• 제목/요약/키워드: coding method

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개 회충 게놈 응용 사례에서 공개용 분석 툴을 사용한 드래프트 게놈 어셈블리 생성 (Workflow for Building a Draft Genome Assembly using Public-domain Tools: Toxocara canis as a Case Study)

  • 원정임;공진화;허선;윤지희
    • 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지
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    • 제20권9호
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    • pp.513-518
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    • 2014
  • NGS 기술의 발달로 시퀀싱 비용이 급격히 하락됨에 따라 대규모 크기의 유전체 염기 서열해독을 소규모의 실험실에서 수행할 수 있게 되었다. 디노버 어셈블리는 표준 유전체가 없는 새로운 종을 시퀀싱하는 경우 리드들의 염기 서열 정보를 이용하여 재구성함으로써 원래의 전체 시퀀스를 복원하는 것이다. 최근 이와 관련된 많은 연구 결과가 보고되고 있으나, 충분한 분석 노하우와 명확한 가이드라인 등이 공개되어 있지 않기 때문에 이들 연구에서 제시하는 동일한 어셈블리 수행 과정 및 분석 툴들을 사용하더라도 만족할만한 수준의 어셈블리 결과를 얻지 못하는 경우가 발생한다. 본 연구에서는 이러한 문제점을 해결하기 위하여 NGS 기술과 디노버 어셈블리 기술을 이용하여 아직 밝혀지지 않은 생물체의 전체 DNA의 염기 서열을 밝히기 위한 일련의 과정들을 단계별로 소개하고, 각 단계에서 필요로 하는 공개용 분석 툴의 장단점을 분석하여 제시한다. 이러한 과정별 단계를 구체적으로 설명하기 위하여 본 연구에서는 350Mbp 크기의 개 회충 게놈을 응용 사례로 사용한다. 또한 디노버 어셈블리 과정을 통해 새롭게 어셈블리된 시퀀스와 다른 유사 종과의 상동성 분석을 수행하여 어셈블리된 시퀀스에서의 유전자 영역 추출과 추출된 유전자의 기능을 예측한다.

코드블록 노이즈 분산의 변화를 최소화하는 안전한 JPEG2000 스테가노그라피 (Secure JPEG2000 Steganography by the Minimization of Code-block Noise Variance Changes)

  • 윤상문;이해연;주정춘;;이흥규
    • 정보처리학회논문지C
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    • 제15C권3호
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    • pp.149-156
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    • 2008
  • JPEG2000은 차세대 이미지 압축 포맷으로 JPEG에 비하여 우수한 압축률과 화질을 제공할 수 있다. JPEG2000 이미지를 커버 오브젝트로 사용하는 lazy-mode 스테가노그라피는 압축과정에서 발생하는 정보 손실에 의해 메시지가 손실되지 않도록 제안된 알고리즘으로 많은 양의 메시지 삽입이 가능하다. 그러나 이 방법은 메시지 삽입으로 인하여 코드블럭 노이즈 분산의 변화를 발생하게 되고, 이러한 특징을 기반으로 하는 Hilbert-Huang 변환 (HHT) 기반의 스테거낼리시스에 의하여 메시지 삽입여부가 탐지될 수 있다. 본 논문에서는 코드블럭 노이즈 분산의 변화를 예측하고, 이를 최소화하도록 메시지를 삽입하여 HHT 기반 스태거낼리시스에 의해 탐지되지 않는 새로운 JPEG2000 스테가노그라피 알고리즘을 제시한다. 코드블록 노이즈 분산의 변화를 예측하기 위하여 low precision code-block variance와 low precision code-block noise variance를 활용하였다. 또한 메시지 삽입 후의 높은 영상 화질을 유지하기 위하여 JPEG2000의 quality layer 정보를 활용하였다. 제안한 알고리즘의 성능을 보이기 위하여 2048장의 다양한 영상에 대하여 분석을 수행하였고, 이를 통하여 HHT 기반 스태거낼리시스 방법에 안전함을 증명하였다.

가습기살균제 피해 신청자들의 인구학적 특성 및 노출평가 - 4-1차와 4-2차 신청자를 중심으로 - (Demographic Characteristics and Exposure Assessment for Applicants Who Have Been Injured by Humidifier Disinfectant - Focusing on 4-1 and 4-2 Applicants -)

  • 최윤형;류현수;윤정교;이슬아;곽정현;한보영;추연희;김판기;양원호
    • 한국환경보건학회지
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    • 제44권4호
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    • pp.301-314
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    • 2018
  • Objectives: The aim of this study was to introduce the overall progress of exposure assessment to humidifier disinfectant (HD); to present participants' demographic characteristics, exposure characteristics to humidifier disinfectant, and exposure classification; and furthermore to compare those characteristics between survivors and non-survivors. Methods: An assessment of environmental exposure to HD was conducted using modified HD-specific questionnaires that had been previously validated. We analyzed the data from 4,482 participants who had been potentially exposed to HD and had registered with the KEITI (Korea Environmental Industry & Technology Institute) from September 2016 to May 2018 (the fourth survey). Environmental exposure assessments were performed as follows: 1) contact with participants, 2) environmental exposure assessment though face-to-face interviews, 3) assessment review and coding, and 4) exposure rating. Results: Overall, survivors made up 77.1% (3,457 subjects) and non-survivors made up 22.9% (1,025 subjects). When compared with the survivors, non-survivors had a higher proportion of subjects aged >60 years and subjects who answered as suffering lung damage and having purchased HD because it is "Beneficial to health" (p<0.05). For the exposure characteristics compared to survivors, non-survivors had a higher proportion of cases of distance from humidifier to face being less that one meter and the spray direction being toward the face (p<0.05). Overall, respondents who used the "Oxy Ssak Ssak New Gaseupgi Dangbun", "Aekyung Gaseupgi Mate", "Homeplus Gaseupgi Chungjungje", and "E-Mart Gaseupgi Salgyunje" products made up 66.1, 12.3, 4.0, and 3.6%, respectively, and 72.5% of respondents used products with PHMG as the active chemical. When compared with survivors, non-survivors had a higher proportion of use of "Oxy Ssak Ssak New Gaseupgi Dangbun" but a lower proportion of use of products with CMIT/MIT, PGH, or PHMG as the active chemical. Conclusions: This study provided demographic characteristics and exposure assessment for applicants who have been injured by HD. In spite of the limitations of performing past exposure assessment through a questionnaire survey, such as recall bias, useful results may be obtained by comparing survivors with non-survivors. Further studies such as the exposure rating method and so on are necessary to assess past exposure to HD.

생물학 가설의 생성에서 나타난 과학적 감성의 생성 과정 (The Generating Processes of Scientific Emotion in the Generation of Biological Hypotheses)

  • 권용주;신동훈;박지영
    • 한국과학교육학회지
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    • 제25권4호
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    • pp.503-513
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    • 2005
  • 본 연구의 목적은 생물학 가설 생성 중에 나타나는 과학적 감성 생성 과정을 밝히는 것이다. 먼저 예비연구를 통해 잠정적 모형을 구성하고, 사고 발성법 훈련 계획을 확정하고, 표준화된 면접지 개발하였다. 본 연구에서는 8명의 대학생을 대상으로 사고 발성법과 회상적 면접법, 심층 면접을 이용한 삼각측정법으로 언어적 프로토콜과 행동 프로토콜을 수집하였다. 잠정적 모형을 근거를 선언적 지식과 절차적 지식의 분석틀을 개발하였고, 이 분석틀을 이용하여 부호화 프로토콜을 개발하였다. 부호화 프로토콜을 분석한 결과 과학적 감성 생성의 4가지 유형을 개발하였다. 첫 번째 생성 유형은 기본 과정으로서 인식하기 전에 먼저 느끼는 과정을 설명한다. 두 번째 생성 유형은 회상적 과정으로서 과거의 감성기억이 되살아나는 과정을 설명한다. 세 번째 생성 유형은 인지적 과정으로서 인지적 목표를 달성하기 위해 일어나는 일련의 사고 과정에서 생성되는 감성을 설명한다. 네 번째 생성 유형은 귀인 과정으로서 인지적 목표의 달성 여부에 대한 귀인평가 과정에서 생성되는 감성을 설명한다. 기본 과정에서 생성한 감성은 기본 감성이라 하고, 회상 과정에서 생성한 감성은 회상 감성이라 하고, 인지적 과정에서 생성한 감성은 인지적 감성이라 하고, 귀인 과정에서 생성한 감성은 귀인감성이라 한다. 개발된 과학적 감성 생성 과정 유형은 감성 생성 과정 모형 개발과 감성적 두뇌 기반 학습 전략 수립의 기초가 될 것으로 기대한다.

스마트교육에 대한 교사의 인식 및 활용 실태 (Study on School Teachers' Perception of and Usage of SMART Education)

  • 서순식;고유하
    • 정보교육학회논문지
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    • 제20권2호
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    • pp.139-150
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    • 2016
  • 스마트디바이스의 기술적 발전은 학교 교육체제의 변화를 이끄는 동인이다. 스마트교육이 학교 내 안착하려면 최종 수용자 집단인 다수 일반교사들이 스마트교육에 대해 어떻게 인식하고 있으며, 그들의 실제 활용은 어느 정도인지에 대해 규명할 필요가 있다. 이 연구는 일반교사들이 인식하는 스마트교육의 특성을 질적 연구 방법으로 도출한 후, 학교현장에서 스마트교육의 활용에 대한 중요도와 수행도 차이를 양적 연구 방법으로 분석하여 일반교사가 체감하는 스마트교육의 실태를 규명하고자 수행되었다. 스마트교육 속성에 대한 일반교사의 인식을 규명하기 위해 선행연구를 분석하였고, 8명의 일반교사를 대상으로 수업 관찰 및 반구조화된 질문지를 이용한 심층면담 등 질적 연구방법을 실시하였고, 스마트교육에 대한 그들의 1차 핵심 개념 72개를 선정하였다. 그 후 연구자간 논의를 거쳐 16개의 최종 개념, 6개의 하위 범주, 3개의 상위 범주를 도출하였다. 16개 개념을 토대로 일반교사들의 스마트교육 속성에 대한 중요도-실행도를 분석(IPA)하였으며, 스마트교육에 대한 일반교사들의 중요성 인식과 활용 수준에 대한 도출 결과를 토대로 진일보한 스마트교육 실천을 위한 시사점을 제시하였다.

과학담화에서 과학자와 중학생의 제스처 비교 -분자운동과 물질의 상태변화를 중심으로- (The Difference of Gestures between Scientists and Middle School Students in Scientific Discourse: Focus on Molecular Movement and the Change in State of Material)

  • 김지현;조해리;조영환;정대홍
    • 한국과학교육학회지
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    • 제38권2호
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    • pp.273-291
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    • 2018
  • 과학 담화에 동반되는 제스처는 정신 모형의 구성과 모델에 기반한 추론에 중요한 역할을 한다. 체화된 인지의 관점에서 제스처는 학생의 내면에 기저한 정신모형을 유추하는 근거인 동시에 학생의 불완전한 과학적인 사고의 변화에 도움을 줄 수 있다. 이 연구는 과학 교육의 맥락에서 제스처의 역할을 탐색해보고자 과학적 담화에서 제스처의 특징을 살펴보고 과학자와 중학생의 제스처를 비교하였다. 각각 10명의 과학자와 중학생이 본 연구에 참여했으며, 일대일 면담에서는 '분자운동과 상태 변화'에 관한 세 가지 면담과제가 제시되었고 면담은 반구조화된 clinical interview의 방식으로 진행되었다. 과학자와 중학생의 제스처는 모두 비디오로 녹화하였으며, 근거 이론(grounded theory)에 기반하여 4명의 연구자가 반복적으로 비교 분석하였다. 연구 결과, 과학자와 중학생의 제스처는 4가지 측면(제스처의 특징, 제스처의 사용, 제스처의 내용, 제스처의 기능)에서 상이한 특성을 보였다. 과학자는 다양하고 정교한 제스처를 보다 빈번하게 체계적으로 사용했으며, 중학생 또한 과학적 사고와 소통의 도구로 제스처를 과학담화에서 사용했으나, 중학생의 제스처는 과학자의 제스처에 비해 과학적인 근거가 부족했으며 기능적인 특징에서도 상당한 차이점이 있었다. 이 결과는 제스처가 과학적 사고를 강화하는 데 도움이 될 수 있으며, 내면에서 일어나는 인지활동을 알아보는 수단이 될 수 있다는 것을 보여준다. 앞으로 학생들이 제스처를 과학 개념의 이해와 추론을 돕는 도구로 사용할 수 있도록 지원할 필요가 있다.

터보부호에서 LLR 분산값을 이용한 반복중단 알고리즘 구현 (Implementation of Stopping Criterion Algorithm using Variance Values of LLR in Turbo Code)

  • 정대호;김환용
    • 대한전자공학회논문지TC
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    • 제43권9호
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    • pp.149-157
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    • 2006
  • 터보부호는 디지털 이동통신 시스템에서 사용되는 오류정정 부호화 기법의 일종으로서 반복복호가 진행됨에 따라 AWGN 채널 환경에서 우수한 BER 성능을 나타낸다. 그러나 다양한 채널 환경에서 반복 횟수가 증가하면 복호하는데 필요한 지연시간과 계산량이 증가하는 단점을 가진다. 이를 해결하기 위해서는 적절한 반복 후에 반복복호를 효율적으로 중단시킬 수 있는 중단조건이 필요하게 된다. 본 논문에서는 터보 복호기의 최종 연판정 출력값인 LLR의 분산값을 중단조건으로 이용하여 BER 성능의 손실없이 모든 SNR 영역에서 평균 반복복호 횟수를 크게 감소시킬 수 있는 효율적인 반복중단 알고리즘을 제안한다. 모의실험 결과, 높은 SNR 영역에서 제안된 알고리즘의 평균 반복복호 횟수는 외부정보 값에 대한 분산값을 이용한 방법과 비교하여 약 $34.66{\sim}41.33%$ 정도의 감소효과를 나타내었다. 낮은 SNR 영역에서 CE 알고리즘과 비교하여 약 $13.93%{\sim}14.45%$ 정도의 감소효과를 나타냈으며, SDR 알고리즘과 비교하여 약 $13.23%{\sim}14.26%$ 정도의 감소효과를 나타내었다.

STS-RFLP법을 이용한 국내지역 재배녹차의 비교분석 (Comparative Analysis of Local Green Tea in Korea by STS-RFLP)

  • 조규형;조아르나;;김종철;김루미;윤호성;김경태
    • 생명과학회지
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    • 제20권9호
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    • pp.1415-1419
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    • 2010
  • 최근 웰빙 열풍으로 나날이 녹차에 대한 관심과 소비가 증가하고, 생산 재배되고 있는 산지에 대한 브랜드화가 진행되고 있다. 하지만 지역에서 재배되고 있는 녹차품종의 구별 및 차이에 대해서는 아직 많은 연구가 되어 있지 않고 있다. 이 연구에서 국내 대표 녹차산지인 하동지역과 보성지역에서 채집한 녹차와 중국과 일본의 대표적 녹차품종을 가지고 STS-RFLP분석을 수행하였다. 페닐프로파노이드 생합성 경로에 관여하는 페닐알라닌 암모니아 리아제와 찰콘 합성효소 그리고 디하이드로플라보놀 4-리덕타아제 유전자의 암호영역과 비암호영역을 사용하여 이들 품종들을 구별할 수 있는 연구에 성공하였다. 이 논문에서는 녹차품종 구별에 사용 가능한 STS-RFLP법과 프라이머를 나타내었고, 하동지역과 보성지역의 녹차품종을 CHS 유전자의 CAPS 마커만으로 구별할 수 있는 방법을 찾아내어, 국내 지역간 품종의 구분 및 검증에 사용할 수 있다는 사실을 제시하였다.

Radix-4 트렐리스 병렬구조 및 역방향 상태천이의 제어에 의한 역추적 비터비 디코더 (Radix-4 Trellis Parallel Architecture and Trace Back Viterbi Decoder with Backward State Transition Control)

  • 정차근
    • 대한전자공학회논문지SP
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    • 제40권5호
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    • pp.397-409
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    • 2003
  • 본 논문에서는 2-step 트렐리스를 하나로 통합한 Radix-4 트렐리스 병렬구조 및 역방향 상태천이의 연속적인 제어에 의한 역추적 비터비 디코더를 구현하고, 이를 초고속 무선 랜에 응용한 결과를 제시한다. Radix-4 트렐리스 병렬구조의 비터비 디코더는 throughput을 개선함과 동시에 구조가 간단하고 지연시간 및 회로의 overhead가 적은 이점이 있다. 이 특성을 기반으로, 본 논문에서는 Radix-4 트렐리스 병렬구조의 구현을 위한 가지 메트릭의 계산과 ACS의 구성, 역방향 상태천이의 연속적인 제어에 의한 역추적 복호 등으로 구성된 새로운 비터비 디코더를 제안한다. 본 제안방법의 적용으로 펑처링의 결과로 인한 가변 부호율의 복호를 통합된 하나의 디코더로 대응할 수 있으며, 부호율의 변화에 따라 별도의 부가회로나 주변제어 회로를 요구하지 않는 특성을 갖는다. 또한, 본 논문에서 제안한 역방향 상태천이의 제어에 의한 역추적 복호는 메모리 제어를 위한 별도의 회로를 추가함이 없이 ACS 사이클 타임에 정확이 동기되어 순서적인 복호를 수행할 수 있게 한다. 제안방법의 유용성을 검증하기 위해, 초고속 무선 랜 규격인 IEEE 802.11a PHY 계층의 채널부호 및 복호에 적용하고, HDL 언어로 구현한 회로의 시뮬레이션 결과를 제시한다.

파이프라인 최적화를 통한 고성능 H.264 CAVLC 복호기의 VLSI 설계 (A VLSI Design of High Performance H.264 CAVLC Decoder Using Pipeline Stage Optimization)

  • 이병엽;류광기
    • 대한전자공학회논문지SD
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    • 제46권12호
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    • pp.50-57
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    • 2009
  • 본 논문에서는 H.264/AVC 영상 압축 기술에서 영상데이터의 통계적 중복성을 제거하기 위한 CAVLC의 하드웨어 복호기 구조를 제안한다. 기존의 CAVLC 하드웨어 복호기는 4단계에 걸쳐 5가지 코드를 복호한다. 복호과정에서 각 단계 전환시 불필요한 유휴 사이클이 포함되어 복호기의 성능을 저하시키고 또한 가변길이의 코드 복호과정 중 유효비트길이 계산 과정에서도 불필요한 유휴 사이클을 포함한다. 본 논문에서는 이러한 유휴 사이클을 효과적으로 제거하기 위한 하드웨어 구조를 제안한다. 첫 번째로 복호된 코드를 저장하는 불필요한 버퍼를 제거하여 파이프라인 구조를 효율적으로 개선하고 두 번째로 유효비트길이를 계산하는 과정에서 연산 및 제어를 단순화하는 쉬프터 구조를 제안한다. 제안된 방법을 적용한 결과 하나의 매크로 블록을 처리하는데 평균적으로 89사이클만을 소모한다. 기존 방식에 비하여 29% 가량 성능이 향상됨을 확인하였다. 제안된 구조를 0.18um CMOS 공정을 적용하여 합성하였을 경우 최대 동작 주파수는 140Mhz이며 게이트 크기는 11.5K이다. 기존 방식에 비해 사이클 수는 적게 소모하면서도 적은 회로 사이즈를 구현하여 저전력 동작이 가능하다.