• 한국축산시설환경학회지
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• 제21권3호
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• pp.83-92
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• 2015

An attempt to produce more pigs in limited spaces inevitably generalized concentrated feeding operation (CFO). As concentrated pig production practice expanded, concerns on environmental issues grow concurrently. Since odor is the concerned most among those, we attempted to develop means to tackle odor emission from livestock operations. Previously, we excavated few microorganisms from pig manure and, one of them, Bacillus licheniformis was particularly useful to handle odor problem. In this study, we conducted our investigation to further characterize Bacillus licheniformis. Strain identification was conducted using Vitek 2 compact, and the optimal temperature and pH conditions to growth B. licheniformis were searched for by analyzing turbidity on O.D 600 nm. Results of this study can be summarized as these, (1) it was re-verified that the bacterial strain that purified from pig manure was, in fact, Bacillus licheniformis, (2) the bacterial growth was highest when the temperature was kept at $30^{\circ}C$, also (3) growth rate was dependent on media pH as it was high at neutral (6, 7 and 8) but dropped when it was diverged from neutral (4, 5, 9 and 10), and (4) regarding ammonia removal efficiency, B. licheniformis recorded 64% effectiveness after 48 h incubation and reached its highest (80%) at 72 h.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제50권1호
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• pp.147-156
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• 2022

Urinary tract infections (UTIs) are one of the most common infections in different age groups, including children. Bacteria are the main etiological agents of UTIs. The aim of the present study was to isolate, identify, and determine the antibiotic susceptibility of bacteria isolated from children with UTIs from Baghdad, Iraq. Three hundred and two urine samples were collected from children aged 6 months to 12 years. The samples were cultured on blood agar and MacConkey agar. The selected colonies were subjected to biochemical tests and antibiotic susceptibility analysis using the Vitek^® 2 Compact automated microbial identification system. In this sample, 299 bacteria were identified, of which, 267 were gram-negative bacteria, and 32 were gram-positive bacteria. Escherichia coli (56%) was the most commonly isolated gram-negative bacteria, followed by Pseudomonas aeruginosa (14%), Enterobacter spp. (10.48%), Klebsiella pneumoniae (9.36%), Proteus spp. (7.8%), Acinetobacter baumannii (1.5%), and Morganella morganii (0.37%). Enterococcus faecalis (62.5%) was the most commonly detected gram-positive bacteria, followed by Staphylococcus aureus (37.5%). E. coli and P. aeruginosa were the most antibiotic-resistant bacteria. Among the tested antibiotics, meropenem showed 100% sensitivity, followed by imipenem (97.4%), amikacin (91.8%), and tobramycin (83.5%). In contrast, the high frequencies of resistance were observed with cefixime (93.2%), cefotaxime (78.7%), and ceftriaxone/cefotaxime (71.2%). In conclusion, carbapenems and aminoglycosides are highly recommended for the empirical treatment of UTIs, while, Quinolones, penicillins, and cephalosporins are not suggested. Frequent antibiotics susceptibility testing are warranted to determine the resistance pattern of UTI bacteria.

• 생명과학회지
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• 제19권8호
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• pp.1177-1182
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• 2009

배추 무름병을 대상으로 식물병원균 감염모델을 확립하기 위하여 무름병변을 가진 배추조직으로부터 80개의 독립된 세균집락을 순수 분리하였다. 이들 균을 감염되지 않은 배추 잎의 주맥부위에 접종하여 24${\sim}$48 시간 만에 무름병변을 나타내는 8개의 균주를 1차 선별하였다. 다양한 미생물학적, 생화학적, 형태학적인 시험을 통하여 분석한 결과 서로 다른 특성을 나타내는 균이라고 여겨지는 3개의 균을 최종 선정하였고 이들은 모두 그람 음성균으로 판명되었고 RB1, RB2 및 RB6로 명명하였다. API 20E시험, VITEK 2 COMPACT 분석, 16S rRNA 염기서열 분석 등을 종합할 때 RBl 및 RB2는 Erwinia carotovorum subsp. odoriferum 아종으로, RB6는 Erwinia carotovorum subsp. carotovorum 아종으로 추정되었다. 이들 균들은 $30^{\circ}C$, 생리적 pH인 중성 pH에서 최적생육을 하였다. 이들은 배추의 상처 유무에 상관없이 초기 접종양과 비례하여 무름병을 유발하였으며, 상처가 없는 경우보다 상처가 있는 경우에 더욱 명확한 병변을 유발하였다. RBl의 경우 $8.0{\times}10^8$ CFU/ml, RB2 균주는 $10^9$ CFU/ml, RB6는$4.7{\times}10^6$ CFU/ml에서 최초로 무름 증상을 나타냈다. 이들 균의 숙주 특이성을 관찰하기 위하여 14종의 야채에 접종한 결과 배추, 가지 파프리카에서만 무름병변을 유발하는 숙주 특이성을 나타내었다. 이 연구에서 사용된 실험재료들 및 감염모델은 향후 식물병원균의 감염기작해석에 크게 기여할 것으로 예상된다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제22권4호
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• pp.288-293
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• 2007

작업장 내 공기오염의 중요성을 평가하기 위하여 신선편이채소 작업장 내 실내 공기와 제품에서 검출되는 미생물 종류 및 수준을 조사하고 양배추 생산작업을 대상으로 관련된 작업공간의 공기 미생물, 작업설비 및 세척수, 원료 및 제품에 대하여 미생물 실험을 실시하였다. 실내 공기 중의 미생물은 air sampler를 이용하여 1000 L의 공기에서 부유균을, plate count agar를 이용하여 낙하균을 각각 8 회 포집하여 분리하였으며 그 외 장비와 제품에 대한 미생물은 총균수 측정 후 colony를 분리하였으며 분리된 균은 Vitek (R)2 compact system으로 동정하였다. 부유균과 낙하균의 총균수준은 각각 $10^2-10^3CFU/m^3,{\sim}10^1CFU/plate$, 또한 원료, 생산라인 및 최종제품에서 검출된 총균수준은 각각 $10^3CFU/g,{\sim}10^4CFU/cm^2,\;10^4CFU/g$수준이었다. 동정결과 생산과정의 여러 검체에서 공기미생물과 같은 균종이 검출되어 공기 미생물이 제품의 오염에 영향을 줄 수 있는 가능성을 보여주었다.

• 한국식품영양과학회지
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• 제35권10호
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• pp.1456-1460
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• 2006

변질된 팥앙금에서 분리한 균주는 광학 및 전자현미경을 통하여 관찰한 결과 그람양성 간균으로 포자를 형성하고 형성된 집락은 원형으로 점질성의 물질을 생산하는 mucoid type이었으며, 표면은 smooth 하였고 광택을 나타내었다. 미생물 동정 시스템($MicroLog^{TM}$ System, Release 4)인 VITEK 2 COMPACT을 이용하여 분리된 균주의 46개의 생화학적 분석을 비교한 결과 팥앙금의 부패 원인균은 Bacillus subtilus로 동정 (97.0%)되었으며, 보다 더 정확한 동정을 위하여 부패균의 세포벽 지방산 조성을 분석하여 Midi sherlock시스템의 databank와 비교 분석시 그 유사성이 0.724로 분석되었다. Bacillus subtilus의 포자의 D-value는 $115^{\circ}C$에서의 4.85분이 었고, $121^{\circ}C$에서는 0.69분, $125^{\circ}C$에서는 0.48분이었으며, Z-value는 $9.71^{\circ}C$이었다. $45^{\circ}C$에서 수분활성도에 따른 분리균의 생육 상태를 관찰한 결과 수분활성도 0.92이하에서는 균이 증식되지 않았고, 0.94에서는 증식되는 것으로 관찰되었다.

• 한국축산식품학회지
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• 제41권5호
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• pp.883-893
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• 2021

Clostridium difficile present in feces of food animals may contaminate their meats and act as a potential source of C. difficile infection (CDI) to humans. C. difficile resistance to antibiotics, its production of toxins and spores play major roles in the pathogenesis of CDI. This is the first study to evaluate C. difficile prevalence in retail raw animal meats, its antibiotics susceptibilities and toxigenic activities in Al-Jouf, Saudi Arabia. Totally, 240 meat samples were tested. C. difficile was identified by standard microbiological and biochemical methods. Vitek-2 compact system confirmed C. difficile isolates were 15/240 (6.3%). Toxins A/B were not detected by Xpect C. difficile toxin A/B tests. Although all isolates were susceptible to vancomycin and metronidazole, variable degrees of reduced susceptibilities to moxifloxacin, clindamycin or tetracycline antibiotics were detected by Epsilon tests. C. difficile strains with reduced susceptibility to antibiotics should be investigated. Variability between the worldwide reported C. difficile contamination levels could be due to absence of a gold standard procedure for its isolation. Establishment of a unified testing algorithm for C. difficile detection in food products is definitely essential to evaluate the inter-regional variation in its prevalence on national and international levels. Proper use of antimicrobials during animal husbandry is crucial to control the selective drug pressure on C. difficile strains associated with food animals. Investigating the protective or pathogenic potential of non-toxigenic C. difficile strains and the possibility of gene transfer from certain toxigenic/ antibiotics-resistant to non-toxigenic/antibiotics-sensitive strains, respectively, should be worthy of attention.

• 생명과학회지
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• 제18권1호
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• pp.103-108
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• 2008

Agar로부터 oligosaccharides를 제조하기 위하여 효소(agarase)를 이용한 분해법이 시도되면서 agarase의 균주의 분리 및 유전자에 대한 많은 연구가 수행되고 있다. 본 연구에서는 해양으로부터 agarase를 생성하는 균주를 분리 동정하고 균주의 특성을 조사하였다. 분리된 균주는 VITEK 2 compact version 분석 결과 Sphingomonas paucimobilis AS-1로 동정되었다. 정제된 효소의 최적 활성 조건 및 agar 분해산물의 항산화활성을 조사하였다. 분리된 균주의 최적배양조건은 marine broth 2216에서 온도 $27^{\circ}C$, pH 7일 때 가장 균주의 생육이 높았다. Agarase 효소는 salt침전, ion exchange와 gel filtration chromatography에 의해 114.4 units/mg으로 104배 정제되었다. 정제된 agarase의 SDS-PACE 결과 분자량이 약 80 kDa의 band를 얻었다. 최적 효소활성은 온도 $40^{\circ}C$, pH 7일 때 나타났다. Agar 첨가한 배지에 agar 분해균을 접종한 후 분해산물의 시간에 따른 항산화활성은 12시간 배양 후 72%의 가장 높은 전자소거능(EDA)을 나타내었다. Agar 분해산물은 식중독균의 생육은 저해하는 것으로 나타났으며 젖산균의 생육은 약간 촉진하는 경향을 나타냈다.

• Journal of Veterinary Science
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• 제21권4호
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• pp.54.1-54.11
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• 2020

Background: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a leading cause of severe infections in humans and animals worldwide. Studies elucidating the population structure, staphylococcal cassette chromosome mec types, resistance phenotypes, and virulence gene profiles of animal-associated MRSA are needed to understand spread and transmission. Objectives: The objective of this study was to determine 1) clonal complexes and spa types, 2) resistance phenotypes, and 3) virulence/resistance gene profiles of MRSA isolated from animals in Switzerland. Methods: We analyzed 31 presumptive MRSA isolates collected from clinical infections in horses, dogs, cattle, sheep, and pigs, which had tested positive in the Staphaurex Latex Agglutination Test. The isolates were characterized by spa typing and DNA microarray profiling. In addition, we performed antimicrobial susceptibility testing using the VITEK 2 Compact system. Results: Characterization of the 31 presumptive MRSA isolates revealed 3 methicillinresistant Staphylococcus pseudintermedius isolates, which were able to grow on MRSA2 Brilliance agar. Of the 28 MRSA isolates, the majority was assigned to CC398 (86%), but CC8 (11%) and CC1 (4%) were also detected. The predominant spa type was t011 (n = 23), followed by t009 (n = 2), t034 (n = 1), t008 (n = 1), and t127 (n = 1). Conclusions: The results of this study extend the current body of knowledge on the population structure, resistance phenotypes, and virulence and resistance gene profiles of MRSA from livestock and companion animals.

• 한국동물위생학회지
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• 제43권1호
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• pp.31-37
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• 2020

Clostridial bacteria are zoonotic agents, which cause severe necrotizing enteritis, pseudo-membrane colitis, enterotoxemia to both humans and animals. The objective of this study was to monitor the antibiotic resistance of Clostridium isolates on clinical specimens from wild animals in Seoul zoo for 5 years. Clostridium isolates were verified by using Vitek2 compact machine. Antibiotic susceptibility was assessed by antibiotic disc diffusion test, which was followed by Kirby-Bauer disc diffusion test method. The frequency of Antimicrobial resistance of Clostridium isolate was the greatest in gentamicin (87%), then in order of amikacin (80%). There were 55.6% of Clostridium isolates showed multiple drug resistance (MDR). These results showed that a lot of Clostridial bacteria from wild animals in Seoul zoo were acquired antibiotic resistance. Because of the wild animal's aggressive manner, it has been hard to collect clinical samples from wild animals in a zoo to exam antibiotic susceptibility. For these reasons, empirical use of antibiotics has been performed in frequently. It may cause to increase the emergence of antibiotic resistance bacteria. In addition, the antibiotic resistance bacteria from zoo animals can be spread to other wild animals which inhabit around the zoo. Therefore, regular monitoring of antibiotic resistance Clostridial bacteria is important to protect animals and humans from Clostridial diseases.

• 한국식품저장유통학회지
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• 제16권4호
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• pp.567-572
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• 2009

본 연구에서는 신선편이 농산물 가공시설과 작업공정에 대한 위생관리 및 관련 위생설비 개발에 대한 기초 자료로 활용하고자 작업장과 공정별 설비에 대한 미생물 오염 실태를 조사하였다. 신선편이 농산물 가공업체에서 양파 생산라인 작업장을 조사한 결과 각 작업공정별 벽체의 경우 미생물 오염정도는 총균수가 $ND{\sim}10^1$ CFU/100 $cm^2$ 미만으로 검출되었으며, 대장균군과 병원성 식중독균은 검출되지 않았다. 작업대 및 작업기기류의 경우 미생물 오염정도는 총균수가 $10^0{\sim}10^3$ CFU/100 $cm^2$, 대장균군은 $ND{\sim}10^3$ CFU/100 $cm^2$로 검출되었다. 병원성식중독균 검사 항목 중에 Staphylococcus aureus로 의심되는 균을 동정한 결과 Kocuria varians라는 균으로 확인되었다. 병원성식중독균은 검출되지 않았다. 신선편이 양파의 경우 총균수가 $10^3{\sim}10^4$ CFU/g, 대장균군 $10^3{\sim}10^4$ CFU/g로 검출되었고, 세척수의 경우 총균수가 $10^1{\sim}10^2$ CFU/g으로 검출되었으며 대장균군은 검출되지 않았다. 작업장 내 공기 중의 낙하균과 부유균의 경우 각각 $ND{\sim}10^0$ CFU/plate, $10^1{\sim}10^2$ $CFU/m^3$ 범위에서 미생물이 검출되었다. 검출된 미생물에 대하여 Vitek (R)2 compact를 이용하여 동정한 결과 다양한 균이 검출되었는데, 그 중에서도 Sphingomonas paucimobilis은 공정 전 과정에서 검출된 균이다. 결과적으로 생산과정에서 공기 미생물과 같은 다양한 균종이 검출되어 부착미생물만큼이나 공기 미생물이 제품의 오염에 영향을 줄 수 있는 가능성을 보여주었다.