• 한국균학회지
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• 제44권4호
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• pp.252-258
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• 2016

본 연구는 제주도 사려니숲과 동백동산에서 편백나무(Chamaecyparis obtusa), 삼나무(Cryptomeria japonica), 비자나무(Torreya nucifera), 꽝꽝나무(Ilex crenata), 동백나무(Camellia japonica) 등 5종의 목본 식물의 잎에서 내생균을 분리하고, 형태 및 분자생물학적 특징 통해 동정하였다. 이를 위해 primer인 ITS1F와 ITS4를 이용하여 internal transcribed spacer (ITS) rDNA영역과 primer LR0R과 LR16을 이용하여 large subunit rDNA 영역을 그리고 primer Bt2a과 Bt2b를 이용하여 ${\beta}$-tubulin 영역의 염기서열을 동시에 분석하였다. 그 결과 Mycosphaerella aleuritidis, Neofusicoccum eucalyptorum, Neofusicoccum parvum, Phyllosticta citrichinensis, Phyllosticta cryptomeriae, Phomopsis cotoneastri, Sphaerulina rhododendricola, Guignardia mangiferae, Lophodermium jiangnanense, Lophodermium minus 등 10종의 미기록 내생균을 동정하였고, 이를 보고하고자 한다.

• Molecular & Cellular Toxicology
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• 제2권1호
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• pp.67-73
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• 2006

In previous studies, it has been discovered that cancer cells not only overexpress regulatory subunit I (Rl)/protein kinase type I (PKA-I) but also secrete outside the cell an extracellular form of PKA (ECPKA) and that the ECPKA secretion detected in patients' serum is obviously greater than that found in non-cancer patients or healthy subjects. We now found that ECPKA elicits the formation of serum autoantibodies that can serve as a cancer diagnostic and prognostic marker. To measure the presence of anti-ECPKA autoantibody in the human sera, basic methodology for ECPKA assay was established an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). We obtained serum samples from 199 patients with different types of cancer, and also obtained 31 serum samples to compare with ECPKA concentrations from non-cancer patients and 119 normal volunteers. Compared with normal or non-cancer patient sera, we found that the frequency of anti-ECPKA autoantibody was significantly higher in cancer patients (88%) than in those without cancer (17%). Furthermore the presence of anti-ECPKA autoantibodies in the serum of cancer patients was highly correlated with the site of metastasis. The immunoassay developed for anti-ECPKA antibodies is highly sensitive and specific. Therefore, this discovery of an autoantibody-based cancer diagnostic may have serious clinical application and may become an important advance over current technology.

• 생명과학회지
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• 제17권12호
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• pp.1760-1765
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• 2007

생명체 내에서 일어나는 거의 모든 반응은 단백질이 촉진하거나 수행한다. 단백질은 세포질과 소포체에서 합성될 때 엄격하게 조절된다. 그러나, 새로이 합성된 모든 단백질이 살아남아서 생명을 유지시키는 기능에 관여하게 되지는 않는다. 가장 알맞은 생리학적 in vitro 실험 조건에서 새로이 합성된 단백질의 약 3분의 1 정도는 합성되자마자 proteasome에 의해 빠르게 분해된다고 보고되었다. 또한, 단백질은 합성이 성공적으로 이루어진 이후에는 3차원 구조를 갖기 위해 접힘(folding)이 이루어져야 하고, subunit들은 assembly 과정을 거쳐야 비로소 성숙된 단백질로서 기능을 하게 된다. 어떤 단백질군은 자연적으로 접힘이 일어나는 반면 어떤 단백질군은 분자 샤페론(molecular chaperones)과 folding enzymes의 도움을 받아야만 접힘이 일어난다. 분자 샤페론은 세포 전역에 분포하고 있으며, 세균에서부터 고등 동식물에 이르기까지 모든 생명체에 존재한다. 이들 중 Hsp70군은 많이 연구된 분자 샤페론으로서 지난 10여년 동안 조절인자들이 새로이 발견되어 작용 mechanism이 보다 자세히 밝혀졌다. 본 총설에서 Hsp70군과 그 조절인자들에 대한 전반적인 서술을 하였으며, 이들의 기능이 분자 샤페론 기능 외에 생체 내에서 중요한 기능들이 새롭게 밝혀지고 있어 이들의 작용 mechanism을 조명함으로 이해를 돕고자 한다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제64권6호
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• pp.1199-1214
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• 2022

Apolipoprotein H (APOH) primarily engages in fat metabolism and inflammatory disease response. This study aimed to investigate the effects of APOH on fat synthesis in duck myoblasts (CS2s) by APOH overexpression and knockdown. CS2s overexpressing APOH showed enhanced triglyceride (TG) and cholesterol (CHOL) contents and elevated the mRNA and protein expression of AKT serine/threonine kinase 1 (AKT1), ELOVL fatty acid elongase 6 (ELOVL6), and acetyl-CoA carboxylase 1 (ACC1) while reducing the expression of protein kinase AMP-activated catalytic subunit alpha 1 (AMPK), peroxisome proliferator activated receptor gamma (PPARG), acyl-CoA synthetase long chain family member 1 (ACSL1), and lipoprotein lipase (LPL). The results showed that knockdown of APOH in CS2s reduced the content of TG and CHOL, reduced the expression of ACC1, ELOVL6, and AKT1, and increased the gene and protein expression of PPARG, LPL, ACSL1, and AMPK. Our results showed that APOH affected lipid deposition in myoblasts by inhibiting fatty acid beta-oxidation and promoting fatty acid biosynthesis by regulating the expression of the AKT/AMPK pathway. This study provides the necessary basic information for the role of APOH in fat accumulation in duck myoblasts for the first time and enables researchers to study the genes related to fat deposition in meat ducks in a new direction.

• 대한본초학회지
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• 제34권1호
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• pp.91-98
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• 2019

Objectives : While inducing inflammatory response due to LPS it will investigate mechanism associated with anti-inflammatory effects from macrophages and provide basic data for the possible use as anti-inflammatory materials. Methods : We investigated cell viability, NO, $TNF-{\alpha}$ and IL-6 by ELISA and expressions of iNOS, COX-2, MAPKs and $NF-{\kappa}B$ were measured in RAW 264.7 cells induced by LPS. Results : The cell viability of Parthenocissus tricuspidata extracts(PTE) identified in macrophages showed that cell viability rate was more than 99% at the concentration of 8, 40, and $200{\mu}g/mL$. NO generated amounts revealed that it relied on concentration and was significantly reduced compared to the control. The expression of iNOS was restrained by the control at the concentration of 200 and $400{\mu}g/mL$. In addition, the expression of COX-2 was found to be significantly reduced to the untreated control at the concentration of $400{\mu}g/mL$. $TNF-{\alpha}$ relied on concentration and showed a significant decreased compared to the control. In contrast, IL-6 relied on concentration, reduced compared to the control. Phosphorylation of ERK, JNK, and p38 mediated by LPS were restrained by relying on concentration. Phosphorylation and decomposition of $I{\kappa}B{\alpha}$ as well as p65 nuclear transmission of $NF-{\kappa}B$ subunit were restrained. Conclusions : By restraining the activation of $NF-{\kappa}B$, anti-inflammatory effects were revealed by reducing phosphorylative activation of MAPKs, restraining the expression of iNOS and COX-2 and restraining the creation of NO, IL-6, and $TNF-{\alpha}$. Therefore, it can be assumed that they can be used as a variety of anti-inflammatory materials.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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• pp.141-141
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• 2017

The ubiquitin-proteasome pathway is the major regulatory mechanism in a number of cellular processes for selective degradation of proteins and involves three steps: (1) ATP dependent activation of ubiquitin by E1 enzyme, (2) transfer of activated ubiquitin to E2 and (3) transfer of ubiquitin to the protein to be degraded by E3 complex. F-box proteins are subunit of SCF complex and involved in specificity for a target substrate to be degraded. F-box proteins regulate many important biological processes such as embryogenesis, floral development, plant growth and development, biotic and abiotic stress, hormonal responses and senescence. However, little is known about the F-box genes in wheat. The draft genome sequence of wheat (IWGSC Reference Sequence v1.0 assembly) used to analysis a genome-wide survey of the F-box gene family in wheat. The Hidden Markov Model (HMM) profiles of F-box (PF00646), F-box-like (PF12937), F-box-like 2 (PF13013), FBA (PF04300), FBA_1 (PF07734), FBA_2 (PF07735), FBA_3 (PF08268) and FBD (PF08387) domains were downloaded from Pfam database were searched against IWGSC Reference Sequence v1.0 assembly. RNA-seq paired-end libraries from different stages of wheat, such as stages of seedling, tillering, booting, day after flowering (DAF) 1, DAF 10, DAF 20, and DAF 30 were conducted and sequenced by Illumina HiSeq2000 for expression analysis of F-box protein genes. Basic analysis including Hisat, HTseq, DEseq, gene ontology analysis and KEGG mapping were conducted for differentially expressed gene analysis and their annotation mappings of DEGs from various stages. About 950 F-box domain proteins identified by Pfam were mapped to wheat reference genome sequence by blastX (e-value < 0.05). Among them, more than 140 putative F-box protein genes were selected by fold changes cut-offs of > 2, significance p-value < 0.01, and FDR<0.01. Expression profiling of selected F-box protein genes were shown by heatmap analysis, and average linkage and squared Euclidean distance of putative 144 F-box protein genes by expression patterns were calculated for clustering analysis. This work may provide valuable and basic information for further investigation of protein degradation mechanism by ubiquitin proteasome system using F-box proteins during wheat development stages.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제64권3호
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• pp.481-499
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• 2022

This study aims to determine the effects of D-methionine (D-Met) isomer and the methionine precursor 2-hydroxy-4-methylthiobutanoic acid i (HMBi) supplementation on milk protein synthesis on immortalized bovine mammary epithelial cell (MAC-T). MAC-T cells were seeded using 10-cm dishes and cultured in Dulbecco's modified Eagle's medium/F12 (DMEM/F12) basic medium. The basic medium of DMEM/F12 was replaced with the lactogenic DMEM/ F12 differentiation medium when 90% of MAC-T cells reached confluency. The best dosage at 0.6 mM of D-Met and HMBi and incubation time at 72 h were used uniformly for all treatments. Each treatment was replicated six times wherein treatments were randomly assigned in a 6-well plate. Cell, medium, and total protein were determined using a bicinchoninic acid protein assay kit. Genes, proteomics and metabolomics analyses were also done to determine the mechanism of the milk protein synthesis pathway. Data were analyzed by two-way analysis of variance (ANOVA) with supplement type and plate as fixed effects. The least significant difference test was used to evaluate the differences among treatments. The HMBi treatment group had the highest beta-casein and S6 kinase beta-1 (S6K1) mRNA gene expression levels. HMBi and D-Met treatments have higher gene expressions compared to the control group. In terms of medium protein content, HMBi had a higher medium protein quantity than the control although not significantly different from the D-Met group. HMBi supplementation stimulated the production of eukaryotic translation initiation factor 3 subunit protein essential for protein translation initiation resulting in higher medium protein synthesis in the HMBi group than in the control group. The protein pathway analysis results showed that the D-Met group stimulated fructose-galactose metabolism, glycolysis pathway, phosphoinositide 3 kinase, and pyruvate metabolism. The HMBi group stimulated the pentose phosphate and glycolysis pathways. Metabolite analysis revealed that the D-Met treatment group increased seven metabolites and decreased uridine monophosphate (UMP) production. HMBi supplementation increased the production of three metabolites and decreased UMP and N-acetyl-L-glutamate production. Taken together, D-Met and HMBi supplementation are effective in stimulating milk protein synthesis in MAC-T cells by genes, proteins, and metabolites stimulation linked to milk protein synthesis.

• 한국육종학회지
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• 제42권5호
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• pp.547-554
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• 2010

미성숙 종자로부터 추출된 전체 RNA를 이용하여 합성한 cDNA와 LMW-GS 특이 프라이머세트를 이용하여 43개의 LMW-GS 유전자를 분리하였다. 각각의 유추 아미노산은 상동성이 높은 20개의 시그널 펩타이드, N-말단 영역, 반복서열영역 그리고 C-말단 영역을 가지며 C-말단 영역에 분자내 혹은 분자간 이황화 결합을 형성하는 전형적인 8개의 시스테인을 가지고 있었다. 이들 시스테인의 위치는 첫번째, 일곱번째를 제외하고는 보존되어 있었다. Ikeda 분류법과 비교할 경우, 이들은 각각 그룹 1, 2, 3 또는 4, 5, 7, 10(이중 그룹 2와 5가 가장 많음) 그리고 11에 속하며 그룹 6, 8, 9 그리고 12에 속한 단백질은 탐지되지 않았다. 이들 43개 LMW-GS 유전자들을 Lasergene Version 7.0을 이용하여 DNA 염기서열 수준에서 계통도를 분석한 결과 Ikeda 그룹의 분류법과 일치하였다. 단백질 수준에서 LMW-GS들을 확인하기 위해 2DE로 이들 단백질을 분리하여 이들의 N-말단 아미노산 서열을 분석하였다. 7개 스팟의 N-말단 아미노산 서열을 확인할 수 있었고 이중 2개는 N-말단 아미노산 서열이 세린으로 시작하는 LMW-s 타입이었고 5개는 N-말단 아미노산 서열이 메티오닌으로 시작하는 LMW-m 타입이었다. 이들 서열은 Ikeda 그룹의 분류법에 따르면 그룹 1, 2, 3, 3/4, 5 그리고 10이었다. 이들 LMW-GS 단백질 중 2개는 Glu-D3 그리고 3개는 Glu-B3에 의해 encoding 되었고 나머지는 확인이 불가능 하였다. 그룹 6, 7, 8, 9, 11, 그리고 12의 스팟은 확인할 수 없었다. N-말단 아미노산 서열들과 클로닝된 LMW-GS 유전자군을 비교해 보면 그룹 1, 2, 3/4, 5 그리고 10이 모두 유전자와 단백질 수준에서 존재하고 있음을 확인하였다. 본 연구는 다양한 LMW-GS 유전자들을 분리, 동정하였고 이들의 해당 단백질을 확인할 수 있었다. 이러한 결과는 밀가루 품질 향상을 위한 육종 프로그램에 도움이 될 것이다.

• 한국식품영양학회지
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• 제18권1호
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• pp.4-10
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• 2005

과요오드산-산화가용성전분은 Aspergillus awamori a-glucosidase의 pH 안정성을 증가시켰다. 40℃에서 두시간 항온시킨 결과, 과요오드산-산화가용성전분이 존재하지 않을 때의 효소는 pH 3∼7, 존재할 때의 효소는 pH 3∼9, 50℃에서 과요오드산-산화가용성전분이 존재하지 않을 때의 효소는 pH 3∼6, 존재할 때의 효소는 pH 3∼8 범위에서 안정하였다. 60℃에서는 과요오드산-산화가용성전분의 존재여부에 관계없이 효소는 pH 3∼6 범위에서 안정하였으나 pH 5와 6에서 과요오드산-산화가용성전분이 존재하면 효소의 잔존활성은 존재하지 않을 때보다 20% 더 높았다. 과요오드산으로 변형한 효소는 pH 9에서 활성이 70% 남았으나 변형하지 않은 효소는 남지 않아서 변형으로 안정성이 증가된 것으로 나타났다. 변형효소는 50℃에서 12%, 80℃에서 7%의 활성이 남았으나 변형시키지 않은 효소는 50℃에서 8%가 남고, 70℃이상에서는 남지 않았다. HPLC 분석 결과 pH 2 이하 및 9 이상에서는 효소의 서브유니트가 분리되고, 변성 중합되었다. 변형하지 않은 효소는 산성과 알칼리성 pH에서 변성되어 단백질의 구조가 무너졌지만 과요오드산-산화가용성전분이 존재하면 변성되지 않았다.

• 한국초지조사료학회지
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• 제34권2호
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• pp.114-119
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• 2014

염 또는 건조 스트레스 처리에 의한 톨 페스큐 종자의 발아율 변화와 유식물체 수준에서의 유전자 발현을 조사하기 위하여 in vitro 조건에서 NaCl과 PEG를 처리하여 분석하였다. NaCl 처리시 톨 페스큐 품종별 발아율은 50 mM 농도에서 발아율이 서서히 감소하기 시작하였으며 350 mM의 농도에서는 모든 품종에서 발아가 되지 않는 경향을 보였다. NaCl 처리 농도에 따른 발아율 감소율은 Fawn 품종이 가장 큰 변화를 보였으며 Kentucky-31(E-) 품종이 가장 강한 내성을 보였다. 또한, PEG 처리시 톨 페스큐 품종별 발아율의 변화도 NaCl 처리시와 유사한 경향을 보였으며 고농도인 30% PEG 처리구에서는 모든 품종에서 발아가 되지 않는 경향을 보였으며 Kentucky-31(E-) 품종이 가장 강한 내성을 보였다. 톨 페스큐 유식물체 수준에서 염해와 건조 스트레스에 의한 유전자 발현양상을 조사하기 위하여 DEGs (differentially expressed genes) 탐색을 위한 ACP-based GeneFishing$^{TM}$ PCR 분석을 통해 NaCl 또는 PEG 처리에 따른 발현량의 차이를 보이는 총 4개의 DEG를 선발하여 클로닝하고 염기서열을 분석하였다. 무처리구에 비해 NaCl 처리시 4개의 DEG가 증가하였고 감소하는 DEG는 확인 되지 않았으나, PEG 처리에서는 3개의 DEG (DEG 1, 3, 및 4)가 증가하였고 1개의 DEG가 감소하는 경향을 나타내었다. 발굴된 DEG들을 blastx 검색에 의하여 rubisco large subunit (DEG1), microsomal glutathion S-transferase (GST) 3-like isoform 1 (DEG2) 유전자로 동정되었다.