• Mycobiology
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• 제37권3호
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• pp.225-229
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• 2009

Single spore isolates of Plasmodiophora brassicae e4 and e9 obtained from diseased Chinese cabbage were identified as race 4 and race 9, respectively, by the Williams' differential variety set. To confirm the possibility of variation in same generation and progeny of a single spore isolate of P. brassicae, random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis was conducted using the URP 3, 6 and OPA 7 primers. There was no difference in band type at each part of the gall of Chinese cabbage obtained by inoculation of e4 and e9 and amplification using the URP 3 and 6 primers when the same generation was analyzed. In addition, the progeny analysis, which was expanded to the third generation and conducted using the URP 3 and OPA 7 primers, revealed no differences in the band type of the e4 isolate. Based on these results, the single spore isolate of P. brassicae was genetically stable.

• 한국균학회지
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• 제26권4호통권87호
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• pp.466-477
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• 1998

진흙버섯류 22개 균주를 균총의 형태와 PCR 기법을 사용하여 종간의 구분 방법을 찾고자 하였다. PDA등 4가지 배지에서 균사생장 및 배지의 변색여부 등을 기준으로 특성을 구분할 때 목질진흙버섯의 균총 색깔은 진한 황색으로 균사생장이 늦고 배지를 푸르게 변색시켰다. rDNA 분석 결과 $ITSI{\sim}II$ 부위는 목질진흙버섯이 약 800 bp, 말똥진흙버섯은 약 700 bp였고, IGRI 부위는 목질진흙버섯은 약 700 bp, 말똥진흙버섯은 균주에 따라 약 500, 600, 700, 800 bp에서 4가지 각기 다른 밴드를 보였다. $ITSI{\sim}II$와 IGRI부위의 증폭된 DNA를 6개의 제한효소로 절단하여 다형성을 비교해 본 결과 $ITSI{\sim}II$의 HaeIII 절단으로 목질진흙버섯과 말똥진흙버섯을 구분할 수 있었으며 이들 밴드를 이용하여 유연관계를 조사한 결과 목질진흙버섯은 95%의 유사도를 보였으며, 말똥진흙버섯은 89%의 유사도로 complex를 형성하였다. 목질 진흙버섯은 RAPD 분석과 AP-PCR에 의한 밴드양상으로도 확실한 구분이 가능하였으며, $ITSI{\sim}II$ 부위의 HaeIII 제한효소 처리로 나타난 벤드는 이종의 특이적인 marker로 사용할 수 있을 것으로 본다.

• 생명과학회지
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• 제30권1호
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• pp.1-9
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• 2020

키위 세균성 궤양병의 원인균인 Pseudomonas syringae pv. actinidiae는 유전적으로 구별되는 다섯 개의 biovar (1, 2, 3, 5, 6)로 나뉘어 진다. 그 중 biovar 3에 속하는 균주가 2008년 이래 전세계적으로 대유행을 일으키고 있다. 본 연구의 목표는 우리나라에서 분리된 biovar 3균주들의 집단 구조를 밝히고 그들의 기원을 추적하는데 있다. 13개의 우리나라 대표 균주와 2개의 중국 균주를 포함하는 15개 biovar 3 균주의 유전적 다양성을 RAPD-PCR로 평가하였다. RAPD 결과 연구에 사용된 균주들은 8개로 나누어져 이들을 subgroup I - VIII로 명명하였다. Subgroups II와 III은 중국 균주로 우리나라에서 발견되지 않았다. 따라서 우리나라 biovar 3 균주는 유전적으로 구별되는 6개의 subgroup (I, IV, V, VI, VII, VIII)으로 구성되어 있음을 알 수 있었다. New Zealand와 Europe균주에 특이적인 각각의 프라이머를 사용하여 PCR을 수행했을 때 subgroups V와 VI에 속하는 균주가 예상했던 DNA 절편을 증폭시켜 이들이 각각 두 지역에서 유입된 균주임을 시사하였다. 우리나라에서 처음 발견된 biovar 3 균주인 subgroup VIII에 특이적인 프라이머를 개발하여 조사한 결과 이 subgroup 균주는 처음 출현한 이후 더 이상 발견되지 않았다.

• 한국약용작물학회지
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• 제9권3호
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• pp.225-231
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• 2001

RAPD분석을 통하여 홍화 수집종들의 유전적 다양성 및 유연관계를 밝히고, 품종군을 분류하여 품종육성의 기초자료로 이용코자 시험한 결과를 요약하면 다음과 같다. RAPD 분석에 적용한 30개의 10mer primer 중 20개의 적정 primer를 선발하였고, 증폭된 PCR산물은 ${3.0{\sim}0.2Kb}$에서 재현성 있는 밴드를 보였으며, 각 primer에 의해 증폭된 밴드의 수는 ${2{\sim}11}$개로 다양하였으며 평균 5.6개이었다. PCR 반응에 사용된 20개의 selected primer에서 111개의 밴드가 관찰되었으며, 다형성을 보이는 밴드 수는 84개(75.7%)이었고, RAPD-PCR에 의해 얻어진 dendrogram에서 유연계수 0.14를 기준으로 11개의 군으로 분류되었고, VII군은 7종(23%), VIII군은 8종(27%)이 속하는 큰 군이었으며, 7군은 대부분이 국내종(85%)이었다.

• Animal cells and systems
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• 제4권4호
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• pp.319-324
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• 2000

Species boundaries among the Alcyonacean soft coral, the genus Dendronephthya, are often obscured by inter- and intraspecific morphological variations. In the present study, we attempted to infer the genetic relationships of eight dendronephthians based on their molecular characters, the internal transcribed spacer (ITS) regions of ribosomal DNA, and then compared this result together with the random amplified polymorphic DNA (RAPD) data from our previous investigation. Dendronephthya. putteri and D. suensoni formed a divaricate form - VI grade specific clade, whereas D. castanea, D. gigantea, D. aurea and D. spinifera, formed a umbellate and glomerate form - IV and III grade specific clade. Therefore, we confirmed that the main characters the growth form and the anthocodial grade and formula, are important in identification of the species in dendronephthians despite some problems. Also, the relationships of the growth form are clarified as the glomerate form is much closer to the umbellate form than to the divaricate form based on two sets of independent molecular data. However, we cannot determine the molecular markers which limit the species boundaries among this genus with ITS sequences.

• 한국자원식물학회지
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• 제16권3호
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• pp.251-256
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• 2003

본 연구는 고려인삼의 집단내의 유전적 변이를 작물학적 특성 및 DNA수준에서 비교하여 인삼품종육성을 위한 기초 자료를 제공하기 위하여 수행한 결과를 요약하면 다음과 같다. 1.개화기는 5월 16일부터 24일 까지 일주일에 걸쳐 개화하였고, 19일과 22일에 개화율이 가장 빈도가 높았다. 2. 줄기 색은 녹색이 13개체, 연자색이 429개체, 자색이 229개체, 진자색이 38개체로 연자색이 가장 많은 분포를 보였으며 한 집단 내에서 다양한 분포를 나타냈다. 3. 초장은 22­68cm의 넓은 범위에 분포하였으며, 20­27cm가 31개체 , 27­34cm가 88개 체, 34­41cm가 219개체 , 41­48cm가 291개체, 48­55cm가 63개체, 55­62cm가 10개체, 62­69cm가 5개체로 다양한 분포를 나타냈다. 4. 뿌리무게는 16­26g이 53개체, 26­36g이 137개체, 36­46g이 385개체, 46­56g이 94개체, 56­66g이 27개체, 66­76g이 9개체, 76­86g이 4개체, 36­46g범위에서 385(57.7%)개체로 가장 많은 분포를 나타내었으며, 16­86g의 범위로 변이 정도가 매우 컸다. 5.662개체를 대상으로 RAPD를 실시한 결과 32개의 프라이머 중 10개 가 재현성이고 다형성인 밴드를 보였다. 10개의 프라이머에서 나타난 전체 밴드수는 109개였으며 이중 103개가 다형성을 보여 다형성 비율은 94.5%였다. 6. URP5 프라이머를 이용하여 662개체를 군집 분석한 결과 밴드의 유무에 따라 16개의 그룹으로 구분하였으며, 개화기, 초장, 줄기색, 뿌리직경, 뿌리무게에 다른 분류와 일치하지 않았다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제17권5호
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• pp.281-289
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• 2001

We analyzed 88 strains of Gibberella fujikuroi (Analmorph: Fusarium section Liseola) from maize in Korea for mating population, mating type, fumonisin production vegetative compatibility, and random amplified polymorphic DNA (RAPD) patterns. We found 50 strains that were MATA-2, 22 that were MATA-1, 1 that was MATD-1, and 15 that were not reproducibly fertile with any of the mating type testers. Of the 50 MATA-2, 15 were female fertile, while 10 of the 22 MATA-1 strains were female fertile. A total of 1,138 nitrate non-utilizing (nit) mutants were recovered from a total of 88 strains. These strains were grouped into 39 vegetative compatability groups (VCGs) by demonstrating heterokaryosis between nit mutants. A single maize ear could be infected by more than one VCG of F. moniliforme. RAPD analysis measured genetic diversity among 63 strains of F. moniliforme. Several VCGs were distinguished by RAPD fingerprinting patterns. Most strains produced significant levels of fumonisins. However, 6 MATA-2 strains from a single VCG produced higher levels of fumonisin $\textrm{B}_3$ than that of fumonisin $\textrm{B}_1$ or $\textrm{B}_2$. From these data, we concluded that most Korean strains of F. moniliforme associated with maize belonged to mating population A and produced significant levels of fumonisins. Futhermore, RAPD analysis could differentiate strains associated with different VCGs.

• 한국균학회지
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• 제37권2호
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• pp.121-129
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• 2009

In 2007, a total of 77 isolates of Fusarium spp. were obtained from ear rot symptoms of corns collected from 5 locations in Gangwon Province, Korea. The fungal isolates were identified based on their morphological features. Out of the isolates, fifteen isolates were identified as Fusarium verticillioides which formed microconidia in long chains on monophialides. Four isolates were identified as F. subglutinans which formed microconida only on false heads. Six isolates were identified as F. graminearum which produced red pigment in PDA culture. Besides these Fusarium species, F. napiform, F. nygamai, and F. oxysporum were identified from the rest isolates. To assess for genetic diversity of the isolates, a random amplified polymorphic DNA(RAPD) technique was carried out using URP primers. The results from the RAPD analysis showed that the isolates from corn were divided into 6 groups. These RAPD groups of the Fusarium species corresponded to morphological characters of the Fusarium species. The phylogenetic analysis of most isolates by DNA sequencing of EF-1$\alpha$ gene corresponded to morphological characters of the Fusarium species. The results of pathogenicity tests by two inoculation methods revealed that F. verticillioides, F. graminearum and F. subglutinans are strongly pathogenic to corn stalks.

• 현장농수산연구지
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• 제3권1호
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• pp.48-69
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• 2001

1997년 부터 한국농업전문학교에서 수집하여 재배되고 있는 마 (Dioscorea alata L.) 계통 중 품질이 우수하고 이용 가치가 기대되는 33개 계통에 대한 특성을 조사하였으며, 형태적 차이를 보이는 19개 계통에 대한 RAPD분석을 실시하였다. 1. 주당 괴경의 전체 무게는 최대 2,147g (No.36), 최소 90g (No.20)으로 평균 610g이었다. 주당 평균 괴경수는 2.8개였으며 최대 4.7개, 최소 1.3개였다. 괴경중은 평균 363g이었으며 최대 1200g, 최소 70g이었다. 2. 괴경의 육질은 백색, 담황색 및 적자색 3가지 패턴을 보였으며, 잎은 녹색, 진녹색 및 담녹색으로 분류되었다. 3. RAPD 분석에 사용된 총 113개 primers 중 12개 primer 만이 모든 분류군에서 증폭되었다. 이를 통하여 93개의 밴드를 얻었으며 69개 밴드는(71.0%) polymorphic 하게 나타났다. 4. 유집분석 결과 19개 계통은 유사도 지수 값 0.66~0.90의 범위로 나타났으며, 크게 2개의 그룹, 즉 인도네시아와 가고시마에서 도입된 8개의 계통이 포함된 그룹과, 유사도지수 0.70~0.90의 범위를 갖는 Nauru, Palau Is., Okinawa와 Papua New Guinea에서 도입된 11 계통이 포함된 그룹으로 대별되었다.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제29권4호
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• pp.207-212
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• 2005

In the present study, we investigated the effects of genotypes on in vitro maturation and fertilization in porcine fresh/frozen-thawed oocytes. The porcine cumulus-oocyte complexes (COCs) were divided into four groups according to whether they were: (1) in vitro matured; (2) cryopreserved and in vitro matured; (3) in vitro fertilized and (4) cryopreserved, and in vitro fertilized. Maturation of porcine COCs was accomplished by incubation in NCSU23 medium. Immature oocytes were cryopreserved by Open Pulled Straws (OPS) method according to Vajta et al., (1998). Oocytes stained by Acetic-Orcein method were observed under the microscope. DNA extracted from the ovaries was analyzed by RAPD (random amplified polymorphic DNA) and SSCP (single strand conformational polymorphisrrt) method. The rates of oocytes maturation and fertilization were significantly high in AA genotype. The results indicated that in vitro maturation and fertilization in porcine fresh/frozen-thawed oocytes may be affected by genotypes in pigs.