Ga-Na, Kim;Kyung-Lee, Yu;Hae-In, Kim;Ji Chang, You
BMB Reports
/
v.55
no.12
/
pp.639-644
/
2022
Serine-arginine-rich splicing factors (SRSFs) are members of RNA processing proteins in the serine-arginine-rich (SR) family that could regulate the alternative splicing of the human immunodeficiency virus-1 (HIV-1). Whether SRSF9 has any effect on HIV-1 regulation requires elucidation. Here, we report for the first time the effects and mechanisms of SRSF9 on HIV-1 regulation. The overexpression of SRSF9 inhibits viral production and infectivity in both HEK293T and MT-4 cells. Deletion analysis of SRSF9 determined that the RNA regulation motif domain of SRSF9 is important for anti-HIV-1 effects. Furthermore, overexpression of SRSF9 increases multiple spliced forms of viral mRNA, such as Vpr mRNA. These data suggest that SRSF9 overexpression inhibits HIV-1 production by inducing the imbalanced HIV-1 mRNA splicing that could be exploited further for a novel HIV-1 therapeutic molecule.
Serine and arginine-rich (SR) proteins are RNA-binding proteins (RBPs) known as constitutive and alternative splicing regulators. As splicing is linked to transcriptional and post-transcriptional steps, SR proteins are implicated in the regulation of multiple aspects of the gene expression program. Recent global analyses of SR-RNA interaction maps have advanced our understanding of SR-regulated gene expression. Diverse SR proteins play partially overlapping but distinct roles in transcription-coupled splicing and mRNA processing in the nucleus. In addition, shuttling SR proteins act as adaptors for mRNA export and as regulators for translation in the cytoplasm. This mini-review will summarize the roles of SR proteins as RNA binders, regulators, and connectors from transcription in the nucleus to translation in the cytoplasm.
Sangsoo Lee;Haesoo Jung;Sunkyung Choi;Namjoon Cho;Eun-Mi Kim;Kee Kwang Kim
BMB Reports
/
v.56
no.9
/
pp.514-519
/
2023
Methyltransferase-like 3 (METTL3), a key component of the m6A methyltransferase complex, regulates the splicing, nuclear transport, stability, and translation of its target genes. However, the mechanism underlying the regulation of METTL3 expression by alternative splicing (AS) remains unknown. We analyzed the expression pattern of METTL3 after AS in human tissues and confirmed the expression of an isoform retaining introns 8 and 9 (METTL3-IR). We confirmed the different intracellular localizations of METTL3-IR and METTL3 proteins using immunofluorescence microscopy. Furthermore, the endogenous expression of METTL3-IR at the protein level was different from that at the mRNA level. We found that 3'-UTR generation by intron retention (IR) inhibited the export of METTL3-IR mRNA to the cytoplasm, which in turn suppressed protein expression. To the best of our knowledge, this is the first study to confirm the regulation of METTL3 gene expression by AS, providing evidence that the suppression of METTL3 protein expression by IR is an integral part of the mechanism by which 3'-UTR generation regulates protein expression via inhibition of RNA export to the cytoplasm.
The Ron proto-oncogene is a human receptor for macrophage-stimulating protein (MSP). The exclusion of exon 11 in alternative splicing generates ${\Delta}RON$ protein that is constitutively activated. Heterogenous ribonucleaoprotein (hnRNP) $C_1/C_2$ is one of the most abundant proteins in cells. In this manuscript, we showed that both hnRNP $C_1$ and $C_2$ promoted exon 11 inclusion of Ron pre-mRNA and that hnRNP $C_1$ and hnRNP $C_2$ functioned independently but not cooperatively. Moreover, hnRNP $C_1$ stimulated exon 11 splicing through intron 10 activation but not through intron 11 splicing. Furthermore, we showed that, whereas the RRM domain was required for hnRNP $C_1$ function, the Asp/Glu domain was not. In conclusion, hnRNP $C_1/C_2$ promoted exon 11 splicing independently by stimulating intron 10 splicing through RRM but not through the Asp/Glu domain.
Pre-mRNA splicing is a crucial step for the expression of information encoded in eukaryotic genomes. Alternative splicing occurs when splice sites are differentially recognized and more than one transcript and potentially multiple proteins are generated from the same pre-mRNA. The decision on which splice sites are selected under particular cellular conditions is determined by the interaction of proteins, globally designated as splicing factors, that guide spliceosomal components, and thereby the spliceosome, to their respective splice sites. Abiotic stresses such as heat, cold, salt, drought, and hypoxia markedly alter alternative splicing patterns in plants, and these splicing events implement changes in gene expression for adaptive responses to adverse environments. Alteration of the expression or activity of splicing factors results in alternative splicing under cold, heat, salt, or drought conditions, and alternatively spliced isoforms respond distinctly in several aspects such as expression in different tissues or degradation via nonsense-mediated decay. Spliced isoforms may vary in their subcellular localization or have different biological functions under stress conditions. Despite numerous studies, functional analyses of alternative splicing have been limited to particular abiotic stresses; the molecular mechanism of alternative splicing in abiotic stress response remains uncovered which suggests that further studies are needed in this area.
The CHRM3 gene is a member of the muscarinic acetylcholine receptor family that plays important roles in the regulation of fundamental physiological functions. The evolutionary mechanism of exon-acquisition and alternative splicing of the CHRM3 gene in relation to transposable elements (TEs) were analyzed using experimental approaches and in silico analysis. Five different transcript variants (T1, T2, T3, T3-1, and T4) derived from three distinct promoter regions (T1: L1HS, T2, T4: original, T3, T3-1: THE1C) were identified. A placenta (T1) and testis (T3 and T3-1)-dominated expression pattern appeared to be controlled by different TEs (L1HS and THE1C) that were integrated into the common ancestor genome during primate evolution. Remarkably, the T1 transcript was formed by the integration event of the human specific L1HS element. Among the 12 different brain regions, the brain stem, olfactory region, and cerebellum showed decreased expression patterns. Evolutionary analysis of splicing sites and alternative splicing suggested that the exon-acquisition event was determined by a selection and conservation mechanism. Furthermore, continuous integration events of transposable elements could produce lineage specific alternative transcripts by providing novel promoters and splicing sites. Taken together, exon-acquisition and alternative splicing events of CHRM3 genes were shown to have occurred through the continuous integration of transposable elements following conservation.
Beclin 1 is a key factor for initiation and regulation of autophagy, which is a cellular catabolic process involved in tumorigenesis. To investigate the role of alternative splicing of Beclin1 in the regulation of autophagy in leukemia cells, Beclin1 mRNA from 6 different types of cell lines and peripheral blood mononuclear cells from 2 healthy volunteers was reversely transcribed, subcloned, and screened for alternative splicing. New transcript variants were analyzed by DNA sequencing. A transcript variant of Beclin 1 gene carrying a deletion of exon 11, which encoded a C-terminal truncation of Beclin 1 isoform, was found. The alternative isoform was assessed by bioinformatics, immunoblotting and subcellular localization. The results showed that this variable transcript is generated by alternative 3' splicing, and its translational product displayed a reduced activity in induction of autophagy by starvation, indicating that the spliced isoform might function as a dominant negative modulator of autophagy. Our findings suggest that the alternative splicing of Beclin 1 might play important roles in leukemogenesis regulated by autophagy.
High expression of osmotically responsive genes1 (HOS1), a key regulator of low temperature response and flowering time, encodes an E3 ubiquitin ligase in Arabidopsis. Here, we report characterization of a newly identified splice variant (HOS1-L) of HOS1. Comparative analyses revealed that HOS1-L has a longer 5' nucleotide sequence than that of the previously identified HOS1 (HOS1-S) and that its protein sequence was more conserved than that of HOS1-S in plants. HOS1-L transcripts were spatio-temporally more abundant than those of HOS1-S. The recovery rate of HOS1-S expression was faster than that of HOS1-L after cold treatment. Diurnal oscillation patterns of HOS1-L revealed that HOS1-L expression was affected by photoperiod. An in vitro pull-down assay revealed that the HOS1-L protein interacted with the ICE1 protein. HOS1-L overexpression caused delayed flowering in wild-type plants. Collectively, these results suggest regulation of HOS1 expression at the post-transcriptional level.
The proper maintenance of mRNA quality that is regulated by diverse surveillance pathways is essential for cellular homeostasis and is highly conserved among eukaryotes. Here, we review findings regarding the role of mRNA quality control in the aging and longevity of Caenorhabditis elegans, an outstanding model for aging research. We discuss the recently discovered functions of the proper regulation of nonsense-mediated mRNA decay, ribosome-associated quality control, and mRNA splicing in the aging of C. elegans. We describe how mRNA quality control contributes to longevity conferred by various regimens, including inhibition of insulin/insulin-like growth factor 1 (IGF-1) signaling, dietary restriction, and reduced mechanistic target of rapamycin signaling. This review provides valuable information regarding the relationship between the mRNA quality control and aging in C. elegans, which may lead to insights into healthy longevity in complex organisms, including humans.
Kim, Aram;Mok, Bo Ram;Hahn, Soojung;Yoo, Jongman;Kim, Dong Hyun;Kim, Tae-Aug
BMB Reports
/
v.55
no.7
/
pp.348-353
/
2022
Gastrointestinal cancer is associated with a high mortality rate. Here, we report that the splice variant of NRP/B contributes to tumorigenic activity in highly malignant gastric cancer through dissociation from the tumor repressor, HDAC5. NRP/B mRNA expression is significantly higher in the human gastric cancer tissues than in the normal tissues. Further, high levels of both the NRP/B splice variant and Lgr5, but not the full-length protein, are found in highly tumorigenic gastric tumor cells, but not in non-tumorigenic cells. The loss of NRP/B markedly inhibits cell migration and invasion, which reduces tumor formation in vivo. Importantly, the inhibition of alternative splicing increases the levels of NRP/B-1 mRNA and protein in AGS cells. The ectopic expression of full-length NRP/B exhibits tumor-suppressive activity, whereas NRP/B-2 induces the noninvasive human gastric cancer cells tumorigenesis. The splice variant NRP/B-2 which loses the capacity to interact with tumor repressors promoted oncogenic activity, suggesting that the BTB/POZ domain in the N-terminus has a crucial role in the suppression of gastric cancer. Therefore, the regulation of alternative splicing of the NRP/B gene is a potential novel target for the treatment of gastrointestinal cancer.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.