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SOP (Search of Omics Pathway): A Web-based Tool for Visualization of KEGG Pathway Diagrams of Omics Data

  • Kim, Jun-Sub;Yeom, Hye-Jung;Kim, Seung-Jun;Kim, Ji-Hoon;Park, Hye-Won;Oh, Moon-Ju;Hwang, Seung-Yong
    • Molecular & Cellular Toxicology
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    • 제3권3호
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    • pp.208-213
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    • 2007
  • With the help of a development and popularization of microarray technology that enable to us to simultaneously investigate the expression pattern of thousands of genes, the toxicogenomics experimenters can interpret the genome-scale interaction between genes exposed in toxicant or toxicant-related environment. The ultimate and primary goal of toxicogenomics identifies functional context among the group of genes that are differentially or similarly coexpressed under the specific toxic substance. On the other side, public reference databases with transcriptom, proteom, and biological pathway information are needed for the analysis of these complex omics data. However, due to the heterogeneous and independent nature of these databases, it is hard to individually analyze a large omics annotations and their pathway information. Fortunately, several web sites of the public database provide information linked to other. Nevertheless it involves not only approriate information but also unnecessary information to users. Therefore, the systematically integrated database that is suitable to a demand of experimenters is needed. For these reasons, we propose SOP (Search of Omics Pathway) database system which is constructed as the integrated biological database converting heterogeneous feature of public databases into combined feature. In addition, SOP offers user-friendly web interfaces which enable users to submit gene queries for biological interpretation of gene lists derived from omics experiments. Outputs of SOP web interface are supported as the omics annotation table and the visualized pathway maps of KEGG PATHWAY database. We believe that SOP will appear as a helpful tool to perform biological interpretation of genes or proteins traced to omics experiments, lead to new discoveries from their pathway analysis, and design new hypothesis for a next toxicogenomics experiments.

Building Intelligent User Interface Agent for Semantically Reformulating User Query in Medicine

  • Yang, Jung-Jin;Lim, Chae-Myung;Chu, Sung-Joon;Lee, Dong-Hoon;Park, Duck-Whan;Park, Tae-Yong
    • 지능정보연구
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    • 제9권2호
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    • pp.101-119
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    • 2003
  • Achieving the beneficiary goal of recent discovery in human genome project still needs a way to retrieve and analyze the exponentially expanding bio-related information. Research on bio-related fields naturally applies knowledge discovered to the current problem and make inferences to extract new information where shared concepts and data containing information need to be defined and used in a coherent way. In such a professional domain, while the need to help users reduce their work and to improve search results has been emerged, methods for systematic retrieval and adequate exchange of relevant information are still in their infancy. The design of our system aims at improving the quality of information retrieval in a professional domain by utilizing both corpus-based and concept-based ontology. Meta-rules of helping users to make an adequate query are formed into an ontology in the domain. The integration of those knowledge permits the system to retrieve relevant information in a more semantic and systematic fashion. This work mainly describes the query models with details of GUI and a secondary query generation of the system.

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무인잠수정의 3차원 경로계획을 위한 시뮬레이션 시스템 개발 (A Development of Simulation System for 3D Path Planning of UUV)

  • 신성철;선휘준
    • 한국정보통신학회:학술대회논문집
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    • 한국해양정보통신학회 2010년도 추계학술대회
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    • pp.701-704
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    • 2010
  • 무인잠수정의 자율 운항기술을 연구함에 있어 가장 근본적인 기술 중의 하나가 소나를 이용해 실시간으로 획득되는 해저지형이나 장애물에 대한 정보를 이용하여 임무수행을 위한 3차원 경로계획을 수립하는 것이라 할 수 있다. 무인잠수정의 3차원 경로계획은 장애물 회피 제어기술을 기반으로 유도제어, 동역학 모델, 해양환경 및 탐지소나 모델 등이 다양하게 고려되기 때문에, 경로계획을 연구 개발함에 있어 알고리즘을 검증하기 위한 시뮬레이션 시스템이 필요하다. 본 논문에서 개발한 시뮬레이션 시스템은 다양한 해양환경을 설정할 수 있고, 설정된 장애물들을 회피하여 경유지를 지나 목적지까지 이동하는 무인잠수정을 C++와 OpenGL을 이용하여 가시화함으로써 3차원 경로계획 알고리즘을 검증할 수 있다. 또한 어떠한 개발환경에서 연구된 무인잠수정의 경로계획 알고리즘도 검증할 수 있는 범용성을 제공한다.

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웹 문서의 메타데이터 관리를 위한 XMP 및 온톨로지 기반의 시맨틱 어노테이션 지원도구 개발 (On Developing a Semantic Annotation Tool for Managing Metadata of Web Documents based on XMP and Ontology)

  • 양경모;황석형;최성희
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제10권7호
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    • pp.1585-1600
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    • 2009
  • 시맨틱 웹에서는 기계가 처리할 수 있는 의미 정보를 토대로 보다 효율적이고 효과적인 시맨틱 검색과 웹서비스를 제공하는 것을 목적으로 한다. 따라서, 다양한 웹 컨텐츠들에 대하여 컴퓨터가 이해 가능한 형식으로 메타데이터를 생성하고 추가하는 과정, 즉, 시맨틱 어노테이션이 시맨틱 웹의 중요한 기반기술 중의 하나이다. 최근에는 어노테이션 정보를 관리하기 위해서, 대상문서 내부에 메타데이터를 직접 내장시키는 기법이 주로 사용되고 있다. 그러나, 웹 문서의 시맨틱 어노테이션과 관련하여 기존의 지원도구들은, 주로 HTML 문서를 대상으로 하고 있고, 대부분의 도구들에서는 메타데이터를 활용한 시맨틱 검색기능을 제공하지 않고 있다. 본 연구에서는, 이와 같은 문제점들과 기존의 관련 연구결과들을 토대로, 웹 문서(HTML, PDF)들에 대한 시맨틱 어노테이션을 보다 효율적으로 지원하기 위한 온톨로지 기반의 시맨틱 어노테이션 지원도구(OSA)를 개발하였다. OSA에서는, RDFS(RDF Schema)로 시맨틱 어노테이션 모델을 정의하고, 이를 토대로 온톨로지 기반의 의미정보들을 표현하며, XMP(eXtensible Metadata Platform)표준에 맞추어서 해당 디지털 문서 내에 시맨틱 어노테이션 정보를 내장시킨다. 본 연구에서 개발한 어노테이션 도구를 활용함으로써, 웹 문서에 대한 효율적인 시맨틱 어노테이션이 가능하며, XMP를 기반으로 웹 문서 자체와 시맨틱 어노테이션 정보를 일체화시킴으로써 어노테이션 정보관리에 정합성을 유지할 수 있으므로, 향후 다양한 웹 컨텐츠에 대한 시맨틱 검색에 효과적으로 활용될 수 있다.

목적지향 대화에서 화자 의도의 통계적 예측 모델 (A Statistical Prediction Model of Speakers' Intentions in a Goal-Oriented Dialogue)

  • 김동현;김학수;서정연
    • 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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    • 제35권9호
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    • pp.554-561
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    • 2008
  • 사용자 의도 예측 기술은 음성인식기의 탐색 공간을 줄이기 위한 후처리 방법으로 사용될 수 있으며, 시스템 의도 예측 기술은 유연한 응답 생성을 위한 전처리 방법으로 사용될 수 있다. 이러한 실용적인 필요성에 따라 본 논문에서는 화행과 개념열의 쌍으로 일반화된 화자의 의도를 예측하는 통계 모델을 제안한다. 단순한 화행 n-그램 통계만을 이용한 기존의 모델과는 다르게 제안 모델은 현재 발화까지의 대화 이력을 다양한 언어 레벨의 자질 집합(화행과 개념열 쌍의 n-그램, 단서 단어, 영역 프레임의 상태정보)으로 표현한다. 그리고 추출된 자질 집합을 CRFs(Conditional Random Fields)의 입력으로 사용하여 다음 발화의 의도를 예측한다. 일정 관리 영역에서 실험을 수행한 결과, 제안 모델은 사용자의 화행과 개념열 예측에서 각각 76.25%, 64.21%의 정확률을 보였다. 그리고 시스템의 화행과 개념열 예측에서 각각 88.11%, 87.19%의 정확률을 보였다. 또한 기존 모델과 비교하여 29.32% 높은 평균 정확률을 보였다.

확장된 TAM을 이용한 인터넷 브랜드 커뮤니티 사이트 품질 특성과 이용의도에 관한 연구 (A Study on the Effect of Intention of Usage on Internet Brand Community Site by the Extended Technology Acceptance Model)

  • 안운석;장형섭;오종철
    • 경영과정보연구
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    • 제28권2호
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    • pp.69-94
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    • 2009
  • 본 연구는 인터넷 브랜드 커뮤니티 품질특성과 확장된 기술수용모형 변수 그리고 커뮤니티 방문자의 이용의도에 대한 전반적인 영향관계 분석을 통해 브랜드 커뮤니티 사이트 이용자 행동 고찰과 브랜드 커뮤니티의 활성화 방안에 관한 시사점을 제시하고자 하였다. 선행연구의 검토후 실증분석을 통한 연구결과를 살펴보면 다음과 같다, 첫째, 기업은 브랜드 커뮤니티 이용자의 이용의도를 높이기 위해 브랜드 커뮤니티 품질 특성인 시스템품질, 서비스품질, 정보품질에 대한 관리에 힘써야 한다. 특히 브랜드 커뮤니티 이용의도에 영향을 미치는 지각된 이용용이성, 유용성, 플로우, 즐거움, 사회적 상호작용성에 전체적으로 서비스품질과 정보품질이 유의한 영향을 미치므로 시스템품질의 개선을 위한 노력과 더불어 제공 서비스 개선과 정보의 정확성, 최신 정보의 제공에 보다 전략적인 노력을 기울여야 한다. 또한 이용자들 간의 상호작용의 중요성을 고려할 때 구성원간의 커뮤니케이션을 원활하게 운영할 수 있도록 하는 시스템적 측면과 관련 콘텐츠의 개발에 힘써야 할 것이다. 둘째, 본 연구에서는 브랜드 커뮤니티 이용행동에 가장 큰 영향을 미치는 변수로사회적 상호작용성과 플로우를 제시하였는데 이는 브랜드 커뮤니티 사이트 이용자와 운영자 모두에게 중요한 변수이다. 브랜드 커뮤니티 사이트를 통해 관심사가 같은 사람들 간의 교류를 통해 그 활동에 빠져들게 되고 그로 인해 브랜드 커뮤니티 사이트의 이용에 대한 태도가 개선됨을 알 수 있었다. 따라서 이 두 변수의 효과적인 관리방안에 대한 노력을 기울여야 할 것이라는 시사점을 제시할 수 있다.

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협업적 추천 기반의 여행 계획 시스템 (Multi-day Trip Planning System with Collaborative Recommendation)

  • 프리스카;오경진;홍명덕;가명현;조근식
    • 지능정보연구
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    • 제22권1호
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    • pp.159-185
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    • 2016
  • 여행을 계획하는 일은 매우 복잡하고 많은 시간을 필요로 한다. 여행 계획을 정할 때에는 보통 관심 지점(point of interests, POIs)을 선택하고 그에 따른 다양한 제약 조건들을 고려하여 일정을 계획 한다. 관심 지점을 선정할 때 친구들에게 의견을 묻거나 인터넷에서 직접 정보를 찾으며 여행사의 도움을 받기도 한다. 하지만 이러한 방법들은 다음과 같은 어려움이 있다. 친구들에게 의견을 묻는 경우에는 친구들이 방문해 보지 못한 장소에 대한 정보를 얻기 어렵고 인터넷에서 정보를 찾는 경우에는 오히려 너무 많은 여행 정보들 때문에 필요한 정보를 탐색하고 정리하는데 많은 시간이 필요하며 여행사의 도움을 받을 때에는 여행 일정이 여행을 제공해주는 업체들 쪽으로 편중될 우려가 있다. 이러한 문제를 해결하기 위해 본 논문에서는 여행 일정 계획 시스템인 CYTRIP을 제안한다. CYTRIP은 웹 기반의 추천 시스템으로써, 여행 정보를 공유할 수 있는 공간을 제공하고, 이를 통해 참여자들의 집단 지성에 따른 관심 지점을 추천 받는다. 그리고 PDDL3를 통해 추천된 지점들의 시간적, 공간적 제약조건 따라 여행 일정이 자동으로 생성되며 이렇게 생성된 일정은 지도 위에 표시되어 사용자에게 제공된다. 여행을 계획할 때에 정해진 기간 동안 모든 추천 관심지점을 방문할 수 없는 경우가 발생한다. 이러한 문제를 피하기 위해 정해진 시간에 방문 가능한 관심 지점들의 후보 집합을 선택하고 이 후보 집합들에 대한 여행 일정을 생성한다. 제안하는 시스템의 성능평가를 위해 사용자 평가를 실시하였다. 사용자 평가를 위해 한국관광공사에서 제공하는 데이터를 활용하였고 평가 결과 제안하는 시스템이 여러 참여자들의 집단 지성을 통해 여행 일정을 계획하는데 유용하다는 것을 알 수 있었다.

루씬을 이용한 빅데이터 인덱싱 및 검색시스템의 설계 및 구현 (A Design and Development of Big Data Indexing and Search System using Lucene)

  • 김동민;최진우;우종우
    • 인터넷정보학회논문지
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    • 제15권6호
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    • pp.107-115
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    • 2014
  • 최근 소셜 미디어 사용의 증가, 산업간 융합의 확대, 다양한 스마트 기기의 보급을 통한 인터넷의 이용이 증가하면서 수많은 데이터를 발생시키고 있다. 이들 데이터들은 크기가 매우 크고, 형식이 다양하며, 순환속도가 매우 빨라 기존의 데이터 처리기술만으로는 관리와 분석이 어려운 실정이다. 즉, 수십 테라에 이르는 데이터의 폭증 및 데이터의 다양화에 따라 빠르게 분석하는 기술이 미흡하며, 이러한 문제점들을 해결하기 위한 새로운 기술적 방안이 절실히 요구되고 있다. 이러한 빅데이터의 처리기술에 대한 많은 연구가 최근 활성화 되고 있으며, 본 연구에서는 이러한 관점에서 빅데이터 플랫폼의 효과적인 인덱싱 엔진의 설계 및 구현에 관하여 기술한다. 즉, 기존의 데이터 처리기술의 범위를 초과하는 대규모의 데이터 집합을 효율적으로 관리하고, 인덱싱을 통한 검색속도의 향상으로 데이터 분석 시 소요되는 시간 단축을 연구목표로 한다. 본 연구의 실험을 위해서는 대규모 SNMP(Simple Network Management Prtocool) 로그 데이터를 사용하였으며, 효율적 데이터의 인덱싱을 통한 빠른 검색으로 데이터 분석시의 시간을 최대한 단축하고자 하였다. 또한 분석된 데이터의 표현의 가시화를 통하여 사용자의 데이터 분석에도 도움이 될 것으로 기대한다.

다차원기반 고정밀 공간영상정보 시스템 구축에 관한 연구 (Developing A Multi-dimensional Spatio-visual Information System)

  • 김미연;여욱현;최진원
    • 한국측량학회지
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    • 제27권6호
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    • pp.649-658
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    • 2009
  • 최근 지능형 미래의 도시공간구축을 위해 유비쿼터스 개념을 적용한 u-City, u-Ecocity 등의 새로운 도시계획의 패러다임의 등장은 도시영역에 대한 고품질의 3차원 공간정보를 필요로 하고 있다. 최신 GIS응용 기술을 기반으로 하여 3차원으로 모델링된 도시 규모의 방대한 영역에 대한 다양한 형식의 공간정보를 통합하여 가시화 및 공간정보 검색 및 분석, 평가를 위한 솔루션을 포함하는 다차원 공간영상정보 시스템을 구축하고자 하는 것이 목적이다. 기존의 3차원 도시모델링의 한계를 극복하기 위한 방안으로 항공 라이다(LiDAR) 데이터를 이용하여 실사용자들의 요구사항을 충분히 반영할 수 있도록 시스템의 활용도를 높여 도시 시설물의 고품질, 고해상도의 현실감있는 3차원 가상 도시환경 구축을 목표로 공간정보의 통합, 가시화, 활용기능 생성을 연구의 범위로 한다. 속성 및 기호로 구성된 표준형식의 공간정보에 위성영상 및 항공사진을 매쉬업하여 실제 세계와 최대한 흡사한 가상의 도시환경을 재현하여 조망 및 일조권 분석은 물론 도시의 각종 행정업무 및 의사결정을 지원할 수 있는 분석기능과 활용기능을 제공할 수 있도록 구축한다.

국가정책연구포털(NKIS) 현황 및 사례 분석을 통한 운영 개선 방안 도출에 관한 연구 (A Study on the Derivation of Plans for Operational Improvement Based on the Analysis of the Current Status and Cases of the National Policy Research Portal (NKIS))

  • 노영희;장인호;강지혜;곽우정
    • 한국도서관정보학회지
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    • 제53권1호
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    • pp.55-79
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    • 2022
  • 본 연구에서는 현재 국가정책연구포털(NKIS)의 운영 현황을 분석하여 개선이 필요한 부분과 유사기관의 포털 현황 분석을 진행하였다. 이를 통해 NKIS의 활용성을 강화하고 정부출연연구기관들의 설립목적 달성을 위한 효율적 지원·육성 기능을 실현하고자 함을 목적으로, 4차 산업혁명에 따라 발전하는 정보서비스 기술을 NKIS에 적용하여 소관정부출연연구기관의 연구성과물 검색 및 활용기능에 대한 개선 방안을 제안하였다. 첫째, 회원 확보를 위해 정책정보에 수요가 있는 대상을 찾아 홍보를 진행할 필요가 있으며, 국민 친화적 정책 보고서 작성 및 인포그래픽, 쉬운 방식의 정보 전달 등 정책정보에 대한 수요를 늘릴 필요가 있다. 둘째, 방문 직업의 비율을 고려하여 주 이용자층의 관심사인 사회문제와 교육주제의 보고서 및 정책자료를 강화하는 방식으로 맞춤형 서비스를 제공할 필요가 있다. 셋째, 영상자료 서비스의 다양화 및 확대를 위해서 소관 기관에서 보유하고 있는 영상자료의 업로드 독려 및 규정을 설정하는 등 대안 마련이 필요하다. 넷째, 홍보 서비스 전반의 개선이 필요할 것이다. 홍보 서비스 개선을 위해서는 최신내용을 탑재한 NKIS 홍보 웹툰 연재를 진행하거나 최신성 유지의 어려움이 있을 경우에는 현행으로 유지되는 웹툰 홍보를 폐지할 필요가 있다. 뿐만 아니라 NKIS에서 진행하는 공모전의 운영 개선 방안 도출과 공모전 이후 공모전 결과물을 기반으로 한 2차 홍보에 대한 논의 등도 필요하다.