• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제22권9호
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• pp.979-983
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• 2001

Thermoanaerobacter ethanolicus is a strictly anaerobic and thermophilic bacterium whose optimum temperature ranges over $65-68^{\circ}C.$ T. ethanolicus was known to contain a bipolar very long chain fatty acyl component such as $\alpha$, $\omega-1316-dimethyloctacosanedioate$, as one of the major membrane components. However, exact physiological role of this unusual component in the membrane remains unknown. Such a very long chain fatty acyl component, $\alpha$, ${\omega}-1316-dimethyloctacosanedioate$, dimethyl ester (DME C30), was isolated, and purified from the membrane of T. ethanolicus. As a function of added concentrations of the $\alpha$, $\omega-1316-dimethyloctacosanedioate$, dimethyl ester (DME C30) or cholesterol into the standard liposomes, the acyl chain ordering effect was investigated by the steady-state anisotropy with 1,6-diphenyl-1,3,5-hexatriene (DPH) as a fluorescent probe. Acyl chain order parameter (S) of vesicles containing DME C30 is higher comparing with phosphatidylcholine (PC) only vesicles. This result was discussed thermodynamically with the aid of the simulated annealing molecular dynamics simulations. Through the investigation of all the possible conformational changes of DME C30 or cholesterol, we showed that DME C30 is very flexible and its conformation is variable depending on the temperature comparing with cholesterol, which is rigid and restricted at overall temperature. We propose that the conformational change of DME C30, not the configurational change, may be involved in the regulation of the membrane fluidity against the changes of external temperature.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제53권3호
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• pp.397-407
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• 2010

목 적 : F9 유전자는 혈우병B의 병인 유전자이다. 기존의 RFLP를 이용한 연관분석은 정보제공율이 55.6%에 불과하였다. 직접 염기서열 분석법은 98%의 돌연변이를 진단할 수 있지만, 고가의 비용이 든다. 본 연구는 F9 유전자를 대상으로 돌연변이의 선별검사로써 mPCR-CSGE를 사용하고, 이후 특정 유전자 부위만을 염기서열 분석하여 mPCR-CSGE의 유용성을 확인하기 위해 고안되었다. 방 법 : 연구대상은 비혈연 관계인 27명의 혈우병B 환자였다. 직접염기서열 분석법은 독립된 다른 기관에서 시행하였고, mPCR-CSGE 선별 후 염기서열 분석법은 본 연구자의 기관에서 시행되었다. 직접 염기서열 분석법의 결과가 참고치가 되어 mPCR-CSGE 선별 후 염기서열 분석법을 정확성, 경제성, 신속성, 편이성 측면에서 비교하였다. 두가지 방법으로 진단이 되지 않는 환자에게는 MLPA를 이용하여 돌연변이를 발견하였다. 결 과 : 직접 염기서열 분석법으로 26명(96.3%)의 환자에서 돌연변이를 확인할 수 있었다. mPCR-CSGE 선별 후 염기서열 분석법으로는 23명(85.2%)의 환자에서 돌연변이를 찾아낼 수 있었다. 1명의 환자는 MLPA로써 돌연변이를 확인할 수 있었다. 27명의 환자에게 21개의 독립적인 돌연변이가 있었다. mPCR-CSGE 선별 후 염기서열 분석법은 직접 염기서열 분석법에 비해 비용은 55.7%로 줄일 수 있었으나, 실험 단계는 더욱 복잡하였고, 시간도 하루가 더 걸렸으며, 세심한 실험상의 주의가 필요하였다. 결 론 : mPCR-CSGE 선별 후 염기서열 분석법은 85.2%의 높은 돌연변이 선별력을 보이고, 직접 염기서열 분석법의 57.7%의 비용만 소모하였으나, 실험과정에 세한 주의가 요구되었으며, 노동집약적이고, 실험 시간도 하루가 더 소요되었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제26권12호
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• pp.2184-2191
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• 2016

The time-consuming and high-cost preparation of soluble peptide-major histocompatibility complexes (pMHC) currently limits their wide uses in monitoring antigen-specific T cells. The single-chain trimer (SCT) of peptide-${\beta}2m$-MHC class I heavy chain was developed as an alternative strategy, but its gene fusion is hindered in many cases owing to the incompatibility between the multiple restriction enzymes and the restriction endonuclease sites of plasmid vectors. In this study, overlap extension PCR and one-step cloning were adopted to overcome this restriction. The SCT gene of the $OVA_{257-264}$ peptide-$(GS_4)_3-{\beta}2m-(GS_4)_4-H-2K^b$ heavy chain was constructed and inserted into plasmid pET28a by overlap extension PCR and one-step cloning, without the requirement of restriction enzymes. The SCT protein was expressed in Escherichia coli, and then purified and refolded. The resulting $H-2K^b/OVA_{257-264}$ complex showed the correct structural conformation and capability to bind with $OVA_{257-264}$-specific T-cell receptor. The overlap extension PCR and one-step cloning ensure the construction of single-chain MHC class I molecules associated with random epitopes, and will facilitate the preparation of soluble pMHC multimers.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제45권6호
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• pp.911-916
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• 2003

돼지 Duroc 품종의 mitochondria DNA D-loop전체 유전자를 증폭하기 위하여 많은 동물에서 고도로 상동성이 높은 tRNA-Pro와 tRNA-Phe 염기서열 일부를 이용하여 oligonucleotide primer를 제작하였다. 그 결과 Duroc 품종의 D-loop 전체 유전자는 1,145 base pairs 였으며, 그 중간위치에 10bp의 Sus Scrofa-specific sequence (TACACGTGCG)가 10개 존재하고 있었다. 돌연변이 검출을 위하여 가장 변이가 심한 지역을 primer 제작하여 345 bp의 DNA 단편을 증폭하였으며, Single Stranded Conformation Polymorphism(SSCP) 분석은 8% polyacrylamide gel에서 200 V, 16시간 전기영동하여 ethidium bromide (EtBr)로 10분간 염색하여 UV image analyzer로 관찰하였다. 그 결과 두 개의 서로 다른 밴드유형을 관찰하였으며, 21개 부위에서 염기서열 변이가 관찰되었다. 이러한 결과는 유전적 다양성 변이를 검출하는데 SSCP 분석이 유용한 도구라고 사료된다.

• 공업화학
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• 제8권5호
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• pp.796-803
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• 1997

주쇄형고분자액정(CBA-10)의 PVT와 $^2H$-NMR측정으로 상전이에 따른 열역학적 특성을 고찰하였다. 부피 변화에 의한 NI 및 CN 상전이가 발생하였으며, 일정체적하의 상전이 엔트로피 $({\Delta}S_{NI})_V$와 $({\Delta}S_{CN})_V$값 12.6, $65.3J/mol{\cdot}K$를 각각 구하였으며, 체적변화에 따른 엔트로피는 일정압력하에 얻어진 전이엔트로피의 40~60%정도였다. $^2H$-NMR/RIS 해석으로 nematic conformation을 결정하였으며, NI 및 CN 상전이에 의한 conformation entropy를 구하여 PVT측정에서 구한 일정체적하의 엔트로피와 비교한 결과, 거의 대응하다는 것을 알 수 있었다. 이러한 결과로부터 주쇄형액정의 상전이에 있어서 spacer conformation 변화가 중요한 역할을 하고 있음을 밝혔다.

• 한국응용약물학회:학술대회논문집
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• 한국응용약물학회 1994년도 춘계학술대회 and 제3회 신약개발 연구발표회
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• pp.229-229
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• 1994

선택성이 높고 뛰어난 약효를 지닌 항 바이러스제의 개발은 신약개발의 중요한 영역중에 하나이다. 현재 AIDS 치료제로 사용되고 AZT를 비롯하여 항virus 효과를 나타내는 약물의 대부분은 구조적으로 nucleoside계에 속하는 화합물로서 수 많은 약리학적 연구 및 합성 화학적 연구가 이루어져 왔다. 특히 합성 화학적 측면에서 이들 화합물의 합성은 크게 두가지로 나누어지는데 그것은 sugar 부위의 변형을 통한 방법과 염기 부위의 변형을 통한 방법에 의해 새로운 항 바이러스제를 개발하는 것이다. 최근의 연구 동향에 있어서 주목할 만한 변화의 하나는 sugar 부위의 구조적 변형을 시도하는데 있어서 종래의 5원환 형태에서 환이 개열된 형태의 acyclic nucleoside에 대한 연구가 이루어져 좋은 효과를 거두고 인다는 사실이다. Acyclovir, Ganciclovir등 의 개발이 그것이다. 본 연구에서는 종래의 acyclic nucleoside가 ribose sugar의 2'번 및 3'번 탄소를 제거한 acyclic ether 형태로 되어있는 것과는 다르게 ether 부위의 산소를 탄소 치환한 carbo-acyclic nucleoside를 합성하고자 하였다. Acyclic nucleoside를 합성하고자 하였다. Acyclic nucleoside의 side chain의 conformation이 항 바이러스 작용을 나타내는데 필수 불가결한 점을 감안할때, carbo-acyclic nucleoside계 화합물은 보다 다양하게 변형될 수 있는 장점을 가지고 있다. 이러한 관점에서 side chain의 2'번 및 3'번 탄소는 side chain의 conformation을 좌우하는 결정적 요인으로 작용할 것으로 판단된다. 따라서 본 연구에서는 이들 탄소를 중심으로한 분자수식을 시도하기로 하고 bioisosterism을 이용하여 3'위치의 수소를 fluoride로 치환한 화합물을 설계하여 합성을 시도하였다.silyl group-5'-무치환 화합물을 tosyl, azido화 한다음 desilylation하여 얻었다. 목적하는(1) 화합물의 diasteromer 인 2',3'-dihydroxy-5'-무치환 유도체(3)는 (4)화합물 합성시 얻은 hemiactal을 key intermediate로 하여 TsNHNH$_2$, NaB(CN)H$_3$ 및 NaOAc로 처리하므로서 얻을수 있었다. 이들 화합물들의 각종 DNA 및 RNA virus에 대한 항 바이러스작용을 검토한 결과 현저한 항 바이러스 작용을 나타내지 않았다.분화유도 활성을 나타내어 항종양제로의 개발에 많은 흥미가 기대된다.기대된다.oxylic acid (compound 10)를 합성하였다.10^{－7}$ M)에 의한 단백인산화에 대하여는 더 미약한 억제-효과를 나타내었다. 이상의 결과는 PDE-1과 항우울약들의 항혈소판작용은 PKC-기질인 41-43 kD와 20 kD의 인산화를 억제함에 기인되는 것으로 사료된다.다. 것으로 사료된다.다.바와 같이 MCl에서 작은 Dv 값을 갖는데, 이것은 CdCl$_{4}$$^{2-}$ 착이온을 형성하거나 ZnCl$_{4}$$^{2-}$ , ZnCl$_{3}$$^{-}$같은 이온과 MgCl$^{+}$, MgCl$_{2}$같은 이온종을 형성하기 때문인것 같다. 한편 어떠한 용리액에서던지 NH$_{4}$$^{+}$의 경우 Dv값이 제일 작았다. 바. 본 연구의 목적중의 하나인 인체유해 중금속이온인 Hg(II), Cd(II)등이 NaCl같은 염화물이 함유된 시료용액에 공해이온으로 존재할 경우 흡착에 의한 제거가 가능하다. 한편 이같은 중금속이온의 흡착실험은 특히 해수중의 금속이온의 회수연구에도

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제16권4호
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• pp.498-503
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• 2003

Luteinizing hormone as other glycoprotein hormones is characterized by a heterodimeric structure composed a common $\alpha$-subunit noncovalently linked to a specific $\beta$-subunit. The correct conformation of the heterodimer is important for efficient secretion, hormonal-specific post-translational modifications, receptor binding and signal transduction. To determine whether $\alpha$- and $\beta$- subunits can be synthesized as a single polypeptide chain (tethered-bLH and -bFSH) and also display biological activities, the tetheredbLH and -bFSH molecules were constructed and transfected into chinese hamster ovary (CHO-K1) cells. LH and FSH activities were assayed by using the human embryonic kidney (HEK) 293 cells expressing rat LH and FSH receptor genes. The tethered-bLH and - bFSH proteins were efficiently secreted and showed a similar activity to the dimeric bovine LH and FSH $\alpha$/$\beta$ wild type and native purified from bovine pituitary. The tethered-molecules can be permit development of potent new analogues that stimulate ovarian development. Taken together, a single-chain analog can also be constructed to include additional hormone-specific bioactive generating potentially efficacious compounds. These data indicate the potentiality of the single chain approach to further investigate structurefunction relationships of LH and FSH.

• BMB Reports
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• 제39권3호
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• pp.284-291
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• 2006

In this study, the cDNA of a new peptide from the venom of the scorpion, Buthotus saulcyi, was cloned and sequenced. It codes for a 64 residues peptide (Bsaul1) which shares high sequence similarity with depressant insect toxins of scorpions. The differences between them mainly appear in the loop1 which connects the $\beta$-strand1 to the $\alpha$-helix and seems to be functionally important in long chain scorpion neurotoxins. This loop is three amino acids longer in Bsaul1 compared to other depressant toxins. A comparative amino acid sequence analysis done on Bsaul1 and some of $\alpha$-, $\beta$-, excitatory and depressant toxins of scorpions showed that Bsaul1 contains all the residues which are highly conserved among long chain scorpion neurotoxins. Structural model of Bsaul1 was generated using Ts1 (a $\beta$-toxin that competes with the depressant insect toxins for binding to $Na^+$ channels) as template. According to the molecular model of Bsaul1, the folding of the polypeptide chain is being composed of an anti-parallel three-stranded $\beta$-sheet and a stretch of $\alpha$-helix, tightly bound by a set of four disulfide bridges. A striking similarity in the spatial arrangement of some critical residues was shown by superposition of the backbone conformation of Bsaul1 and Ts1.

• Fibers and Polymers
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• 제6권3호
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• pp.206-218
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• 2005

Structural studies of series of 'as spun' and drawn PEEK fibers have been carried out using X-ray diffraction and optical microscopy techniques. The analysis of results suggest that fibers produced at a constant draw ratio with increasing draw temperatures show enhanced orientation and crystalline behaviour. The resolved equatorial and meridional traces provide additional structural parameters in terms of crystallinity, crystallite size, and crystallite thickness. It is concluded that drawing at a temperature below $T_g(i.e.,\;144^{\circ}C)$ results in poorly oriented non-crystalline materials, whereas drawing above $T_g$ results in highly oriented semi crystalline materials. Additional drawing proved to increase the overall orientation with slight improvements in lateral order of the chain molecules. Quantitative analysis revealed that the crystallite size increases with increasing drawing temperature. The results also revealed the increased crystallite size upon additional drawing. Crystalline orientation parameter, $_c$, suggests almost perfect orientation. In all cases, the amorphous orientation is found to be lower than the overall orientation parameter obtained from the optical birefringence. As a result of additional drawing, crystalline orientation was found to increase slightly but the increase in the orientation of non-crystalline material was found to be substantial. An average crystalline density was determined from the orthorhombic unit cell dimensions. It was found to vary as a result of processing conditions. It was also found that the value of the maximum birefringence shows heavy dependence on the chain conformation.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권7호
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• pp.1098-1105
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• 2007

Quantum mechanical and molecular dynamics simulation analysis has been performed on the model system for CALB (Candida antarctica lipase B) with esters to study the reaction mechanism and conformational preference of catalytic hydrolysis and the esterification reaction. Using quantum mechanical analysis, the ping-pong bi-bi mechanism was applied and energies and 3-dimensional binding configurations of the whole reaction pathways were calculated. Further molecular dynamics simulation analysis was performed on the basis of the transition state obtained from quantum mechanical study to observe the effect of structures of the substrates. Calculation results using substrates of different chain length and chiral configurations were compared for conformational preference. The calculated results showed very small influence on chain length, whereas chiral conformation showed big differences. Calculated results from molecular modeling studies have been compared qualitatively with the experimental data using racemic mixtures of (${\pm}$)-cis-4-acetamido-cyclopent-2-ene-1-ethyl acetate as substrates.