• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제40권4호
• /
• pp.389-395
• /
• 2012

배양 비의존적 미생물 군집분석법의 하나로 활발하게 이용되고 있는 T-RFLP (terminal restriction fragment length polymorphism) 분석과 실험동물을 이용한 생균제의 장관 정착 평가를 시도해 보았다. 장관 정착 평가를 위한 생균제는 cinnamoyl esterase 활성 보유 유산균을 발효 침채류로부터 분리하였고, 16S ribosomal RNA 유전자 염기서열 분석을 통해 동정하였다. 분리 균주 중, cinnamoyl esterase에 의한 chlorogenic acid 분해활성이 높고, 내산성 및 담즙산 내성의 평가 결과가 우수한 Lactobacillus plantarum KK3 균주를 생균제로 선정하였다. 배양 후, 냉동건조하여 제조한 생균제를 생쥐에게 투여한 다음, T-RFLP 분석을 이용하여 생쥐 분변의 미생물상을 모니터링하였다. 생균제 투여에 따라 검출되기 시작한 L. plantarum의 T-RF가 투여 중지 후 24일까지 지속됨을 확인하여 T-RFLP 분석법이 생균제로 사용한 L. plantarum의 장관 정착 평가에 유용한 것으로 나타났다. 생균제 투여 전 생쥐의 분변에서 검출되지 않았던 cinnamoyl esterase 활성 보유 L. plantarum이 투여 중지 후 24일차 분변에서 배양법으로 검출되어 L. plantarum KK3 균주의 생쥐 장관 정착이 확인되었다.

• 한국대기환경학회:학술대회논문집
• /
• 한국대기환경학회 2008년도 추계학술대회 논문집
• /
• pp.274-274
• /
• 2008

• 과학수사학회지
• /
• 제11권4호
• /
• pp.276-282
• /
• 2017

사건현장에서 얻어질 수 있는 증거물로써 현대 분자수준의 수사기법에 힘입어 많은 미세증거물들의 가치가 확인되고 있다. 이러한 미세증거물에는 DNA처럼 개인 식별에 유용한 물질들도 포함되어 있지만, 실제 현장에서 개별적인 특성을 나타내는 증거물만을 수집하는 것은 쉽지 않기 때문에 아직 응용되지 못하거나 발굴되지 않은 증거물 후보군에 대해 연구가 지속되어야 할 필요가 있다. 본 연구에서는 16명의 사람으로부터 손에서 서식하는 세균 군집을 채취하였으며 미생물군집분석방법 중 하나인 제한효소 절편길이 다형성(T-RFLP) 기법을 개인 식별에 활용할 수 있는지의 여부를 조사하였다. 그 결과, 16개의 서로 다른 electropherogram을 얻을 수 있었고, Staphylococcus속과 Bacillus 속을 포함하여 개인마다 종류와 조성의 차이를 보이는 다양한 세균 분류군들이 손바닥에 서식하고 있음을 확인하였으며, 이를 개인을 둘러싼 환경조건과 성별 등의 요인들을 연관하여 해석하고자 하였다.

• 미생물학회지
• /
• 제45권1호
• /
• pp.17-25
• /
• 2009

농법에 따른 토양의 토양 성분과, 메탄생성량, 메탄생성 세균의 수, 그리고 terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) 패턴을 계절별로 조사하였다. 조사기간 동안의 대부분 토양 성분은 큰 차이를 나타내지 않았고, 토양내 물 함량은 5월 시료 보다 10월 시료가 높게 나타났다. 그리고 most probable number (MPN) 방법을 이용한 메탄생성 세균 계수에서, 모든 논토양에 메탄생성 세균이 비교적 많이 존재하였으나 수소를 이용하는 메탄생성 세균과 포름산을 이용하는 메탄생성 세균에 비해 아세트산을 이용하는 메탄 세균수가 상대적으로 적은 것을 확인하였다. 또 포름산 이용 실험에서 대부분 토양이 1주부터 빠른 포름산 이용능을 보여, 4주에는 미량만이 검출되었으나, 아세트산을 첨가한 실험에서는 3주까지 아세트산이 증가된 후, 그 이후에야 아세트산이 이용되어 감소됨을 확인하였다. 그리고 수소를 첨가해준 모든 시료에서는 많은 양의 메탄생성이 있음을 확인하였다. 또 Sou96I을 처리한 mcrA 유전자의 T-RFLP 패턴을 분석한 결과, 농법에 따라 토양성분이 크게 차이가 없는 것과 같이 농법과 계절에 의해서도 뚜렷한 차이를 나타내지 않았지만 일부 통계분석 자료는 유의성이 있음을 확인하였다. 따라서 토양 미생물의 군집비교 기법을 미생물학적 지표로 활용할 수 있다고 판단된다.

• 환경생물
• /
• 제22권
• /
• pp.38-46
• /
• 2004

다환 방향족 탄화수소(PAHs)에 의한 오염이 미생물군집구조에 미치는 영향을 파악하기 위하여 연안에 가까운 광양만 퇴적토를 대상으로 하여 2000년 3월과 8월 2회에 걸쳐 PAHs 오염도와 말단제한절편 다형성 (T-RFLP)분석방법을 이용하여 미생물 군집구조를 조사하였다. T-RFLP방법으로 조사한 미생물 군집은 계절에 따라 군집이 구분되었으며 월내천입구에 위치한 정점 1에서 3월에 다른 정점과 다른 독특한 군집구조를 형성하였다. 또한 상대적으로 PAHs 오염도가 높은 정점들에서 미생물 다양성도 높은 것으로 나타났다. PAHs 농후배양시료에서의 미생물군집구조 변화와 비교해 볼 때 조사대상지역 퇴적토의 미생물 군집구조는 PAHs의 오염에 부분적으로는 영향을 받지만 군집구조를 결정하는 주된 요인은 온도, 입도, 유기물 함량 등과 같은 환경요인인 것으로 사료된다.

• 미생물학회지
• /
• 제51권1호
• /
• pp.21-30
• /
• 2015

본 연구는 논과 밭 토양의 황산염 환원세균의 군집구조와 T-RFLP 패턴을 조사한 논문으로, 유기 농법 토양과 관행 농법 토양 그리고 밭 토양 총 3종류의 토양을 8월과 11월에 채집하여 실험하였다. 토양 성분 분석 결과 총 질소, 총 탄소, 총 인의 값은 모든 토양이 비슷하게 나타났고 계절별로는 수분의 함량은 8월에, 총 탄소는 11월에 가장 높게 나타났다. 황산염 환원세균은 초산보다 젖산을 기질로 이용하는 황산염 환원세균이 더 많이 분포하고, 유기 농법 토양에 황산염 환원세균이 가장 많이 분포하는 것으로 나타났다. 각 토양에서 얻은 총 181개 클론으로 계통학적 분석을 한 결과, 대부분의 클론들은 배양 가능한 황산염 환원세균과는 매우 낮은 상동성을 보였으나, 자연계에서 확인되는 클론들과는 90% 이상의 높은 상동성을 나타내었다. T-RFLP 분석 결과 91, 357, 395, 474 bp의 분포가 가장 높았고, 계절에 따라 황산염 환원세균의 군집 구조가 달라지는 것을 확인하였다.

• Animal cells and systems
• /
• 제7권2호
• /
• pp.145-149
• /
• 2003

Adult periodontitis is a chronic inflammatory disease whose etiology is not well defined. Recent studies have shown that vitamin D receptor gene has been a candidate for the susceptibility of adult periodontitis. The purpose of this study is to investigate the frequency of Taq I restriction fragment length polymorphism (RFLP) in the vitamin D receptor gene in nan periodontically healthy controls and 28 adult periodontitis patients. Taq I RFLP in the vitamin D receptor gene was detected by PCR amplification, followed by restriction enzyme digestion and 2％ agarose gel electrophoresis. There was no significant difference in the distribution of Taq I RFLP between healthy controls and adult periodontitis group (P > 0.05). Thus, Taq I RFLP in the vitamin D receptor gene may not confer the susceptibility to adult periodontitis in Korean population. However, t allele distributions of this RFLP showed various frequencies among ethnic groups studied. Further studies in other ethnic groups will be required.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제20권6호
• /
• pp.817-820
• /
• 2007

The effects of diacylglycerol O-acyltransferase (DGAT1) candidate gene polymorphism on the economic traits of Hanwoo were studied. Through sequencing analysis, two polymorphism sites at K232A and T11993C were established and were analyzed by PCR-RFLP. The PCR-RFLP analysis for K232A showed that the frequencies of alleles K and A were 0.75 and 0.25, respectively, and the frequencies of genotypes for K/K, K/A and A/A were estimated as 0.509, 0.491 and 0, respectively. In the PCR-RFLP analysis for T11993C, we found allele frequencies of 0.773 and 0.227 for T and A, respectively, and 0.546, 0.454 and 0 for the T/T, T/C and C/C genotype frequencies, respectively. No significant effects on economic traits in Hanwoo were found in the separate analysis of K232A and T11993C polymorphisms, but the interaction between K232A and T11993C showed a significant effect (p<0.005) on marbling score. The DGAT1 candidate gene was found to have a significant effect not only on milk yield and component traits but also on the metabolism of intramuscular fat.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제22권4호
• /
• pp.563-566
• /
• 2012

To investigate the possibility of horizontal gene transfer between agricultural microorganisms and soil microorganisms in the environment, Bacillus subtilis KB producing iturin and the PGPR recombinant strain Pseudomonas fluorescens MX1 were used as model microorganisms. The soil samples of cucumber or tomato plants cultivated in pots and the greenhouse for a six month period were investigated by PCR, real-time PCR, Southern hybridization, and terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) fingerprinting. Our data from Southern blotting and T-RFLP patterns suggest that the model bacteria do not give significant impacts on the other bacteria in the pots and greenhouse during cultivation.

• Animal cells and systems
• /
• 제7권3호
• /
• pp.249-253
• /
• 2003

Abnormalities in fibrinolysis system is associated with risk of hypertension. In this report, the Alu repeat insertion/deletion (I/D) polymorphism of tissue plasminogen activator (t-PA) and the Hind III RFLP of plasminogen activator inhibitor-1 (PAI-1) genes were investigated in 115 normotensives and 83 patients with hypertension, and their association with anthropometrical data and plasma biochemical parameters were analyzed. There were no significant differences in the gene frequencies of the two candidate genes between normotensives and hypertensives, respectively. Our results indicate lack of associations between the two polymorph isms in t-PA and PAI-1 genes and risk of hypertension in the population under study. However, the Hind III RFLP of PAI-1 gene was significantly associated with plasma glucose level, suggesting its role in glucose metabolism. It needs to be tested whether this RFLP of PAI-1 gene is associated with insulin resistance syndrome or non-insulin dependent diabetes mellitus (NIDDM) in the Korean population.