• 제목/요약/키워드: atpB-rbcL

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Waxy와 atpB-rbcL 염기서열 분석에 의한 Coryloideae의 계통 유연관계 (Phylogenetic relationships of Coryloideae based on waxy and atpB-rbcL sequences)

  • 유기억
    • 식물분류학회지
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    • 제38권4호
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    • pp.371-388
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    • 2008
  • Coryloideae 35집단에 대한 계통 유연관계를 알아보기 위하여 핵 DNA의 waxy 유전자와 엽록체 DNA의 atpB-rbcL intergenic spacer 지역에 대한 염기서열을 분석하였다. Waxy 유전자 분석에서 Coryloideae의 4개 속은 단계통군을 형성하였으며, 개암나무속은 단계통군을 형성하면서 군내군의 가장 기부에 분계조(clade)를 형성하였다. Ostryopsis속은 서어나무속과 새우나무속을 위한 자매군을 형성하였으며, 새우나무속 역시 단계통군을 형성하였다(BS=86, PP=99). AtpB-rbcL 분석에서는 Ostryopsis속이 아과 내에서 가장 기부에 분계조를 형성하였다. 개암나무속은 서어나무속-새우나무속과 Ostryopsis속의 중간에 위치하였고(BS=98, PP=100), 서어나무속은 새우나무속 분류군들과 함께 높은 지지도(BS=100, PP=100)를 가지고 하나의 clade를 형성하였다. Waxy 유전자 분석에서 서어나무속의 Carpinus절은 단계통을 형성하였지만 Distegocarpus절은 병계원군(paraphyletic group)으로 나타났다. 개암나무속의 경우는 2개의 subclade를 형성하였지만 속내 절 또는 아절 등의 분류계급과는 일치하지 않았다. AtpB-rbcL 분석에서는 대부분의 분류군들이 각각의 clade내에서 polytomy를 형성하여 차이를 보였다. 이상의 결과에서 두 유전자의 계통분석 결과가 뚜렷하게 불일치하였고, 특히 Ostryopsis속의 위치와 새우나무속의 단계통 여부, 그리고 서어나무속과 새우나무속의 유연관계가 가장 큰 차이를 보였다. 따라서 이들에 대한 추가적인 연구가 필요한 것으로 판단된다.

엽록체 DNA의 matK와 aptB-rbcL 염기서열 분석에 의한 제비꽃속(Viola)의 계통유연관계 (Phylogenetic Relationships of Korean Viola (Violaceae) Based on matK and atpB-rbcL Sequence Data of Chloroplast DNA)

  • 유기억;장수길;이우철
    • 식물분류학회지
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    • 제37권1호
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    • pp.1-15
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    • 2007
  • 제비꽃속 42집단에 대한 계통 유연관계를 알아보기 위하여 엽록체 DNA의 matK 유전자와 atpB-rbcL intergenic spacer 지역에 대한 염기서열을 분석하였다. MatK 분석에서는 노랑제비꽃절과 장백제비꽃절이 독립된 clade를 형성하였으며, 진정제비꽃절의 5개 아절은 paraphyletic하게 분리되었다. AtpB-rbcL 분석에서는 노랑제비꽃절이 단계통을 형성하였지만, 장백제비꽃절은 잔털제비꽃을 제외한 제비꽃아절 분류군들이 포함되어 있는 clade의자매군을 형성하였고, 진정제비꽃절은 paraphyletic한 분계조로 분리되어, matK 유전자와는 장백제비꽃절과 잔털제비꽃의 위치에 차이를 보였다. 두 가지 유전자의 염기서열 자료를 유합하여 분석한 결과는 제비꽃속 분류군들이 크게 3개의 분계조로 유집되는 것으로 나타났다. 즉, 기본염색체 수가 x=6인 노랑제비꽃절과 장백제비꽃절은 아욱제비꽃아절과 낚시제비꽃아절(x=10)에 속하는 분류군들이 포함된 clade의 자매군을 형성하면서 분리되었고, 잔털제비꽃은 진정제비꽃절의 콩제비꽃아절과 고깔제비꽃아절(x=10 또는 12)의 분류군들과 함께 분계조를 이루었으며, 잔털제비꽃을 제외한 제비꽃아절 (x=12)의 19개 집단도 하나의 clade를 형성하였다. 그러나 outgroup으로 부터 clade 각각의 기원에 대해서는 선행된 ITS와 trnL-F 지역에 의한 결과와는 일치하지 않는 것으로 나타났다.

엽록체 DNA 염기서열 분석을 이용한 한국산 초롱꽃과 (Campanulaceae)의 계통유연관계 (Phylogenetic relationships of Korean campanulaceae based on chloroplast DNA sequences)

  • 김경아;유기억
    • 식물분류학회지
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    • 제42권4호
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    • pp.282-293
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    • 2012
  • 한국산 초롱꽃과 8속 28분류군과 외군 2분류군 등 총 30분류군에 대한 계통유연관계를 알아보기 위하여 엽록체 DNA의 atpB, atpB-rbcL, atpF-H, matK, rbcL, rpl16, rpoC1 그리고 trnL-F 지역의 염기서열 분석을 실시하였다. 8개 유전자 지역의 염기서열 자료를 융합하여 분석한 결과 도라지속과 더덕속이 가장 기부에 분계조를 형성하였고 애기도라지속과 초롱꽃속은 각각 독립적으로 유집되었다. 홍노도라지속과 영아자속은 잔대속-금강초롱꽃속 분계조를 위한 자매군을 형성하였으며, 금강초롱꽃속은 잔대속의 모시대절과 분계조를 형성하였고 잔대속은 크게 하나의 군을 형성하였다. 본 연구에서 다룬 엽록체 DNA 8개 지역의 염기서열 자료에 기초한 한국산 초롱꽃과의 계통분석 결과, 속 수준에서의 구분은 가능하였으나 절 또는 계열 등 잔대속 내에서의 일부 분류계급은 형태 형질에 의한 분류체계와 일치하지 않았다.

한국산 비짜루목 및 백합목(백합강)에 대한 분류학적 재검토 (A taxonomic review of Korean Asparagales and Liliales (Liliopsida))

  • 장창기
    • 식물분류학회지
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    • 제32권4호
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    • pp.449-465
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    • 2002
  • 분자생물학적 자료에 의한 한국산 백합강 식물에 대한 분류학적 재검토를 시도하였다. 2가지의 다른 자료, 즉 엽록체 DNA인 rbcL 및 atpB sequence 자료분석에서 대체적으로 일치하는 계통수를 얻었다. 즉, 한국산 백합강은 Dahlgren 등의 분류체계에 의한 비짜루목, 백합목, 마목의 3목으로 구분되었다. 이중 비짜루목과 백합목의 유연관계를 추론하는 분자생물학적 연구에서 마목의 분류군이 군외분류군으로 사용되었다. 두 엽록체 DNA인 rbcL 및 atpB sequence 분석에서 붓꽃과는 백합과 보다는 비짜루과에 더 가까운 유연관계를 보여주었다. 그러나, 넓은 의미의 Narthecaceae (종전의 Melanthiaceae [국명부재]에 속한 분류군)는 비짜루목이나 백합목에 속하는 분류군들과 가까운 유연관계를 보이지 않았다. 이전의 은방울꽃과 [Ruscaceae] 내에 취급되었던 애기나리속, 나도옥잠화속, 죽대아재비속 등은 각각 Colchiaceae, 백합과, Caloghortaceae로 이전 되어야 한다는 결론이 내려졌다. 마지막으로 한국산 백합강에 속하는 과의 체계에 대해서 토의하였다.

PCR-aided RFLP기술을 이용한 인삼의 DNA분석 (DNA Analysis of Ginseng Using PCR-aided RFLP Technology)

  • 양덕춘;김무성
    • Journal of Ginseng Research
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    • 제27권3호
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    • pp.146-150
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    • 2003
  • 본 연구는 DNA수준에서 인삼의 종내 및 종간 개체간의 유전변이를 확인할 수 있는 새로운 방법인 PCR-aided RFLP를 사용하여 품종육성의 기초자료로 삼고자 수행하였다. 인삼의 엽록체 DNA중 psbA gene과 rbcL gene을 제한효소처리하여 그 band 양상을 조사하고자 하였다. Chloroplast DNA 중 psbA gene과 rbcL gene을 분리하기 위하여 각각 psbA-N, psbA-C primer 및 rbcL-N, PX-1 primer를 사용한 결과 적정 분자량인 psbA gene은 1,008bp에서, rbcL gene은 1,336 bp에서 band가 나타났다. 또한 atpB gene, rpoB gene, trn gene을 분리하기 위한 primer를 사용한 결과 역시 예상 대로 1,366bp, 900bp, 1,500bp, 1,008bp에서 band가 나타났다. PCR에 의하여 분리한 psbA gene과 rbcL gene을 sau3A, Taq1, Alu1, HaeIII 등의 제한효소로 절단하여 RFLP양상을 조사한 결과 모든 인삼에서 TaqI 제한효소 처리구에서 KG Line 과 종 및 변종간 모두 절단이 되었으며 800bp에서 band가 위치하고 있다. AluI의 제한효소 처리구에서도 KG Line과 유전자원에서 800bp인 동일한 band를 보였다. 제한효소 HaeIII에서는 KG Line의 경우 500bp의 위치에서 희미하게 band를 동일하게 보였다. 그러나 유전자원에 있어 HaeIII 제한효소처리구에서는 band가 관찰되지 않아 KG Line과 차이를 보였다. 모든 chloroplast gene은 PCR 증폭에 의하여 밴드를 형성하였으나 제한효소 처리후 각 인삼 종내 또는 종간 식별이 용이하지 않아서 좀 더 많은 제한효소를 사용하거나 증폭된 DNA를 염기서열을 분석하여 비교하는 방법이 고려 되어야 할 것으로 사료된다.

Phylogeny and systematics of Crossosomatales as inferred from chloroplast atpB, matK, and rbcL sequences

  • Oh, Sang-Hun
    • 식물분류학회지
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    • 제40권4호
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    • pp.208-217
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    • 2010
  • Crossosomatales is a recently recognized order in the rosid II clade with about 64 species in eight morphologically distinct families that have been previously classified in as many as 15 other orders. Phylogenetic relationships among the families and genera within Crossosomatales were investigated using chloroplast atpB, matK, and rbcL sequences employing maximum parsimony, maximum likelihood, and Bayesian methods. The phylogenetic framework was used to examine the patterns of morphological evolution and synapomorphies for subclades within Crossosomatales. The combined data with representative species from all genera in the order strongly supported monophyly of Crossosomatales. Strong support was found for the families in the Southern Hemisphere, in which Aphloiaceae is sister to the clade of (Geissolomataceae, (Ixerbaceae + Strasburgeriaceae)). The sister relationship between the Southern Hemisphere clade and families distributed primarily in the Northern Hemisphere was also supported. As in the previous studies, following relationships were found within the Northern Hemisphere clade: Staphyleaceae is sister to a clade of (Guamatelaceae, (Stachyuraceae + Crossosomataceae)). The pattern analysis indicates that evolutionary pattern of morphological characters is complex, requiring multiple changes within Crossosomatales. Several reproductive traits, such as inflorescence, aril, stigma, and conspicuous protrusion from pollen aperture, corroborate the molecular phylogeny.

한국산 백합속(Lilium) 내 말나리절의 분류학적 검토 (A taxonomic note of the genus Lilium section Martagon in Korea)

  • 송지희;이웅빈
    • 식물분류학회지
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    • 제47권1호
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    • pp.46-50
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    • 2017
  • 백합속(Lilium)은 백합과에 속하는 식물로 북반구의 온대지역에 100 종 이상이 분포하는 비교적 큰 분류군이다. 최근 수행된 백합속 식물에 대한 연구들을 참조하여 한국산 Martagon절의 3종(하늘말나리, 말나리, 섬말나리)에 대한 분류학적 검토를 진행하고자 하였다. 백합속에서 가용한 염기서열 중 엽록체 유전체의 4개 부위 rbcL, matK, ndhF, atpB를 선정하여 계통수를 작성하였다. 그 결과, 한국산 Martagon절 3종은 단계통군인 것으로 나타났다. 그러나 이들은 한편 측계통군인 Sinomartagon절에 속하는 것이었다. 추가적으로, 형태형질과 계통수의 분지양상에 대해 비교 분석하였고 한국산 식물들에 대한 분류학적 유연관계를 논의하였다.