• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제17권2호
• /
• pp.342-347
• /
• 2007

Bacteriophage ${\Phi}FC1$ integrase (MJ1) was previously shown to perform a site-specific recombination between a phage attachment site (attP) and a host attachment site (attB) in its host, Enterococcus faecalis, and also in a non-host bacterium, Escherichia coli. Here, we investigated biochemical features of MJ1 integrase. First, MJ1 integrase could perform in vitro recombination between attP and attB in the absence of additional factors. Second, MJ1 integrase interacted with att sites. Electrophoretic mobility shift assays and DNase I footprinting revealed that MJ1 integrase could efficiently bind to all the att sites and that MJ1 integrase recognized relatively short sequences (${\sim}50bp$) containing an overlapping region within attB and attP. These results demonstrate that MJ1 integrase indeed catalyzes an integrative recombination between attP and attB, the mechanism of which might be simple and unidirectional, as found in serine integrases.

• 미생물학회지
• /
• 제41권2호
• /
• pp.140-145
• /
• 2005

상업적으로 중요한 macrolide계 항진균 학생물질인 natamycin을 생산하는 Streptomyces natalensis ATCC27448의 환자 유전학적인 연구를 위해 대장균으로부터 S. natalensis로 plasmid DNA를 직접 도입하는 형질전환법을 확립하였다. 이러한 S. natalensis의 형질전환은 oriT와 attP 단편을 가지고 있는, ${\Phi}C31$ 유래의 integration 벡터인 pSET152를 이용하여 Escherichia coli ET12567/pUZ28002을 DNA 공여체(donor)로 이용한 접합전달법(conjugal transfer)을 사용하여 확립하였다. 접합전달의 가장 높은 효율은 10 mM의 $MgCl_2$를 포함한 MS 배지에서, $6.25\times10^8$의 E. coli 공여체와 열처리를 하지 않은 S. natalensis의 포자를 사용하여 얻어졌다. 또 얻어진 접합전달체 (exconjugant)에 대하여 southern blot hybridization과 벡터가 삽입된 염색체부분의 염기서열분석을 통해 attB site와 pseudo-attB site를 확인하다. attB site의 경우에는 다른 방선균들처럼 S. natalensis 염색체의 pirin 상동체를 코드하는 ORF내에 존재하였으나 pseudo-attB site는 염색체내 다른 site (GenBank accession no. $YP\_117731$)에 존재하였고 그 염기서열은 attB 염기서열과 차이를 나타내었다.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제39권4호
• /
• pp.337-344
• /
• 2011

이전 연구에서, bacteriophage ${\Phi}FC1$이 Enterococcus faecalis KBL703에서 UV induction을 통해 분리 동정되었으며, ${\Phi}FC1$은 phage attachment site인 attP와 bacterial attachment site인 attB 사이에서 site-specific integration을 촉매하는 integrase를 가지고 있다는 것을 밝혀냈으며 이를 MJ1이라 명명하였다. 이 연구에서는 이를 바탕으로 MJ1에 의한 site-specific integration의 효율을 Escherichia coli와 NIH3T3 cell에서 확인 하기 위해 attP, attB, MJ1을 각각의 벡터에 삽입하였다. MJ1 인테그라제에 의한 재조합을 수행하기 위해서 기질 벡터 pABLP를 $DH5{\alpha}$에 형질전환시킨 후, LB 배지에서 $37^{\circ}C$ 1시간 배양한 후 암피실린(ampicillin)과 테트라싸이클린(tetracycline) 항생제 플레이트로 pGMJ1과 pABLP 같이 가지고 있는 colony 들을 선별하여, LacZ 유전자가 불활성화 된 흰색 콜로니 개수를 세고 통계를 낸 결과 integration의 frequency가 99% 이상인 것으로 나타났다. 또한, 실제로 재조합이 일어났는 지를 확인하기 위해서 콜로니 PCR을 수행하여 재조합의 산물인 attL 150 bp을 확인하였다. PCR 산물은 염기서열분석을 통해 정확한 site-specific integration이 일어났음을 확인하였다. MJ1에 의한 integration을 보이기 위해 attP와 attB를 가지고 있는 vector를 MJ1 expression vector와 함께 NIH3T3 cell에 cotransfection 했으며 GFP를 reporter로 사용해 그 activity를 관찰하였다. NIH3T3 cell에서 GFP의 발현을 형광 현미경을 통해 알아본 결과, MJ1에 의한 sitespecific integration이 다른 accessory protein의 도움 없이 일어난다는 것을 볼 수 있었다. 마찬가지 방법으로, attR과 attL 간의 excision을 GFP로 알아본 결과, GFP는 발현하지 않았으며, 이는 MJ1에 의한 excision이 일어나지 않았음을 보여주었다. 이와 같은 결과로 볼 때, MJ1의 host만이 아니라 넓은 범위안에서도 integration을 수행할 수 있다는 것을 보여주었다. 따라서 MJ1을 이용한 site-specific integration system의 개발은 gene therapy를 위한 gene delivery system의 구축에 있어서 좋은 시작이 될 수 있다.

• 생명과학회지
• /
• 제20권1호
• /
• pp.97-102
• /
• 2010

식품단백질의 물성과 기능성을 개선시켜 산업적인 가치가 매우 높은 TGase를 생산하는 S. platensis YK-2의 분자 유전학적인 연구를 위해 형질전환방법을 확립하였으며 본 연구를 위해 도입된 방법은 대장균을 plasmid DNA의 공여체로, S. platensis의 포자를 수용체로 사용하는 접합전달법이다. S. platensis를 위한 최적 접합전달조건은 50 mM의 $MgCl_2$를 첨가한 MS배지에 열처리를 하지 않은 포자와 $5{\times}10^7$의 plasmid DNA 공여체인 E. coli를 사용하는 것이다. 또 본 연구를 통해 얻어진 접합전달체의 attB site에 대한 분석을 통해 S. platensis chromosome의 pirin 상동체를 코드하는 ORF내에 attB site가 단일위치로 존재하고 있으며 이미 밝혀진 다른 방선균유래 attB site의 염기서열에 대해 77.8%~96.3%의 상동성을 나타냈다.

• KSBB Journal
• /
• 제25권2호
• /
• pp.167-172
• /
• 2010

농작물에 심각한 피해를 주는 phytotoxin을 생산하는 S. scabiei ATCC 49173의 분자 유전학적인 연구를 위해 대장균으로부터 S. scabiei로 plasmid DNA를 도입하는 접합 전달법을 이용한 형질전환법을 확립하였다. 본 연구를 통해 확인된 S. scabiei의 접합전달용 최적배지는 50 mM의 $MgCl_2$를 첨가한 MS배지이며 접합전달에 사용되는 DNA 수용체인 포자는 $45^{\circ}C$의 열처리와 $5{\times}10^7$이상의 plasmid DNA 공여체가 필요하다는 것을 확인하였다. 또 얻어진 접합전달체에 대하여 Southern blot hybridization과 벡터가 삽입된 염색체부분의 염기서열분석을 통해 attB site의 특성을 분석한 결과 S. scabiei 염색체의 pirin 상동체를 코드하는 ORF내에 단일위치로 존재하고 있으며 이미 밝혀진 다른 방선균유래 attB site의 염기서열에 대해 86.3%~96.1%의 상동성을 보였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제5권3호
• /
• pp.132-137
• /
• 1995

The lambda integrase (lnt) is believed to bind to several arm and core sites of attP DNA in order to facilitate intasome formation. We have done systematic mutagenic analysis on all 5 arm sites and found that P1 is absolutely required for integration while P2 is not. We also found that all 3 P' arm sites(P'1, P'2, and P'3) are required for efficient integrative recombination. P'1, which is an important binding site for excision, also seems to be crucial for integration when preincubation of attP DNA with Int and IHF is performed before recombination. Preincubation assay revealed that preincubation with Int and IHF improved the efficiency of recombination of wild type attP DNA and demolished recombinations of P'1 mutant attP DNAs.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제10권4호
• /
• pp.535-538
• /
• 2000

Streptomyces lavendulae FRI-5 produces the ${\gamma}$-butyrolactone autoregulator IM-2, which is required for nucleoside antibiotic producetion. We have developed a system for introducing DNA into S. lavendule FRI-5 via conjugal transfer from Esherichia cole. Conditions were established for conjugation of the oriT-and attP-containing plasmid pSET152 from E. coli ET12567 (pUZ8002) to FRI-5. Conjugation resulted in integration of the plasmid at the chromosomal C31 attB site. The frequency of intergeneric conjugation varied with the medium used. The highest frequency ($1.6\times10-5$ per recipient) was obtained on ISP medium 2 containing 10mM MgCl2. Southern blot and phenotypic analyses of exconjugants revealed that S. lavendulae FRI-5 contains a unique C31 attB site, and that integration of heterologous DNA into the attB site did not interfere with morphological differentiation or IM-2-dependent signal transduction, including the production of a blue pigment. This system will now enable detailed genetic analysis of the regulation of antibiotic production in S. lavendulae FRI-5.

• Journal of Species Research
• /
• 제10권2호
• /
• pp.154-158
• /
• 2021

An endemic endangered species, Aster altaicus var. uchiyamae (Danyang aster) B2015-0044, is cultivated at the Shingu Botanical Garden, which serves as the ex situ conservation institution for this species. In this work, we sequenced the chloroplast genome of A. altaicus var. uchiyamae B2015-0044. We found that the chloroplast (cp) genome of B2015-0044 was 152,457 base pairs(bps) in size: 84,247 bps of large single copy regions(LSC), 25,007 bps of inverted repeats(IRs), and 18,196 bps of small single copy regions. The B2015-0044 cp genome contains 79 protein-coding genes (PCGs), 4 RNA genes, 29 tRNA genes, and 3 pseudogenes. These results were identical to a previously reported cp genome (Park et al., 2017), except for two sites in introns and three in intergenic spacer (IGS) regions. For the intronic differences, we found that clpP.i1 had a 1-bp small simple repeat (SSR) (T) and petD.i had a 3-bp SSR (ATT). We found 1-bp SSRs in the IGSs of trnT_ggu~psbD and psbZ~trnG_gcc, C and A, respectively. The IGS of(ndhF)~rpl32 had a SNP. Based on our results, the cp genome of the A. altaicus var. uchiyamae can be classified into two genotypes, [C]¹-[A]¹²-[T]¹²-[ATT]⁴-C and [C]²-[A]¹¹-[T]¹¹-[ATT]²-A.

• 대한수학회보
• /
• 제60권1호
• /
• pp.149-160
• /
• 2023

Let 𝖆 and 𝖇 be ideals of a commutative Noetherian ring R and M a finitely generated R-module of finite dimension d > 0. In this paper, we obtain some results about the annihilators and attached primes of top local cohomology and top formal local cohomology modules. In particular, we determine Ann(𝖇 H^d_𝖆(M)), Att(𝖇 H^d_𝖆(M)), Ann(𝖇𝔉^d_𝖆(M)) and Att(𝖇𝔉^d_𝖆(M)).

• 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
• /
• 제12권2호
• /
• pp.99-110
• /
• 2023

본 연구는 현 보안 관제 시스템이 직면한 실시간 트래픽 탐지 문제를 해결하기 위해 사이버 위협 프레임워크인 마이터 어택과 머신러닝을 이용하여 유해 네트워크 트래픽을 분류하는 방안을 제안하였다. 마이터 어택 프레임워크에 네트워크 트래픽 데이터셋인 UNSW-NB15를 적용하여 라벨을 변환 후 희소 클래스 처리를 통해 최종 데이터셋을 생성하였다. 생성된 최종 데이터셋을 사용하여 부스팅 기반의 앙상블 모델을 학습시킨 후 이러한 앙상블 모델들이 다양한 성능 측정 지표로 어떻게 네트워크 트래픽을 분류하는지 평가하였다. 그 결과 F-1 스코어를 기준으로 평가하였을 때 희소 클래스 미처리한 XGBoost가 멀티 클래스 트래픽 환경에서 가장 우수함을 보였다. 학습하기 어려운 소수의 공격클래스까지 포함하여 마이터 어택라벨 변환 및 오버샘플링처리를 통한 머신러닝은 기존 연구 대비 차별점을 가지고 있으나, 기존 데이터셋과 마이터 어택 라벨 간의 변환 시 완벽하게 일치할 수 없는 점과 지나친 희소 클래스 존재로 인한 한계가 있음을 인지하였다. 그럼에도 불구하고 B-SMOTE를 적용한 Catboost는 0.9526의 분류 정확도를 달성하였고 이는 정상/비정상 네트워크 트래픽을 자동으로 탐지할 수 있을 것으로 보인다.