• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제21권1호
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• pp.11-18
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• 2008

We created a cDNA microarray representing approximately 3,500 pig genes for functional genomic studies. The array elements were selected from 6,494 cDNA clones identified in a large-scale expressed sequence tag (EST) project. These cDNA clones came from normalized and subtracted porcine adipose tissue cDNA libraries. Sequence similarity searches of the 3,426 ESTs represented on the array using BLASTN identified 2,790 (81.4%) as putative human orthologs, with the remainder consisting of "novel" genes or highly divergent orthologs. We used the gene microarray to profile transcripts expressed by adipose tissue of fatty Chinese Xiang pig (XP) and muscley Large White (LW). Microarray analysis of RNA extracted from adipose tissue of fatty XP and muscley LW identified 81 genes that were differently expressed two fold or more. Transcriptional differences of four of these genes, adipocyte fatty acid binding protein (aP2), stearyl-CoA desaturase (SCD), sterol regulatory element binding transcription factor 1 (SREBF1) and lipoprotein lipase (LPL) were confirmed using SYBR Green quantitative RT-PCR technology. Our results showed that high expression of SCD and SREBF1 may be one of the reasons that larger fat deposits are observed in the XP. In addition, our findings also illustrate the potential power of microarrays for understanding the molecular mechanisms of porcine development, disease resistance, nutrition, fertility and production traits.

• 미생물학회지
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• 제39권1호
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• pp.1-7
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• 2003

단일 탄소원과 질소원 및 에너지원으로 aniline을 이용하는 Delftia sp. JK-2에서 분리 정제한 catechol 2,3-dioxygenase (C2,3O)의 특성과 N-말단 아미노산 및 DNA 서열을 분석하였다. C2,3O의 특성을 조사하기 위하여 aniline에서 배양한 Delftia sp. JK-2를 초음파 분쇄기로 파쇄하였으며, ammonium sulfate precipitation과 DEAE-sepharose로 정제하였다. 정제된 C2,3O의 고유활성(specific activity)은 약4.72 unit/mg이었으며, C2,3O는 catechol과4-methylcatechol 대해서 효소활성을 나타내었다. C2,3O는$30^{\circ}C$와pH 8.0에서 최적 활성을 나타내는 것으로 조사되었으며, $Ag^{+}$, $Hg^{+}$,그리고 $Cu^{2+}$는 Deftia sp. JK-2의 C2,3O 활성을 억제하였다. SDS-PAGE에 의해 측정 된C2,3O의 분자량은 약 35 KDa이었으며, N-말단 아미노산 서열을 분석한 결과, $^{1}MGVMRIG-HASLKVMDMDA- AVRHYENV^{26}$로 확인되었다. 이 N-말단 아미노산 서열은 Pseudomonas sp. AW-2와 Coma-monas sp. Js765의 C2,30와 일치하는 것으로 나타났으며, 얻어진 결과를 토대로 primer를 제작하여 polymerase chain reaction (PCR)을 실시하였다. PCR을 통해 얻어진 Delftia sp. JK-2의 C2,30유전자 DNA서열을 분석하여 상동성 조사를 하였다. DNA서열의 상동성 조사는 유추되는 아미노산 서 열로 바꾸어서 실시하였으며,그 결과 Deftia JK-2의 C2,3O는Pseudomonas sp. AW-2의 C2,3O(100%)와 Coma-monas sp. JS76S의 C2,3O(97%)에서 높은 상동성 이 확인되었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권7호
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• pp.1106-1112
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• 2007

This report provides the complete nucleotide sequences of the full-length cDNA encoding squalene synthase (SQS) and its genomic DNA sequence from a triterpene-producing fungus, Ganoderma lucidum. The cDNA of the squalene synthase (SQS) (GenBank Accession Number: DQ494674) was found to contain an open reading frame (ORF) of 1,404 bp encoding a 468-amino-acid polypeptide, whereas the SQS genomic DNA sequence (GenBank Accession Number: DQ494675) consisted of 1,984 bp and contained four exons and three introns. Only one gene copy was present in the G. lucidum genome. The deduced amino acid sequence of Ganoderma lucidum squalene synthase (GI-SQS) exhibited a high homology with other fungal squalene synthase genes and contained six conserved domains. A phylogenetic analysis revealed that G. lucidum SQS belonged to the fungi SQS group, and was more closely related to the SQS of U. maydis than to those of other fungi. A gene expression analysis showed that the expression level was relatively low in mycelia incubated for 12 days, increased after 14 to 20 days of incubation, and reached a relatively high level in the mushroom primordia. Functional complementation of GI-SQS in a SQS-deficient strain of Saccharomyces cerevisiae confirmed that the cloned cDNA encoded a squalene synthase.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제17권7호
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• pp.897-902
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• 2004

PSMC5 subunit, which belongs to the 26S proteasomal subunit family, plays an important role in the antigen presentation mediated by MHC class I molecular. Full-length cDNA of porcine PSMC5 was isolated using the in silico cloning and rapid amplification of cDNA ends (RACE). Amino acid was deduced and the primary structure was analyzed. Results revealed that the porcine PSMC5 gene shares the high degree of sequence similarity with its mammalian counterparts at both the nucleotide level and the amino acid level. The RT-PCR was performed to detect the porcine PSMC5 expression pattern in seven tissues and the result showed that high express level was observed in spleen, lung, marrow and liver while the low express level was in muscle. The full-length genomic DNA sequence of porcine PSMC5 gene was amplified by PCR and the genomic structure revealed that this gene was comprised by 12 exons and 11 introns. Best alignment of the cDNA and genomic exon DNA sequence presents 4 mismatches and this information potentially bears further study in gene polymorphisms.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제18권5호
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• pp.723-727
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• 2005

Ghrelin is a novel growth-hormone-releasing acylated peptide, which has been purified and identified in rat stomach. In the present study, the full-length sequence of bovine ghrelin cDNA was cloned by RT-PCR. The bovine ghrelin cDNA sequence derived in the present study included a 348 bp open reading frame and a 137 bp 3'UTR. The putative amino acid sequence of bovine prepro-ghrelin consisted of 116 amino acids, which contained the 27-amino acid ghrelin. The sequence analysis of the bovine ghrelin gene revealed that an intron existed between Gln$^{13}$ and Arg$^{14}$ of ghrelin. This exon-intron boundary matched the GT-AG rule of the splicing mechanism. Compared with rats, which have two tandem CAG sequences in the 3'end of intron, bovine ghrelin genome has only one CAG sequence. Therefore, although rats can produce 28 amino acid-ghrelin and 27 amino acid-des-Gln$^{14}$-ghrelin by alternative splicing, ruminant species, including bovines, might be able to produce only one type of ghrelin peptide, des-Gln$^{14}$-ghrelin. The influence of aging on plasma ghrelin concentration was also examined. Plasma ghrelin concentration increased after birth to approximately 600 days of age, and then remained constant.

• 한국어류학회지
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• 제19권4호
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• pp.257-265
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• 2007

본 연구에서는 넙치(Paralichthys olivaceus) 정소에 대한 cDNA library를 제작하여 총 248개의 EST (Expressed sequence tag)를 분석을 하였다. 넙치 정소의 유전자 발현 패턴을 조사하기 위하여 염기서열의 유사성 분석을 한 결과 248개의 EST 중 156개의 EST는 이미 밝혀진 유전자와 유사성이 있는 것으로 나타났으며, 92개의 EST는 새로운 유전자로 밝혀졌다. 유전자의 기능이 밝혀진 250개의 EST 중 6개(3.8%)의 EST는 이미 알려진 넙치 EST와 상동성이 있는 유전자로 확인되었고, 100개(64.1%)의 EST는 다른 생물에서 알려진 유전자와 상동성이 있는 것으로 나타났다. 그러나 50개(32.1%)의 EST는 전혀 기능이 알려지지 않은 새로운 유전자로 밝혀졌다. 이상의 결과에서 넙치 정소에서 발현되는 유전자는 다른 조직에 비해 일부 유전자의 상대적인 발현정도가 많지 않고, 대부분의 유전자가 골고루 발현함으로써 다양한 유전자의 발현패턴이 확인되었다. 따라서 넙치 정소에 대한 cDNA library는 특이하고 새로운 발현 유전자의 탐색에 좋은 재료로 사용될 것으로 추측된다.

• 생명과학회지
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• 제20권11호
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• pp.1577-1581
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• 2010

조혈촉진 cytokine인 Granulocyte colony stimulating factor (G-CSF)는 골수세포를 자극하여 granulocyte로 증식, 분화시키는 기능을 가지며, 현재 아주 고가의 치료제로 사용되고 있다. 인간 G-CSF (hG-CSF)를 아직 시도되지 않은 누에 유래 세포주인 BM5 세포에서 발현시키고 생산 효율을 높이기 위해 hG-CSF cDNA를 변형하였다. hG-CSF의 cDNA의 endoplasmic reticulum (ER) signal sequence 부분을 누에의 소포체에서 분비되는 단백질인 prophenoloxidase (PPAE), protein disulfide isomerase (PDI)와 bombyxin (BX)에서 유래한 누에특이 ER signal sequence로 대체한 hG-CSF의 cDNA 함유 벡터를 구축하였다. 이들 벡터를 사용하여 형질전환한 BM5 세포의 배양액에 분비된 G-CSF 단백질을 western blot으로 분석하여 발현을 확인하였다. 누에특이 ER signal sequence들로 대체된 hG-CSF cDNA를 포함하는 벡터에 의한 hG-CSF 단백질 생산이 인간 G-CSF cDNA가 든 벡터에 의한 hG-CSF의 생산보다 월등히 효율적이었다. 또한, PPAE-signal sequence를 포함하는 hG-CSF 단백질은 배양배지에서 형질전환 4일 후에 최고에 달하였고, 7 일째까지 비슷한 양이 배지 내에서 검출되었다. 이상의 결과는 인간유래 유전자가 곤충세포 내에서 발현 될 때 인간유래 유전자 보다는 곤충 유전자발현 시스템에 맞게 변형했을 경우 더 효율적인 단백질 발현을 얻을 수 있음을 보여 준다.

• KIEE International Transactions on Electrophysics and Applications
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• 제4C권4호
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• pp.133-136
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• 2004

This research aims to develop a DNA chip array without an indicator. We fabricated a microelectrode array through photolithography technology. Several DNA probes were immobilized on an electrode. Then, target DNA was hybridized and measured electrochemically. Cyclic-voltammograms (CVs) showed a difference between the DNA probe and mismatched DNA in an anodic peak. This indicator-free DNA chip resulted in a sequence-specific detection of the target DNA.

• 한국축산식품학회지
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• 제25권2호
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• pp.218-225
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• 2005

본 연구는 mt DNA의 D-loop 영역을 probe로 이용한 Southern blot hybridization 분석 기법을 이용하여 한우에서 mt DNA의 RFLP를 분석하고 RFLP marker가 유생산에 미치는 영향을 분석하여 산유량 관련 DNA marker를 개발하고자 수행하였다. Mt DNA의 D-loop 영역내 404번부터 15061까지 1142 bp 크기의 염기 서열 부위를 특이적인 primer를 이용하여 PCR로 증폭하였다. Mt DNA를 HpaII, BamHI, XbaI, HinfI, EcoRI, HindII 및 RsaI 7종류의 제한효소를 이용하여 각각 절단한 후 DIG로 표지된 D-loop probe를 이용하여 검출한 결과 XbaI, RsaI, BamHI 및 HpaII 4종류의 제한효소에서 각각 RFLP 다형성이 검출되었고 EcoRI, HindIII 및 HinfI 3종류 제한효소는 변이가 존재하지 않았다. 다유 계통과 저유 계통 선발 집단간의 각 제한효소별 RFLP type의 출현빈도를 비교한 결과 BamHI 및 RsaI 제한효소에서 두 집단간의 RFLP type의 출현율에 각각 통계적 유의성(P<.05)이 인정되었다. 다유 및 저유성으로 극단의 육종가 값을 갖는 두 계통의 mt DNA D-loop영역의 염기 서열을 비교 분석한 결과 441번째 염기가 G/C, 469번째 염기는 T/C, 503번째 염기는 C/T, 569번째 염기는 G/A, 614번째 염기는 C/A그리고 644번째 염기는 C/T로 각각 염기가 치환되었고 특히, 다유 계통 개체의 677번째의 A염기가 저유 계통 개체에서는 결실되어 있다는 사실이 확인되었다. 한편, 한우 암소의 유생산에 영향을 미치는 효과를 규명하기 위하여 mt DNA RFLP 형과 송아지 이유시 체중, 생시체중 및 비유량을 측정하여 얻어진 육종가의 성적을 근거로 통계 분석한 결과 XbaI 제한효소의 RFLP type이 산유 능력 육종가와 유의적인 관련성이 확인되었다 (P<05). 즉, RFLP A type을 갖는 축군의 평균 육종가 추정치가 6.233으로 B type을 갖는 축군의 평균 육종가 추정치 0.757보다 월등히 높은 것으로 나타났다. 결론적으로 산유량과 관련성이 확인된 mt DNA RFLP type은 한우의 산유량 향상을 위한 DNA marker로 이용 가능할 것으로 기대된다.

• 한국식물학회:학술대회논문집
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• 한국식물학회 1999년도 춘계학술발표대회:발표논문요지록
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• pp.18-18
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• 1999

We characterized a cDNA clone for a low molecular weight heat-shock protein (LMW HSP) from tobacco named TLHS-l. Nucleotide sequence determination of TLHS-1 identified an open reading frame for 159 amino acids. To the upstream of the open reading frame, a sequence of 124 nucleotides was determined. To the 3' downstream of the open reading frame, 212 nucleotides were identified which carried poly(A)-tail. Comparison of the open reading frame and hydropathy plot of TLHS-1 with the previously reported class I LMW HSPs showed high identity which classified TLHS-1 as a class I LMW HSP cDNA clone. We proposed that there are six consensus regions in class I LMW HSPs. RNA blot hybridization for TLHS-1 showed a typical expression pattern of heat-shock-inducible gene from three common tobacco cultivars. The open reading frame of TLHS-1 was overexpressed in Escherichia coli. TLHS-1 protein confers thermal protection of other proteins in vitro and in vivo. Thermal induced aggregation of citrate synthase was reduced by purified TLHS-1 protein, and thermal death rate at $50^{\circ}C$ was reduced in E. coli expressing TLHS-l. From these data, we can expect that TLHS-1 acts as a molecular chaperone.perone.