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Effect of aortic smooth muscle BK channels on mediating chronic intermittent hypoxia-induced vascular dysfunction

  • Ping Zhang;Pengtao Zou;Xiao Huang;Xianghui Zeng;Songtao Liu;Yuanyuan Liu;Liang Shao
    • The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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    • 제28권5호
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    • pp.469-478
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    • 2024
  • Chronic intermittent hypoxia (CIH) can lead to vascular dysfunction and increase the risk of cardiovascular diseases, cerebrovascular diseases, and arterial diseases. Nevertheless, mechanisms underlying CIH-induced vascular dysfunction remain unclear. Herein, this study analyzed the role of aortic smooth muscle calcium-activated potassium (BK) channels in CIH-induced vascular dysfunction. CIH models were established in rats and rat aortic smooth muscle cells (RASMCs). Hemodynamic parameters such as mean blood pressure (MBP), diastolic blood pressure (DBP), and systolic blood pressure (SBP) were measured in rats, along with an assessment of vascular tone. NO and ET-1 levels were detected in rat serum, and the levels of ET-1, NO, eNOS, p-eNOS, oxidative stress markers (ROS and MDA), and inflammatory factors (IL-6 and TNF-α) were tested in aortic tissues. The Ca2+ concentration in RASMCs was investigated. The activity of BK channels (BKα and BKβ) was evaluated in aortic tissues and RASMCs. SBP, DBP, and MBP were elevated in CIH-treated rats, along with endothelial dysfunction, cellular edema and partial detachment of endothelial cells. BK channel activity was decreased in CIH-treated rats and RASMCs. BK channel activation increased eNOS, p-eNOS, and NO levels while lowering ET-1, ROS, MDA, IL-6, and TNF-α levels in CIH-treated rats. Ca2+ concentration increased in RASMCs following CIH modeling, which was reversed by BK channel activation. BK channel inhibitor (Iberiotoxin) exacerbated CIH-induced vascular disorders and endothelial dysfunction. BK channel activation promoted vasorelaxation while suppressing vascular endothelial dysfunction, inflammation, and oxidative stress, thereby indirectly improving CIH-induced vascular dysfunction.

과업난이도와 동료지원인식이 업무그릿과 경력정체성에 미치는 영향 (The Effects of Task Difficulty and Perceived Colleague Support on Work Grit and Career Identity)

  • 김지영;이민영
    • 실천공학교육논문지
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    • 제16권4호
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    • pp.541-551
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    • 2024
  • 본 연구는 개인 경력개발이 중요해지는 현대사회에서 경력개발의 기초가 되는 업무그릿과 경력정체성 확립에 과업난이도와 동료지원인식이 미치는 영향을 살펴보고자 하였다. 연구목적 달성을 위해 국내 근로자 544명을 대상으로 설문조사를 수행하였다. 응답자료는 구조방정식을 이용하여 분석하였다. 연구결과는 다음과 같다. 첫째, 과업난이도는 업무그릿에 통계적으로 유의한 영향을 미치는 것으로 나타났다. 둘째, 동료지원인식은 업무그릿에 통계적으로 유의한 영향을 주는 것으로 나타났다. 셋째, 과업난이도는 경력정체성에 통계적으로 유의한 영향을 주지 않는 것으로 나타났다. 넷째, 동료지원인식은 경력정체성에 통계적으로 유의한 영향을 주는 것으로 나타났다. 다섯째, 업무그릿은 경력정체성에 통계적으로 유의한 영향을 주는 것으로 나타났다. 여섯째, 업무그릿은 과업난이도와 동료지원인식, 그리고 경력정체성 사이의 관계에서 매개역할을 하는 것으로 나타났다. 이러한 연구결과는 업무특성과 동료지원인식이 경력정체성에 주는 영향에서 업무그릿이 중요한 매개역할을 한다는 것을 나타낸다. 개인의 비인지적 특성인 업무그릿에 대한 깊이있는 탐구가 지속적으로 필요하며, 이와 관련한 학문적인 시사점과 실무적인 시사점을 제시하였다.

A Role for Leu247 Residue within Transmembrane Domain 2 in Ginsenoside-Mediated α7 Nicotinic Acetylcholine Receptor Regulation

  • Lee, Byung-Hwan;Choi, Sun-Hye;Pyo, Mi Kyung;Shin, Tae-Joon;Hwang, Sung-Hee;Kim, Bo-Ra;Lee, Sang-MoK;Lee, Jun-Ho;Lee, Joon-Hee;Lee, Hui Sun;Choe, Han;Han, Kyou-Hoon;Kim, Hyoung-Chun;Rhim, Hyewhon;Yong, Joon-Hwan;Nah, Seung-Yeol
    • Molecules and Cells
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    • 제27권5호
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    • pp.591-599
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    • 2009
  • Nicotinic acetylcholine receptors (nAChRs) play important roles in nervous system functions and are involved in a variety of diseases. We previously demonstrated that ginsenosides, the active ingredients of Panax ginseng, inhibit subsets of nAChR channel currents, but not ${\alpha}7$, expressed in Xenopus laevis oocytes. Mutation of the highly conserved Leu247 to Thr247 in the transmembrane domain 2 (TM2) channel pore region of ${\alpha}7$ nAChR induces alterations in channel gating properties and converts ${\alpha}7$ nAChR antagonists into agonists. In the present study, we assessed how point mutations in the Leu247 residue leading to various amino acids affect 20(S)-ginsenoside $Rg_3$ ($Rg_3$) activity against the ${\alpha}7$ nAChR. Mutation of L247 to L247A, L247D, L247E, L247I, L247S, and L247T, but not L247K, rendered mutant receptors sensitive to $Rg_3$. We further characterized $Rg_3$ regulation of L247T receptors. We found that $Rg_3$ inhibition of mutant ${\alpha}7$ nAChR channel currents was reversible and concentration-dependent. $Rg_3$ inhibition was strongly voltage-dependent and noncompetitive manner. These results indicate that the interaction between $Rg_3$ and mutant receptors might differ from its interaction with the wild-type receptor. To identify differences in $Rg_3$ interactions between wild-type and L247T receptors, we utilized docked modeling. This modeling revealed that $Rg_3$ forms hydrogen bonds with amino acids, such as Ser240 of subunit I and Thr244 of subunit II and V at the channel pore, whereas $Rg_3$ localizes at the interface of the two wild-type receptor subunits. These results indicate that mutation of Leu247 to Thr247 induces conformational changes in the wild-type receptor and provides a binding pocket for $Rg_3$ at the channel pore.

현대패션디자인에 나타난 동양의 미의식 연구 (A Study about the Aesthetics of Oriental in Modern Fashion design)

  • 임영자
    • 복식
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    • 제30권
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    • pp.261-274
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    • 1996
  • In the present age dominate by both cer-taingty of 1% and uncertainty of 99% 'Fuzzy thinking' of Bart Kosko that is the way to solve the problems by the scientific way through a worldview of Buddhism or Taoism greatly prevails around the world over 'Lateral greatly prevails around the world over 'Lateral thinking' and the authenticity or the right and-wrong of the uncertainty which is the thinking way to find the answer of the problems of illogical way of Edward de Beno against the western vertical thinking were Concurrently fashion designers over the world also adopt the oriental elements. But there exist differences of thoughts between the orient and the occident. And they have dif-ferent thinking way of aestheticism and references of the value on the beauty. Not only beauty but the view through the mind as intuitional thought in which not only the rec-ognition of sense but also the rationalism and the naturalness play key role. The aesthetic sense in the orient contains both the truth and virtue. 2) The beauty of the mean It's from the thought of neutralization of Confucius. The mean or moderation state which in harmony with ethical virtue and aes-thetic beauty is the ideal and is the ultimate. Therefore the thought of Confucian is the creativity in which the balance and the har-mony is most important. Fashion design is also one of the representation of the mean because the spirit of the designer is harmonized for-mlessly with the object of the model of the fashion design. 2) The beauty of skillfulness It indicates the Taoism of Lao-tzu and Chuangtzu. It takes a super-artistic declar-ation that human can feel and recognize the color of colorlessness the sound of sound-lessness and the taste of tastelessness. The thought of arts affected by Taoism is 'ad-vanced age' called the beauty of skillfulness. The view of arts of lao-tzu takes the beauty of cosmos and the nature as a standard. Es-pecially the beauty of inactivity is recognized by the linkage between the beauty and the ugliness. And these things appear in fashion design as a design element such as humor or exaggeration. 3) The beauty of non-dualism It is thought of Buddhism that all evil passions of worry occur form the opposition in dualism. Finally this thought leads to that everything is consistent and truth is only one from the point of view that virtue and vice has on linkage that is 'no virtues no vices' and 'one with two, two, with one, one is not two' A big tendency like this became the root forma-tion of the thought of the oriental arts. 3. Characteristics of the oriental aesthetic sense on the present fashion design 1) The formation of the fashion design on the oriental elements In the picture-incantation which was a representation of an era when the thought of 'cosmic dual forces' dominated the basic polygons of 'a circle square triangle' means both 'one two three' and 'the negative positive mean' of cosmic elements. From this point of view the was of planner cutting in the Orient is dif-ferent from that of the Occidental which is in three-dimensional. The planner polygon type of the cut-pieces comes to have the meaning of the three-dimension when they consist of a suit that has the combination of each cut-piece. This shows the consistency with the principle of cosmos creation of Taoism that one is two two is three and three is every-thing. 2) The coloring and the symbolic represen-tation of the fashion design on the orien-tal elements The sense on the colors in the Orient from the thought of 'the cosmic dual forces and the five elements' is not the experi-enced from the knowledge but contains the consideration of philosophy Five-primary-color representing compass directions Blue(East) Red(South) Yellow(Center) White (West) and Black (North) is called ' the posi-tive' for this five-primary-color secondary-color which comes from the compound of the primary colors is called 'the negative' The thought of 'the cosmic dual forces and the five elements' is also an theory containing the natural order of the cos-mos and this shows the perceptional differ-ence that they are not conceptual but to be recognized and fell directly. A thought of Buddhism which is 'Colors are colorlessness and Clolorlessness are color's proves that. 3) The pattern and symbolic representation of the fashion design on the oriental elements The pattern as a visual style is a figure of symbolic representation which adopt the mental and physical world of human and are the compo-sition of artistic revelation of the human nature and the religous thought of incantation. Es-pecially the symbolic representation of the oriental thought of Confusion. Buddhism and Taoism There are patterns such as plants aminals the oriental four gods and geometry. From the above it's the time toward the 21'th century when the world is constructing one global area and one historical zone. And the exotic mood of the Orient represented in the fashion which doesn't make the common feeling in general does not cease to develop only to express the visual modeling but also adopts the thought religion and the art which are the root of the Orientail and contains inherent willing of modeling.

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IFC를 이용한 설계정보관리시스템 핵심부 구축 (Design Information Management System Core Development Using Industry Foundation Classes)

  • 이근형;진상윤;김재준
    • 한국건설관리학회논문집
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    • 제1권2호
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    • pp.98-107
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    • 2000
  • 최근 건설산업에서 컴퓨터의 활용이 일반화되어 가면서, CAD, PMIS(Project Management Information System), 구조해석 프로그램, 공정관리 프로그램 등을 통해서 발생하는 정보의 양은 급증하고 있다. 그 정보의 양이 방대해지고, 복잡해지면서 이들 정보를 효과적으로 관리하며, 재활용하는 것이 건설산업의 생산성을 좌우하는 요소가 되어가고 있다. 이러한 상황에서 건설업에서의 정보기술과 CIC(Computer Integrated Construction)에 대한 연구가 진행되고 있다. 최근에는 프로덕트 모델을 이용하여 정보를 통합하기 위한 방안으로 IFC(Industry Foundation Classes)가 IAI에 의해 개발되어서 이를 이용한 정보 공유 및 활용에 대한 연구가 수행되고 있다. 하지만, 이들 연구가 아직 초기 단계에 머물러 있고, 대부분 개념적인 내용을 중심으로 이루어지고 있다. 따라서 IFC를 이용한 설계정보관리시스템 구축을 위한 좀 더 구체적인 모델과 구축 프로세스에 대한 연구가 필요한 상황이다. 본 연구의 목적은 IFC를 이용하기 위해 필요한 요소 기술을 조사하고, 이를 이용해서 IFC를 활용한 설계정보관리시스템의 모델을 제시하고, 제시된 모델에서 핵심적인 기능을 수행하는 프로젝트 데이터베이스와 프로덕트 프레임워커의 역할과 이들을 구축하기 위한 프로세스를 밝히는데 있다. 이들의 주된 역할은 건축정보와 구조정보의 통합과 프로덕트 정보의 다중 통합이며, 이들의 구현을 위한 프로세스로 먼저 '프로덕트 모델링' 과 '응용프로그램 개발' 의 두 가지를 상위단계의 활동으로 정의하고, 응용 프로그램 개발을 다시 'IFC스키마 컴파일', '클래스 컴파일', '프로젝트 데이터베이스 스키마 생성', '프로덕트 프레임워커 개발, '프로젝트 데이터베이스 생성'의 다섯 가지 활동으로 정의했다. 이러한 활동들을 위해 이용되는 도구들로 C++ 컴파일러, CAD, ST-Developer, ST-ObjectStore, ObjectStore 등을 제시했다. 이렇게 구축된 프로젝트 데이터베이스의 정보들은 인터넷을 이용한 분산기술과 XML을 이용해서 정보 관련자들 간의 공유 방안 및 '3차원 모델링', '프로덕트 정보 생성', '데이터베이스 생성 및 수정', '여러가지 체계에 따른 모델의 재구성', '모델별 도면 및 시방서 연결', '물량 정보 생성'의 다섯 단계로 제시하였다.

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어머니의 일상적 스트레스와 아동의 인지조절 및 정서조절이 아동의 학교준비도에 미치는 영향 (The Effects of Mother's Daily Hassles, Cognitive Regulation and Emotive Regulation on School Readiness)

  • 박윤조;송하나
    • 한국보육학회지
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    • 제18권1호
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    • pp.27-51
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    • 2018
  • 본 연구는 어머니의 일상적 스트레스, 아동의 인지조절과 정서조절이 아동의 학교준비도에 미치는 직접적인 영향 뿐 아니라 어머니의 일상적 스트레스가 아동의 인지조절과 정서조절을 통해 아동의 학교준비도에 미치는 영향을 살펴보고자 하였고, 아동의 성별에 따른 매개효과의 차이를 검증하고자 하였다. 연구대상은 서울시 송파구, 경기도 용인시 및 분당구의 유치원과 어린이집 4곳에 재원 중인 만5세반 취학전 아동 273명과 그들의 어머니 273명이었다. 본 연구에서 수집된 자료는 SPSS 24.0과 Mplus 6.0($Muth{\acute{e}}n$ & $Muth{\acute{e}}n$, 2010)을 사용해 Pearson의 적률상관분석 및 적합도 지수를 통해 가설의 적합성을 확인하였고, 매개효과를 검증하기 위해서 구조방정식 모형(Structural Equation Modeling: SEM)을 사용하였다. 또한 아동의 성별에 따른 경로의 통계적 유의성 차이를 살펴보기 위해 다중집단분석(multi group analysis)을 실시하였다. 본 연구를 통해 나타난 결과는 다음과 같다. 첫째, 어머니의 일상적 스트레스는 아동의 인지조절 및 정서조절에 직접적으로 부적영향을 미치는 것으로 나타났다. 둘째, 아동의 인지조절은 아동의 학교준비도의 하위요인 중 단체생활을 위한 기본자세 및 학습활동을 위한 능력에 직접적으로 영향을 미치는 것으로 나타났고, 아동의 정서조절은 아동의 학교준비도의 하위요인 중 사회정서적 유능성에 직접적인 영향을 미치는 것으로 나타났다. 셋째, 어머니의 일상적 스트레스는 아동의 인지조절을 매개로 아동의 학교준비도의 하위요인 중 단체생활을 위한 기본자세 및 학습활동을 위한 능력에 영향을 주었으며, 아동의 정서조절을 매개로 아동의 학교준비도의 하위요인 중 사회적 유능성에 영향을 주는 것으로 나타났다. 넷째, 남아의 경우에는 어머니의 일상적 스트레스가 아동의 인지조절에 미치는 영향이 여아의 경우보다 적은 반면에, 인지조절이 아동의 학교준비도의 하위요인 중 단체생활을 위한 기본자세에 미치는 영향은 여아보다 큰 것으로 나타났다.

해양 다성분 탄성파 자료를 이용한 가스하이드레이트 유망지역의 BSR 상하부 S파 속도 도출 (S-wave Velocity Derivation Near the BSR Depth of the Gas-hydrate Prospect Area Using Marine Multi-component Seismic Data)

  • 김병엽;변중무
    • 자원환경지질
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    • 제44권3호
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    • pp.229-238
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    • 2011
  • 가스하이드레이트 부존량 평가에 있어서 해당 부존 지역의 S파 속도 정보는 암상과 공극유체의 정보를 파악하는데 결정적인 역할을 한다. 만일 퇴적층 내에 가스하이드레이트가 존재한다면 이 층에서의 P파 속도와 S파 속도는 동시에 증가하게 되며, 그 하부에 자유가스가 존재하는 경우 P파의 속도는 감소한다. 하지만 S파의 경우 공극을 채우고 있는 유체의 영향을 받지 않고 순수하게 매질을 통해서 진행하므로 하이드레이트 층의 하부에 자유가스층이 존재한다고 해도 그 속도가 변하지 않거나 오히려 매질의 영향으로 그 속도가 증가한다. 본 연구에서는 이러한 특성을 확인하기 위해 울릉분지의 가스하이드레이트 유망지역 중 탄성파 단면상에서 BSR(해저변 모방 반사면)이 강하게 분포하는 한 지점에서 한국지질자원연구원이 2009년 5월에 OBS(해저면 탄성파 기록계)를 이용하여 취득한 해저면 다성분 탄성파 자료를 이용하여 가스하이드레이트 부존 심도 부근의 P파 빛 모드전환 S파의 속도를 구하였다.OBS의 하이드로폰(hydrophone) 성분에 기록된 P파 자료를 이용하여 탄성파 주시 역산법을 수행하여 P파 속도 및 섬도 구조를 도출하였다. 해당지역에 취득한 2차원 반사법 탐사 자료는 기본 전산처리를 통해 구한 탐사지역의 기본 층서모델을 초기모델로 삼았다. 여기에 수평 2성분 지오폰(geophone)에 기록된 자료의 극성 분석을 통해 S파의 에너지가 최대로 모인 radial 성분 단면도를 생성하고 여기서 발췌한 주요 S파 이벤트의 주시를 이용해 포아송 비 정모델링을 수행하여 OBS가 위치한 지점에서의 포아송 비와 S파 속도구조를 최종적으로 도출하였다. 본 연구를 통해 탐사지역의 가스하이드레이트 존재로 인한 BSR 상하부 층의 P파 속도 역전 현상과 P파와는 달리 BSR 상부에서 히부로 갈수록 S파의 속도가 약간 증가하는 경향을 보여 결과적으로 자유가스층의 존재로 인한 BSR 하부에서 포아송 비 감소현상이 뚜렷함을 확인하였다.

세그먼트 라이닝의 열차 진동하중에 대한 동적 응답특성 (Dynamic response of segment lining due to train-induced vibration)

  • 이경주;송기일
    • 한국터널지하공간학회 논문집
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    • 제25권4호
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    • pp.305-330
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    • 2023
  • 쉴드TBM 터널은 NATM 터널과 달리 라이닝이 세그먼트로 분절되어 있다. 따라서 라이닝에 동일 하중이 발생되어도 NATM 터널 라이닝과 쉴드TBM 터널 라이닝의 응력 분포가 다르게 발생된다. 쉴드TBM 터널에서 라이닝에 발생되는 응력을 분석하는 대표적 방법은 연결부를 고려하지 않는 강성일체법과 링간 이음 및 세그먼트 연결을 고려하는 2링 빔스프링 모델이 있다. 본 연구는 라이닝 분절 Segmentaion을 고려한 Break-joint Mode 해석 방법이지만 세그먼트 라이닝 연결부의 구조적 역할을 고려하지 않고 마찰력 성분인 수직강성과 전단강성 만 도입된 쉘 인터페이스 요소를 이용한 모델링을 적용하여 진동하중 발생 시 라이닝의 응력 및 변위에 대한 응답결과를 분석했다. 토압 등 정적 하중에 대해 천 정부에서 가장 큰 응력이 발생되는 강성일체법과 달리 본 연구의 해석방법에 의해 발생된 세그먼트 라이닝 응력 분포는 세그먼트 연결부가 집중된 천정부 Key 세그먼트에서 가장 작은 응력이 발생하였고 연결부를 경계로 응력의 분포가 뚜렷이 구분되었다. 그리고 정적 해석 결과는 강성일체법에 발생된 라이닝 응력이 본 연구 방법에 의해 발생된 세그먼트 라이닝의 응력에 비해 최대 7배의 큰 응력이 발생되었다. 이러한 결과는 세그먼트 연결부를 고려한 기존의 2링 빔-스프링 모델의 응력분포 양상과 일치하는 결과다. 그러나 열차 진동하중에 대한 응력값은 Break-joint Mode로 해석한 본 연구방법의 응력이 강성일체법에 비해 더 큰 응력을 발생되었다. 이는 짧은 부재들의 조합으로 이루어진 세그먼트 Ring이 원주방향으로 일체로 되어 부재의 길이가 상대적으로 더 긴 강성일체법 결과에 비해 더 작은 응력이 발생되는 정역학적 개념과 상이한 결과다. 진동하중에 대해 Break-joint Mode에서 세그먼트 라이닝에 응력이 더 크게 발생된 원인은 부재의 고유주기, 감쇠비 등 동역학적 요인의 차이보다는 열차 진동하중에 대해 라이닝에 발생되는 변위의 차이에 기인하는 것으로 판단되지만 이에 대한 증명은 추후의 과제로 남겨두었다. 본 연구 방법의 Break-joint Mode를 이용하면 정지상태의 열차 하중에 의해 발생되는 라이닝의 응력과 변위값을 비교하여 쉴드TBM 터널의 충격계수(DIF)를 비교적 간단하게 추정할 수 있다. 본 연구는 쉴드TBM 터널의 Segmentaion을 고려한 3차원 모델링으로 추후 지진파 등 다양한 하중조건의 검토를 통해 기존 해석방법 결과와 비교하여 모델링의 추가적 신뢰성을 확보할 필요가 있다.

현재 진행되고 있는 남북한 의료협력사업 : 영유아 지원 사업을 중심으로 ("Improving women's and children's health in DPRK" project funded by the Republic of Korea)

  • 신영전
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제51권7호
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    • pp.671-689
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    • 2008
  • 북한의 경제난이 장기화함에 따라 북한 어린이 및 산모들에 대한 인도적 지원의 필요성이 제기되었다. 정부는 2006년 3월 세계보건기구와 북한 영유아지원 2개년 사업의 MOU를 체결함으로써 북한 영유아 및 산모지원사업(이하 영유아 지원 사업)을 시작하였다. 영유아 지원 사업은 산모와 영유아에 대한 영양개선, 질병관리, 건강관리의 세 부분으로 구성되며, 국내 민간단체와 세계보건기구, 유니세프 등과 같은 국제기구에 의해 수행되어오고 있다. 세계보건기구가 중심이 되어 진행하고 있는 영유아 지원 사업은 1기(2006-2007)를 끝내고 2기(2008-2010)를 시작하고 있다. 이에 반해 민간단체에 의해 추진되고 있는 사업은 지역선정, 사업내용 등의 조정과정 지체와 국내외 정치적 상황 등을 이유로 그 진척이 늦어지고 있다. 그러나 최근 남포산원과 어린이병원을 중심으로 일부 진전이 이루어지고 있다. 영유아 지원 사업은 그간 민간단체가 추진하는 사업에 대한 지원적 역할에 머물렀던 정부가 스스로 체계적인 검토를 통해 우선순위를 설정하고 우선 순위에 따라 지원여부를 결정하였으며, 상당한 규모의 예산을 지원함으로써 사업의 질과 효과성뿐만 아니라 대북 교섭력을 높이는 것을 목표로 시행한 사업이다. 또한 남북한 정부, 국제기구, 국내외 민간단체간의 협력네트워크의 구축도 시도하고 있다. 이러한 긍정적인 면에도 불구하고, 정치적 특수성, 남북간 이견과 이견조정기전의 미흡, 경험의 부족 등으로 인해 여러 가지 어려움 속에서 사업을 진행하고 있다. 그러나 정치적 전망의 불확실성에도 불구하고, 향후 남북한 관계개선에 있어 가장 선도적인 역할을 할 영역 중의 하나가 보건의료부문이 될 가능성이 높으며, 그 중에서도 영유아 지원 사업의 중요성은 더욱 커질 것이며 보건의료부문의 성공적인 남북교류모델을 만드는데 중요한 역할을 수행하여야 할 것이다.

Binding Mode Analysis of Bacillus subtilis Obg with Ribosomal Protein L13 through Computational Docking Study

  • Lee, Yu-No;Bang, Woo-Young;Kim, Song-Mi;Lazar, Prettina;Bahk, Jeong-Dong;Lee, Keun-Woo
    • Interdisciplinary Bio Central
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    • 제1권1호
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    • pp.3.1-3.6
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    • 2009
  • Introduction: GTPases known as translation factor play a vital role as ribosomal subunit assembly chaperone. The bacterial Obg proteins ($Spo{\underline{0B}}$-associated ${\underline{G}}TP$-binding protein) belong to the subfamily of P-loop GTPase proteins and now it is considered as one of the new target for antibacterial drug. The majority of bacterial Obgs have been commonly found to be associated with ribosome, implying that these proteins may play a fundamental role in ribosome assembly or maturation. In addition, one of the experimental evidences suggested that Bacillus subtilis Obg (BsObg) protein binds to the L13 ribosomal protein (BsL13) which is known to be one of the early assembly proteins of the 50S ribosomal subunit in Escherichia coli. In order to investigate binding mode between the BsObg and the BsL13, protein-protein docking simulation was carried out after generating 3D structure of the BsL13 structure using homology modeling method. Materials and Methods: Homology model structure of BsL13 was generated using the EcL13 crystal structure as a template. Protein-protein docking of BsObg protein with ribosomal protein BsL13 was performed by DOT, a macro-molecular docking software, in order to predict a reasonable binding mode. The solvated energy minimization calculation of the docked conformation was carried out to refine the structure. Results and Discussion: The possible binding conformation of BsL13 along with activated Obg fold in BsObg was predicted by computational docking study. The final structure is obtained from the solvated energy minimization. From the analysis, three important H-bond interactions between the Obg fold and the L13 were detected: Obg:Tyr27-L13:Glu32, Obg:Asn76-L13:Glu139, and Obg:Ala136-L13:Glu142. The interaction between the BsObg and BsL13 structures were also analyzed by electrostatic potential calculations to examine the interface surfaces. From the results, the key residues for hydrogen bonding and hydrophobic interaction between the two proteins were predicted. Conclusion and Prospects: In this study, we have focused on the binding mode of the BsObg protein with the ribosomal BsL13 protein. The interaction between the activated Obg and target protein was investigated with protein-protein docking calculations. The binding pattern can be further used as a base for structure-based drug design to find a novel antibacterial drug.