• 미생물학회지
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• 제33권4호
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• pp.257-261
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• 1997

겨울철 소양호에서 세균 군집 구조를 파악하고자 총세균수와 EUB338, ALF1b, BET4a, GAM42a와 CF probe 등 fluorescent rRNA targeted oligonucleotide probe 와 반응하는 세균 개체수를 수심별로 측정하였다. 총세균수는 $0.7{\times}10^6{\sim}1.1{\times}10^6cell{\cdot}ml^{-1}$이였으며, 5 m와 10 m 수층에서 높게 나타났다. 총세균수에 대한 Eubacteria의 비율은 34~90%이였으며, 5 m와 10 m에서 낮게 나타났다. Proteobacteria ${\alpha}$-group은 Eubacteria의 10.8-28.7%, ${\beta}$-group은 4.5-53.5%, ${\gamma}$-group은 4.9-35.5%, 그리고 Cytophaga-Flavobacterium group은 6.1-21.1%이였다. 0-5 m 수심에서는 ${\beta}$-group이 28.6-53.5%로 우점하고 있었으며, 10 m에서는 ${\gamma}$-group이 35.5%로 우점하였다. 30, 50 m 수심에서는 ${\alpha}$-group과 Cytophaga-Flavobacterium group이 우점하였다. 세균 군집 구조로 보면 0-2 m, 5-10 m 그리고 30-50 m의 3개층은 각각 독특한 특징을 나타내었다. 이 방법으로 호수 생태계에 대한 새로운 정보를 얻을 수 있었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제14권5호
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• pp.906-913
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• 2004

A culture-independent molecular phylogenetic survey was carried out on the bacterial community in cold-seep sediment at Edison Seamount, south of Lihir Island, Papua New Guinea. Small-subunit rRNA genes were amplified directly from the sediment DNA by PCR and cloned. The majority of the cloned 16S rRNA gene sequences were most closely related to as-yet-uncultivated microorganisms found in deep-sea sediments, and were primarily affiliated with one of four groups: the $\gamma$-, $\delta$-, and $\epsilon$-subdivisions of Proteobacteria, and Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides. We did not recover any sequences related to cyanobacteria, prochlorophytes, and $\alpha$-Proteobacteria, which are known to occur in great abundance within the surface mixed layer of the Atlantic and Pacific Oceans. The majority of the cloned $\gamma$-and $\epsilon$-Proteobacterial sequences were closely related to chemoautotrophic sulfur-oxidizing symbionts of marine benthic fauna, and the $\delta$-Proteobacterial sequences to sulfate- and sulfur-reducing bacteria, indicating that they might play an important role in chemoautotrophic primary production and the sulfur cycle in the cold-seep area. There results demonstrate the high diversity of the bacterial community in the cold-seep sediment, and substantially expand knowledge of the extent of bacterial diversity in this formidable and unique habitat.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제23권9호
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• pp.1187-1196
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• 2013

Global warming will have far-reaching effects on our ecosystem. However, its effects on Antarctic soils have been poorly explored. To assess the effects of warming on microbial abundance and community composition, we sampled Antarctic soils from the King George Island in the Antarctic Peninsula and incubated these soils at elevated temperatures of $5^{\circ}C$ and $8^{\circ}C$ for 14 days. The reduction in total organic carbon and increase in soil respiration were attributed to the increased proliferation of Bacteria, Fungi, and Archaea. Interestingly, bacterial ammonia monooxygenase (amoA) genes were predominant over archaeal amoA, unlike in many other environments reported previously. Phylogenetic analyses of bacterial and archaeal amoA communities via clone libraries revealed that the diversity of amoA genes in Antarctic ammonia-oxidizing prokaryotic communities were temperature-insensitive. Interestingly, our data also showed that the amoA of Antarctic ammonia-oxidizing bacteria (AOB) communities differed from previously described amoA sequences of cultured isolates and clone library sequences, suggesting the presence of novel Antarctic-specific AOB communities. Denitrification-related genes were significantly reduced under warming conditions, whereas the abundance of amoA and nifH increased. Barcoded pyrosequencing of the bacterial 16S rRNA gene revealed that Proteobacteria, Acidobacteria, and Actinobacteria were the major phyla in Antarctic soils and the effect of short-term warming on the bacterial community was not apparent.

• Ocean and Polar Research
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• 제35권4호
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• pp.415-425
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• 2013

In order to understand phytoplankton and bacterial distribution in tropical coral reef ecosystems in relation to the mangrove community, their biomass and activities were measured in the sea waters of the Chuuk and the Kosrae lagoons located in Micronesia. Chlorophyll a and bacterial abundance showed maximal values in the seawater near the mangrove forests, and then steeply decreased as the distance increased from the mangrove forests, indicating that environmental conditions for these microorganisms changed greatly in lagoon waters. Together with chlorophyll a, abundance of Synechococcus and phototrophic picoeukaryotes and a variety of indicator pigments for dinoflagellates, diatoms, green algae and cryptophytes also showed similar spatial distribution patterns, suggesting that phytoplankton assemblages respond to the environmental gradient by changing community compositions. In addition, primary production and bacterial production were also highest in the bay surrounded by mangrove forest and lowest outside of the lagoon. These results suggest that mangrove waters play an important role in energy production and nutrient cycling in tropical coasts, undoubtedly receiving large inputs of organic matter from shore vegetation such as mangroves. However, the steep decrease of biomass and production of phytoplankton and heterotrophic bacteria within a short distance from the bay to the level of oligotrophic waters indicates that the effect of mangrove waters does not extend far away.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제27권6호
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• pp.898-906
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• 2014

The objective of this study was to investigate differences in the faecal microbial composition among Lantang, Bama, Erhualian, Meishan, Xiaomeishan, Duroc, Landrace, and Yorkshire sows and to explore the possible link of the pig breed with the gut microbial community. Among the sows, the Meishan, Landrace, Duroc, and Yorkshire sows were from the same breeding farm with the same feed. Fresh faeces were collected from three sows of each purebred breed for microbiota analysis and volatile fatty acid (VFA) determination. Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) analysis revealed that samples from Bama, Erhualian, and Xiaomeishan sows, which from different farms, were generally grouped in one cluster, with similarity higher than 67.2%, and those from Duroc, Landrace, and Yorkshire sows were grouped in another cluster. Principal component analysis of the DGGE profile showed that samples from the foreign breeds and the samples from the Chinese indigenous breeds were scattered in two different groups, irrespective of the farm origin. Faecal VFA concentrations were significantly affected by the pig breed. The proportion of acetate was higher in the Bama sows than in the other breeds. The real-time PCR analysis showed that 16S rRNA gene copies of total bacteria, Firmicutes and Bacteroidetes were significantly higher in the Bama sows compared to Xiaomeishan and Duroc sows. Both Meishan and Erhualian sows had higher numbers of total bacteria, Firmicutes, Bacteroidetes and sulphate-reducing bacteria as compared to Duroc sows. The results suggest that the pig breed affects the composition of gut microbiota. The microbial composition is different with different breeds, especially between overseas breeds (lean type) and Chinese breeds (relatively obese type).

• 미생물학회지
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• 제45권2호
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• pp.170-176
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• 2009

제주도에 서식하는 2종의 해양 해면, Dictyonella sp.와 Spirastrella abata의 공생세균 군집구조를 16S rDNA-DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis) 방법에 의해 분석하였다. 해면으로부터 total genomic DNA를 추출하여 GC clamp가 추가된 세균에 특이적인 341f primer와 518r primer를 이용하여 16S rRNA gene의 V3 부위를 증폭한 후 DGGE 전기 영동하고 재증폭하여 염기서열을 분석하였다. 그 결과 Dictyonella sp.에서 8개, Spirastrella abata에서 7개의 band를 확인할 수 있었다. 공통된 주요 band가 없는 패턴을 나타내었으며, DGGE band로부터 DNA를 추출하여 부분 염기서열을 분석한 결과, NCBI에 등록된 서열들과 93%~98%의 유사도를 나타내었다. Dictyonella sp.의 주요 해면 공생세균은 uncultured Gammaproteobacteria, Spirastrella abata의 경우 uncultured Alphaproteobacteria, Firmicutes에 각각 포함되어 해면 종에 따른 숙주 특이적 분포를 보이는 것으로 나타났다.

• 한국해양바이오학회지
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• 제6권2호
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• pp.76-83
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• 2014

할로겐화 또는 탈할로겐화에 관여하는 미생물을 특정하고자 해양의 주된 할로겐화합물 생산자인 해면 공생미생물의 군집구조에 미치는 HBB (hexabromobenzene)의 영향을 밝히고자 했다. 혐기 marine broth 2216에서 100ppm HBB첨가 유무에 관계없이 검출된 균주들은 산호나 해면에서 유래한 클론들과 높은 유사도를 보였으며 그 중 Deltaproteobacteria에 속하는 Desulfovibrio marinisediminis와 99% 유사도를 보이는 클론이 우점하는 것으로 나타났다. Clostridia계통의 Fusibacter paucivorans와 유사도가 높은 클론과 Lentisphaerae에 속하는 균주들은 HBB에 의해 감소하는 반면 Clostridia계통의 Vallitalea guaymasensis와 유사도가 높은 균주들은 HBB가 있는 경우에만 검출되었다. 알려진 균주들과의 비교 결과로 볼 때 D. marinisediminis 및 V. guaymasensis 계통의 균주들이 할로겐화 및 탈할로겐화에 관여하는 것으로 추정된다.

• 한국축산식품학회지
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• 제39권2호
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• pp.209-221
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• 2019

In this study, the changes in microbial communities of lamb meat packaged in the air (plastic tray, PT) and in a vacuum pouch (VAC) were assessed by polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE) during the storage at $4^{\circ}C$. For the PT lamb, the total viable count (TVC) was $10^7CFU/g$ on Day 5, and the dominated bacteria were Pseudomonas fragi, P. fluorescens, and Acinetobacter spp. For the VAC lamb, the TVC was $10^7CFU/g$ on Day 9, and the dominated bacteria were lactic acid bacteria, including Carnobacterium divergens, C. maltaromaticum, and Lactococcus piscium. One strain of Pseudomonas spp. also appeared in VAC lamb. The relative abundance of Enterobacteriaceae in VAC lamb was higher than that PT lamb, indicating a more important role of Enterobacteriaceae in spoilage for VAC lamb than that of PT lamb. The microbial compositions changed faster in the lamb stored in a PT than that stored in a VAC, and microbial community compositions of the late storage period were largely different from those of the early storage period for both the conditions. The findings of this study may guide improve the lamb hygiene and prolong the shelf life of the lamb.

• 생태와환경
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• 제39권4호통권118호
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• pp.462-470
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• 2006

섬진강 하류 약 40 km 구간에서 동물플랑크톤 군집 동태 파악과 동물플랑크톤 섭식율 실험을 수행하였다. 강 본류 구간 내 3지점 (강 하구: RK0, 섬진교: RK12, 구례교: RK36)에서 2005년 1월 부터 2006년 6월까지 2주 간격으로 동물플랑크톤 시료를 채집하였다. 조사기간 동안 3지점간 대부분의 육수학적 항목의 변화는 유사하였으나, 전기전도도는 조사 지점간 변이가 높았다. 강 하구와 섬진교 지점의 전기전도도 연간 변이는 구례교 지점의 전기전도도 변이보다 매우 역동적인 변화를 나타내었다. 동물플랑크톤 밀도의 지점별, 계절별 차이는 통계적으로 유의하였다 (ANOVA, P<0.01). 강 하구와 섬진교 지점의 주요 동물플랑크톤 군집 총 개체수는 구례교 지점보다 높았다. 대형동물플랑크톤 군집 중, 지각류 밀도는 조사기간 동안 매우 낮았다. 식물플랑크톤 및 박테리아에 대한 동물플랑크톤의 군집 섭식율 변이는 각각 0에서 50 mL $L^{-1}\;D^{-1}$그리고 0에서 45 mL $L^{-1}\;D^{-1}$였다. 식물플랑크톤에 대한 CFR의 지점별 변이는 통계적으로 유의하였다 (ANOVA, P<0.05). 전 조사지점 내에서 식물플랑크톤과 박테리아에 대한 요각류의 CFR은 지각류에 비해 현저히 높았다. 박테리아에 대한 총 동물플랑크톤 섭식율은 식물플랑크톤의 섭식율에 비해 다소 낮았다. 박테리아에 대한 소형 동물플랑크톤의 CFR은 대형 동물플랑크톤에 비해 매우 높았다. 총 동물플랑크톤 군집 조성을 고려 해볼 때, 담수지역에서는 박테리아와 식물플랑크톤에 대한 섭식율이 대형 동물플랑크톤 보다는 소형 동물플랑크톤의 역할이 상대적으로 중요하며, 반면에 기수역 지역에서는 담수지역에 비해 상대적으로 식물플랑크톤에 대한 소형 동물플랑크톤의 섭식율 보다는 오히려 대형 동물플랑크톤의 섭식 기여도가 높은 것으로 파악되었다.ure Curve를 얻고 이 Cure Curve를 분석(分析)하여 얻은 kinetic data를 앞서 구한 data와 비교검토(比較檢討)하였다.2.8점에서 캠프 이후 35.1점으로 증가하였으나 유의한 차이는 없었다. 이상의 연구 결과를 종합할 때 초등학교 비만 어린이의 경우 칼슘, 엽산, 비타민 C, 비타민 B$_{2}$의 영양소에서 평균 필요량보다 부족하게 섭취하고 있는 비율이 높게 나타났으며, 영양교육 전과 비교하여 볼 때 영양태도 점수가 교육 후 유의하게 증가하였고, 유의적이지는 않으나 영양지식과 자아만족도도 증가하였다. 또한 성격 유형 검사 결과 아직 뚜렷하게 성격 유형을 결정하지 못한 어린이들의 비율이 높게 나타나 이러한 성격 유형의 결정 여부 및 각 유형을 참조하여 식생활에서 올바른 식생활 관리 능력과 바람직한 영양태도 및 지식을 습득할 수 있도록 하는 영양교육의 필요성이 높은 것으로 사료된다.MI, 체지방량, 특히 허리둘레, 엉덩이 둘레, 허리-엉덩이 둘레비와 유의성있는 상관관계를 보인 반면 혈청 콜레스테롤과 중성지방, HDL-콜레스테롤, LDL-콜레스테롤 농도와는 상관관계를 나타내지 않았다. 총 콜레스테롤은 중성지방, LDL-콜레스테롤과 유의성있는 상관관계를 보였으며, 중성지방은 LDL-콜레스테롤과 양의 상관관계를, HDL-콜레스테롤과는 음의 상관관계를 보이고 있는 것으로 나타났다. 궁극적으로 비만 아동을 대상으로 한 학교 내 체중 조절 프로그램이 장직적인 효과를 얻기 위해서는 첫째, 무엇보다 아동이 성장기임을 고려하여 지속적인 모니터링과 함께 아동들의 식이, 운동습관 및 비만과 관련된 행동의 변화가 생활 가운데 근본적으로 일어날 수 있어야 한다. 둘째, 체중 조절 프로그램은 식이 및 운동 지도와 아울러 긍정적 강화(positive reinforcement)와 보상(reward)을 통해 충분한 동기를 부여하도록 하고 프로그램 실시 후

• 한국환경보건학회지
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• 제39권5호
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• pp.447-455
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• 2013

Objectives: This study aims to understand the concentration, diversity, and antibiotic characteristics of staphylococci present in the indoor air of child-care facilities. Methods: Air sampling was performed from October 2012 to January 2013 in 120 child-care facilities in Seoul, Korea. Methicillin-resistant bacteria were selected from the total obtained airborne bacteria and subjected to 16S rRNA analysis for methicillin-resistant staphylococcal species determination. Identified staphylococcal strains were tested for resistance to a range of antibiotics. Results: Average total airborne bacterial concentration was $508.9{\pm}246.3CFU/m^3$. Indoor concentration of total airborne bacteria had a significant positive correlation with the $CO_2$ concentration in the child-care facilities. Methicillin-resistant staphylococci were present in 13.3% of the child-care facilities studied. A total of four species (S. epidermidis, S. cohnii, S. saprophyticus, S. sp.) and 55 strains were identified from the indoor air of the child-care facilities. Staphylococcus cohnii was the most common species (54.5%), followed by S. epidermidis (38.2%). All of the isolated staphylococcal strains exhibited high resistance to oxacillin, erythromycin, mupirocin, and ceftizoxime. Especially, S. saprophyticus strains showed more multidrug resistance to oxacillin, vancomycin, clindamycin, erythromycin, lincomycin, ceftizoxime, mupirocin, and tetracycline than did other species. Conclusion: The results of this study showed that a monitoring system for multidrug-resistant bacteria is needed in facilities for children, as the community-associated infections of these bacteria are increasing.