• The Plant Pathology Journal
• /
• 제21권2호
• /
• pp.119-126
• /
• 2005

Genomic and phenotypic characteristics of the bacterial strains of Pseudomonas syringae pv. actinidiae and P. syringae pv. syringae collected from several kiwifruit orchards of Korea were investigated and compared with those from Japan to elucidate their phylogenic relationships. All the strains of P. syringae pv. actinidiae and pv. syringae tested were sensitive to copper sulfate but Korean and Japanese strains showed quite different responses to streptomycin. Korean strains were sensitive to streptomycin, but most of the Japanese strains of P. syringae pv. actinidiae were highly resistant to streptomycin. Japanese strains were also relatively more resistant to oxytetracycline than Korean strains. Plasmid profiles were not valuable to distinguish Korean strains of P. syringae pv. actinidiae frombJapanese strains. One or more indigenous plasmids with more than 15 kb in size were detected in all strains of P. syringae pv. actinidiae, but the number and sizes of plasmids harbored in P. syringae pv. actinidiae were variable among the strains regardless of their geographic origins. There also observed no significant relationship among resistance levels of the strains of P. syringae pv. actinidiae to antibiotics, their pathogenicity and plasmid profiles. RAPD profiles were useful to analyze the strains of P. syringae pv. actinidiae and pv. syringae. All the strains of P. syringae pv. actinidiae fell into a wide cluster separated from the strains of P. syringae pv. syringae, but Korean strains of P. syringae pv. actinidiae were separated from Japanese strains. The results support that Korean and Japanese strains of P. syringae pv. actinidiae may have different phylogenic origins.

• 식물병연구
• /
• 제24권2호
• /
• pp.123-131
• /
• 2018

전세계뿐만 아니라 국내에서도 참다래의 품질을 높이기 위한 신품종 육성이 꾸준히 이루어지고 있다. 새롭게 육성된 품종은 과실 특성뿐만 아니라 병해충 발생 양상에 대한 자료가 전무하기 때문에 연속된 조사를 통해 기존 재배 품종인 '헤이워드'와 비교한 기초 자료가 제시되어야 한다. 따라서 참다래의 주요 병해충으로 알려진 점무늬병과 궤양병 그리고 노린재류에 대한 발생 조사를 3년간 실시하였다. 지역과 재배 환경에 따르면 기온이 높을수록 점무늬병이, 강수량이 많을수록 궤양병의 발생빈도가 높았고, 노지 재배보다는 비가림 재배에서 병 발생을 낮출 수 있는 것으로 보였다. 또한, 신품종 간에 '감록'은 노지 재배 환경에서 다른 품종들에 비해 병에 매우 감수성인 것으로 보였으나, 비가림 재배 환경에서 이를 극복할 수 있는 것으로 보였다. 노린재류 발생 조사에서는 페로몬 트랩을 포장 내부에 설치했을 때 과실 피해가 증가하는 것으로 보여 농가 외부에 트랩을 설치하는 것이 바람직할 것으로 보인다.

• 생명과학회지
• /
• 제30권1호
• /
• pp.1-9
• /
• 2020

키위 세균성 궤양병의 원인균인 Pseudomonas syringae pv. actinidiae는 유전적으로 구별되는 다섯 개의 biovar (1, 2, 3, 5, 6)로 나뉘어 진다. 그 중 biovar 3에 속하는 균주가 2008년 이래 전세계적으로 대유행을 일으키고 있다. 본 연구의 목표는 우리나라에서 분리된 biovar 3균주들의 집단 구조를 밝히고 그들의 기원을 추적하는데 있다. 13개의 우리나라 대표 균주와 2개의 중국 균주를 포함하는 15개 biovar 3 균주의 유전적 다양성을 RAPD-PCR로 평가하였다. RAPD 결과 연구에 사용된 균주들은 8개로 나누어져 이들을 subgroup I - VIII로 명명하였다. Subgroups II와 III은 중국 균주로 우리나라에서 발견되지 않았다. 따라서 우리나라 biovar 3 균주는 유전적으로 구별되는 6개의 subgroup (I, IV, V, VI, VII, VIII)으로 구성되어 있음을 알 수 있었다. New Zealand와 Europe균주에 특이적인 각각의 프라이머를 사용하여 PCR을 수행했을 때 subgroups V와 VI에 속하는 균주가 예상했던 DNA 절편을 증폭시켜 이들이 각각 두 지역에서 유입된 균주임을 시사하였다. 우리나라에서 처음 발견된 biovar 3 균주인 subgroup VIII에 특이적인 프라이머를 개발하여 조사한 결과 이 subgroup 균주는 처음 출현한 이후 더 이상 발견되지 않았다.

• 식물병연구
• /
• 제28권1호
• /
• pp.26-31
• /
• 2022

Pseudomonas syringae pv. actinidiae (Psa)는 키위에 세균성 궤양병을 일으키는 병원균이다. Psa 균주는 유전적 및 생화학적 특징에 따라 5개의 biovar로 나누어진다. 그중 biovar 2와 3이 국내에서 발견되어 광범위한 피해를 주고 있다. Psa를 방제하는 효율적인 방법 중 한가지는 streptomycin과 같은 항생제를 사용하는 것이다. 그러나, 이 항생제에 저항성을 갖는 균주가 국내에서 분리되었고, 선행 연구에서 biovar 2 균주의 저항성이 strA-strB 유전자에 의한 것으로 밝혀졌다. 본 연구에서는 Psa biovar 3 균주에서 streptomycin 저항성의 분자적 기작을 밝히고자 하였다. 실험실에서 선발된 streptomycin 저항성 균주의 리보솜 단백질 S12를 암호화하는 유전자인 rpsL의 염기서열을 결정한 결과, 43번째 또는 88번째 코돈에서 자연발생적 점 돌연변이가 일어난 것을 확인하였다. 한편, 두 곳의 키위 과수원에서 분리된 4개의 streptomycin 저항성 biovar 3 균주에서는 민감성 균주에서 AAA인 rpsL의 코돈 43이 AGA로 단일 염기 치환이 일어났고, 이는 아미노산을 lysine에서 arginine으로 변화시키게 된다. 국내에서 발견된 biovar 3 균주 모두의 저항성 기작은 rpsL 유전자의 돌연변이에 기인하였다.

• 미생물학회지
• /
• 제50권3호
• /
• pp.245-248
• /
• 2014

Pseudomonas syringae pv. actinidiae는 참다래 속(genus Actinidia) 식물에 궤양병을 일으키는 원인세균이다. 7개의 필수 유전자와 11개의 타입 III 효과기 유전자에 대한 다중염기서열 분석을 통해 전 세계 여러 곳에서 분리된 병원성 균주들은 세 그룹으로 나눌 수 있었고 각각 Psa1-Psa3 그룹으로 명명되었다. 본 연구에서는 3개의 Psa1, 3개의 Psa2 및 우리나라와 이탈리아에서 분리된 3개씩의 Psa3 균주 등 총 12 균주를 대상으로 그룹별 표현형을 비교하였다. 그 결과 모든 그룹의 균주가 $22^{\circ}C$ 이하에서 최대의 성장을 보였으며, Psa3 균주들은 $30^{\circ}C$ 이상의 온도에서 성장이 정지되었다. 또한 우리나라의 Psa3 균주의 지연기가 이탈리아 Psa3 균주 보다 긴 특징을 보였다. API 20NE 시험에서 Psa2 균주는 potassium gluconate, capric acid 및 trisodium citrate를 이용하지 못하는 점에서 Psa1과 Psa3 균주와 구별되었다. 다른 그룹과 달리 우리나라 Psa3 균주는 esculin을 가수분해할 수 있었다. API ZYM 시험에서는 Psa3에 속하는 균주들에서만 ${\beta}$-glucosidase 활성이 있는 것으로 나타났다. Psa 그룹에 따라 ampicillin, novobiocin 및 oleandomycin 등의 항생물질에 대한 민감성 양상이 서로 달랐다.

• 생명과학회지
• /
• 제31권1호
• /
• pp.52-58
• /
• 2021

키위에 세균성 궤양병을 일으키는 Pseudomonas syringae pv. actinidiae는 유전적 특성과 생산하는 독소에 따라 5개의 biovar (1, 2, 3, 5, 6)로 나누어진다. 그중 최근 전 세계적으로 유행하고 있는 biovar 3는 2011년부터 국내에서 분리되고 있다. RAPD 분석을 바탕으로 국내에서 분리된 biovar 3 균주는 6개의 subgroup (I, IV, V, VI, VII, VIII)으로 나누어진 바 있다. 본 연구에서는 차등되는 RAPD 밴드의 염기서열로부터 6개 subgroup 각각에 특이적인 SCAR primers를 개발하였다. 각 subgroup에 특이적인 이들 primers를 사용하여 2011-2017에 국내에서 분리한 biovar 3 균주들의 subgroup 분포를 조사하였다. 조사된 54개 균주 중 35개(64.8%)가 subgroup V에, 9개(16.7%) 균주가 subgroup IV, 4개(7.4%)가 subgroup VI, 3개(5.6%) 균주가 subgroup VII, 2개(3.7%)가 subgroup VIII, 그리고 1개(1.9%) 균주가 subgroup I에 속하였다. Subgroups IV, V 및 VI에 속하는 균주들은 각각 중국, 뉴질랜드, 칠레 균주와 연관이 있었다. 이 연구에 따르면 우리나라의 biovar 3 균주들은 유전적으로 다양하며 꽃가루를 통해 외국으로부터 유입된 것으로 추정된다.

• Journal of Plant Biotechnology
• /
• 제42권4호
• /
• pp.342-349
• /
• 2015

키위는 세계적으로 1970년대 이후 상업화되어 최근 재배가 급속히 확대되고 있는 신종 과수이며, 국내에서도 재배와 소비량이 급격히 증가하고 있다. 키위는 자웅이주 낙엽성 덩굴 식물로 과피에 털이 있고 과육색이 다양한 특성을 가지고 있으며 배수성도 다양하나, 산업적인 품종 구성은 매우 단순하다. 독특한 식물적 특성에 기인한 진화 및 생물학적 관점은 물론 다양한 품종의 효율적 개발의 요구에 따라 최근 유전체 해석 및 활용 연구가 활발히 진행되고 있다. 키위 유전체 draft 서열과 엽록체 서열이 Illumina HiSeq 기반으로 각각 2013년과 2015년에 해독 되었으며 gene annotation 연구가 계속적으로 진행되고 있다. 과거 ESTs 기반의 전사체 분석에서 최근 RNA-seq 기반의 전사체 분석으로 전환되어 과일의 아스코르브산 생합성, 과육색 발현 및 성숙, 그리고 나무의 궤양병 저항성 관련 유전적 발현조절과 유전자 발굴 연구가 중점적으로 진행되고 있다. 전통육종의 효율을 증대하기 위한 분자표지 개발 및 유전자지도 작성에 있어서는 이전의 RFLP, RAPD, AFLP 기반의 연구에서 벗어나 NGS 기반의 유전체 및 전사체 정보의 해독에 의한 SSR 및 SNP 기반의 농업적으로 중요한 형질연관 분자마커 개발 및 고밀도 유전자지도 작성이 연구되고 있다. 그러나 국내 연구는 아직 제한적인 수준에서 진행되고 있다. 향후 키위 유전체 및 전사체 분석 연구는 가까운 장래에 실질적으로 분자육종에 적용될 것으로 전망된다.

• The Plant Pathology Journal
• /
• 제30권1호
• /
• pp.96-101
• /
• 2014

The molecular features of Pseudomonas syringae pv. actinidiae strains isolated in Korea were compared with strains isolated in Japan and Italy. Sequencing of eight P. syringae pv. actinidiae and three P. syringae pv. theae strains revealed a total of 44 single nucleotide polymorphisms across 4,818 bp of the concatenated alignment of nine genes. A multiplex PCR assay was developed for the detection of P. syringae pv. actinidiae and for the specific detection of recent haplotype strains other than strains isolated since the 1980s in Korea. The primer pair, designated as TacF and TacR, specifically amplified a 545-bp fragment with the genomic DNA of new haplotype of P. syringae pv. actinidiae strains. A multiplex PCR conducted with the TacF/TacR primer pair and the universal primer pair for all P. syringae pv. actinidiae strains can be simultaneously applied for the detection of P. syringae pv. actinidiae and for the differentiation of new haplotype strains.

• 미생물학회지
• /
• 제53권4호
• /
• pp.323-325
• /
• 2017

Pectobacterium carotovorum subsp. actinidiae KKH3는 Enterobacteriaceae에 속하는 세균으로서, 키위 나무에 동고병과 같은 병을 일으키는 병원성 균주이다. 이 균주는 목본에서 분리되었으며 다양한 식물 세포벽 분해 효소를 가지고 있다. 따라서, 본 연구에서 제공하는 유전체 정보는 KKH3 균주의 병원성 기작을 이해하는 것뿐만 아니라 bioconversion 연구를 위한 토대로 활용될 수 있다.