• 제목/요약/키워드: Species-specific PCR

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경기 북부 일부 지역 대형 마트 유통계란에 오염된 미생물의 분리 (Identification of Microorganisms from Eggs in Hypermarket in the Northern Gyeonggi Area)

  • 전명숙;홍승희
    • 한국식품영양학회지
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    • 제22권3호
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    • pp.396-401
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    • 2009
  • 본 실험은 경기 북부 일부 지역의 계란에서 미생물 오염도를 측정하여 계란의 위생 상태를 파악하고자 하였다. 조사 자료로서는 대형 마트에 유통 중인 계란 중에서 서로 브랜드가 다른 계란을 대상으로 하였다. 계란의 난각에 존재하는 일반 세균수를 측정하였다. 그 결과 $3.4{\times}10^4cfu/m{\ell}$로 상당히 높은 일반 세균수가 검출되었다. 다음으로는 식중독 지수의 중요한 지표가 되는 대장균 및 계란으로 인한 식중독에서 주요 원인 균으로 작용하는 살모넬라균의 오염 여부를 파악한 결과, 한 브랜드의 계란에서 대장균이 검출되었고, 살모넬라균은 검출되지 않았다. 또한 각 브랜드에 계란에서 검출된 세균을 분리 동정 한 결과, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas mendocina, Alcaligenes xylosoxidans, Alcaligenes faecalis, Enterobacter cloacae 등이 분리되었다. 이 세균들 중 일부는 사람에게 병원성을 나타내거나, 면역력이 약한 노약자나 어린이에게 기회감염 또는 병원 내 감염을 일으키기도 하는 것으로 알려졌다. 계란의 난각에서 분리된 대장균의 병원성 여부를 판정하기 위하여, 대장균의 DNA를 분리하여 PCR을 수행한 결과, 병원성 대장균들에서 특이적으로 나타나는 유전자형을 가지고 있지 않는 것으로 밝혀졌다. 위의 결과들을 종합하여 보면, 시중에 유통중인 계란의 난각에서 비록 살모넬라균과 병원성 대장균은 검출되지 않았지만, 사람에게 감염을 일으킬 수 있는 여러 병원성 세균들이 검출됨으로써 계란의 유통 및 판매에 더욱 철저한 위생관리가 필요할 것으로 사료된다.

Characterization and Partial Nucleotide Sequence Analysis of Alfalfa Mosaic Alfamoviruses Isolated from Potato and Azuki Bean in Korea

  • Jung, Hyo-Won;Jung, Hye-Jin;Yun, Wan-Soo;Kim, Hye-Ja;Hahm, Young-Il;Kim, Kook-Hyung;Choi, Jang-Kyung
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제16권5호
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    • pp.269-279
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    • 2000
  • Alfalfa mosaic alfamoviruses(AIMV) were isolated from infected potato (Solanum tuberosum) and azuki bean (Paseolus angularis) in Korea. Two AIMV isolated from potatoes were named as strain KR (AIMV-KR1 and KR2) and AIMV isolated from azuki bean was named as strain Az (AIMV-Az). Each isolated AIMV strain was characterized by using their host ranges, symptom developments, serological relations and nucleotide sequence analysis of coat protein (CP) gene. Strains KR1, KR2, and Az were readily transmitted to 20 of 22 inoculated plant species including bean, cowpea, tomato, tobacco, and potato. AIMV-KR1 and KR2 produced the typical symptoms like chlorotic or necrotic spots in Chenopodium quinoa and Solanum tuberosum cv. Superior. AIMV-Az caused bright yellow mosaic symptom and leaf malformation in Nicotiana glauca, which were different from the common mosaic symptom caused by AIMV-KR1 and KR2. Electron microscope observation of purified virus showed bacilliform virions containing a single-stranded plus-strand RNAs of 3.6, 2.6, 2.0 and 0.9 kbp in length, respectively, similar in size and appearance to those of Alfamovirus. In SDS-PAGE, the coat protein of the two viruses formed a consistent band that estimated to be about 24kDa. The CP genes of the AIMV strains, KR1, KR2, and Az have been amplified by RT-PCR using the specific primers designed to amplify CP gene from viral RNA-3, cloned and sequenced. Computer aided analysis of the amplified cDNA fragment sequence revealed the presence of a single open reading frame capable of encoding 221 amino acids. The nucleotide and peptide sequence of viral CP gene showed that strain KR1, KR2, and Az shared highest nucleotide sequence identities with AIMV strain 425-M at 97.7%, 98.2%, and 97.2%, respectively. CP gene sequences of two strains were almost identical compared with each other. Altogether, physical, serological, biological and molecular properties of the purified virus.

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Effects of Methylcellulose on Fibrolytic Bacterial Detachment and In vitro Degradation of Rice Straw

  • Kim, Min Ji;Sung, Ha Guyn;Upadhaya, Santi Devi;Ha, Jong K.;Lee, Sung Sill
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제26권10호
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    • pp.1459-1465
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    • 2013
  • Two in vitro experiments were conducted to evaluate the effect of methylcellulose (MC) on i) bacterial detachment from rice straw as well as ii) inhibition of bacterial attachment and fiber digestibility. To evaluate the effect of MC on fibrolytic bacterial detachment (Exp 1), in vitro bacterial cultures with 0.1% (w/v) MC solution were compared with cultures without MC after 8 h incubation. The effect of MC on inhibition of bacterial attachment was determined by comparing with real-time PCR the populations of F. succinogenes, R. flavefaciens and R. albus established on rice straw pre-treated with 0.1% MC with those on untreated straw after incubation for 0, 6 and 12 h (Exp 2). The major fibrolytic bacterial attachment on rice straw showed significantly lower populations with either the addition of MC to the culture or pre-treated rice straw compared to controls (p<0.05). Also, the digestibility of rice straw with MC was significantly lower compared with control (p<0.05). The F. succinogenes population did not show detachment from rice straw, but showed an inhibition of attachment and proliferation on rice straw in accordance with a decrease of fiber digestion. The detachments of Ruminococcus species co-existed preventing the proliferations with subsequent reduction of fiber degradation by MC during the incubation. Their detachments were induced from stable colonization as well as the initial adhesion on rice straw by MC in in vitro ruminal fermentation. Furthermore, the detachment of R. albus was more sensitive to MC than was R. flavefaciens. These results showed the certain evidence that attachment of major fibrolytic bacteria had an effect on fiber digestion in the rumen, and each of fibrolytic bacteria, F. succinogenes, R. flavefaciens and R. albus had a specific mechanism of attachment and detachment to fiber.

전분의 주원료 판별을 위한 유전자 분석법 개발 및 적용 (Development and Application of DNA Analysis Method for Identificaion of Main Ingredients in Starch)

  • 박용춘;김미라;김용상;이호연;김규헌;이재황;김재이;이상재;이화정
    • 한국식품위생안전성학회지
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    • 제28권2호
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    • pp.181-187
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    • 2013
  • 전분의 사용원료를 확인하는 방법은 전분입자의 크기 또는 형태 등으로 분류하는 이화학적인 방법이 연구되었으나 원료별 또는 동일한 원료라도 품종에 따른 차이점으로 인하여 명확하게 확인하기 어려운 단점이 있어 유전자분석법을 시도하였다. 시료는 고구마 전분, 감자 전분, 옥수수 전분 및 타피오카 전분 등 총 11종을 사용하였으며, 유전자추출은 DNeasy plant mini 키트, magnetic DNA purification system 및 CTAB 방법으로 하였으며 추출유전자의 증폭을 위하여 WGA 키트로 처리하였다. 그리고 고구마, 감자, 옥수수 및 타피오카 검출을 위한 유전자 부위는 SSR (simple sequence repeat, ib-286-F/ib-286-R), 자당합성효소(potato sucrose synthase, Pss 01n-5'/Pss 01n-3'), 전분합성효소(starch synthase, SSllb 3-5'/SSllb 3-3') 및 SSR (SSRY26-F/SSRY26-R)를 각각 사용하였다. 그 결과 대부분의 경우 WGA를 처리한 경우에는 사용원료의 확인이 가능하였다.

의치 표면에서 심혈관질환과 관련된 치주질환 원인 세균의 검출 (Detection Rate of Periodontopathogens Associated with Cardiovascular Diseases in Denture.)

  • 임미영;김화숙;정재헌;양지연;오상호;국중기
    • 미생물학회지
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    • 제40권3호
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    • pp.237-243
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    • 2004
  • 심혈관질환과 관련이 있다고 보고되고 있는 치주질환 원인 세균들 Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia 및 Actinobacillus actinomycetemcomitans의 검출빈도를 조사하였다. 조선대학교 치과대학병원 보철과에 내원한 상하악 중 한 악에 잔존 치아가 1개 이상 있고, 그 반대편 악에 의치를 장착하고 있는 11명의 환자와 잔존치아가 전혀 없는 4명의 총의치 환자를 대상으로 의치의 관리 정도와 의치 표면 세균막에 심혈관 질환과 관련 이 있다고 보고된 치주질환 원인균의 검출 빈도를 조사하였다. 연구 결과 상악과 하악 한쪽만 총의치이고, 반대편 악에는 치아가 있는 환자의 의치 표면세균막에서 치면세균막 및 의치 표면 세균막에서 P. gingivalis와 T. forsythia가 91%(10/11)검출되었다. 또한 무치악 환자의 의치 표면 세균막에서 P. gingivalis와 T.forsythia가 각각 25%(1/4), 75%(3/4)색 검출되었다. 하지만, 총의치의 장착 정도, 1일 세척횟수 및 세척방법에 따른 4가지 치주질환 원인세균종에 대한 검출빈도를 조사한 결과 이들 간의 별다른 상관관계를 찾을 수 없었다. 이상의 연구결과로 의치 표면 세균막에도 혐기성 세균인 P. gingivalis 및 T.forsythia가 존재함을 알 수 있었으며, 면역력이 약화되어 있거나, 기존의 심혈관 질환을 가지고 있는 환자의 경우, 의치의 부적절한 관리 및 구강 연조직 손상으로 인한 심혈관 질환의 유발 또는 악화가 초래될 수 있는 가능성이 있음을 알 수 있었다.

조피볼락, Sebastes schlegeli의 성분화 기간 중 Cytochrome P450 Aromatase 유전자의 발현 (Expression of Cytochrome P450 Aromatase Genes during Sex Differentiation in Korean Rockfish, Sebastes schlegeli)

  • 이찬희;권준영
    • 한국발생생물학회지:발생과생식
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    • 제11권3호
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    • pp.195-203
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    • 2007
  • 자웅이체형 어류의 성결정 및 성분화는 일반적으로 각 개체의 유전형을 따른다. 자연환경에서는 자신이 가진 유전정보의 조절에 따라 성분화 시기에 아로마테이즈 유전자의 발현이 증가하거나 감소하고, 그 결과 스테로이드 호르몬들의 조성이 결정되어 각기 다른 방향으로 성분화하는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 해산 태생 어류인 조피볼락(Sebasts schlegeli)의 ovarian type aromatase (P450aromA)와 brain type aromatase (P450aromB)의 유전자를 부분적으로 클로닝하여, 이들의 염기서열을 밝혔으며, 각 유전자에 대한 primer를 제작한 후 성분화 기간 중 이 유전자들의 발현을 조사하였다. 조피볼락 아로마테이즈 유전자들은 조사를 시작한 출산 후 35일째에 여러 개체의 머리와 몸에서 각각 발현되었으나, 52일째에는 아로마테이즈 유전자들의 발현 개체수가 현저히 감소하였다. 그리고 출산 59일째에는 발현 개체 수가 다시 증가하였다. P450aromA과 P450aromB의 발현 양상은 전반적으로 유사하였으나, 45일째에는 P450aromB의 발현 개체수가 P450aromA 발현 개체 수보다 훨씬 많았다. 조직학적 분석을 통해 제시된 이 종의 성분화 시기는 지금까지 출산 $50{\sim}65$일 전후로 알려져 왔으나, 본 연구에서 나타난 아로마테이즈 유전자들의 발현 결과를 볼 때, 이 종의 실질적인 성분화는 알려진 것보다 최소한 $1{\sim}2$주 정도 빨리 진행될 가능성이 있다. 본 연구의 결과는 또한 태생어류의 성분화도 난생어류의 성분화에서 보고된 것과 마찬가지로 아로마테이즈의 작용과 밀접하게 연관되어 있다는 사실을 시사한다.

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Mito-TEMPO에 의한 미토콘드리아 유래 초과산화물의 감소가 돼지 난모세포 성숙에 미치는 영향 (Reduction of Mitochondrial Derived Superoxide by Mito-TEMPO Improves Porcine Oocyte Maturation In Vitro)

  • 양슬기;박효진;이상민;김진우;김민지;김인수;제갈호근;구덕본
    • 한국동물생명공학회지
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    • 제34권1호
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    • pp.10-19
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    • 2019
  • Morphology of cumulus-oocyte-complexes (COCs) at germinal vesicle (GV) stage as one of the evaluation criteria for oocyte maturation quality after in vitro maturation (IVM) plays important roles on the meiotic maturation, fertilization and early embryonic development in pigs. When cumulus cells of COCs are insufficient, which is induced the low oocyte maturation rate by the increasing of reactive oxygen species (ROS) in porcine oocyte during IVM. The ROS are known to generate including superoxide and hydrogen peroxide from electron transport system of mitochondria during oocyte maturation in pigs. To regulate the ROS production, the cumulus cells is secreted the various antioxidant enzymes during IVM of porcine oocyte. Our previous study showed that Mito-TEMPO, superoxide specific scavenger, improves the embryonic developmental competence and blastocyst formation rate by regulating of mitochondria functions in pigs. However, the effects of Mito-TEMPO as a superoxide scavenger to help the anti-oxidant functions from cumulus cells of COCs on meiotic maturation during porcine oocyte IVM has not been reported. Here, we categorized experimental groups into two groups (Grade 1: G1; high cumulus cells and Grade 2: G2; low cumulus cells) by using hemocytometer. The meiotic maturation rate from G2 was significantly (p < 0.05) decreased (G1: $79.9{\pm}3.8%$ vs G2: $57.5{\pm}4.6%$) compared to G1. To investigate the production of mitochondria derived superoxide, we used the mitochondrial superoxide dye, Mito-SOX. Red fluorescence of Mito-SOX detected superoxide was significantly (p < 0.05) increased in COCs of G2 compared with G1. And, we examined expression levels of genes associated with mitochondrial antioxidant such as SOD1, SOD2 and PRDX3 using a RT-PCR in porcine COCs at 44 h of IVM. The mRNA levels of three antioxidant enzymes expression in COCs from G2 were significantly (p < 0.05) lower than COCs of G1. In addition, we investigated the anti-oxidative effects of Mito-TEMPO on meiotic maturation of porcine oocyte from G1 and G2. Meiotic maturation and mRNA levels of antioxidant enzymes were significantly (p < 0.05) recovered in G2 by Mito-TEMPO ($0.1{\mu}M$, MT) treatment (G2: $68.4{\pm}3.2%$ vs G2 + MT: $73.9{\pm}1.4%$). Therefore, our results suggest that reduction of mitochondria derived superoxide by Mito-TEMPO may improves the meiotic maturation in IVM of porcine oocyte.

2021년 전북지역 도심과 철새서식처의 모기 감시와 분포 (Monitoring and Distribution of Mosquitoes in the Downtown Areas and Migratory Bird Habitats in the Jeonbuk Region, 2021)

  • 박호;권필승
    • 대한임상검사과학회지
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    • 제54권2호
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    • pp.142-148
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    • 2022
  • 이 조사는 전북지역에서 일본뇌염, 말라리아, 웨스트나일병, 지카바이러스, 황열의 매개체 모기에 대해 조사되었다. 2021년 3월부터 12월까지 매월 2회 모기류를 채집하여 감염병 매개체 발생빈도와 병원체를 조사 감시한 결과 전체 채집 개체수는 7속 15종으로 15,975마리가 채집되었다. 환경별로 완주 축사에서 9,116마리(trap index: TI, 506.4)로 가장 많이 채집되었으며 철새도래지, 전주도심의 순서로 채집되었다. 군산 철새도래지에서는 철새보호구역의 갈대숲에서는 3217마리(TI, 178.7), 남자화장실에서 356마리(TI, 19.7), 여자화장실에서 1,948마리(TI, 108.2) 채집되었다. 전주시내에서는 덕진공원에서 677마리(TI, 37.6), 덕진구청에서 358마리(TI, 19.8), 전북대에서 303마리(TI, 16.8)가 채집되었다. 군산 철새도래지에서는 여자화장실, 전주 도심에서는 덕진공원에서 가장 많은 개체수가 채집되었다. 병원체 검사 결과는 모두 음성이었다. 이 연구결과는 전북지역 모기에 의한 질병대책 전북지역 모기매개감염병에 대한 기초자료의 근거를 제공해 준다.

국내 잎들깨에서 발생한 잠두위조바이러스2의 특성 구명 (Characterization of broad bean wilt virus 2 isolated from Perilla frutescens in Korea)

  • 김현선;변희성;최유지;최현용;서장균;최홍수;이봉춘;김미경;곽해련
    • 환경생물
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    • 제41권1호
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    • pp.1-13
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    • 2023
  • 잠두위조바이러스2 (BBWV2)는 경제적으로 중요한 원예, 관상작물에 심각한 피해를 주는 바이러스 중의 하나다. BBWV2의 넓은 기주 범위, 매개충 방제의 어려움 등 효과적인 치료제가 없기 때문에, 병을 예방하거나 저항성 품종의 개발 등을 위해서는 BBWV2의 새로운 분리주들의 특성 조사와 연구가 필요하다. 본 연구에서는 2019년 금산지역의 잎들깨 재배농가에서 분리된 BBWV2 분리주(BBWV2-GS-PF)의 유전학적·생물학적 특성을 구명하고 기존에 보고된 분리주들과의 특성을 비교하였다. 순수 분리된 BBWV2-GS-PF는 기존 분리주와 달리 들깨에서 심한 모자이크 증상과 고추에서 원형 반점 증상을 보였다. BBWV2-GS-PF의 유전자 계통분석 결과, 기존에 알려진 2개의 그룹과 약 76~80%의 비교적 낮은 유전자 상동성을 보이며 계통이 분화된 것을 확인할 수 있었다.

면역이적법을 이용한 아질아메바와 동형아메바의 감별진단 (Differentiation of Entomoeba histolyticn and Entcmoeba dispor in cyst-passers by immunoblot)

  • 이미정;홍성태
    • Parasites, Hosts and Diseases
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    • 제34권4호
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    • pp.247-254
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    • 1996
  • 임상증상 없이 검변을 통하여 검출된 이질아메바 포낭양성자를 어떻게 다루어야 할지 오랫동안 논란이 있었으나 이중에서 병원성이 강한 이질아메바(E. histolytica)만 치료하고 병원성이 없는 동형아메바(E. dispar)는 치료하지 않는 것으로 의견이 모아져 있다. 따라서 이 두 종을 감별하는 것이 실제적으로 중요하게 되었고 이를 위하여 동위효소 분석 유전자 분석. 혈청학적인 검사가 가능하다. 그러나 앞의 두 분석법은 원충을 배양하여야 가능하기 때문에 적용하기 어려운 경우가 많아 혈청학적인 감별이 실제적으로 유용하다. 이 연구는 우리 나라에서 무균배양에 성공한 이질 아메바 YS-27의 항원성을 확인된 아메바 감염자 혈청과 면역이적법으로 검증하고. 이를 이용하여 무증상 포낭배출자에서 두 종의 감염을 감별하고자 하였다. 시스테인계 단백질분해효소 억제제인 E64를 첨가한 이질아메바의 항원은 117. 110. 99. 68. 66. 60. 54. 52 46. 45 kDa 분획이 이질아메바 감염이 확인된 사람의 혈청내 IgG 항체와 반응하였고 동형아메바 대장아메바 Beastnystis 및 대조군의 혈청과는 117 kDa 분획이 미약하게 반응하였다. 포낭양성자의 혈청내 IgA 항체와 많은 분획이 반응하였으나 두 종 양성자간에 차이가 없었고 혈청내 IgM과 IgE 항체와 반응하는 분획이 없었다. 동형아메바의 항원은 두 종 양성자 혈청내 모든 군의 항체와의 반응에서 두종을 감별하지 못하였다. 따라서 이질아메바의 항원과 혈청내 IgG 항체 반응이 두 아메바 감염 을 감별할 수 있었다. 증상이 없는 포낭배출자 24명의 혈청을 면역이적 반응시킨 결과 2명에서 46 과 45 kDa 분획을 제외한 다른 모든 분획과 반응하여 이질아메바 감염자로 확인하였고 22명은 동 형아메바 양성자로 확인하였다. 이 자료를 토대로 하면 우리 냐라에서 검출되는 단순 포낭배출자 의 90% 이상은 이질아메바가 아니라 동형아메바 감염자이고. 이에 따라서 포낭양성자 중 환자가 많지 않은 사실을 설명할 수 있을 것이다. 이질아베바 조항원을 이용한 면역이적법은 증상이 없는 아메바 포낭배출자 중 치료를 꼭 필요로 하는 사람을 찾아내는 방법으로 유용함을 확인하였다.

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