• 제목/요약/키워드: Subgroup IB

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표주박(Lagenaria leucantha var. gourda)에서 분리한 서브그룹 IB계통의 Cucumber mosaic virus (A Subgroup IB Isolate of Cucumber mosaic virus Isolated from Lagenaria leucantha var. gourda)

  • 오선미;홍진성;류기현;이긍표;최장경
    • 식물병연구
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    • 제15권3호
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    • pp.254-258
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    • 2009
  • 전형적인 모자이크 증상의 표주박(Lagenaria leucantha var. gourda)으로부터 CMV를 분리하고 Lag-CMV로 명명하였다. 표주박에서 분리한 Lag-CMV는 N. benthamiana에서 전신감염되어 전형적인 모자이크 증상을 나타내 대조로 공시한 CMV들과 유사하였다. 그러나 N. tabacum. cv. Xanthi nc에서 접종엽에 퇴록반점이 형성되는 점이 As-CMV와 유사하였으며, 접종엽에 무병징을 나타낸 Fny-CMV와 구분되었다. 또한 Fny-CMV에 감염된 오이와 쥬키니 호박은 매우 심한 모자이크 증상을 나타낸 반면, Lag-CMV와 As-CMV에 감염된 식물은 비교적 엷은 모자이크 병징이 발현되었다. 고추에서는 Fny-CMV와 As-CMV가 접종상엽에 모자이크 증상이 발현되으나, Lag-CMV는 무병징으로 감염되었다. Lag-CMV에 감염된 N. benthamiana로부터 추출한 dsRNA의 전기영동 패턴은 대조의 Fny-CMV나 As-CMV의 dsRNA와 종류 및 분자 크기에서 차이를 나타내지 않았다. Lag-CMV에 감염된 N. benthamiana로부터 추출한 total RNA를 외피단백질 유전자와 IR 및 3' 비번역영역 일부를 포함하는 약 950 bp의 cDNA합성을 위한 프라이머를 이용하여 RT-PCR을 실시한 결과 약 950 bp의 cDNA가 검출되었다. 이 cDNA를 제한효소 EcoRI, HindIII, MspI, SalI 및 XhoI으로 처리한 후 RFLP분석을 실시한 결과, Lag-CMV의 RFLP패턴은 As-CMV와 일치하였다. 한편 이 cDNA를 이용하여 염기서열을 분석한 결과, 염기서열의 유사도는 As-CMV와 99.1%, Fny-CMV와는 94.5%였으며, 외피단백질의 아미노산서열 유사도는 As-CMV는 100%, Fny-CMV와 97.3%를 나타냈다. 이와 같은 결과들로부터 표주박에서 분리한 Lag-CMV는 As-CMV와 같은 서브그룹 IB에 속하는 것으로 확인되었다.

Characteristics of Cucumber mosaic virus isolated from Zea mays in Korea

  • Kim, Mi-Kyeong;Kwak, Hae-Ryun;Lee, Su-Heon;Kim, Jeong-Soo;Kim, Kook-Hyung;Cha, Byeong-Jin;Choi, Hong-Soo
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제27권4호
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    • pp.372-377
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    • 2011
  • A virus causing mottle and stunt symptom on Zea mays was observed around Ulleng-do, Korea and identified as Cucumber mosaic virus (CMV-ZM) based upon biological, serological, and molecular characteristics. In host range studies, the CMV-ZM isolate produced local lesions on Datura stramonium, Vigna unguiculata, Cucurbita moschata, Chenopodium amaranticolor, Ch. quinoa, whereas this isolate produced systemic mosaic on Nicotiana tabacum cv. 'Xanthi-nc', Capsicum annuum, Solanum lycopersicum, Solanum melongena, Cucurbita pepo, and Z. mays. In addition, chlorotic local rings on inoculated leaves along with severe mosaic, malformation, and fern leaf symptoms on upper systemic leaves were shown in N. glutinosa plants. Complete nucleotide sequences of each genomic RNA segment was determined and compared to those of the other CMV strains. Comparison of the nucleotide sequence of 1a open reading frame (ORF) revealed approximately 89.2-92.4% sequence identity with each CMV subgroup IA and IB strain, while showing only 78% sequence identity with CMV subgroup II. Nucleotide sequence analysis of RNA2 ORFs revealed 85.3-97.6% sequence identity with subgroup I. In ORFs of RNA3, levels of nucleotide sequence identities were higher than 92-99.2% with CMV subgroup I and lower than 82% with CMV isolates of subgroup II. These results suggest that CMV-ZM isolate is more closely related to subgroup I than subgroup II and therefore, CMV-ZM isolate might be classified into as CMV subgroup I based on biological and molecular analysis.

국내 토끼풀에서 분리한 Cucumber mosaic virus의 특성 (Characterization of Cucumber mosaic virus Isolated from Trifolium repens in Korea)

  • 박태선;최국선;홍진성
    • 식물병연구
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    • 제22권1호
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    • pp.55-58
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    • 2016
  • 고추포장 주변의 모자이크 및 기형의 병징을 보이는 토끼풀에서 CMV를 분리하여 CMV-Tr1으로 명명하였다. 토끼풀로부터 RT-PCR, PCR-restriction fragment length polymorphism 및 외피단백질 유전자의 염기서열 분석을 통해 CMV를 동정하였다. 기주식물 반응결과 N. benthamiana를 포함한 5종의 담배와 오이, 꽈리 및 토마토의 상엽에서 모자이크 병징을 나타내었고, 명아주와 동부에서는 접종엽에 국부괴사 병반을 나타냈다. CMV-Tr1의 외피단백질을 CMV-As와 비교한 결과 99.5%의 상동성을 보였으며, 계통분석 결과 CMV subgroup IB에 속하는 CMV의 한 계통으로 확인되었다.

Molecular and Biological Characterization of an Isolate of Cucumber mosaic virus from Glycine soja by Generating its Infectious Full-genome cDNA Clones

  • Phan, Mi Sa Vo;Seo, Jang-Kyun;Choi, Hong-Soo;Lee, Su-Heon;Kim, Kook-Hyung
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제30권2호
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    • pp.159-167
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    • 2014
  • Molecular and biological characteristics of an isolate of Cucumber mosaic virus (CMV) from Glycine soja (wild soybean), named as CMV-209, was examined in this study. Comparison of nucleotide sequences and phylogenetic analyses of CMV-209 with the other CMV strains revealed that CMV-209 belonged to CMV subgroup I. However, CMV-209 showed some genetic distance from the CMV strains assigned to subgroup IA or subgroup IB. Infectious full-genome cDNA clones of CMV-209 were generated under the control of the Cauliflower mosaic virus 35S promoter. Infectivity of the CMV-209 clones was evaluated in Nicotiana benthamiana and various legume species. Our assays revealed that CMV-209 could systemically infect Glycine soja (wild soybean) and Pisum sativum (pea) as well as N. benthamiana, but not the other legume species.

과꽃에서 분리한 Cucumber mosaic virus의 성질 (Characterization of an Isolate of Cucumber mosaic virus Isolated from Chinese aster (Callistephus chinensis))

  • 오선미;김성률;홍진성;류기현;이긍표;최장경
    • 식물병연구
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    • 제14권3호
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    • pp.229-232
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    • 2008
  • 모자이크 증상의 과꽃(Callistephus chinensis L.)으로부터 Cucumber mosaic virus (CMV)의 한 계통(Cas-CMV)를 분리하고, Fny-CMV와 As-CMV를 대조로 기주반응, dsRNA, RT-PCR 및 RFLP분석을 통하여 바이러스를 동정하였다. Cas-CMV의 특징적인 기주반응의 차이는 박과 식물에서 발현되는 강한 병정이었으며, 특히 쥬키니호박에 접종하였을 때에는 접종 15-20일 후에 심한 모자이크 증상과 함께 어린 식물이 고사되는 괴저현상을 나타냈다. DsRNA분석과 RT-PCR실험의 결과는 Cas-CMV가 서브그룹 I의 CMV에 속하는 것으로 나타났으며, 더욱이 HindIII를 이용한 RFLP 분석은 Cas-CMV가 서브그룹 IA 구분되었다.

Adjuvant Chemotherapy with or without Concurrent Radiotherapy for Patients with Stage IB Gastric Cancer: a Subgroup Analysis of the Adjuvant Chemoradiotherapy in Stomach Tumors (ARTIST) Phase III Trial

  • Kim, Youjin;Kim, Kyoung-Mee;Choi, Min Gew;Lee, Jun Ho;Sohn, Tae Sung;Bae, Jae Moon;Kim, Sung;Lee, Su Jin;Kim, Seung Tae;Lee, Jeeyun;Park, Joon Oh;Park, Young Suk;Lim, Ho Yeong;Kang, Won Ki;Park, Se Hoon
    • Journal of Gastric Cancer
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    • 제18권4호
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    • pp.348-355
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    • 2018
  • Purpose: We aimed to discuss the roles of radiation and chemotherapy as adjuvant treatment in patients with staged IB GC who were enrolled in the adjuvant chemoradiotherapy in stomach tumors (ARTIST) trial. Materials and Methods: Among the 458 patients who were enrolled in the ARTIST trial, 99 had stage IB disease. The patients were randomly assigned to receive either adjuvant chemoradiotherapy with capecitabine plus cisplatin (XP, n=50) or chemoradiotherapy (XPRT, n=49). Survival analyses were performed in accordance with the AJCC 2010 staging system. Results: According to the AJCC 2010 system, stage migration from IB to II occurred in 71% of the patients; 98% of the T2 N0 cases were reclassified as T3 N0, and 42% of the T1 N1 cases were reclassified as T1 N2. When comparing survival outcomes between the XPRT and XP arms for stage IB cancer (AJCC 2002), no significant difference in 5-year disease-free survival (DFS) between the 2 arms was found. (median 5-year DFS, not reached, P=0.256). The patients classified as having stage IB cancer (AJCC 2002) and reclassified as having stage II cancer (AJCC 2010) exhibited worse prognoses than those who remained in stage IB, although the difference was not statistically significant (5-year DFS rate, 83% vs. 93%). When we compared 5-year DFS in 70 patients with stage II (AJCC 2010), the addition of radiotherapy to XP chemotherapy did not show better outcome than XP alone (P=0.137). Conclusions: The role of adjuvant chemoradiotherapy in the treatment of stage IB GC (AJCC 2002) warrants further investigation.

한반도 지열수의 지화학적 연구: 환경동위원소 및 수문화학적 특성 I. 부곡 지역 (Geochemistry of Geothermal Waters in Korea: Environmental Isotope and Hydrochemical Characteristics I. Bugok Area)

  • 윤성택;고용권;김천수;소칠섭
    • 자원환경지질
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    • 제31권3호
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    • pp.185-199
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    • 1998
  • 1995~1996년중 부곡 지열수 지역에서 채수한 유형별 자연수를 대상으로 수문지구화학 및 환경동위원소 연구를 수행하였다. 연구 지역에는 물리화학적으로 뚜렷히 구분되는 세 유형의 자연수, 즉 (1) 군접 I (지열수 지역의 중심부에서 산출되고 최대 $77^{\circ}C$의 용출 온도를 갖는 $Na-SO_4$ 유형), (2) 군집 II(외곽부에서 산출되며 다소 낮은 온도를 갖는 $Na-HCO_{3}-SO_{4}$ 유형) 및 (3) 군집 III(지표수나 천층 냉각 지하수로서 $Ca-HCO_3$ 유형)이 함께 산출된다. 군집 I은 Ia 및 Ib로 세분된다. 수문지구화학적 진화는 수 암 반응의 증가에 따라 군집 III$\rightarrow$II$\rightarrow$I의 순으로 진행되었다. 군집 II 및 III의 자연수는 비교적 낮은 수-암 반응, 특히 방해석 및 Na-사장석의 용해 반응에 의해 형성되었지만, 군집 I은 사장석, K 장석, 백운모, 녹려석, 황철석 등과의 높은 수-암 반응에 의해 형성되었다. 용존 황산염의 농도 및 황동위원소 조성은 지열수의 기원 및 전화를 해석하는데 중요한 정보가 된다. 용존 황산염은 퇴적 기원 황철석의 산화에 의해 생성되거나 (군집 Ib의 경우), 또는 열수의 상승 통로인 단열대에 존재하는 마그마 열수기원 황철석의 용해에 의해 생성되었다 (군집 Ia의 경우). 지열 저장지의 온도 규명을 위한 알칼리 이온 지옹계의 적용성은 화학조성을 변화시키는 요인들, 특히 마그네슘이 풍부한 지표수와의 혼합에 의해 제한된다. 그러나 다성분 광물/물 평형계에 대한 열역학적 계산 및 유체포유물 설험 결과, 심부 지열 저장지 (냉각중인 화성암체?)의 온도는 $125^{\circ}C$에 이르는 것으로 판단된다. 환경동위원소 (산소-수소, 삼중수소) 연구에 의하면, 자연수는 모두 상이한 충진 특성을 갖는 강우로부터 기원하였다. 특히 군집 Ia의 물은 심부 지열 저장지까지 심부 순환한 오래된 (40년 이상) 강우로부터 기원하였으며 지표부 물과의 혼합 정도도 낮다. 본 논문에서는 황산염이 풍부한 국내 지열수의 성인 및 진화에 관한 모델을 제시한다.

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Isolation and Characterization of Single-Chain Fv Against Ductal Cells

  • Lee Myung-Hoon;Ryu Hye-Myung;Kim Sun-Zoo;Park Ji-Young;Uhm Ji-Hyun;Park Tae-In
    • 대한의생명과학회지
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    • 제10권3호
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    • pp.211-217
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    • 2004
  • For discrimination of ductal and ascinar cells, we isolated a single-chain variable domain fragment (scFv) antibody against ductal cells of salivary gland using phage display technique. From the spleen of a mouse immunized with ductal cell lysate, total RNA was prepared and used as a template for cDNA synthesis of antibody genes. The scFv genes were constructed with variable domain genes of heavy and light chain and were introduced into pCANTAB5E to construct phage scFv library. The phage particles specific for acinar cells were screened by subtraction using immunotubes coated with acinar and ductal cell lysate and enzyme-linked immunoabsorbance assay (ELISA). The characteristics of the scFv were determined by immunohistochemistry (IHC) and the result indicated that the isolated scFv has the specificity against ductal cells of salivary glands and tubules of kidney. And the scFv has an unique binding activity specific for Hashimoto's thyroiditis. The nucleotide sequence of isolated scFv gene was determined and revealed that V/sub H/ belongs to the mouse H-chain family subgroup IB and V/sub L/ to the mouse L-chain family subgroup III.

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Phylogenetic Analysis of New Isolates of Cucumber mosaic virus from Iran on the Basis of Different Genomic Regions

  • Nematollahi, Sevil;Sokhandan-Bashir, Nemat;Rakhshandehroo, Farshad;Zamanizadeh, Hamid Reza
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제28권4호
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    • pp.381-389
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    • 2012
  • Molecular characterization of Cucumber mosaic virus (CMV) was done by using samples from tomato and cucurbitaceous plants collected from different locations in the northwest region of Iran. After screening by enzyme-linked immunosorbent assay, 91 CMV-infected samples were identified. Biological properties of eight representative isolates were compared with each other revealing two distinct phenotypes on squash and tomato plants. Phylogenetic analyses based on nucleotide sequences of the coat protein (CP), movement protein (MP) and 2b of the new isolates, together with that of previously reported isolates, led to the placement of the Iranian isolates in subgroups IA and IB according to CP and MP genes, but in subgroup IA according to the 2b gene. These data suggest that reassortment may have been a major event in the evolution of CMV in Iran, and that the Iranian isolates are derived from a common recent ancestor that had passed through a bottleneck event.

완전 절제된 비소세포폐암 병기 IB (pT2N0) 환자에서 수술 후 UFT의 효과 (Impact of Postoperative Oral Administration of UFT for Completely Resected pT2N0 Non-Small Cell Lung Cancer)

  • 이진구;박인규;김대준;김길동;조상호;정경영
    • Journal of Chest Surgery
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    • 제40권6호
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    • pp.428-434
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    • 2007
  • 배경: 최근의 연구들에서 완전 절제된 병기 IB (pT2N0) 비소세포폐암 환자에서 수술 후 보조 항암요법으로 UFT의 효과에 대해 보고되고 있다. 이에 본 저자들은 완전 절제된 병기 IB 비소세포폐암에서 보조 항암요법으로 UFT의 가능성을 확인하고자 본 연구를 진행하였다. 대상 및 방법: 완전 절제된 병기 IB 비소세포페암 환자를 대상으로 무작위로 수술 후 2년간 3g의 UFT 사용군(UFT군)과 수술만 시행한 군(비교군)으로 나누었다. 모든 환자는 사망 또는 관찰 완료시점(2006년 12월 31일)까지 추적하였다. 결과: 2002년 6월부터 2004년 12월까지 모두 64명의 환자가 포함되었고 UFT 사용군이 35명, 비교군이 29명이었다 모든 환자의 추적 기간의 중앙값은 32.8개월이었으며 모든 환자에 있어서 관찰종료시점까지 추적이 가능하였다. UFT군에서 UFT 투여된 기간의 중앙값은 98주(범위: $2{\sim}129$주)였다. 약물의 순응도는 6개월에 88.2%, 12개월에 87.5%, 18개월에 80.6%, 24개월에 66.7%였다. 추적중 비교군에서 7명(24.1%), UFT군에서 6명(17.1%)의 환자가 재발하였다(p=0.489). 3년 무병생존율은 비교군에서 71.3%, UFT군에서 82.0%였다(p=0.331). 비소세포폐암 중 선암만을 대상으로 비교 시 3년 무병생존율이 비교군에서 45.0%, UFT군에서 75.2%였고(p=0.121) 비-선암을 대상을 했을 때 3년 무병생존율이 비교군에서 88.1%, UFT군에서 88.9%였다(p=0.964). 결론: 병기 IB 비소세포폐암에서 수술 후 경구 UFT의 보조항암요법은 안전하게 장기간 투여할 수 있었고 비록 통계학적인 의의를 얻지는 못했으나 완전 절제된 IB기 비소세포폐암 환자에서 수술 후 UFT보조항암요법은 생존율의 향상에 기여할 것으로 기대되며 특히 선암 환자에 있어서 생존율의 향상을 기대할 수 있을 것으로 판단된다. 향후 많은 환자를 대상으로 하는 선향적 무작위연구가 필요하리라 여겨진다.