• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2020년도 춘계학술대회
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• pp.46-46
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• 2020

Finger millet is more nutritious than other and millets and widely cultivate in tropical regions of the world. Furthermore, it is more tolerant against biotic and abiotic stresses such as pest, drought and salt. For this reason, finger millet is one of the putative crops to introduce and cultivate on reclaimed land and prepare the global climate exchange in Korea. In present study, genetic diversity and structure of different populations of finger millet from Africa and South Asia was examined at molecular level using newly developed EST-Simple Sequence Repeat (EST-SSR) markers. In total, 46 primers produced 292 alleles in a size range of 100-500 bp and mean Polymorphism Information Content (PIC) and Marker Index (MI) were 0.372 and 1.04, respectively. 46 primers showed polymorphism and 21 primers were identified as having a PIC value above 0.5. Principal coordinates analysis and the dendrogram constructed out of combined data of both markers showed grouping of finger millet accessions to their respective area of collection. The 156 accessions were more classified into four groups, such as three groups of Africa collection and one group of Asia. Results of present study can be useful in identifying diverse accessions and management of this plant resource. Moreover, the novel SSR markers developed can be utilized for various genetic analyses in this species in future.

• 한국작물학회지
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• 제47권5호
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• pp.379-383
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• 2002

Allelic diversity of 44 microsatellite marker loci originated from the coding regions of specific genes or the non-coding regions of barley genome was analyzed for 19 barley genotypes. Multi-allelic variation was observed at the most of marker loci except for HVM13, HVM15, HVM22, and HVM64. The number of different alleles ranged from 2 to 12 with a mean of 4.0 alleles per micro-satellite. Twenty-one alleles derived from 10 marker loci are specific for certain genotypes. The level of polymorphism (Polymorphic Information Content, PIC) based on the band pattern frequencies among genotypes was relatively high at the several loci such as HVM3, HVM5, HVM14, HVM36, HVM62 and HVM67. In the cluster analysis using genetic similarity matrix calculated from microsatellite-derived DNA profiles, two major groups were classified and the spike-row type was a major factor for clustering. Correlation between genetic similarity matrices based on microsatellite markers and pedigree data was highly significant ($r=0.57^{**}$), but these two parameters were moderately associated each other. On the other hand, RAPD-based genetic similarity matrix was more highly associated with microsatellite-based genetic similarity ($r=0.63^{**}$) than coefficient of parentage.

• 한국작물학회지
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• 제54권2호
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• pp.231-240
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• 2009

우리나라에서 1994년부터 2007년까지 보급된 콩 20개 보급품종과 6개의 유망품종을 포함한 26개의 엘리트품종들을 SSR마커를 이용하여 유전적 다양성과 유연관계를 분석하고, 품종을 판별한 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. SSR마커 15개를 이용하여 분석한 결과 총 201개의 대립인자가 확인되었고, 각 유전좌별로 최소 8개(Satt141)에서 최대 19개(Satt197)의 대립인자가 확인되었으며, 마커당 대립인자수는 평균 13.4개이었다. 2. 15개 SSR마커에 의한 국내 콩 엘리트품종들의 유전적다양성 (PIC값)은 평균 0.874이었고 그 범위는 0.931-0.782이었으며, 마커별로는 Satt197이 0.931로 가장 높았고 Satt141이 0.782로 가장 낮았다. 3. SSR마커를 이용한 유전적거리에 의한 군집분석한 결과, 26개 품종이 3개 그룹으로 분류되었으며, I그룹에 2품종(7.7%), II그룹에 7품종(26.9%), 그리고 III그룹에 17품종(65.4%)이 속하였다. 4. SSR마커에 의하여 분류된 3그룹내의 유전적 다양성은 0.720-0.799으로 평균 0.769이었고, 그룹간의 유전적 다양성은 0.725-0.857으로 평균 0.813이었다. 그룹간이 그룹내보다 유전적 다양성이 더 높았으며, 유연관계는 I그룹은 II그룹 및 III그룹과 유전적거리가 가까웠으며, II그룹과 III그룹간은 서로 유전적거리가 다소 멀었다. 5. 다형성이 높은 5개의 SSR마커 중에서 2개 마커를 이용한 5개조합($Satt197+Sat_088$, Satt197+Satt245, $Sat_088+Sat_036$, $Sat_088+Satt245$, Satt185+Satt245)이 선정되었으며, 이중 어느 조합을 사용하여도 26개 엘리트품종 모두의 판별이 가능하였다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제44권4호
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• pp.416-430
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• 2017

The kenaf plant is used widely as food and in traditional folk medicine. This study evaluated the morphological characteristics, functional compounds, and genetic diversity of 32 kenaf cultivars from a worldwide collection. We found significant differences in the functional compounds of leaves from all cultivars, including differences in levels of chlorogenic acid isomer (CAI), chlorogenic acid (CA), kaempferol glucosyl rhamnoside isomer (KGRI), kaempferol rhamnosyl xyloside (KRX), kaemperitrin (KAPT) and total phenols (TPC). The highest TPC, KAPT, CA, and KRX contents were observed in the C22 cultivars. A significant correlation was observed between flowering time and DM yield, seed yield, and four phenolic compounds (KGRI, KRX, CAI, and TPC) (P < 0.01). To assess genetic diversity, we used 80 simple sequence repeats (SSR) primer sets and identified 225 polymorphic loci in the kenaf cultivars. The polymorphism information content and genetic diversity values ranged from 0.11 to 0.79 and 12 to 0.83, with average values of 0.39 and 0.43, respectively. The cluster analysis of the SSR markers showed that the kenaf genotypes could be clearly divided into three clusters based on flowering time. Correlations analysis was conducted for the 80 SSR markers; morphological, chemical and growth traits were found for 15 marker traits (corolla, vein, petal, leaf, stem color, leaf shape, and KGRI content) with significant marker-trait correlations. These results could be used for the selection of kenaf cultivars with improved yield and functional compounds.

• 한국육종학회지
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• 제41권2호
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• pp.106-114
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• 2009

우리나라 찰옥수수 및 종실용 옥수수 품종들의 교배친인 11개의 자식계통의 유전적 다양성 및 계통간 유연관계를 50개의 SSR 마커를 사용하여 분석한 결과는 다음과 같다. 1. 50개의 SSR primer들은 찰옥수수 및 종실용 옥수수 품종들의 교배친인 11개 자식계통들에서 총 171개의 대립단편을 증폭시켰고, 각 SSR primer들에서 증폭된 대립단편의 수는 최소 2개에서 최대 6개의 범위로 나타나 SSR loci당 평균 3.4개가 증폭되었으며, 유전적 다양성 값은 0.165에서 0.900 수준의 값을 보여 평균 0.596 값을 나타내었다. 2. 찰옥수수 품종들의 경우 미백찰의 교배친인 HW3과 HW4 자식계통은 34개의 SSR 마커, 미백2호의 교배친인 HW3과 HW9 자식계통은 29개의 SSR 마커, 조미찰의 교배친인 HW5와 HW6 자식계통은 33개의 SSR 마커, 그리고 미흑찰의 교배친인 HW7과 HW8 자식계통은 26개의 SSR 마커들에서 각각 공우성을 나타내었다. 그러나 종실용 옥수수 품종인 강일옥의 교배친인 HF1과 HF2는 단 1개의 마커(umc1588)만 공우성이었다. 3. 11개의 자식계통들은 유전적 유사성 0.616 수준에서 크게 3개의 Group으로 구분되었다. Group I은 유전적 유사성 0.616에서 0.730 수준의 범위에서 7계통(KL103, HW1, HW4, HW6, HW7, HW8, HW9)을 포함하고 있었고, Group II는 유전적 유사성 0.959 수준에서 2계통(HF1, HF2)을 포함하고 있었으며, 그리고 Group III은 유전적 유사성 0.713 수준에서 2계통(HW3, HW5)을 포함하고 있었다. 4. 찰옥수수 품종들의 교배친 자식계통들에서의 유전적 유사성은 미백찰의 교배친인 HW3과 HW4 자식계통들 사이에서는 0.584, 미백2호의 교배친인 HW3과 HW9 자식계통들 사이에서는 0.631, 조미찰의 교배친인 HW5과 HW6 자식계통들 사이에서는 0.590, 그리고 미흑찰의 교배친인 HW7과 HW8자식계통들 사이에서는 0.631 이었다. 그리고 종실용 옥수수인 강일옥의 교배친 HF1과 HF2 자식계통은 유전적 유사성이 0.959로 매우 가까운 유연관계를 나타내었다.

• 한국생명과학회:학술대회논문집
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• 한국생명과학회 2006년도 제47회 학술심포지움 및 추계국제학술대회
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• pp.40.2-40.2
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• 2006

• 한국육종학회지
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• 제41권2호
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• pp.115-125
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• 2009

국내에서 육성된 벼 품종 중에서 1998년부터 2005년까지 국립종자관리소를 통하여 보급된 67개 벼 품종을 가지고 벼 11개 염색체로부터 선발한 20개 SSR 마커들로 분석한 결과 총 대립인자수는 149개였으며 대립인자 수의 범위는 4~14개이었고 평균 대립인자 수는 7.5개였다. 대립인자들의 분자량의 변이는 RM335에서 51bp로 가장 컸고 RM253이 4 bp로서 가장 작았다. 분석에 사용한 20개 SSR 마커의 PIC값은 0.45(RM202) ~ 0.87(RM204)의 범위이었으며 평균 PIC값은 0.67이었다. 벼의 품종판별 기술을 확립하기 위하여 20개 SSR 마커 중에서 7개의 SSR 마커(RM204, RM257, RM21, RM224, RM249, RM253 및 RM264)를 이용하였는데, 총 대립인자 수는 67개이었고, 범위는 4~14개이었으며, 평균 대립인자 수는 9.6개이었다. PIC값은 0.48(RM253) ~ 0.87(RM204)의 범위이었으며, 평균 PIC값은 0.72이었다. 7개 SSR 마커의 대립인자들의 조합으로 7단계의 판별을 통하여 총 67품종 중에서 63품종이 구별되어 약 94%가 판별되었다. 판별 1단계에서 RM204로 판별하였을 때 일미벼와 동진찰벼의 2품종만이, 2단계의 RM257로 화동벼 등 15품종이, 3단계의 RM21로는 수라벼 등 23품종이, 4단계의 RM224로는 운광벼 등 10품종이, 5단계의 RM249로는 만안벼 등 6품종이, 6단계에서는 RM253으로 신동진벼 등 3품종이, 7단계에는 RM264로 화영벼 등 3품종이 판별되었다. 이와 같이 SSR 마커의 대립인자들을 효과적으로 조합하여 이용하면 동일한 품종명으로 알려져 있지만 서로 다른 벼 품종의 판별에 효과적으로 이용될 수 있을 것으로 전망된다.

• 한국작물학회지
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• 제60권3호
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• pp.293-299
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• 2015

밀의 등숙기간, 종자 수, 종자무게와 관련된 SSR 마커 14개를 이용하여 터키에서 분양받은 내고온성 유전자원 23개와 국산밀 품종 7개, Chinese spring 1개 등 31개를 분석한 결과, 전체 86개의 대립유전자(평균 6.14개)가 확인되었다. 평균 PIC 값은 0.64로 나타났다. 다형성 분석을 통한 마커 데이터를 이용하여 계통 분석을 한 결과 크게 세 그룹으로 형성되었다. 올밀이 가장 바깥 그룹으로 형성되었고 올그루, 고소, 조품 등이 터키자원과 다르게 단일 그룹으로 형성되었다. 금강, 조경, 백중 등 세 품종은 터키 자원들과 같은 그룹으로 나타났지만 밀접하게 연관되어 있지는 않은 것으로 나타났다. 국내 품종 중 올, 올그루, 조품, 고소 등 4개와 금강, 조경, 백중 등 3개가 서로 다른 그룹으로 형성되었다. 두 그룹의 차이는 파성 II와 III의 차이로 구별되었다.

• 한국작물학회지
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• 제45권4호
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• pp.227-231
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• 2000

Small seed size is one of the major traits of soybean cultivars for sprouts with regard to high sprout yield. This study was conducted to identify quantitative trait loci (QTL) for seed size and weight in a set of F 6 seeds of 89 lines derived from a cross between 'Pureunkong', a soybean cultivar developed for sprouts and 'Jinpumkong 2', a soybean cultivar with no beany taste in seed due to the lack of lipoxygenases. The genetic map of 25 linkage groups with a total of 98 markers including RFLP, RAPD, SSR and classical markers was constructed from this F/sbu 5/-derived population and was used for QTL analysis. 'Pureunkong' was significantly smaller (P＜0.01) than 'Jinpumkong 2' in seed size and seed weight. Genetic variation was detected and transgressive segregation was common in the population for these traits. Seven DNA markers including opT14-1600 in LG A2, opF02-400 in LG B2, Satt100, opC09-700, opG04-730 and opQll-650 in LG C2, and opY07-1100 ＆ 1000 in LG(unknown) were significantly associated and accounted for 4.7 to 10.9% and 5.1 to 10.1 % of the phenotypic variation in seed size and seed weight, respectively. 'Pureunkong' alleles increased seed size and seed weight at the all four significant marker loci on the LG C2. These marker loci in LG C2 were closely linked and were presumed to be a single QTL. Overall, at least three independent QTLs from 3 linkage groups (A2, B2, and C2) were putatively involved in the control of seed size and seed weight.

• The Plant Pathology Journal
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• 제36권1호
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• pp.11-28
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• 2020

Faba bean (Vicia faba L.) is one of the most important legume crops in Egypt. However, production of faba bean is affected by several diseases including fungal diseases. Fusarium wilt incited by Fusarium oxysporum Schlecht. was shown to be the most common wilt disease of faba bean in Assiut Governorate. Evaluation of 16 faba bean genotypes for the resistance to Fusarium wilt was carried out under greenhouse conditions. Three molecular marker systems (inter-simple sequence repeat [ISSR], sequence related amplified polymorphism [SRAP], and simple sequence repeat [SSR]) and a biochemical marker (protein profiles) were used to study the genetic diversity and detect molecular and biochemical markers associated with Fusarium wilt resistance in the tested genotypes. The results showed that certain genotypes of faba bean were resistant to Fusarium wilt, while most of the genotypes were highly susceptible. The percentage of disease severity ranged from 32.83% in Assiut-215 to 64.17% in Misr-3. The genotypes Assiut-215, Roomy-3, Marut-2, and Giza2 were the most resistant, and the genotypes Misr-3, Misr-1, Assiut-143, Giza-40, and Roomy-80 performed as highly susceptible. The genotypes Assiut-215 and Roomy-3 were considered as promising sources of the resistance to Fusarium wilt. SRAP markers showed higher polymorphism (82.53%) compared with SSR (76.85%), ISSR markers (62.24%), and protein profile (31.82%). Specific molecular and biochemical markers associated with Fusarium wilt resistance were identified. The dendrogram based on combined data of molecular and biochemical markers grouped the 16 faba bean genotypes into three clusters. Cluster I included resistant genotypes, cluster II comprised all moderate genotypes and cluster III contained highly susceptible genotypes.