• 미생물과산업
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• 제18권2호
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• pp.26-30
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• 1992

HIV는 ELISA나 WB에 의해 항체가 검출되기 수개월 혹은 수 년전에도 proviral DNA 상태로 감염된 세포의 chromosome내에 존재하는 것이 주지의 사실이다. 그동안 Southern blot, in situ hybridization등에 의해 이 proviral DNA를 검출하려는 연구가 진행되어 왔으나 lymphocyte $10^{4}$-$10^{6}$개 중 1개가 감염되어 있으며 lymphocyte chromosomal DNA에 비해 viral DNA의 양이 미량이므로 검출하기에는 민감도가 낮은 문제점이 있다. 본 고에서는 근래 개발되어 널리 사용되고 있는 polymerase chain reaction(PCR)을 이용한 HIV의 진단에 관해 살펴보고자 한다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제6권2호
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• pp.69-75
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• 2004

Optimal protocol for efficient genetic transformation has been defined to aid future strategies of genetic engineering in pigeon pea with agronomically important genes. Transgenic pigeonpea plants were successfully produced through Agrobacterium tumefaciens-mediated genetic transformation method using cotyledonary node explants by employing defined culture media. The explants were co-cultivated with A. tumefaciens strain C-58 harboring the binary plasmid, pCAMBIA-1301 [con-ferring $\beta$-glucuronidase(GUS) activity and resistance to hygromycin] and cultured on selection medium (regeneration medium supplemented with hygromycin) to select putatively transformed shoots. The shoots were then rooted on root induction medium and transferred to pots containing sand and soil mixture in the ratio of 1:1. About 22 putative TO transgenic plants have been produced. Stable expression and integration of the transgenes in the putative transgenics were confirmed by GUS assay, PCR and Southern blot hybridization with a transformation efficiency of over 45%. Stable integration and expression of the marker gene has been confirmed in the TO and T1 transgenics through PCR, and Southern hybridization.

• 한국동물학회지
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• 제38권2호
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• pp.177-185
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• 1995

두 지역에서 채집한 초파리 자연집단에 대하여 난소발생이상 실험에 의한 P 인자 활성과 세포질형을 분석하여 P 전이인자의 계통형을 조사하였다 전체 238 isofemale line을 조사한 결과 strong P와 true M은 존재하지 않았고, 0(weak P)와 M'(pseudo M) strain이 전체의 98.74%를 차지하여 가장 우세하게 분포하고 있었다. P$\pi$25.1 probe를 이용한 in situ hybridization을 행하여 P 전이인자의 copy수를 조사한 결과 평균 42.12개로 나타났으며, 0와 M'의 계통형 간에 유의적인 차이는 없었다 그러나 염색체 firm당 COPy수는 X염색체가 상염색체의 좌 우 각 arm보다 다소 높게 분포하고 있었고. 염색체상 P 전이인자의 삽입부위에 대한 특이적 좌위는 존재하지 않았다 P 전이인자의 분자구조에 대한 변이형을 조사하기 위하여 southern blot hybridization을 행한 결과 2.9kb의 완전한 크기의 분자를 포함하여 여러종류의 단편들이 확인되었다 조사한 모든 isofemale line에서 KP(1. 15kb)인자를 포함하고 있었으며 이들 KP인자가 P-M System의 난소발생이상을 표현하는데 있어 억제적 작용을 하는 것으로 판단되었다.

• Journal of Ginseng Research
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• 제19권1호
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• pp.51-55
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• 1995

The DNA fragment containing ginseng ribulose-1,5-bisphosphate carboxytase/oxygenase large subunit(rbcL) gene was cloned from the ginseng chloroplast EcoRl library by colony lift hybridization with tobacco rbcL gene probe. From the screened clone, the DNA fragment containing ginseng rbcL gene was digested with several restriction enzyme and analyzed by Southern blot hybridization for the construction of restriction map. The ginseng rbcL gene fragment was subcloned in pBluescript II SK + vector and sequence analysis was performed. The nucleotide sequence of ginseng rbcL gene was compared with those of petunia, tobacco, alfalfa, rice and barley, which showed a homology of 93.1%, 95.2%, 90.5%, 85.5% and 84.3%, respectively.

• 한국초지조사료학회지
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• 제26권2호
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• pp.83-90
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• 2006

환경스트레스에 내성을 갖는 버즈풋 트레포일(Lotus corniculatus L.) 형질전환체를 개발하기 위하여, AtNDPK 유전자가 E35S 프로모터에 의해 조절되도록 재조합한 발현벡터 pEN-K를 Agrobacterium 형질전환 방법으로 버즈풋 트레포일에 도입하였다. Agrobacterium과 공동배양한 버즈풋 트레포일 캘러스를 $100{\mu}g/m1$의 kanamycin 및 $500{\mu}g/m1$의 cefotaxim을 첨가한 SH-3-kc 배지에서 배양하며 식물체로 재분화시켰다. 재분화된 버즈풋 트레포일의 genomic DNA를 분리, PCR 및 Southern blot 분석을 실시한 결과, AtNDPK 유전자가 도입된 형질전환체의 경우 agarose gel 전기영동 및 X-ray 필름상에서 DNA band 및 hybridization signal을 확인할 수 있었으나, 형질전환되지 않은 대조구의 버즈풋 트레포일에서는 DNA band 및 hybridization signal이 관찰되지 않았다.

• 미생물학회지
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• 제43권4호
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• pp.337-340
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• 2007

Pseudomonas syringae pv. syringae는 우리나라에서 참다래 꽃썩음병의 원인세균으로 알려져 있다. 본 연구에서는 우리나라의 서로 다른 참다래 과수원에서 분리되어 동정된 11개 균주의 꽃썩음병균이 가지고 있는 플라스미드 양상을 pulsed-field 젤 전기영동으로 조사하였다. 그 결과 전체 균주들은 가지고 있는 플라스미드의 개수와 크기에 따라 6개 그룹으로 나누어 졌다. 플라스미드의 수는 0에서 4개, 크기는 22 kb에서 160 kb로 다양하였다. 이들 중 두 개의 플라스미드를 가지고 있는 그를 III에 속하는 4균주가 Cu에 대한 저항성을 보였다. Southern blot hybridization 결과 Cu 저항성 유전자는 48 kb 크기의 플라스미드에 들어 있었다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제35권2호
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• pp.111-118
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• 1997

Theileria sergeni의 진단방법으로 Giemsa 염색에 의한 광학현미경적 관찰이 가장 통상 적으로 이용되고 있으나 감염이 아주 적거나 내과성인 경우 검출하기가 매우 곤란하다. 이에 PCR 진단을 위한 대강유전자로서 p33의 염기서열을 이용하여 4개의 oligonucleotide primers. TS1, TS2 ,TS3,, TS4를 작성하였다. 작성된 primer의 각 조합에 따라 PCR한 결과 TS1과 TS4 조합에서는 499 bps, TS1과 TS3 조합에서는 381 bps, TS2와 TS4 조합에서는 365 bps, TS2 와 TS3 조합에서는 247 bps 크기의 산물을 획득하였다 이 PCR산물은 p33 유전자 염기서열 분석을 통한 제한효소처리 및 Southern blot hybridization 방법을 통하여 그 특이성을 확인하였다. Primer의 특이성을 조사한 결과 미감염 백혈구 및 다른 주혈기생충인 Babesic ouota, Anaplosmn marginate에 대해서는 교차 반응을 나타내지 않았다. 또한 야외시료에 PCR 기법을 적용한 결과 Giemsa 염색에 의한 광학현미경적 관찰에서는 64.8%의 양성률을 보인 반면, PCR 진단에서는 본 실험에서 작성된 TS1과 TS4, TS2와 TS3 조합이 공희 88.7%의 양성률을 나타내었다.

• 생명과학회지
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• 제5권3호
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• pp.105-116
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• 1995

To investigate genomic changes in c-myc gene by a chemical carcinogen, human lymphoblast NC-37 cells were exposed to benzo(a)pyrene(BP) and dimethylbenzanthracene(DMBA), and the c-myc gene expression was evaluated by Northern and Southern blot hybridization techniques. The results are as follows: When the genomic DNA of NC-37 cells exposed to several concentrations(1.25, 2.5 and 5ug/ml) of BP concentration. However, the c-myc gene was most significantly enhanced with 2.5ug/ml of BP. The expressions of c-myc gene in NC-37 cells was stimulated by BP and DMBA. Addition of TPA reduced the gene expression BP-treated cells, whereas it enhanced the gene expression in DMBA-treated cells. The expression of c-H-ras gene was slightly increased by treatment with BP and DMBA alone and in combination with TPA, however the magnitude of increase was not significantly different between each other. The expressions of c-myc c-H-ras genes in Burkitt's lymphoma cells were greater than those in NC-37 cells. When the DNA extracted from NC-37 cells exposed to various concentrations of BP were amplified by polymerase chain reaction using a primer set containing c-myc exon I, the amplified products were of the same size in all groups. To evaluate the BP toxicity in E.coli to which human c-myc gene-cloned pBR322 vector was inserted, Southern blot hybridization was conducted on c-myc genes digested with EcoRI/HindIII and Smal/Xbal restriction enzymes, and observing that in 2 ug/ml BP-treated cells a 3.5kb fragment was generated in addition to 1.3kb fragment which can be observed in normal cells. Direct nucleotide sequence analysis of polymerase chain reaction products showed a mutation of G$\longrightarrow$A transition at the Smal recognition site.

• Journal of the Korean Academy of Child and Adolescent Psychiatry
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• 제11권1호
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• pp.3-15
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• 2000

연구목적：자폐장애의 원인을 유전학적으로 규명하려는 연구가 시도되고 있으며, 그 중 fragile X 증후군과의 연관성에 대한 연구가 활발히 진행되고 있다. Fragile X 염색체(Xq27.3)는 세포유전학적 방법으로 증명할 수 있으나 검사에 많은 제약과 단점이 있으므로, 본 연구에서는 보다 신뢰성이 높은 분자생물학적 방법으로 FMR-1 유전자내 CGG 삼염기 반복부위를 분석하여 자폐장애와 fragile X 증후군의 연관성을 규명하고자 하였다. 방 법：자폐장애 환아(99명)와 정상대조군(8명)을 대상으로 FMR-1 유전자의 CGG 반복배열 부위를 sense와 antisense primer를 이용하여 PCR법으로 분석하였으며, 동시에 세포유전학적 검사도 시행하였다. PCR 분석에서 CGG 반복수가 50 이상인 경우에 대해서는 StB12.3 혹은 Pfxa3 probe를 이용한 Southern blot hybridization으로 확인하였다. 결 과：FMR-1 유전자의 CGG 반복배열에 대한 PCR 분석 결과 CGG 삼염기의 반복배열의 수는 자폐장애 환자군과 정상대조군 사이에 통계적으로 유의한 차이가 없었다(p=0.207). 자폐장애 환자에서 CGG반복수가 50회 이상인 조기변이(premutation) 환자가 2명 있었으나 Southern blot hybridization 결과 완전변이(full mutation)로 판정할 수 있는 경우는 없었다. 세포유전학적 검사에서 환자군 모두에서 정상 핵형을 나타내었으며 fragile X 염색체는 확인되지 않았다. 결 론：이상의 결과에서 자폐장애 환자가 FMR-1 유전자의 CGG 삼염기 반복부위 이상, 즉 fragile X 염색체 이상을 동반하지 않았음을 증명할 수 있었다. 이는 fragile X 증후군을 자폐장애의 직접적인 원인이라고 보기에는 어려움이 있음을 시사한다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제31권2호
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• pp.205-209
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• 2003

Recently, we introduced a new method for rapid screening of bacterial species- or subspecies-specific DNA probes, named “inverted dot blot hybridization screening method”. We then applied this method to develop species- or strain- specific DNA probes for Prevotella intermedia and Prevotella nigrescens. In those studies, among 96 candidate DNA probes which were screened by the new method, 5 probes were confirmed as being putatively strain-specific : 3 probes for P. nigrescens 9336 (ATCC 33563), one for each p. intermedia ATCC 25611 and one for P. nigrescens G8-9K-3 (ATCC 49046). In the present study, we evaluated by Southern blot analysis a DNA probe Pi29-L, one of the 96 candidate probes described above, whether it is specific for the strain ATCC 25611 off. intermedia. Our data show that the probe Pi29-L is potentially P. intermedia ATCC 25611-specific, which can be useful for the detection and identification of the strain, particularly in maintenance of the strain.