• 제목/요약/키워드: Similarity Pattern Group

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RAPD를 이용한 춘란 수집종 20 품종의 유연관계 분석 (Analysis of Genetic Relationship Among Collected Cymbidium goeringii Based on RAPD)

  • 김태복;이진재;송영주;최창학;정동춘;유영진
    • 화훼연구
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    • 제19권4호
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    • pp.225-230
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    • 2011
  • 본 연구는 춘란 품종간의 유전적 유연관계를 밝혀 교배육종에 기초자료로 활용하기 위하여 수행하였다. 춘란 수집종 20 품종에 대하여 형태적 특징 19가지를 조사하여 유연관계를 분석하였다. 20개 수집품종들은 크게 2군으로 분류되었으며, I군에는 7개의 수집 품종이 속하였고, II군에는 13개의 수집 품종이 속하였다. I군에는 잎에 무늬가 없는 품종들로 구성되어졌으며, II군에는 무늬가 있는 품종들로 구성되어졌다. 10 종의 10 mer primer를 이용하여 RAPD 분석을 통해 유전적 유연관계를 분석하였다. RAPD결과 총 89개의 band를 얻었으며 그 중 monomorphic band는 3개, polymorphic band 86개였다. 수집품종간의 전체적인 유사도는 0.521~0.862의 범위로 나타났다. 유전적 유연관계 또한 2군으로 분류되었으며, X군에는 16개의 수집품종이 속하였고, Y군에는 4개의 수집품종이 속하였다. 외형적특징을 이용한 분류와 RAPD를 이용하여 유전적 유연관계를 분류한 결과는 정확히 일치하지 않았지만 유전적 유연관계를 통하여 분류된 Y군의 품종들은 모두 외형적 특징을 이용한 분류의 II군에 포함되었다. 본 연구의 RAPD에 의한 유연관계분석에서 유사도가 낮은 품종간에 교배조합을 구성한다면 보다 높은 효율의 결과를 얻을 것으로 기대된다.

핵연료 재장전모형의 탐색을 위한 경험적 방법론의 제안 (A Proposed Heuristic Methodology for Searching Reloading Pattern)

  • 최기용;윤용구
    • Nuclear Engineering and Technology
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    • 제25권2호
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    • pp.193-203
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    • 1993
  • 재장전노심의 핵연료 장전모형 설계를 위한 기존의 알고리즘 탐색방법의 단점을 보완하기 위한 새로운 경험적 탐색방법을 개발하였다. 노심의 핵연료 장전모형으로 고려될 수 있는 수없이 많은 경우의 수를 줄이기 위하여 일반적 핵연료 배치규칙, 영역별 배치방법 그리고 장전모형의 집단화 방법을 이용하였다. 비슷한 장전모형을 모아서 집단화시키는 기준으로 엔트로피 이론을 이용하였다. 또한 PROLOG언어를 이용하여 주어진 배치규칙에 따라 장전모형을 탐색하는 프로그램을 만들었다. 장전모형들의 노심내 출력분포 해석에는 2군 nodal코드인 MEDIUM-2D를 사용하였다. 이와같은 방법을 사용한 결과 수백개 정도의 장전모형 집단을 찾아낼 수 있었고, 여기에 가연성 독봉 배치규칙에 따라 가연성 독봉을 배치한 결과 장전모형 집단의 수를 수십개까지로 감소시킬 수 있었다. 이러한 장전모형 집단들로부터 실제로 이용 가능한 장전모형을 찾아내기 위하여, 주기길이 최대화방법과 첨두 출력 최소화방법을 사용하였다. 그 결과 고리 3호기 제10주기의 예상 재장전모형보다 주기길이는 길고 첨두출력은 낮은 장전모형을 찾아낼 수 있었다.

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근전도 신호의 고차함수분석법을 이용한 정량적 재활정도 평가에 관한 연구 (A Study on the Quantitative Rehabilitation Extent Evaluation Method Using High-Order Function Waveform Analysis of EMG Signal)

  • 문동준;김주영;노시철;최흥호
    • 재활복지공학회논문지
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    • 제8권4호
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    • pp.305-312
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    • 2014
  • 본 연구에서는 재활정도를 정량적으로 표현하기 위하여 정상 보행과 모의 비정상 보행 시 보행주기에 따른 근전도 패턴에 고차 곡선 맞춤을 적용하여 분석하였다. 보행 근전도 패턴에 적합한 다항식을 생성하였으며, 그 변수를 군집분석 하여 5개의 그룹으로 분류하였다. 정상패턴을 포함한 그룹을 기준으로 거리가 가까운 그룹을 나열하여 각 변수의 분포를 확인하였다. 진폭감소 패턴, 불규칙 패턴, 역상 패턴 순으로 정상 패턴에 유사하였으며, 분류된 그룹의 분포는 중첩되는 범위가 작아 변수 값을 이용한 그룹 분류가 가능하였다. 분류된 재활정도를 정량적으로 나타내기 위하여 각 계수항의 표준편차를 패턴별로 비교하였고, 정상에 가까울수록 큰 값을 가지는 것을 확인하였다. 역상 패턴의 경우는 편차 값은 크지만 부호가 음의 값을 가지므로 가장 작았다. 본 연구의 결과인 정량적인 재활정도의 표현은 보다 효율적인 재활방법 연구에 기여할 것으로 예상된다.

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질적, 양적 접근방법에 의한 연화문, 사문의 분류원형 추출 (Prototype Extraction for the Categorization of Lotus and Crane Patterns Using Qualitative and Quantitative Approaches)

  • 장수경;김재숙
    • 한국의류학회지
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    • 제20권6호
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    • pp.1016-1026
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    • 1996
  • The purpose of this study was to extract protypes from features and concrete images of Lotus and Crane patterns. A qualitative and a quantitative methods were used. Qualitative informations were obtained from depth Interviews for pattern selection and feature extraction, and quantitative informations from a quail-experiment for pattern caregorization. The subjects were 20 female design students and non-design, students in Teajon. The results were summerized into a similarity metrix which was interpreted by the cluster analysis and the multi-dimensional scling(MDS). The patterns for the study were grouped into 8 clusters. Four dimensions were chosen for the MDS. The location of each pattern was visualized in a 2-dimesional spaces and the location of each cluster in a 3-dimensional spaces. The first dimension, "Lotus" vs "Crane" refired to pattern types, and the second dimension, "realistic" vs "transformable", the transformability. The third dimension, "simple" vs "complex", refired to the degree of simplification, and the forth dimension, "continuous" vs "discontinuous", continuity. The results of the Quantitative analysis could be summerized into 3-level prototype hiararchy In the first level, the patterns were devided clearly into two groups. Lotus and Crane by pattern types. In the second levelk, each group was devided into twosubgroups by continuity. In the third, each subgroup was divided into four subgroups by transformability and the degree of simplification. Four protypes, the final targets of the present study, were extracted from the third level. The are Stylized, Realistic, Decorative, Abstract types.d from the third level. The are Stylized, Realistic, Decorative, Abstract types.

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차종 시퀀스 패턴을 이용한 구간통행시간 계측 (Measurement of Travel Time Using Sequence Pattern of Vehicles)

  • 임중선;최경현;오규삼;박종헌
    • 한국ITS학회 논문지
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    • 제7권5호
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    • pp.53-63
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    • 2008
  • 교본 연구는, 구간속도 검지를 위한 기존의 방법인 프로브차량 방식과 차량 번호판 인식 방식의 문제점을 보완할 수 있는 대안으로써, 도로 구간 시.종점에서의 차량 시퀀스 패턴을 이용하여 구간속도 검지가 가능토록 하는 알고리즘을 개발, 제시하였다. 본 알고리즘은 구간 시.종점에서의 차량들을 '차종 순차(Precedence)패턴을 순서대로 나열한 일정한 길이의 시퀀스 그룹'으로 인식하고, 종점에서의 특정 시퀀스에 대응하는, 시점에서의 시퀀스를 탐색하여 가장 유사도가 높은 시퀀스를 동일 그룹으로 간주하여 해당 구간의 통행 시간을 산출하였다. 유사도 비용의 정의에 따라 세 가지의 모델을 제시하였으며, 차량 유출입에 의한 이상치를 제거하고 가공함으로써 정보제공 주기에 가장 적합한 구간 대표 통행시간을 산출할 수 있도록 하였다. 컴퓨터 모의 실험을 통해 구간길이와 통과차량 수를 증가시키면서 차종별, 시.종점의 시퀀스 길이별로 반복 시뮬레이션 한 결과, 평균 최대 오차율 3.46%로서 현장 적용성에서 뛰어난 가능성을 보였다.

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지리산에서 고도에 따른 질경이(Plantago asiatica) 개체군의 온도에 대한 발아습성의 변이 (Variation of the Germination Responses to Temperature of Plantago asiatica Seed Population along Altitude in Mt. Chiri)

  • Lee, Ho-Joon;Kim, Yong-Ok;Jeon, Jae-Hee;Seong, Mi-Seon;Jang, Il-Do
    • The Korean Journal of Ecology
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    • 제17권4호
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    • pp.485-499
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    • 1994
  • This study was focused on the effect of the altitude on the geographical variations of germination characteristics in the populations of Plantago asiatica L. distribute in Mt. Chiri. There was a significant difference among the 14 groups in the phenological pattern in relation to altitudes. When the altitude becomes higher, the thermal time which was required for 10 to 80% germination rate showed higher and wider distribution. On the other hand, the germination response of increasing temperature (IT) and secreasing temperature (DT) regime was classified into 3 group. The first group was the spering germination type. This group showed that the IT regime hadhigher germination rate than that of the DT regime, and was distributed in Macheon(300m) and Packmudong (500m). The second was the spring-fall germination type which was distributed in Hadong (900m) and Saemt대 (1100m). This group also showed higher germination rate in the IT regime, but the difference of the germination rate between IT and DT regime was less than that in the first group (the spring type). The third group was the early fall germination type which was found in the Nogodan (1507m), Changetomok (1750m) and Cheonwangbong (1915m). The germination rate of this group showed almost 100% similarity between IT and DT regime. These data suggested that the geographical varations of germination characteristics within species was an important ecological strategy for the survival from severe environmental conditions.

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초위성 마커를 이용한 감(Diospyros kaki Thunb.)의 유연관계 분석 (Evaluation of Genetic Diversity among Persimmon Cultivars (Diospyros kaki Thunb.) Using Microsatellite Markers)

  • 황지현;박여옥;김성철;이용재;강점순;최영환;손병구;박영훈
    • 생명과학회지
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    • 제20권4호
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    • pp.632-638
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    • 2010
  • 총 20개의 감 SSR primer set을 사용하여 완전단감(PCNA) 12품종, 불완전단감(PVNA) 13품종, 불완전 떫은감(PVA) 15품종, 완전 떫은감(PCA) 8품종 등, 총 48개 유전자원의 유전적 연관성을 분석하였다. 획득된 114개의 다형성 밴드를 이용하여 UPGMA 방식으로 유사도 및 집괴분석을 수행한 결과 48개 품종들은 크게 2개의 그룹(cluster)으로 나뉘어졌으며, 제 1 cluster는 다시 4개의 subcluster를 형성하였다. 이는 탈삽의 특성을 기준으로 분류한 품종군과 대체로 일치 함을 알 수 있고, 품종군간의 유연관계에 있어서는 완전단감군은 불완전 단감군과, 그리고 완전 떫은감은 불완전 떫은감군과 유연관계가 더욱 높은 것으로 관찰되었다. 평균 유사도의 값은 0.499였고 품종간 가장 높은 유사도 값(0.954)를 나타낸 것은 '청도반시'와 '함안반시'였고, 가장 낮은 유사도 값(0.192)를 나타낸 것은 '대마반'과 '애탕'이었다. 본 연구에 사용된 2SSR primer 들은 유럽 감품종으로부터 개발되어 보고되었지만, 일본 및 국내 품종의 연구에서도 효과적으로 사용될 수 있었고, 이들 마커들을 통해, 48개 품종 중 청도반시(Cheongdo-Bansi)와 경산반시(Gyeongsan-Bansi)를 제외한 모든 품종간 구별이 가능하였다. 이는 향후 신품종 개발시 품종보호를 위한 품종 특이적 마커로 효율적으로 사용될 수 있음을 보여준다.

Multi Trait Selection with Restriction for Cutup Carcass Value in Broiler Chicken: Genetic Relatedness of Lines Involved Based on Randomly Amplified Polymorphic DNA

  • Khosravinia, Heshmatollah;Murthy, H.N.N.;Ramesha, K.P.;Govindaiah, M.G.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제18권11호
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    • pp.1535-1541
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    • 2005
  • Five broiler chicken lines, namely HC, BPB2, CPB2, PB2 and UM1, involving in a selection program and differing in selection intensity and genetic background, were screened for randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) polymorphism using 10 selected decamer primers. Nine primers amplified the genomic DNA, generating 200 to 2,500 bp and all detected polymorphism between lines. Out of 74 bands scored using these primers, 34 (50.0%) were found to be polymorphic. The number of polymorphic loci ranged from 3 to 6 with an average of 4.33. Lines differed considerably for within-population genetic similarity estimated by band frequency (WS = 93.55 to 99.25). Between-line genetic similarity estimates based on band sharing as well as on band frequency ranged from 71.35 to 86.45 and from 73.38 to 87.68, respectively. Lines HC and PB2 were the most closely related to the other, while BPB2 and CPB2 appeared to be more distant from each other. The between-line genetic distance based on both band sharing and band frequency revealed the similar trends as for Between-line genetic similarity. Based on BS and BF criteria, BPB2 and CPB2 as well as PB2 and UM1 lines can be merged to launch a new genetic group for further progress in biometrical objectives. A phylogenetic tree, derived using Nei's coefficient of similarity revealed the different pattern of genetic distance between lines.

Morphological and Genetic Diversity of Korean Native and Introduced Safflower Germplasm

  • Shim Kang-Bo;Bae Seok-Bok;Lim Si-Kyu;Suh Duck-Yong
    • 한국작물학회지
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    • 제49권4호
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    • pp.337-341
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    • 2004
  • Morphological and genetic diversity of thirty nine safflower germplasm were collected and evaluated by Principal Component Analysis (PCA) and Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) method. Stem length and seeding to flowering days of the safflower germplasm showed $26\~117cm\;and\;76\~179$ days of variation respectively. USA originated germplasm showed higher oil content as $39\%$, but that of Japanese showed lower as $26\%$. PCA made three different cluster groups according to some agronomic characteristics of safflower. Korea originated germplasm showed similar cluster group with that of collected from USA in the PCA of stem length. But in the seeding to flowering days, it showed similar cluster pattern with that of collected from Japan rather than USA. In the experiment of RAPD analysis, total five primers showed polymorphism at the several chromosomal loci. Korea, China Japan and South Central Asia originated germplasm were differently classified with USA and South West Asia originated germplasm with lower similarity coefficient value (0.47). Most of Korea originated germplasm were grouped with South Central Asia originated germplasm with higher similarity coefficient value (0.74) conferring similar genetic background between both of them. China and Japan originated germplasm were dendrogramed with Korea originated germplasm at the 0.65 and 0.50 similarity coefficient values respectively. Some common results were expected from both of PCA and RAPD analysis, but lower genetic heritability caused by relative higher portion of environmental variance and environment by genotype interaction at the expression of those of agronomic characteristics made constraint to find any reliable results.

미각센서와 DNA 염기서열을 이용한 당귀류 비교 (Comparison of Angelica Species Roots Using Taste Sensor and DNA Sequencing Analysis)

  • 김영화;최고야;이혜원;이관호;채성욱;김윤희;이미영
    • 대한본초학회지
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    • 제27권6호
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    • pp.37-42
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    • 2012
  • Objectives : Angelica Gigantis Radix is prescribed as the root of different Angelica species on the pharmacopoeia in Korea, Japan and China. Chemical components and their biological activities were also different according to their species. A study for the development of simple method to compare Angelica roots was needed. In order to classify them, the methods such as DNA sequencing analysis and taste sensor were applied to three Angelica species like Angelica gigas, Angelica acutiloba and Angelica sinensis. Methods : PCR amplification of intergenic transcribed spacer (ITS) region was performed using ITS1 and ITS4 primer from nine Angelica roots, and then nucleotide sequence was determined. Taste pattern of samples were measured using the taste-sensing system SA402B equipped with a sensing unit, which consists of artificial lipid membrane sensor probes of anionic bitterness, astringency, saltiness, umami, and cationic bitterness (C00, AE1, CT0, AAE, and AN0, respectively). Results : As a result of comparing the similarity of the ITS region sequences, A. sinensis was discriminated from the others (A. gigas and A. acutiloba). Equally this genetic result, A. gigas and A. acutiloba showed similar taste pattern as compared to A. sinensis. Sourness, bitterness, aftertaste of bitterness, astringency, and aftertaste of astringency of A. sinensis were significantly high as compared with A. gigas and A. acutiloba. In contrast, richness was significantly low. Conclusions : These taste pattern can be used as a way of comparison of Angelica species and this technic could be applied to establish a taste pattern marker for standardization of herbs in various purposes.