니라, 냉통각 및 염증성동통을 동시에 전달하는 등 하나의 신경세포가 여러 가지 통각의 전달에 관여하는 것을 시사한다.