• 한국식물병리학회지
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• 제14권2호
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• pp.177-183
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• 1998

A DNA fragment which is involved in tolassin production was cloned to obtain a molecular marker of Pseudomonas tolaasii, a casual agent of bacterial brown blotch disease of oyster mushroom (Pleurotus ostreatus). Tolaasin is a lipodepsipeptide toxin and known as a primary disease determinant of the P. tolaasii. It is responsible for formation of white line in agar when P. tolaasii were cultured against white line reacting organisms (WLROs). White line negative mutants (WL-) were generated by conjugation between rifampicin resistant strain of P. tolaasii and E. coli carrying suicidal plasmid pSUP2021 : : Tn5. The ability of tolaasin production of the WL- mutants was examined by hemolysis test, pathogenicity test, and high pressure liquid chromatography (HPLC) analysis of culture filtrate. All of the WL- mutants were lost the ability of tolaasin production (Tol-). Genomic library of the Tol- mutant was constructed in pLAFR3 and the cosmid clone containing Tn5 was selected. DNA fragment fro franking region of Tn5 was cloned from the plasmid and used as a probe in Southern blot. DNA-DNA hybridization with the probe to total DNA from group of bacteria ecologically similar to P. tolaasii including WLORs, fluorescent Pseudomonads isolated from oyster mushroom, P. agarici, P. gingeri, and some of other species of Psedomonas showed that some of the tested bacteria do not have any hybridized band and others have bands sowing RFLP. The cloned DNA fragment or its nucleotide sequence will be useful in detection and identification of the P. tolaasii.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제28권12호
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• pp.1992-1998
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• 2018

In 2015, Bacillus paralicheniformis was separated from B. licheniformis on the basis of phylogenomic and phylogenetic studies, and urease activity was reported as a phenotypic property that differentiates between the two species. Subsequently, we have found that the urease activity of B. paralicheniformis is strain-specific, and does not reliably discriminate between species, as strains having the same urease gene cluster were identified in B. licheniformis and B. sonorensis, the closest relatives of B. paralicheniformis. We developed a multilocus sequence typing scheme using eight housekeeping genes, adk, ccpA, glpF, gmk, ilvD, pur, spo0A, and tpi to clearly identify B. paralicheniformis from closely related Bacillus species and to find a molecular marker for the rapid identification of B. paralicheniformis. The scheme differentiated 33 B. paralicheniformis strains from 90 strains formerly identified as B. licheniformis. Among the eight housekeeping genes, spo0A possesses appropriate polymorphic sites for the design of a B. paralichenofomis-specific PCR primer set. The primer set designed in this study perfectly separated B. paralicheniformis from B. licheniformis and B. sonorensis.

• 한국가금학회:학술대회논문집
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• 한국가금학회 2005년도 제22차 정기총회 및 학술발표회
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• pp.68-69
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• 2005

Dominant white와 Extended black 은 닭의 깃털 색깔에 관여하는 유전자위로서 각각 PMEL l7과 MC1R 유전자를 암호화하며 이들의 염기서열 다형은 닭의 깃털 색깔 양상과 매우 밀접하게 연관되어있다. 본 실험은 이러한 점에 착안하여 PMEL17과 MC1R 유전자의 염기서열에서 Barred Plymouth rock, Korean Ogol Chicken and White Leghorn의 품종 특이적인 염기서열 다형을 확인하였다. PMEL17 유전자에서 8개, MC1R 유전자에서 4개씩 모두 12개의 다형이 확인되었다. White Leghorn은 모든 염기서열 다형 위치에서 다른 두 종의 닭들과 다른 염기를 가지고 있었다. 그러나 Barred Plymouth Rock과 Korean Ogol Chicken은 모든 염기서열 다형 위치에서 같은 염기를 가지고 있었다.

• 원예과학기술지
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• 제29권2호
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• pp.123-129
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• 2011

To identify unintended vertical gene-transfer rates from the developed transgenic plants, rapid and unequivocal techniques are needed to identify event-specific markers based on flanking sequences around the transgene and to distinguish zygosity such as homo- and hetero-zygosity. To facilitate evaluation of zygosity, a polymerase chain reaction technique was used to analyze a transgenic pepper line B20 (homozygote), P915 wild type (null zygote), and their F1 hybrids, which were used as transgene contaminated plants. First, we sequenced the 3'-flanking region of the T-DNA (1,277 bp) in the transgenic pepper event B20. Based on sequence information for the 3'- and 5'-flanking region of T-DNA provided in a previous study, a primer pair was designed to amplify full length T-DNA in B20. We successfully amplified the full length T-DNA containing 986 bp from the flanking regions of B20. In addition, a 1,040 bp PCR product, which was where the T-DNA was inserted, was amplified from P915. Finally, both full length T-DNA and the 1,040 bp fragment were simultaneously amplified in the F1 hybrids; P915 ${\times}$ B20, Pungchon ${\times}$ B20, Gumtap ${\times}$ B20. In the present study, we were able to identify zygosity among homozygous transgenic event B20, its wild type P915, and hemizygous F1 hybrids. Therefore, this novel zygosity identification technique, which is based on PCR, can be effectively used to examine gene flow for transgenic pepper event B20.

• 대한본초학회지
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• 제34권6호
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• pp.91-97
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• 2019

Objective : To establish a reliable tool between for the distinction of original plants of Sanguisorbae Radix, we analyzed the complete chloroplast genome sequence of Sanguisorbae Radix and identified single nucleotide polymorphisms (SNPs). Materials and methods : The chloroplast genome sequence of Sanguisorba officinalis, Sanguisorba tenuifolia f. alba (Trautv. & Mey.) Kitam and Sanguisorba tenuifolia Fisch. ex Link obtained using next-generation sequencing technology were described and compared with those of other species to develop specific markers. Candidate genetic markers were identified to distinguish species from the chloroplast sequences of each species using Modified Phred Phrap Consed and CLC Genomics Workbench programs. Results : The structure of the chloroplast genome of each sample that had been assembled and verified was circular, and the length was about 155 kbp. Through comparative analysis of the chloroplast sequences, we found 220 nucleotides, 158 SNPs, and 62 Indel (insertion and/or deletion), to distinguish Sanguisorba officinalis, Sanguisorba tenuifolia f. alba (Trautv. & Mey.) Kitam and Sanguisorba tenuifolia Fisch. ex Link. Finally, 15 specific SNP genetic markers were selected for the verification at positions. Avaliable primers for the dried herb, which is used as medicine, were used to develop the PCR amplification product of Sanguisorbae Radix to assess the applicability of PCR analysis. Conclusion : In this study, we found that Fendel-qPCR analysis based on the chloroplast DNA sequences can be an efficient tool for discrimination of Sanguisorba officinalis, Sanguisorba tenuifolia f. alba (Trautv. & Mey.) Kitam and Sanguisorba tenuifolia Fisch. ex Link.

• 대한본초학회지
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• 제24권4호
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• pp.115-120
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• 2009

Objectives : Due to the morphological similarity and frequent occurrence of intermediate forms as well as morphological variations of aerial part, the correct identification between Rhei Radix et Rhizoma and Rhei Undulatai Rhizoma is very difficult. To develop a reliable method for correct identification and improving the quality standards of Rhei Radix et Rhizoma and Rhei Undulatai Rhizoma, we analyzed RAPD and developed SCAR marker. Methods : To amplify target DNA at the genomic level, 32 Operon 10-mer random primers were applied with four Rheum species, R. officinale, R. palmatum, R. tanguticum and R. undulatum. The nucleotide sequences were determined and species-specific primers were prepared depending on the species-specific RAPD amplicons after subcloned into the pGEM-Teasy vector. To develop the SCAR markers, species-specific PCR amplification and multiplex-PCR were carried out using the single species-specific primer pairs and combinations of them, respectively. Results : We used RAPD analysis of four Rheum plant species to obtain several species-specific RAPD amplicons. From nucleotide sequences of these RAPD amplicons, we developed two SCAR markers that amplified 314 bp and 390 bp DNA fragments in only R. undulatum but not in R. officinale, R. palmatum, R. tanguticum and R. undulatum, for distinguishing Rhei Undulatai Rhizoma and Rhei Radix et Rhizoma. Furthermore, we established SCAR markers for the simultaneous discrimination of the three species within a single reaction by using multiplex-PCR. Conclusions : These genetic markers can be used for the efficient discrimination of plants species and commercial herbal medicines between Rhei Undulatai Rhizoma and Rhei Radix et Rhizoma, to ultimately prevent indiscriminate distribution and prescription of these herbal medicines.

• 대한본초학회지
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• 제25권4호
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• pp.47-54
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• 2010

Objectives : The original plant species of Schisandrae Fructus (O-mi-ja) is prescribed as Schisandra chinensis $B_{AILL.}$, in Korea, but S. chinensis $B_{AILL.}$ and S. sphenanthera $R_{EHD.}$ et $W_{ILS.}$ in China. Moreover, fruit of several other species in genus Schisandra also have been used as the same herbal medicines. To develop a reliable method for correct identification of Schisandrae Fructus and to evaluate the phylogenetic relationship of S. chinensis and its related species, we analyzed internal transcribed spacer (ITS) sequences of nuclear ribosomal DNA (nrDNA). Methods : Twenty-four plant samples of three Schisandra species and one Kadsura species, S. chinensis $B_{AILL.}$, S. spenanthera $R_{EHD.}$ et $W_{ILS.}$, S. nigra $M_{ax.}$ and Kadsura japonica $D_{UNAL}$ were collected from each different native habitate and farm in Korea and China. The nrDNA-ITS region of each samples were amplified using ITS1 and ITS4 primer and nucleotide sequences were determined after sub-cloning into the pGEM-Teasy vector. Authentic marker nucleotides were estimated by the analysis of ClastalW based on the entire nrDNA-ITS sequence. Results : In comparative analysis of the nrDNA-ITS sequences, we found specific nucleotide sequences including indels (insertions and deletions) and substitutions to distinguish C. chinensis, S. spenanthera, S. nigra, and K. japonica. These sequence differences at corresponding positions are avaliable nucleotide markers to determine the botanical origin of O-mi-ja. Moreover, we evaluated the phylogenetic relationship of four plant species by the analysis of nrDNA-ITS sequences. Conclusions : These marker nucleotides would be useful to identify the official herbal medicines by the providing of definitive information that can identify each plant species and distinguish it from unauthentic adulterants for O-mi-ja.

• 한국자원식물학회지
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• 제32권4호
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• pp.303-311
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• 2019

과피와 과육의 다양한 색은 복숭아 분류에 가장 널리 사용되는 상업적 기준 중 하나이다. 새로운 적색 과육 품종을 육성하기 위해서는 많은 교배 조합과 세대가 진전되어야 한다. 따라서 육종 효율을 높이기 위해서는 목적 형질을 가진 개체에 적용할 조기 선발 분자표지를 개발할 필요가 있다. 과육색이 다르게 발현되는 복숭아 품종의 유전자 발현을 비교하기 위해 2개의 cDNA library를 제작하였다. 적색 과육 품종인 '조생혈도'와 백색 과육 품종인 '미백도'의 유전자 발현 차이를 보기 위해 차세대 염기서열 분석(NGS) 기술을 사용하였고, 두 품종으로부터 얻은 EST의 염기서열을 결정하고 기존에 보고된 유전자와의 상동성을 분석하였다. '조생혈도'와 '미백도'의 EST database로부터 72쌍의 SNP 분자표지를 선발하였고, 적색 과육 품종 8개와 백색 과육 품종 24개를 구분할 수 있는 SNP 분자표지를 HRM 방법으로 분석하였다. 본 연구에서는 복숭아 EST database를 기반으로 HRM 분석 방법을 이용하여 복숭아 품종의 적육계와 백육계를 구분할 수 있는 효율적인 SNP 분자표지를 개발하였다. 이러한 SNP 분자표지는 복숭아 육종에 유용하게 사용할 수 있으며, 복숭아 품종의 다양한 색 변화에 관한 분자 기작 연구에 좋은 참고자료가 될 수 있을 것이다.

• 한국가금학회지
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• 제51권2호
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• pp.117-125
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• 2024

본 연구는 조우성과 만우성 닭을 식별하기 위한 유전자 마커를 발굴하고자 한 것으로 만우성과 관련된 ev21-K라는 새로운 좌위를 발견하고 이의 특성을 구명하였다. 더불어, 본 좌위의 유전적 전이 양상을 조사하여 자가 성감별 라인 조성의 이용 가능성도 살펴보았다. 본 시험을 위해 5개 품종의 닭 707수를 공시하고 이를 대상으로 유전자 마커 발굴 및 유전적 전이 시험을 수행하였다. ev21-K 특이 좌위 발굴은 깃털 발육과 연관된 ev21 유전자와 만우성 유전자인 K 유전자를 탐색하고 이들 간 염기서열을 비교 분석하여 획득하였다. 확인된 좌위의 분석을 위해 대상 서열에 대한 특정 프라이머를 제작하고 중합효소연쇄반응(PCR)을 수행하여 결과물을 획득한 후 이들의 염기 서열을 분석하였다. 발굴된 염기 서열의 유전적 전이 양상을 조사하기 위하여 조우성과 만우성 닭 간의 교배조합시험을 수행하였다. 시험결과, 발굴된 230 bp ev21-K 유전자 좌위를 ev21-related K specific sequences라 명명하였고, 이는 기존 ev21 유전자와 99%의 상동성을 나타내었다. PCR 분석을 통해 해당 서열이 만우성 닭에만 존재하는 것으로 확인되었다. 본 서열은 조직, 품종 및 연령에 관계없이 만우성 닭에만 존재하는 일관된 결과를 보여주었다. 교배 시험을 통하여 본 서열의 전이 양상을 살펴본 결과, 반성 유전을 하며 깃털 표현형과 일치하는 분리결과를 보였다. Ev21-related K specific sequences의 유전적전이 양상은 본 서열이 우성으로써 전형적인 멘델 유전에 따르는 것으로 나타났다. 결론적으로, ev21-K 특이 좌위의 새로운 서열은 품종에 관계없이 조우성과 만우성 닭을 식별하기 위한 신뢰할 수 있는 분자 마커로 확인되었다.

• 원예과학기술지
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• 제31권6호
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• pp.756-763
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• 2013

당근의 기계적인 제모 시 발생하는 종자의 손실과 발아 시의 문제점을 개선한, 고품질의 당근 종자 생산을 위한 단모종자 당근 품종 육성에 이용할 분자표지를 개발하기 위하여 본 연구를 수행하였다. 본 연구에서는 2008년도부터 2013년도까지 단모종자 표현형 CT-SMR 616 OP 389-1 개체와 장모종자 표현형 CT-SMR 616-33 개체를 자가수분하여 세대 진전된 당근 계통들을 종자모 형질 관련 RAPD-SCAR 분자표지를 개발하는데 이용하였다. 이들 계통의 종자모 길이를 현미경을 이용하여 분석하였으며, 분석된 결과를 바탕으로 계통을 세대진전 시켜, 분자표지 다형성과도 비교분석하였다. 분자 표지 개발을 위하여 세대가 고정되었다고 판단되는 2011년 계통을 대상으로 80개의 random primer를 이용한 RAPD 분석을 통해 12개의 개체간 뚜렷한 차이를 보이는 종자모 형질 관련 특이적 band를 확인하였다. RAPD-SCAR 분자표지 개발을 위해 확인된 이들 특이적 band의 염기서열 분석을 통해 SCAR primer를 작성하였으며 각 SCAR primer는 24-28mer 크기로 3조합 이상 작성하였다. 분석 결과 작성된 SCAR primer 중 $SCA2_{1.2}$가 단모종자 표현형 계통에서만 특이적으로 증폭되는 것을 확인하였다. 이 $SCA2_{1.2}$ 분자표지의 정확성을 검증하기 위해 2012년도 계통과 2013년도 계통을 이용하여 재검증하였으며, 그 결과 개발된 SCAR 분자표지는 단모종자와 장모종자 계통을 구분할 수 있는 충분한 다형성을 제공하였다. 따라서 본 연구에서 개발된 SCAR 분자표지, $SCA2_{1.2}$는 당근의 단모종자 품종 육성 연구에 충분히 활용가능 할 것으로 기대된다.