• 한국자원식물학회지
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• 제21권1호
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• pp.41-46
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• 2008

차나무의 분자학적 유연관계 및 유전적 다양성을 알아보기 위하여 한국에서 자생하는 차나무 집단 21개 지역 차나무에 대하여 DFR 유전자 부위를 이용하여 PCR-RFLP분석을 하였다. DFR 4+5 primer 쌍을 이용하여 증폭결과 DFR유전자의 크기는 약 1.4kb에서 PCR산물을 획득하였다. PCR산물에 제한효소 Hpa II 및 Mse I를 이용하여 RFLP분석 결과 차나무 집단간 또는 집단내 차나무간의 유전적 다양성을 보였다. Hpa II 제한효소를 이용한 RFLP 밴드패턴은 3가지 형태로 구분되었으며, 같은 차나무 집단내에서도 유전적 다양성이 나타났다. Mse I 제한효소를 이용한 밴드패턴은 6가지의 형태로 다양성을 보였으며, 웅포집단 차나무의 경우 집단 내 다양성이 2가지 형태로 나타나 같은 집단내에서의 유전적 변이는 적은 것으로 보인다. 본 연구에서 사용한 2가지의 제한효소의 결과 차나무의 집단간 또는 같은 집단내의 차나무간에서 유전적 다양성을 확인할 수 있었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제10권2호
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• pp.264-266
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• 2000

A new GFP-based T-vector for cloning of PCR products was developed by using a green fluorescent protein (GFP) as a mafker. In order to facilitate the DNA inserts, multiple restriction sites, SP6 and T7 RNA polymerase promoter sites, were introduced close to the PCR DNA insertion site of a pCRGv vector. The XcmI-digested pHNT plasmid can be used to clone a 3' A-overhanged PCR DNA amplified by Taq DNA polymerase. A potential method of easing some difficulties from its use along with its cost savings proveded by this vector are likely to lead to the replacement of other T-vectors for PCR DNA cloning.

• 생물정신의학
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• 제2권2호
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• pp.248-251
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• 1995

정신분열병의 약물치료에서 중요한 역할을 하는 도파민의 기전은 지금까지 5종류의 수용체들이 발견되고 클론되면서, 새롭고 보다 근본적인 유전학적 접근을 통해 규명될 수 있게 되었다. 특히, 도파민 수용체 D4 (DRD4)는 막단백질의 세포질쪽 세번째굴곡에 48-bp반복 다형성배열을 가지고있다. 이러한 다형성 반복배열이 신호전달에 참여할 가능성이 높은 막단백질의 세포질쪽 굴곡에 있다는것은, 각 개인의 항정신병약물에 대한 민감성의 차이를 포함하여 정신분열병에 대한 개개인의 유전적 차이를 진단할 수 있는 가능성을 제시한다. 이러한 가능성을 검증하기 위하여 주로 손쉽고 빠른 중합효소연쇄반응(PCR)을 사용하여 DRD4의 아형들을 분류하게 되는데, DRD4의 PCR은 그 반복배열과 그 주변배열의 높은 GC함량(78% G+C) 때문에 일반적인 PCR 방법을 변형시켜 사용해야한다. DRD4의 아형을 분류하기 위해 변형된 PCR은 통상적으로 7-deaza dGTP와 10% DMSO를 사용하게된다. 이러한 DRD4 PCR은 대부분의 경우 성공하지만, 항상 모든 시료에서 PCR이 성공되는것은 아니었으며 반복적으로 시도하여 증폭시킬 수 있었다. 이러한 어려움은 대부분이 template DNA에 문제가 있을것으로 의심되며 DNA정제 또는 template DNA를 제한효소로 적절하게 무작위절단하여 성공율을 높일 수 있었다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제17권4호
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• pp.189-193
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• 2001

The relationships between the phytoplasmas infecting Zizyphus jujuba and Paulownia coreana were investigated by PCR-RELP. The 16S rRNA genes of the phytoplasmas were analyzed and compared with each other after PCR amplification. The amplified bands 1.4 kb in size were analyzed by both restriction digestion and sequencing after cloning into a plasmid vector. In some cases, two different kinds of inserts were observed in the isolates that originated from a single plant. However, many of them appeared to be the amplification products of chloroplastic 16S rRNA gene of host plants. The phytoplasma gene could be differentiated from the chloroplastic gene by restriction digestion of the plasmids carrying the amplification products. Only the recombinant plasmids carrying phytoplasma 16S rRNA gene produced a 1.4 kb band when digested with the enzyme BanII. Of the 52 recombinant plasmids analyzed, 42 appeared to contain inserts that originated from the chloroplastic 16S rRNA gene of the host plants. No variation was detected among 16S rRNA gene of nine phytoplasma isolates infecting Z. jujuba. However, the phytoplasmas infecting Z. jujuba were different from that infecting P. coreana.

• The Plant Pathology Journal
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• 제24권2호
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• pp.159-163
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• 2008

Accurate identification of pine wood nematode, Bursaphelenchus xylophilus is a prerequisite to diagnose the pine wilt disease. However, a fungivorous nematode, B. mucronatus is highly similar to B. xylophilus and it is difficult to differentiate these two species by morphological features. A molecular diagnosis method, ITSRFLP was applied for the identification of B. xylophilus and B. mucronatus from Korea. Genomic DNA was extracted from a single individual nematode and ITS DNA was amplified by PCR. The size of PCR product was approximately 900bp and the sequence data were obtained after cloning. Amplified ITS was digested by 5 different restriction enzymes (Rsa I, Hae III, Msp I, Hinf I, and Alu I) and provided a discriminatory profile for B. xylophilus and B. mucronatus. Besides, B. mucro- natus was determined to have 2 different genotypes, East Asian type and European type also clearly separated by Rsa I and Hae III digestion. European type of B. mucronatus is recently collected from Pinus koraiensis and has not been reported before. ITS sequnce data were analyzed by Restriction Mapper program and the result supported ITS-RFLP pattern. These data indicated that PCRRFLP method is an accurate and simple way for identification of Bursaphelenchus species.

• 미생물학회지
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• 제38권1호
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• pp.7-12
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• 2002

Fusarium section Liseola에 속하는 균주들의 rDNA IGS 부위를 중폭하고 여러개의 제한 효소로 처리하였다. 증폭된 IGS 부위의 길이는 F. moniliforme 12 만이 약 2.9 Kb 이고 나머지 균주들은 모두 약 2.6 Kb였다. 제한 효소 EcoRI, HincII, SalI, PstI 등은 ICS 부위를 절단하여 11균주들에서 9 haplotypes을 확인할 수 있었다. 본 연구에서의 Section Liseola에 속하는 균주들에 대한 결과에 앞서 연구되어진 Section Elegans에 속하는 균주들의 결과를 종합하여 dendrogram을 그렸을 때, IGS 부위를 종내에서와 마찬가지로 종간, section 간의 관계를 밝힐 수 있는 가능성을 제시하여 주었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제6권5호
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• pp.309-314
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• 1996

Alcaligenes sp. SH-69 can synthesize poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) from a single carbon source such as glucose. To clone the phaC gene from Alcaligenes sp. SH-69, a polymerase chain reaction was performed using the oligomers synthesized based on the conserved regions of the phaC genes from other bacteria. A PCR product (550 bp) was partially sequenced and the deduced amino acid sequence was found to be homologous to that of the phaC gene from Alcaligenes eutrophus. Using the PCR fragment Southern blotting of Alcaligenes sp. SH-69 genomic DNA digested with several restriction enzymes was carried out. To prepare a partial genomic library, about 5-Kb genomic DNA fragments digested with EcoRI, which showed a positive signal in the Southern blotting, were eluted from an agarose gel, ligated with pUC19 cleaved with EcoRI, and transformed into Escherichia coli. The partial library was screened using the PCR fragment as a probe and a plasmid, named pPHA11, showing a strong hybridization signal was selected. Restriction mapping of the insert DNA in pPHA11 was performed. Cotransformation into E. coli of the plasmid pPHA11 and the plasmid pPHA21 which has phaA and phaB from A. eutrophus resulted in turbid E. coli colonies which are indicative of PHA accumulation. This result tells us that the Alcaligenes sp. SH-69 phaC gene in the pPHA11 is functionally active in E. coli and can synthesize PHA in the presence of the A. eutrophus phaA and phaB genes.

• 생명과학회지
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• 제31권1호
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• pp.66-72
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• 2021

국내 유통되고 있는 새우젓은 다양한 작은 새우의 집합체로, 최근 어획량 감소로 인해 국내산 새우젓의 경우 수입산에 비해 두배 이상 높은 가격에 거래되고 있으며, 이에 중국 및 베트남 등으로부터 수입된 새우젓이 국내산으로 둔갑되어 판매되는 사례가 빈번하게 발생되고 있다. 본 연구에서는 새우젓 Acetes japonicus, A. chinensis (Korea, China), A. indicus (I, II), Palaemon gravieri 6종류에 대하여 PCR-RFLP 마커를 개발하였다. 새우젓에서 에탄올로 염을 제거한 후 gDNA를 추출하였고, 새우젓 COI 유전자의 특이 프라이머를 제작, PCR을 진행하여 519 bp의 증폭시켰다. 증폭된 PCR산물의 염기서열분석을 토대로 Acc I, Hinf I 두 가지의 제한효소를 마커로 선정하였고, 전기영동을 통해 결과를 확인하였다. Acc I을 처리한 결과, A. japonicus, A. chinensis (Korea), A. indicus (II)는 272, 247 bp로, P. gravieri는 271, 202, 46 bp, A. chinensis (China), A. indicus (I)는 519 bp로 band를 형성하는 것을 확인할 수 있었다. 또한 Hinf I을 처리한 결과로는 A. chinensis (Korea, China), P. gravieri는 519 bp로 잘리지 않은 것을 확인한 반면, A. japonicus와 A. indicus (I)는 2 band, A. indicus (II)는 3 band를 형성하는 것을 확인할 수 있었다. 따라서 위의 결과는 국내산과 수입산이 혼합되어있는 새우젓에 있어 보다 신속한 종판별을 할 수 있음을 시사한다.

• Mycobiology
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• 제31권2호
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• pp.68-73
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• 2003

Roots of Glycine max and Miscanthus sinensis and soil samples were collected from various field sites at Goesan, Chungbuk in Korea. Microscopic observations of the roots indicated high colonization rates of both arbuscular mycorrhizal fungi(AMF) and other fungi. The partial small subunit of ribosomal DNA genes were amplified with the genomic DNA extracted from their roots by nested polymerase chain reaction(PCR) with universal primer NS1 and fungal specific primers AML Restriction fragment length polymorphism(RFLP) was analyzed using the combinations of three restriction enzymes, HinfI, AluI and AsuC21. Nucleotides sequence analysis revealed that ten sequences from Miscanthus sinensis and one sequence from Glycine max were close to those of arbuscular mycorrhizal fungi. Also, 33% of total clones amplified with NS31-AM1 primers from M. sinensis and 97% from G. max were close to Fusarium oxysporum or other pathogenic fungi, and they were successfully distinguished from AME Results suggested that these techniques could help to distinguish arbuscular mycorrhizal fungi from root pathogenic fungi in the plant roots. Especially, DNA amplified by these primers showed distinct polymorphisms between AMF and plant pathogenic species of Fusarium when digested with AsuC21.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제28권1호
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• pp.37-43
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• 2004

본 연구는 319두의 서로 다른 품종에서 PSE육을 생산하는 PSS 돼지 출현빈도를 조사하였다(Yorkshire 150; Landrace 89 and Duroc 80). PCR-RFLP법을 이용하여 돼지의 모근을 DNA sample로 사용하여, PCR로 증폭된 유전자는 Cfo I 제한 효소로 절단하여 종돈에 존재하는 ryanodine receptor (RYR 1) 돌연변이 유전자의 출현빈도를 조사한 결과를 요약하면 다음과 같다. 모근에서 추출한 DNA를 주형으로 한 Primary PCR을 수행한 결과 ryanodine receptor 유전자 중 659bp의 증폭산물을 얻었으며, second PCR을 수행한 결과에서는 522 bp의 증폭산물을 얻었다. 이 증폭산물은 porcine ryanodine receptor 유전자의 exon 영역 중 PSS를 유발하는 point mutation(C\longrightarrowT; Arg\longrightarrowCys) 부분을 포함하고 있으므로 Cfo I 제한효소에 의해 분석될 수 있으며, agarose gel 전기영동에 의하여 세 가지의 유전자형으로 분류할 수 있다. 정상 homotype(NN)은 두 개의 DNA band(439, 83bp)로 나타나며, 열성 homotype(nn)은 552 bp의 단일 밴드로 출현한다. 그리고 세 개의 밴드(522, 439 그리고, 83 bp)는 heterotype(Nn)의 잠재성 돼지로 표현된다. Yorkshire종에서는 정상돼지가 98.00%로 나타났으며, hetero 돼지는 2.00% 그리고, PSS돼지는 출현하지 않았다. Landrace 돼지에서는 정상돼지가 87.64%로 나타났으며, hetero 돼지와 PSS패지가 각각 11.24와 1.12%로 나타났으나, Duroc종에서는 정장돼지(NN)만이 출현하였다. 대립 유전자 빈도는 Yorkshire종은 정상 N유전자가 0.990의 비율로 나타났으며, 열성 n 유전자는 0.010의 비율로 출현하였으며, Landrace종에서는 N유전자와 n유전자가 각각 0.933과 0.067의 빈도로 출현하였으며, Duroc종에서는 N 유전자의 빈도가 1.000의 빈도로 나타났으나, n유전자의 빈도는 0.000의 빈도로 나타났다. 3품종 집단 모두에서 Hardy-Weinberg 법칙과 일치하여 유전적 평형을 이루고 있었다.