• 제목/요약/키워드: TRN

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Phylogenetic Analysis of Pines Based on Chloroplast trnT-trnL Intergenic Spacer DNA Sequences

  • Um, Yurry;Park, Won-Kyu;Jo, Nam-Su;Han, Sim-Hee;Lee, Yi
    • Journal of Forest and Environmental Science
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    • 제30권3호
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    • pp.307-313
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    • 2014
  • This study was conducted to distinguish the pines that are too similar to differentiate using conventional methods. Pinus densiflora and Pinus sylvestris have similar anatomical structure. They both have window-like pits and dentate ray tracheids, so it is not easy to distinguish the plants. We tried to find molecular markers by comparing chloroplast DNA sequences to differentiate the pines growing in Korea. We used P. densiflora, P. densiflora for. multicaulis, P. sylvestris, P. rigida, P. rigitaeda, P. koraiensis, and P. bungeana for this study. We found that the non-coding intergenic region of trnT(UGU) and trnL(UAA) genes have differences among the species. We designed a primer set to amplify the region efficiently and compared the PCR product sequences using CLC Workbench programs to find the polymorphism. We could distinguish the species using the sequences of the amplified region and the sequences were reproducible from the pines collected in Korea.

엽록체 DNA matK와 psbA-trnH 염기서열에 기초한 한국산 향나무절(향나무속) 식물의 분자계통학적 연구 (Molecular phylogenetic study of section Sabina (Genus Juniperus) in Korea based on chloroplast DNA matK and psbA-trnH sequences data)

  • 홍정기;양종철;오승환;이유미
    • 식물분류학회지
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    • 제44권1호
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    • pp.51-58
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    • 2014
  • 한국산 향나무절 식물에 대한 계통학적 유연관계를 규명하고, 더불어 향나무속 및 향나무절의 계통 및 유연관계를 잘 나타낼 수 있는 분자마커를 찾아내고자 분자계통학적 연구를 수행하였다. 엽록체 DNA matK와 psbA-trnH를 분자마커로 활용하였으며, 두 유전자의 조합분석결과 향나무절이 100%의 BP로 지지되는 분계조를 이루었다. 눈향나무+단천향나무 분계조와 향나무+섬향나무+뚝향나무 분계조는 각각 91%, 100%의 BP로 지지되었다. 따라서 한국산 향나무절은 (1) 눈향나무+단천향나무, (2) 향나무+섬향나무+뚝향나무 두 개의 분계조로 구분하는 것이 가장 적합할 것으로 생각되고, 본 연구에서 이용된 두 개의 분자마커 중 matK가 psbA-trnH 보다 향나무속 및 향나무절의 계통 및 유연관계를 규명하는데 다소 높은 해상력을 나타내었다.

엽록체 rps16-trnK 서열에 의한 한국 내 원추리속 식물종의 계통 관계 (Phylogenetic Relationships of the Genus Hemerocallis in Korea using rps16-trnK Sequences in Chloroplast DNA)

  • 허만규;권오성;이병룡
    • 생명과학회지
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    • 제23권7호
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    • pp.847-853
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    • 2013
  • 원추리속 식물은 초본류이며 이 속의 일부 종은 약용으로 중요하다. 이 속의 8개 분류군에 대해 엽록체의 rps16-trnK 부위로 계통관계를 평가하였다. 배당된 서열은 원추리(H. aurantiaca)에서 729 핵산 수로 가장 적었으며 왕원추리(H. fulva var. kwanso)에서 742 핵산 수로 가장 많았다. 그 차이는 염기 삽입에 기인하였다. 비록 일부 인델(indel)과 20개 염기의 삽입이 발견되었지만 서열 내 변이는 염기 치환이 많았다. rps16 - trnK에 의한 한국내 원추리속 분류군들은 높은 지지도로 잘 분리되었다. 애기원추리(H. minor)와 홍도원추리(H. littorea)는 높은 지지도로 같은 분지군을 형성하였으며 이 분지군은 노랑원원추리와 자매군을 형성하였다. 염색체의 수는 기존 보고된 RAPD의 결과와는 일치하지 않으나 본 연구와는 일치하였다.

rps16-trnK DNA 서열에 의한 딜(Anethum graveolens L.)의 유전적 다양성과 유전 관계 (Genetic Diversity and Phenetic Relationship of Dill (Anethum graveolens L.) by rps16-trnK DNA Sequences)

  • 성정숙;정종욱;이기안;강만정;이석영;허만규
    • 생명과학회지
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    • 제23권11호
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    • pp.1305-1310
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    • 2013
  • 딜(Anethum graveolens L.)은 세계적으로 중요한 초본으로 양념과 약용뿐만 아니라 소화제, 진정제, 마취제, 활력제로 오래 전부터 사용되어왔다. 딜은 지중해, 서아시아, 중국과 한국 등에서 분포한다. 20개국 100계통 간 rps16-trnK3 서열을 이용하여 유전적 다양성과 유연관계를 조사하였다. 배당된 서열은 747에서 779 염기쌍으로 삽입과 결실이 있었다. 비록 일부 삽입과 결실이 발견되었지만 서열 변이는 염기 치환에 기인하였다. 동아시아 계통이 중앙아시아와 유럽보다 북미에 근연하였다. 딜의 일부 계통은 지리적 분포와 계통도에서 위치가 일치하지 않았지만 rps16-trnK로 잘 분리되었다.

기압고도계 오차 보상을 고려한 INS/GNSS/TRN 통합항법 설계 (Design of INS/GNSS/TRN Integrated Navigation Considering Compensation of Barometer Error)

  • 이정신;성창기;박병수;이형섭
    • 한국군사과학기술학회지
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    • 제22권2호
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    • pp.197-206
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    • 2019
  • Safe aircraft requires highly reliable navigation information. The traditionally used inertial navigation system (INS) often displays faulty location information due to its innate errors. To overcome this, the INS/GNSS or INS/TRN integrated navigation can be used. However, GNSS is vulnerable to jamming and spoofing, while TRN can be degraded in the flat and repetitive terrains. In this paper, to improve the performance and ensure the high reliability of the navigation system, the INS/GNSS/TRN integrated navigation based on federated filter is designed. Master filter of the integrated navigation uses the estimates and covariances of two local filters - INS/GNSS and INS/TRN integrated filters. The local filters are designed with the EKF that is feedforward type and composed of the 17st state variables. And the INS/GNSS integrated navigation includes the barometer error compensation method. Finally, the proposed INS/GNSS/TRN integrated navigation is verified by vehicle and captive flight tests.

로젯사철란(Goodyera rosulacea: Orchidaceae)의 분류학적 위치: ITS와 trnL 염기서열에 의한 분자적 증거 (Taxonomic status of Goodyera rosulacea (Orchidaceae): molecular evidence based on ITS and trnL sequences)

  • 이창숙;엄상미;이남숙
    • 식물분류학회지
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    • 제36권3호
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    • pp.189-207
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    • 2006
  • 로젯사철란(G. rosulacea Y. Lee)은 애기사철란과 유사하나 로젯트형의 잎, 짧은 땅속줄기와 서식지 등의 특징에 의해 한국산 사철란속(Goodyera R. Br.) 내의 신종으로 기재된 바 있다. 로젯사철란의 분류군의 실체와 근연종간의 유연관계를 파악하기 위하여 군외군을 포함한 24개의 사철난속 식물을 대상으로 핵 리보좀(ribosomal)의 DNA internal transcribed spacer와 엽록체 DNA의 trnL 구간의 염기서열을 분석하였다. 분류군의 실체와 근연종간의 유연관계는 정렬된 염기서열을 바탕으로 최대절약분석(Maximum parsimony analysis)와 근연결합법(Neibour Joining method)에 의한 계통수 및 고유 표지유전자 여부로 추정하였다. 분석 결과 로젯사철란은 다수의 고유한 표지유전자를 가지며, ITS와 trnL 계통수에서 모두 단계통군을 형성하였다. 로젯사철란과 한국산 사철란속 내 각 분류군간의 유전적 거리(pairwise distance)는 ITS에서 3.49-6.68, trnL에서 5.05-9.53으로서 독립된 종으로 간주하기에 무리가 없었다. 따라서 분자적 결과는 로젯사철란을 사철란속내 독립된 종으로 처리하는 것을 지지하였다. 계통수에서 로젯사철란은 형태적으로 유사한 애기사철란(G. repens)과 동일한 분계조를 형성하였고, 유전적 거리도 조사한 분류군들 중 가장 낮은 값을 나타냈으므로 가장 가까운 근연분류군임을 나타내었다.

정보이론기반 지형 험준도 및 정보이득을 이용한 지형대조항법 성능 향상 기법 (Performance Enhancing Technique for Terrain Referenced Navigation Systems using Terrain Roughness and Information Gain Based on Information Theory)

  • 남성호
    • 한국군사과학기술학회지
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    • 제20권3호
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    • pp.307-314
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    • 2017
  • Terrain referenced navigation(TRN) system is an attractive method for obtaining position based on terrain measurements and a terrain map. We focus on TRN systems based on the point mass filter(PMF) which is one of the recursive Bayesian method. In this paper, we propose two kinds of performance index for Bayesian filter. The proposed indices are based on entropy and mutual information from information theory. The first index measures roughness of terrain based on entropy of likelihood. The second index named by information gain, which is the mutual information between priori and posteriori distribution, is a quantity of information gained by updating measurement at each step. The proposed two indices are used to determine whether the solution from TRN is adequate for TRN/INS integration or not, and this scheme gives the performance improvement. Simulation result shows that the proposed indices are meaningful and the proposed algorithm performs better than normal TRN algorithm.

Preliminary search of intraspecific chloroplast DNA variation of nine evergreen broad leaved plants in East Asia

  • Lee, Jung-Hyun;Lee, Byoung-Yoon;Choi, Byoung-Hee
    • 식물분류학회지
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    • 제41권3호
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    • pp.194-201
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    • 2011
  • In order to acquire information on chloroplast DNA markers to evaluate the genetic diversity of evergreen broad leaved plants, we investigated the intraspecific variation of cpDNA in eight non-coding regions of nine species commonly distributed in East Asia. Although no variations were detected in psbA-trnH, rpoB-trnC, rpl16 and atpB-rbcL regions, a relatively large amount of intraspecific variations was detected in the psbC-trnS, rps16 and trnL-F regions. These results suggested that these three cpDNA markers are suitable to assess genetic diversity of the species investigated in this study. In contrast, intraspecific variations were detected in seven taxa except Hedera rhombea and Neolitsea aciculata. Neolitsea sericea and the taxa of Quercus had many polymorphic sites.

Chloroplast DNA Spacers로 분석한 국내 Rubus 재배종의 계통학적 유연관계 (Phylogenic Relationship of Rubus Cultivated in Korea Revealed by Chloroplast DNA Spacers)

  • 유기석;박명렬;백소현;윤성중
    • 한국약용작물학회지
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    • 제18권4호
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    • pp.266-272
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    • 2010
  • There is a considerable difference in morphological traits between Bokbunja cultivated in Korea (KCB) and Korea native Rubus coreanus, contrary to the conviction that the cultivated Bokbunja is the domestication of R. coreanus. To infer the phylogenetic relationship of KCB with other Rubus species, we compared the chloroplast DNA spacers of KCB with those of several Rubus species including black raspberry, R. occidentalis. The three chloroplast DNA spacers, atpB~rbcL, trnL~trnF, and trnT~trnL, were amplified using the specific primer pairs and converted to Single Strand Conformational Polymorphism (SSCP) markers. The SSCP makers of the chloroplast DNA spacers showed a considerable variation both within and among Rubus species. In the phylogenetic tree generated by the SSCP markers, KCB accessions were located in the same clade with R. occidentalis, but R. coreanus accessions in the different clade. Also, in the phylogenetic tree by the nucleotide sequences of the chloroplast DNA spacer trnL~trnF, KCB located in the same clade with R. occidentalis but not with R. coreanus. These results suggest that the three KCB accessions share higher similarity with R. occidentalis than with R. coreanus in the three chloroplast DNA spacers.