• 식물병연구
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• 제24권3호
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• pp.233-236
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• 2018

A multiplex RT-PCR (mRT-PCR) assay was developed for the detection of the recently reported viruses, Cherry virus A (CVA), Little cherry virus 1 (LChV-1), and Little cherry virus 2 (LChV-2), in cherry plants in Korea. Eight sets of primers were designed for each virus and their specificity was tested by using various combinations of mixed primer sets. From the designed primer sets, one combination was selected and further evaluated to estimate the optimum temperature and detection limits of the mRT-PCR. A newly developed mRT-PCR assay was also tested using 20 cherry samples collected in the field. This mRT-PCR assay may be a useful tool for field surveys of diseases and the rapid detection of these three viruses in cherry plants.

• 지능정보연구
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• 제15권1호
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• pp.1-14
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• 2009

본 연구에서는 한정 용량 차량 경로탐색 문제(CVRP, Capacitated Vehicle Routing Problem)에서 이분 시드 검출 방법(Bisection Seed Detection)을 이용한 휴리스틱 알고리즘을 제안하였다. 이 알고리즘은 3단계로 구성된다. 1단계에서는 improved sweep 알고리즘을 이용해서 초기 클러스터를 구성한다. 2단계에서는 1단계에서 얻은 각 클러스터에 대하여 이분 시드 검출 법을 이용해서 seed 노드를 선택하고, regret 값에 따라 각 경로에 고객 노드들을 삽입 함으로서 차량 이동 경로를 생성한다. 3단계에서는 tabu 탐색 방법과 노드 교환 알고리즘(node exchange algorithm)을 이용하여 2단계에서 얻어진 각 경로를 더욱 향상 시킨다. 본 논문의 실험에서는 제안된 휴리스틱이 비교적 빠른 시간 내에 최적 근사 값을 얻을 수 있음을 보였으며, 이는 빠른 실행 시간을 요구하는 실 업무에 유용하다.

• 한국멀티미디어학회논문지
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• 제17권10호
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• pp.1171-1181
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• 2014

In this paper, we propose improved methods which are image conversion and extraction method of watershed seed using morphological characteristic of teeth on complement image. Conventional tooth segmentation methods are occurred low detection ratio at molar region and over, overlap segmentation owing to specular reflection and morphological feature of molars. Therefore, in order to solve the problems of the conventional methods, we propose the image conversion method and improved extraction method of watershed seed. First, the image conversion method is performed using RGB, HSI space of tooth image for to extract boundary and seed of watershed efficiently. Second, watershed seed is reconstructed using morphological characteristic of teeth. Last, individual tooth segmentation is performed using proposed seed of watershed by watershed algorithm. Therefore, as a result of comparison with marker controlled watershed algorithm and the proposed method, we confirmed higher detection ratio and accuracy than marker controlled watershed algorithm.

• The Plant Pathology Journal
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• 제34권6호
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• pp.490-498
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• 2018

Panicle blight and seed rot disease caused mainly by Burkholderia glumae and Burkholderia gladioli is threatening rice cultivation worldwide. The bacteria have been reported as seed-borne pathogens from rice. Accurate detection of both pathogens on the seeds is very important for limiting the disease dissemination. Novel primer pairs targeting specific molecular markers were developed for the robust detection of B. glumae and B. gladioli. The designed primers were specific in detecting the target species with no apparent cross-reactions with other related Burkholderia species at the expected product size. Both primer pairs displayed a high degree of sensitivity for detection of B. glumae and B. gladioli separately in monoplex PCR or simultaneously in duplex PCR from both extracted gDNA and directly preheated bacterial cell suspensions. Limit of detection was as low as 0.1 ng of gDNA of both species and $3.86{\times}10^2cells$ for B. glumae and $5.85{\times}10^2cells$ for B. gladioli. On inoculated rice seeds, the designed primers could separately or simultaneously detect B. glumae and B. gladioli with a detection limit as low as $1.86{\times}10^3cells$ per rice seed for B. glumae and $1.04{\times}10^4cells$ per rice seed of B. gladioli. The novel primers maybe valuable as a more sensitive, specific, and robust tool for the efficient simultaneous detection of B. glumae and B. gladioli on rice seeds, which is important in combating rice panicle blight and seed rot by early detection and confirmation of the dissemination of pathogen-free rice seeds.

• The Plant Pathology Journal
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• 제22권1호
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• pp.11-15
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• 2006

Five seed samples of carrot were tested to detect Alternaria spp. by blotter method. A. alternata and A. radicina were detected from all the seed samples as high as $25.8-70.5\%$ and $37.5-63.5\%$, respectively. A. dauci was detected from four seed samples as low as $0.5-7.5\%$. The three Alternaria spp. were detected from the pericarp and the seed coat and endosperm of the carrot seeds but not from the embryo by component plating test. A. alternata and A. radicina were much more detected from the pericarp than the seed coat and endosperm. A. dauci was detected from the pericarp and the seed coat and endosperm at similar rate. The seed sample which was most severely infected with A. radicina showed the lowest rate of germination in the test on top of paper (TP). In the TP test, differences in total infection rate of A. radicina and A. dauci of the seed samples were very closely correlated with those in incidence of seedling rot on the seed samples. However, there was no correlation between infection rate of A. alternata and rate of germination or seedling rot of the seed samples. Soil test for seedling growth revealed that there was no correlation between differences in total infection rate of A. radicina and A. dauci and those in rate of normal seedlings of the seed samples.

• 생물환경조절학회지
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• 제13권2호
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• pp.90-95
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• 2004

대립종자의 자동정렬파종기의 씨눈위치 자동판정장치를 개발하기 위한 연구로서 수행된 이 연구는 기계 시각을 이용하여 대립종자의 씨눈 위치가 공급 방향을 기준으로 앞 또는 뒤쪽 어느 쪽에 위치해 있는지를 검출하기 위함이다. 참박, 특토좌, 흑종에 대한 씨눈위치를 판정하기 위하여 종자의 공급자세에 따른 판정정도를 조사하였다. 참박의 경우 공급자세가 $30^{\circ}$ 경우에는 77.8%의 정확도를 나타냈지만,$ 0^{\circ}$와 $15^{\circ}$때는 100% 검출 정확도를 나타내었다. 특토좌의 경우 공급자세 $30^{\circ}$에서 89.5%, $0^{\circ}$와 $15^{\circ}$에서는 100%의 판정 정확도가 나타났다. 흑종의 경우에 있어서는 공급자세 $30^{\circ}$에서 94.4%이었고 나머지는 100%의 정확도를 나타냈다. 따라서 정렬파종장치의 공급부에서 종자가 공급될 때 기계적인 메카니즘으로 $30^{\circ}$ 이상 기울어지는 것을 방지할 수 있고 $15^{\circ}$까지 기울어진다 해도 씨눈위치를 판정할 수 있기 때문에 향후 파종장치의 한 부분으로서 사용할 수 있을 것으로 판단되었다.

• 정보처리학회논문지B
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• 제19B권4호
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• pp.209-220
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• 2012

본 논문에서는 보행자에 장착된 카메라로부터 입력된 자연영상에서의 구조적 패턴 변화에 강인한 적응적인 보도 영역 검출 기법을 제안한다. 제안하는 방법에서는 다양한 패턴을 가지는 보도 환경에서 안정적으로 보도 영역을 분할하기 위해 첫 번째 단계에서는 소실점에 기반하는 VRay를 이용한 방사형 영역 분할법을 통해 보도의 경계선을 검출하여 보도의 후보영역을 분리하며, 두 번째 단계에서는 분리된 후보영역 내에서의 시드 영역 확장법(SRG)을 개선한 적응적 다중 시드 영역 확장법(A-MSRG)를 통해 구조적 패턴이 반복되는 보도 영역을 실시간으로 검출하는 방법을 수행한다. 성능평가를 위해 제안된 방사형 영역 분할법과 A-MSRG와의 결합에 의한 영역 검출 결과의 효율성을 측정한다. 기존의 SRG, MSRG 방법과의 비교 수행을 통해 제안된 방법의 타당성을 입증하였다.

• 한국정보통신학회:학술대회논문집
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• 한국정보통신학회 2015년도 추계학술대회
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• pp.687-690
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• 2015

전방 추돌 경보 시스템(FCWS) 및 차선 이탈 경보 시스템(LDWS)에서 차선 및 객체 검출을 위한 관심영역은 차도영역으로 설정되어야 한다. 분수계 분할(watershed segmentation)방법은 차도영역을 분리하기에 효과적인 알고리즘이다. 이 알고리즘은 초기 seed에 속해있는 watershed line과 국부 최소값에 따라서 분할 결과가 다르게 나타나는데 차도 seed에 그 이외의 영역이나 차량이 포함될 경우에 차도 이외의 부분이 차도영역으로 포함되어 분할된다. 이런 문제점을 보완하기 위해 도로 환경에 따라 차도 seed를 적응적으로 변경해야 한다. 그 방법으로 영상을 여러 개의 관심영역으로 분할하여 차선을 검출하고 자기차선을 잇는 직선을 초기 seed로 설정한다. 설정된 seed에 차량이 검출되면 seed 위치를 조정하고 조정된 위치에서 차선을 지나지 않는다면 차선을 지나도록 seed의 크기를 조정하여 최종적인 seed를 결정한다. 최종적으로 결정된 seed를 통해서 도로환경에 따라 적응적으로 차도영역을 검출을 가능하게 한다.

• 식물병연구
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• 제21권2호
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• pp.74-81
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• 2015

박과 작물에서 과일썩음병(bacterial fruit blotch)을 일으키는 Acidovorax citrulli를 종자로부터 검출하기 위한 특이적이고 민감한 nested-PCR 방법을 개발하였다. 본 연구에서는 Next Generation Sequencing을 이용하여 draft genome sequencing을 얻은 후 이를 분석하여 PCR 프라이머를 디자인하였고, 이들 프라이머의 A. citrulli에 대한 특이성을 확인하여 Ac-ORF 21F/Ac-ORF 21R의 nested PCR 프라이머를 최종 선발하였다. Ac-ORF 21F/Ac-ORF 21R는 오직 A. citrulli에서만 특이적으로 140bp 크기의 DNA를 증폭하였으며, 그 검출민감도는 1차 PCR 검출한계(10 ng genomic DNA/PCR)보다 검출한계를 10,000배 증가시켰다. 개발된 nested-PCR 방법을 통해 병원균을 인공접종한 수박 종자의 외부검사에서 $10^1cfu/ml$까지 인공 접종 한 모든 종자 시료에서 병원균을 검출하였고, 병원균을 인공접종 한 수박 종자의 내부검사에서는 병원균이 검출되지 않았다. 자연 감염 수박 종자의 외부검사에서는 10개의 반복 시료 중 2개에서, 그리고 종자 내부검사에서는 10개의 반복 시료 중 5개에서 A. citrulli를 검출하였다. 본 연구에서 개발한 nested-PCR은 특이성과 민감도가 높고 인공접종과 자연감염 수박 종자에서도 병원균의 검출이 가능하여 박과 작물의 종자로부터 A. citrulli를 검출하는데 효과적으로 사용될 수 있을 것으로 생각된다.

• 식물병연구
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• 제17권1호
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• pp.44-51
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• 2011

우리나라에서 주로 재배되는 가지과작물의 종자 전염 병원균 중에서 세균성 병원균 Xanthomonns campestris pv. vesicatoria(Xcv), Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm), Erwinia carotovora subsp. carotovora (Ecc)와 바이러스 병원균 Pepper mild mottle virus (PMMoV) and Tobacco mild green mosaic virus (TMGMV)를 종자로부터 동시검출하기 위한 One-step Multiplex RT-PCR을 개발하였다. 각각의 병원균을 특이적으로 증폭시키는 병원균 검출용 프라이머 15세트를 primer-blast 프로그램을 이용하여 제작하였고 각각의 병원균을 특이적으로 검출할 수 있는 5세트의 프라이머 세트(Cmm-F/R, Ecc-F/R, Xcv-F/R, PMMoV-F/R, TMGMVF/R)를 선발하였다. 이들 프라이머 세트는 프라이머간의 또는 병원균 cDNA간의 간섭없이 타겟 병원균만을 검출하였다. 가지과 작물 중에서 유통 중인 고추종자 20품종과 토마토종자 10품종에 대한 종자 감염 병원균 검출을 위한 PCR을 수행한 결과, 2개 품종의 토마토종자에서 Ecc가 검출되었고 4개 품종의 고추종자에서도 Ecc가 검출되었다. 특히 고추 종자에선 Ecc가 검출된 4개 품종 외에 1개 품종에서 PMMoV, TMGMV가 동시 검출되었다. 이로 인해 개발된 One-step multiplex RT-PCR은 서로 간섭 현상 없이 병원균을 효율적으로 검출할 수 있음을 보여 주었다.