• 한국동물위생학회지
• /
• 제37권4호
• /
• pp.247-252
• /
• 2014

The economic impact of swine mycoplasma infection is high. An accurate diagnosis is often difficult and time consuming. We report the development and validation of an effective multiplex polymerase chain reaction (PCR) assay that detects Mycoplasma (M.) hyopneumoniae and M. hyorhinis. The multi detection of M. hyopneumoniae and M. hyorhinis primer set were employed to detect mycoplasma species and typing of the species was performed on the basis of sequence analysis of the PCR product. The target nucleic acid fragments were specifically amplified by M. hyopneumoniae and M. hyorhinis PCR with 16S ribosomal DNA primers. Single and mixed Mycoplasma species DNA templates were used to evaluate the specificity of the multiplex assay. The corresponding specific DNA products were amplified for each pathogen. The multiplex PCR assay provides a novel tool for simultaneous detection and differentiation of M. hyopneumoniae and M. hyorhinis.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제24권3호
• /
• pp.334-336
• /
• 2014

A new species named Aspergillus cumulatus sp. nov. is described in Aspergillus section Aspergillus (Eurotium state). The type strain (KACC $47316^T$) of this species was isolated from rice straw used in meju fermentations in Korea, and other strains were isolated from the air in a meju fermentation room. The species is characterized by growth at a wide range of water activities and the formation of aerial hyphae on malt extract 60% sucrose agar (ME60S) that resemble a cumulus cloud. Furthermore, A. cumulatus produces yellow ascomata containing small lenticular ascospores (5.1-5.7 ${\mu}m$) with a wide furrow, low equatorial crests, and tuberculate convex surface. The species is phylogenetically distinct from the other reported Aspergillus section Aspergillus species based on multilocus sequence typing using rDNA-ITS, ${\beta}$-tubulin, calmodulin, and RNA polymerase II genes.

• Parasites, Hosts and Diseases
• /
• 제41권4호
• /
• pp.209-219
• /
• 2003

The evolutionary course of the CsRn1 long-terminal-repeat (LTR) retrotransposon was predicted by conducting a phylogenetic analysis with its paralog LTR sequences. Based on the clustering patterns in the phylogenetic tree, multiple CsRn1 copies could be grouped into four subsets, which were shown to have different integration times. Their differential sequence divergences and heterogeneous integration patterns strongly suggested that these subsets appeared sequentially in the genome of C. sinensis. Members of recently expanding subset showed the lowest level of divergence in their L TR and reverse transcriptase gene sequences. They were also shown to be highly polymorphic among individual genomes of the trematode. The CsRn1 element exhibited a preference for repetitive, agenic chromosomal regions in terms of selecting integration targets. Our results suggested that CsRn1 might induce a considerable degree of intergenomic variation and, thereby, have influenced the evolution of the C. sinensis genome.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제28권12호
• /
• pp.1992-1998
• /
• 2018

In 2015, Bacillus paralicheniformis was separated from B. licheniformis on the basis of phylogenomic and phylogenetic studies, and urease activity was reported as a phenotypic property that differentiates between the two species. Subsequently, we have found that the urease activity of B. paralicheniformis is strain-specific, and does not reliably discriminate between species, as strains having the same urease gene cluster were identified in B. licheniformis and B. sonorensis, the closest relatives of B. paralicheniformis. We developed a multilocus sequence typing scheme using eight housekeeping genes, adk, ccpA, glpF, gmk, ilvD, pur, spo0A, and tpi to clearly identify B. paralicheniformis from closely related Bacillus species and to find a molecular marker for the rapid identification of B. paralicheniformis. The scheme differentiated 33 B. paralicheniformis strains from 90 strains formerly identified as B. licheniformis. Among the eight housekeeping genes, spo0A possesses appropriate polymorphic sites for the design of a B. paralichenofomis-specific PCR primer set. The primer set designed in this study perfectly separated B. paralicheniformis from B. licheniformis and B. sonorensis.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제54권4호
• /
• pp.367-377
• /
• 2003

연구배경 : 결핵균에 감염된 사람 중 약 10%만이 임상적으로 발병하는 것으로 보아 결핵의 발병 감수성에 숙주의 유전적 인자가 작용할 것으로 생각되고 있다. 저자들은 한국인 폐결핵 환자를 대상으로 고해상도 HLA 형별검사를 이용한 대립유전자 수준의 HLA-DR 및 DQ 유전자의 연관성에 대해 분석해 보았다. 방 법 : 이전 결핵 치료력이 없는 결핵 환자 67명(약제감수성군 38명, 다제내성군 29명)과 200명의 정상대조군을 대상으로 하였으며 HLA-DRB1 형별검사는 reverse SSO (sequence specific oligonucleotide)와 PCR-SSCP (single strand conformational polymorphism) 방법으로, DQB1 형별검사는 PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism), PCR-SSCP 및 PCR-SSP (sequence specific primer) 방법으로 시행하였다. 결 과 : 결핵환자군 중 다제내성군에서 대조군에 비해 DRB1*0701과 *08032의 빈도가 약 2배 정도 증가되는 경향을 보였고 이들 대립유전자와 연관된 DQB1*0202와 *0601(15.5% vs 34.5%, p=0.01)이 증가되었다. DQB1*0609는 결핵환자군에서 대조군에 비해 유의하게 증가되었고(4.0% vs 14.9%, p=0.004), 약제감수성군과 다제내성군에서 유사한 정도의 증가를 보였다. 폐병변의 중증도와 HLA의 연관성을 보면 덜 진행된 군(약제감수성군의 경증, 다제내성군의 중등증)에 비해 더 진행된 군(약제감수성군의 중등증+중증, 다제내성군의 중증)에서 DRB1*08032(4.2% vs 32.6%, p=0.007)와 DQB1*0601(12.5% vs 34.9%, p=0.047)이 유의하게 증가되었다. DQB1*0609는 다제내성군에서는 중증군에서, 약제감수성군에서는 경증군에서 대조군에 비해 유의하게 증가되었고 DRB1*0701과 DQB1*0202는 다제내성군의 중등증군에서만 유의하게 증가되어 이들 대립유전자는 폐병변의 중증도와 일정한 연관을 보이지는 않았다. 결 론 : HLA-DRB1*08032 및 DQB1*0601 대립유전자는 한국인에서 다제내성 결핵의 유전적 감수성인자로 생각되며 질환의 중증도와도 연관을 보이는 것으로 나타났다.

• 한국미생물학회:학술대회논문집
• /
• 한국미생물학회 2002년도 추계학술대회
• /
• pp.180-182
• /
• 2002

Substantial genomic diversity has been expected among clinical isolates of H. pylori. We have suggested that the two complete H. pylori genomes already sequenced may be insufficient for providing a discriminatory tool for typing clinical isolates as well as an insight into the genomic diversity, which enable to establish strategy for control of H. pylori infection. In this study, we determine the nucleotide sequence of the entire genome of Korean strain 51 and compare it with two reported genomic sequences to suggest validity for extensive genomic sequencing of H. pylori. The genome of H. pylori 51 consists of a circular chromosome with a size of 1,591,297 bp, which is corresponding to $95.4\%\;and\;96.8\%$ of the 26695 and J99 chromosome length, respectively. We predict that there are 1,454 open reading frames (ORFs) in 51, representing $91.4\%\;and\;97.2\%$ of the reported numbers of ORF of 26695 and J99, respectively. In contrast to 26695 and J99 that have 123 and 65 strain-specific genes, respectively, of the 1,454 genes, only 39 genes are unique to 51. Differences in genomic organization between 51 and each foreign strain were greater than between 2 foreign strains in pair wise entire sequence alignments by BLASTN. Particularly, the extent of genomic rearrangement observed between 51 and 26695 is higher than between 51 and J99. Multiple sequence alignment of orthologous genes among 3 strains showed that 51 is genetically closer to 26695 rather than J99. Phylogenetic analysis of nonsynonymous and synonymous mutation indicated J99 has the longest branch length in the unrooted phylogenetic tree, suggesting that J99 has higher mutation rate than the other 2 strains.

• 생명과학회지
• /
• 제17권3호통권83호
• /
• pp.402-406
• /
• 2007

우리나라에 분포하는 멧토끼 (Lepus coreanus)의 성판별을 위한 분자 표지자를 개발하기 위하여, X, Y 염색체간 상동인 ZFX와 ZFY 유전자들의 성별 이형성에 초점을 맞추어 본 연구를 수행하였다. ZFX와 ZFY 유전자의 인트론 7 영역은 멧토끼의 암수가 구분되는 증폭 양상을 나타내었다. 인트론 7의 길이는 각각 ZFX에서 538, ZFY에서 233-bp로 확인되었다. 특히, ZFX의 인트론 7에서는 RNA-매개성 전위인자 중 한 종이며 토끼의 유전체에서 빈번하게 관찰되는 CSINE2와 유사한 반복서열이 발견되었다. 반면, 반복서열은 ZFY의 인트론 7에서는 관찰되지 않았다. ZFX와 ZFY 유전자의 인트론 7에서 확인된 길이의 차이에 근거하여 중합효소연쇄반응 기법을 이용한 유전자 성판별을 수행하였다. 시험에 이용된 모든 DNA시료들은 ZFX에서 증폭된 공통의 밴드를 가지고 있었다. 이에 반해, 멧토끼 수컷 DNA들은 각각 ZFX와 ZFY에서 증폭된 두 개의 구분되는 밴드들을 나타내었다. ZFX-ZFY 유전자·성판별 결과는 표현형 성별 정보뿐만 아니라 수컷-특이적인 SRY 유전자의 증폭양상과도 일치한 결과와도 정확히 일치하였다. 이상의 결과들은 멧토끼에서 ZFX와 ZFY의 인트론 7 영역간의 성별 이형성은 유전자 성판별을 위한 유용한 유전자 표지자가 될 것으로 사료된다.

• Journal of Veterinary Science
• /
• 제22권5호
• /
• pp.68.1-68.15
• /
• 2021

Background: Colistin and carbapenem-resistant bacteria have emerged and become a serious public health concern, but their epidemiological data is still limited. Objectives: This study examined colistin and carbapenem resistance in Escherichia coli and Salmonella from pigs, pig carcasses, and pork in Thailand, Lao PDR, and Cambodia border provinces. Methods: The phenotypic and genotypic resistance to colistin and meropenem was determined in E. coli and Salmonella obtained from pigs, pig carcasses, and pork (n = 1,619). A conjugative experiment was performed in all isolates carrying the mcr gene (s) (n = 68). The plasmid replicon type was determined in the isolates carrying a conjugative plasmid with mcr by PCR-based replicon typing (n = 7). The genetic relatedness of mcr-positive Salmonella (n = 11) was investigated by multi-locus sequence typing. Results: Colistin resistance was more common in E. coli (8%) than Salmonella (1%). The highest resistance rate was found in E. coli (17.8%) and Salmonella (1.7%) from Cambodia. Colistin-resistance genes, mcr-1, mcr-3, and mcr-5, were identified, of which mcr-1 and mcr-3 were predominant in E. coli (5.8%) and Salmonella (1.7%), respectively. The mcr-5 gene was observed in E. coli from pork in Cambodia. Two colistin-susceptible pig isolates from Thailand carried both mcr-1 and mcr-3. Seven E. coli and Salmonella isolates contained mcr-1 or mcr-3 associated with the IncF and IncI plasmids. The mcr-positive Salmonella from Thailand and Cambodia were categorized into two clusters with 94%-97% similarity. None of these clusters was meropenem resistant. Conclusions: Colistin-resistant E. coli and Salmonella were distributed in pigs, pig carcasses, and pork in the border areas. Undivided-One Health collaboration is needed to address the issue.

• 대한임상검사과학회지
• /
• 제51권2호
• /
• pp.260-264
• /
• 2019

84세 여성이 항문까지 욕창이 번져 응급실에 내원하였다. 그녀는 근처의 요양기관에서 전원되었고, 입원시 소변 도뇨관을 달고 있었으며 열은 없었다. 그람염색에서 많은 수의 포도상구균과 >25의 호중구 (${\times}1000$배 렌즈)가 관찰되었다. 24시간 배양한 혈액한천배지에서 용혈이 없는 점액성의 집락이 관찰되었으며 배양 48시간에는 점액성이 더욱 확대되었다. India ink로 염색하여 협막의 모습을 관찰하였으며, 카타라제 양성, 라텍스법 혈액응고효소 음성, 시험관법 혈액응고효소 음성소견을 보였다. Vitek-2와 질량분석기인 Vitek MS V-3 IVD에서 S. aureus로 나타났으며, 16S rRNA 유전자 염기서열 분석 및 Multilocus sequencing typing (MLST)에서 S. aureus로 표준균주인 ATCC 29213과 99.9% 일치를 보였다. 본 증례는 용혈성이 없고, 점액성이 강하며, 라텍스법 혈액응고효소 음성, 시험관법 혈액응고효소 음성소견을 보이는 MRSA를 동정하여 이를 보고한다.

• 한국식품과학회지
• /
• 제40권1호
• /
• pp.101-105
• /
• 2008

시판되고 있는 선식 원료를 수거하여 최근 새로운 식중독균으로 보고되고 있는 Enterobacter sakazakii 분리 실험을 실시하였다. 그 결과 총 23종의 선식 원료 중 8개의 선식 원료에서 E.sakazakii로 추정되는 콜로니를 분리할 수 있었으며 API 20E kit를 이용하여 1차적으로 동정한 결과, 다시마 분말, 멸치 분말, 현미 분말, 청국장 분말 및 멥쌀 분말에서 E. sakazakii를 분리할 수 있었다. 이후 3 종의 primer를 이용한 PCR을 실시하여 2차적으로 동정하였다. 또한, 분리된 균주에 대한 RAPD-PCR을 실시하여 최종적으로 8종의 분리균으로 molecular typing을 할 수 있었다.