• 제목/요약/키워드: SHANNON`S DIVERSITY

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국내(國內) 6개(個) 은행(銀杏)나무 식재지(植栽地)에 있어서 I-SSR 변이체(變異體)의 다양성(多樣性) (Diversity of I-SSR Variants in Gingko biloba L. Planted in 6 Regions of Korea)

  • 홍용표;조경진;홍경낙;신은명
    • 한국산림과학회지
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    • 제90권2호
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    • pp.169-175
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    • 2001
  • 6개지역에 식재된 은행나무 182개체의 잎으로부터 DNA를 추출하여 I-SSR과 RAPD 표지자를 분석하였다. 15개 I-SSR primer를 사용하여 PCR을 수행해서 227개의 증폭산물 변이체를 확인하였고, 5개 RAPD primer를 사용하여 67개의 증폭산물 변이체를 확인했다. 6개 집단에 있어서 집단내의 유전적 다양성 정도는 유사한 것으로 나타났다(Shannon's Index, I-SSR : 0.35~0.40; 평균 0.38, RAPD : 0.31~0.38; 평균 0.35, 통합 : 0.35~0.40; 평균 0.37). 3개의 자료(I-SSR 표지자, RAPD 표지자 및 통합 자료)로부터 평가된 유전적 다양성 정도의 등급은 상호간에 일치하지 않았다. 유전적 다양성의 대부분이 집단내 개체간에 존재하는 것으로 나타났으며(I-SSR : 94.31%, RAPD : 93.62%, 통합 : 93.57%), 결과로써 집단간 분화정도는 상당히 낮게 나타났다. 수나무와 암나무 그룹간의 유전적 분화정도는 매우 낮았으며(I-SSR : 0.03, RAPD : 0.091, 통합 : 0.043), 수나무와 암나무들 동시에 채집한 3개 지역만을 대상을 분석했을 경우에는 약간의 변동이 있었다(I-SSR : 0.038, RAPD : 0.084, 통합 : 0.047). UPGMA법을 이용해서 분석한 집단간의 유전적 유연관계는 지리적 거리와 일치하지 않았는데, 이는 몇몇 지역들이 종자 공급원을 공유하고 있기 때문일 것으로 추정된다. I-SSR과 RAPD data를 성별로 재편성해서 유집분석을 수행한 결과, 모든 수나무 집단들과 암나무 집단들이 각각 별개의 성별 분지군을 형성하는 양상을 보였으나, 2개의 data를 통합해서 유집 분석을 수행했을 경우에는 성에 따른 명백한 분지군이 형성되지 않았다.

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I-SSR 표지자에 의한 눈측백나무 남한 잔존집단의 유전변이와 구조 (Genetic Variation and Structure of the Relict Populations of Korean Arborvitae (Thuja koraiensis Nakai) in South Korea, Employing I-SSR Markers)

  • 양병훈;송정호;이정주;허성두;홍용표
    • 한국산림과학회지
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    • 제98권1호
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    • pp.1-7
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    • 2009
  • 본 연구에서는 눈측백나무(Thuja koraiensis Nakai) 4개 천연집단을 대상으로 84개체를 선발한 뒤 다형성을 보인 29개의 I-SSR amplicons를 이용하여 유전변이를 조사하였다. 6개의 I-SSR primer로 유전다양성을 추정한 결과 평균 유효대립유전자의 수($A_e$)는 1.44개, 이형접합도의 기대치($H_e$)는 0.258, Shannon의 다양성 지수(S.I.)는 0.385로 크게 높지는 않은 것으로 추정되었다. 이를 다양한 표지자를 이용하여 측백나무과(Cupressaceae)에 속하는 지금까지 연구된 수종들과 비교하여보면 국내의 눈측백나무는 유사하거나 다소 높은 유전변이량을 보유하고 있는 것으로 나타났다. 조사된 4개의 집단을 대상으로 AMOVA를 수행한 결과 전체 유전변이 가운데 13%가 집단간 차이로부터 기인하는 것으로 나타났고, 나머지 87%는 집단내 개체간 차이로부터 기인한 것으로 나타났다. 유전적 거리에 의한 UPGMA 유집분석을 실시한 결과 지리적인 경향은 나타나지 않았다. 유전변이량이 가장 높은 장산집단과 유전적 조성에서 가장 이질적인 방태산집단이 보전 가치가 큰 것으로 판단된다.

종 다양성 평가를 위한 호소 생태계 동물플랑크톤 조사 방법 연구: 희박화 분석(rarefaction analysis)을 이용한 적정 시료 농축 정도 및 부차 시료 추출량의 검증 (Validation of Suitable Zooplankton Enumeration Method for Species Diversity Study Using Rarefaction Curve and Extrapolation)

  • 오혜지;최예림;김현준;홍근혁;박영석;김용재;장광현
    • 생태와환경
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    • 제55권4호
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    • pp.274-284
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    • 2022
  • 본 연구에서는 수생태계 생물다양성을 평가할 때보다 정확한 동물플랑크톤 종 다양성을 산정하고 수체 간 상대 비교 시 오차를 줄이기 위한 방안으로서, 관찰 노력, 즉 시료의 농축 정도 및 부차시료 추출량의 적정안을 제시하기 위해 수심, 영양상태 및 동물플랑크톤 군집 출현 양상이 서로 다른 세 개 호소를 대상으로 표준 크기 기반 희박화 분석(sample-size-based rarefaction analysis)을 수행하였다. 현장에서 동일한 채집 도구를 이용, 조사 정점의 수심을 고려하여 채집된 동물플랑크톤 시료로부터 부차시료 추출량을 달리함에 따라 추정되는 생물다양성 (richness, Shannon's H')은 호소에 따라 변화 양상이 다르게 나타났으나, 세 호소 모두 최대 시료 분석량에서 다양성 지수 값이 가장 높게 추정되었다. Sample coverage에 대한 희박화 분석 결과, 채집 시료 내 동물플랑크톤 출현 종수 및 개 체 밀도가 모두 많은 주암호의 경우 농축 시료 100 mL 기준 1 mL의 부차시료만 검경해도 해당 표본이 전체 시료의 99.8%를 대표하는 것으로 나타났으나, 매우 적은 출현 종수 및 개체 밀도를 보인 소양호에서는 동량의 농축 시료로부터 10 mL의 부차시료를 추출했을 때도 97%로 비교적 낮은 대표성을 보였다. 이와 같이 동물플랑크톤 전체 채집 시료에 대한 부차시료의 대표성은 현장으로부터 채집된 시료 내 개체 밀도에 따라 다르게 나타나며, 채집 개체 밀도에 따라 시료의 농축 정도 및 부차시료 추출량을 조절한다면 최소의 관찰 노력으로 지점 간 출현 종수 및 다양성 지수 비교 시 발생하는 오차를 최소화할 수 있을 것으로 사료된다. 또한, 본 연구 결과는 호소 동물플랑크톤 군집 분석 및 수체 간 상대 비교를 위한 동물플랑크톤 시료 검경 방법에 있어 시료 여과량, 농축 및 부차시료 추출 방법을 표준화하는데 기준이 될 수 있는 정보를 제공한다.

Appropriate Soil Heat Treatment Promotes Growth and Disease Suppression of Panax notoginseng by Interfering with the Bacterial Community

  • Li, Ying-Bin;Zhang, Zhi-Ping;Yuan, Ye;Huang, Hui-Chuan;Mei, Xin-Yue;Du, Fen;Yang, Min;Liu, Yi-Xiang;Zhu, Shu-Sheng
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제32권3호
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    • pp.294-301
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    • 2022
  • In our greenhouse experiment, soil heat treatment groups (50, 80, and 121℃) significantly promoted growth and disease suppression of Panax notoginseng in consecutively cultivated soil (CCS) samples (p < 0.01), and 80℃ worked better than 50℃ and 121℃ (p < 0.01). Furthermore, we found that heat treatment at 80℃ changes the microbial diversity in CCS, and the inhibition ratios of culturable microorganisms, such as fungi and actinomycetes, were nearly 100%. However, the heat-tolerant bacterial community was preserved. The 16S rRNA gene and internal transcribed spacer (ITS) sequencing analyses indicated that the soil heat treatment had a greater effect on the Chao1 index and Shannon's diversity index of bacteria than fungi, and the relative abundances of Firmicutes and Proteobacteria were significantly higher than without heating (80 and 121℃, p < 0.05). Soil probiotic bacteria, such as Bacillus (67%), Sporosarcina (9%), Paenibacillus (6%), Paenisporosarcina (6%), and Cohnella (4%), remained in the soil after the 80℃ and 121℃ heat treatments. Although steam increased the relative abundances of most of the heat-tolerant microbes before sowing, richness and diversity gradually recovered to the level of CCS, regardless of fungi or bacteria, after replanting. Thus, we added heat-tolerant microbes (such as Bacillus) after steaming, which reduced the relative abundance of pathogens, recruited antagonistic bacteria, and provided a long-term protective effect compared to the steaming and Bacillus alone (p < 0.05). Taken together, the current study provides novel insight into sustainable agriculture in a consecutively cultivated system.

국내 재배지의 산초(Zanthoxylum schinifolium)와 초피(Zanthoxylum piperitum)의 형태학적 특성과 유전적 다양성 (Morphological Characteristics and Genetic Diversity Analysis of Cultivated Sancho (Zanthoxylum schinifolium) and Chopi (Zanthoxylum piperitum) in Korea)

  • 류재혁;최해식;유재일;배창휴
    • 한국자원식물학회지
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    • 제29권5호
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    • pp.555-563
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    • 2016
  • 국내 농가에서 재배되고 있는 산초 및 초피유전자원의 형태학적 특성과 유전적 다양성을 분석하여 분자생물학적 분류와 유전자원평가에 활용하고자 하였다. 산초 수집계통간의 유전적 다형성은 증폭된 총 88개 밴드 중 85개의 다형성 밴드가 검출되어 96.5%였으며, 초피나무 수집계통은 총 58개 밴드 중 다형성 밴드는 35개로 60.3%의 다형성을 나타내었다. 산초나무 수집 계통의 UBC 861 프라이머 500 bp 영역과 UBC 862 프라이머 300 bp 영역에서 종 특이적인 밴드가 검출되었다. 신품종 육종의 기초자료로 활용하고자 유전적 유사도 지수를 산출한 결과, 총 32계통간의 유전적 유사도 지수는 최저 0.116에서 최고 0.816 사이로 산초나무의 종내 유전적 유사도 지수는 0.177∼0.780, 초피나무의 종내 유전적 유사도 지수는 0.250∼0.816 사이로 낮게 나타나 교배육종 소재로 활용이 기대된다. 군집분석 결과, 유전적 유사도 지수 0.302에서 산초나무와 초피나무 수집 계통이 분리되어 산초나무 2개 그룹과 초피나무 1개 그룹으로 유집되었다. 반면 유집된 그룹과 형태학적 특성과 연관성은 없었다. 본 연구 결과를 바탕으로 ISSR 마커로 산초와 초피의 종간 구분 마커 개발이 기대되며, 유전적 유사도를 바탕으로 교배육종 소재 선발의 가능성이 평가되었다.

낙동정맥 가지산~능동산 구간의 능선부 식생구조 (Vegetation Structure of Mountain Ridge from Gajisan to Neungdongsan in the Nakdong-jeongmaek)

  • 김동필;최송현
    • 한국환경생태학회지
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    • 제18권3호
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    • pp.279-287
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    • 2004
  • 낙동정맥의 가지산~능동산 구간 능선부 주변의 식생구조를 파악하기 위하여 10개 조사지에 50개 조사구를 설치하여 조사를 실시하였다. Ordination기법 중 DCA 분석을 실시한 결과 군락의 종조성이 유사하여 연속적으로 나타났다. 각 조사지별로 식생구조를 분석한 결과 능선부의 주요 식생은 교목층에서 떡갈나무, 소나무 신갈나무이고 아교목층에서는 철쭉꽃, 관목층에서는 미역줄나무였다. 단위면적당(500㎥) 종다양도는 1.5315~2.4005였으며, 연륜분석결과 약 30~40년생 숲으로 밝혀졌다.

인공식재에 의해 교란된 산림의 식생구조 및 생태적 복원기법 (Vegetation Structure and Ecological Restoration of Disturbed Forest due to Artificial Plant)

  • 배병호;윤용한;김정호
    • 한국환경과학회지
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    • 제20권6호
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    • pp.701-710
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    • 2011
  • The purpose of this study is to investigate the vegetation structure and ecological restoration of disturbed forest due to artificial plant. To this end, 12 plots were set up and surveyed. The result analyzed considering mean importance percentage(M.I.P) showed that the types were divided into three groups which are artificial planted forest type(three plots), natural forest-artificial planted forest type(four plots), natural forest type(five plots). Dominant proportion of artificial planted species were as follows: artificial planted forest type was over 60%, natural forest-artificial planted forest types were 14~49%. The range of Shannon's index of all associations was from 0.7131 to 0.7771(natural forest-artificial planted forest > natural forest > artificial planted forest). Also we suggested restoration method of vegetation for ecological value as follow: Control of density considering step and Remove of Pinus koraiensis seedlings of understory layer and shurb layer.

과학전람회 작품 중 중학교 과학분야의 분석 (Analysis of Middle School-Science Parts among the Products of Nation-Wide Science Exhibition)

  • 허흥욱;손수옥;허만규
    • 한국과학교육학회지
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    • 제23권2호
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    • pp.117-130
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    • 2003
  • The study is to analyze the middle school-science parts among the products of nation-wide science exhibition for eleven years recently and the results of compared to the content of science-textbooks of middle school. The number of observation in the student parts among the products of nation-wide science exhibition was the highest in all methods studied, whereas, most teachers surveyed experiments in their products. The mean Shannon's diversity index (DI) was same trend for students and teachers. There was a non-significant difference of the methods in students and teacher groups according to years and the association between students and teachers were closely connected with methods. The correlation between the content of students' products and texts of middle-school was highly positive for earth science, chemistry, and biology, whereas physics showed negative correlation.

개발에 따른 탄천유역의 파편화 및 이질성분석 (Analysis of Fragmentation and Heterogeneity of Tancheon Watershed by Land Development Projects)

  • 이동근;이현이;김은영
    • 한국환경복원기술학회지
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    • 제10권6호
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    • pp.120-129
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    • 2007
  • Rapid urbanization has transformed the spatial pattern of urban land use or cover. This paper concentrates that changed characteristics of landscape structure in the Tancheon Watershed, from 1995 to 2003 were investigated using land cover map. We used FRAGSTATS software to calculate landscape indices to characterize the landscape structure. We found that built up area has been increased rapidly during the study period, while cultivated area and forest area have been decreased rapidly in the same period. From 1995 to 2003, built up area was increased from 19.73% to 39.62% and cultivated area and forest area was decreased 17.60% to 5.97% and 58.31% to 49.41%. Number of patches, mean euclidean nearest-neighbor distance, contagion index, Shannon's diversity index increased considerably from 1995 to 2003, also suggesting the landscape in the study area became more fragmented and heterogeneous. but because of continuously fragmentation, landscape became homogeneity. The study demonstrates that landscape metrics can be a useful indicator in landscape monitoring and landscape assessment.

석회암 지대 참나무속 식물에 공생하는 외생균근균의 군집구조 (Community Structure of Ectomycorrhizal Fungal communities Colonizing Quercus spp. in Limestone Areas of Korea)

  • 이종철;박혁;엄안흠
    • 한국균학회지
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    • 제49권1호
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    • pp.109-118
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    • 2021
  • 국내 석회암지대에 서식하는 참나무류의 뿌리에서 외생균근균(ectomycorrhizal fungi, ECM)의 다양성을 분석하였다. 분자분석을 통해 참나무류에 공생하고 있는 45속의 ECM을 확인하였다. ECM의 종 다양성 지수는 pH, 칼슘 농도, 유효인산 농도가 증가할수록 감소하는 경향을 보였고, 전질소 함량과 유기물 함량이 증가할수록 증가하는 경향을 보였다. 군집분석 결과 석회토양의 특징인 pH와 칼슘 농도와 양의 상관관계를 갖는 ECM은 Sebacina, Tomentella, Tuber, Densospora, Inocybe, Suillus, Piloderma속에 속하는 균주들 이였으며, 이들은 토양 안정성이 약화된 석회암지대의 생태복원에 활용될 수 있을 것으로 판단된다.