• 한국치위생학회지
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• 제23권4호
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• pp.209-218
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• 2023

연구목적: 실험실내에서 성분이 다른 구강세정제가 오래 형성된 다중 구강 바이오필름에 미치는 항균효과를 확인하였다. 연구방법: 구강세정제의 항균효과를 ATP, CFU로 확인하였고, 다중 구강 바이오필름을 형성시킨 sHA 디스크를 구강세정제로 처리한 후 SEM을 이용하여 형태학적 모양을 관찰하였다. 총RNA는 P. intermedia의 바이오필름에서 추출하였고 RNA sequencing 분석을 하였다. 연구결과: 대조군과 구강세정제 4개를 비교한 CFU 측정 결과에서 오래 형성된 다중 구강 바이오필름은 39.0%로부터 95.7%까지 감소한 것으로 나타났다(p<0.05). 에센셜 오일 처리 후 구강생물막 세포들은 크기가 변하고 일부 파열되고 작은 세포 파편 조각도 나타났다. 에센셜 오일로 처리 후 P. intermedia 유전자 발현은 RNA 전사와 단백질 번역 관련 유전자에서 유의한 변화를 보였다. 결론: 성분이 다른 구강세정제는 항균효과를 가지며 표면 구조 및 유전자 발현에 영향을 미친다.

• 한국작물학회지
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• 제65권4호
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• pp.274-283
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• 2020

본 연구는 조평과 조운의 벼 출수 후 적산온도와 검정온도에 따른 수발아 발생 정도를 조사하고, RNA-sequencing 방법을 사용하여 수발아 발생 원인을 찾았다. 품종간 수발아성에 관여하는 생리적, 유전학적 요인을 구명하고자 수행하였으며 분석한 결과는 다음과 같다. 1. 출수 후 적산온도가 높아질수록, 검정온도가 높아질수록 수발아 처리시 수발아율이 높았고, 조운벼가 내수발아성이 강하고, 조평벼가 수발아성이 높은것으로 나타났다. 2. 수발아성이 높은 조평벼를 대상으로 한 RNA-sequencing 결과 ABA 생합성에 관여하는 OsNCEDs의 발현이 감소하고, ABA 분해에 관여하는 OsCYP707As의 발현이 증가하였다. 3. 조평과 조운의 OsNCEDs와 OsCYPY707As의 Quantitation Real-Time PCR 결과 조평보다 조운에서 OsNCEDs의 발현이 높게 나타나 수발성과 상관관계를 보였으나, OsCYP707As는 수발아성과 상관관계를 보이지 않았다. 4. 조운벼는 등숙기간중 종실내 ABA함량이 조평보다 높으며 수발아 처리시 남아있는 ABA함량이 높아 내수발아성이 상대적으로 강하게 나타났다.

• BMB Reports
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• 제55권3호
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• pp.113-124
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• 2022

Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) has greatly advanced our understanding of cellular heterogeneity by profiling individual cell transcriptomes. However, cell dissociation from the tissue structure causes a loss of spatial information, which hinders the identification of intercellular communication networks and global transcriptional patterns present in the tissue architecture. To overcome this limitation, novel transcriptomic platforms that preserve spatial information have been actively developed. Significant achievements in imaging technologies have enabled in situ targeted transcriptomic profiling in single cells at single-molecule resolution. In addition, technologies based on mRNA capture followed by sequencing have made possible profiling of the genome-wide transcriptome at the 55-100 ㎛ resolution. Unfortunately, neither imaging-based technology nor capture-based method elucidates a complete picture of the spatial transcriptome in a tissue. Therefore, addressing specific biological questions requires balancing experimental throughput and spatial resolution, mandating the efforts to develop computational algorithms that are pivotal to circumvent technology-specific limitations. In this review, we focus on the current state-of-the-art spatially resolved transcriptomic technologies, describe their applications in a variety of biological domains, and explore recent discoveries demonstrating their enormous potential in biomedical research. We further highlight novel integrative computational methodologies with other data modalities that provide a framework to derive biological insight into heterogeneous and complex tissue organization.

• Journal of Species Research
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• 제13권2호
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• pp.127-130
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• 2024

The first complete mitogenome sequence of the Red-tongue Pit Viper (Gloydius ussuriensis) from Korea was characterized using next-generation sequencing. The mitogenome is a circular molecule (17,209 bp) with a typical vertebrate mitogenome arrangement, which consists of 2 ribosomal RNA genes (rRNA), 22 transfer RNA genes (tRNA), two non-coding regions (D-loop), and 13 protein-coding genes (PCGs). The base composition of the mitogenome is 32.7% of A, 27.5% of C, 13.9% of G, and 25.9% of T, with a slight AT bias(58.6%). This phylogenetic analysis infers that G. ussuriensis is in the same group as the Chinese G. ussuriensis (Accession No. KP262412) and is closely related to G. blomhoffi and other species of the genus Gloydius. In our study, the complete mitogenome sequence of Korean G. ussuriensis was characterized and we provided basic genetic information on this species.

• Genomics & Informatics
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• 제15권1호
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• pp.51-53
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• 2017

High-throughput transcriptome sequencing, also known as RNA sequencing (RNA-Seq), is a standard technology for measuring gene expression with unprecedented accuracy. Numerous bioconductor packages have been developed for the statistical analysis of RNA-Seq data. However, these tools focus on specific aspects of the data analysis pipeline, and are difficult to appropriately integrate with one another due to their disparate data structures and processing methods. They also lack visualization methods to confirm the integrity of the data and the process. In this paper, we propose an R-based RNA-Seq analysis pipeline called TRAPR, an integrated tool that facilitates the statistical analysis and visualization of RNA-Seq expression data. TRAPR provides various functions for data management, the filtering of low-quality data, normalization, transformation, statistical analysis, data visualization, and result visualization that allow researchers to build customized analysis pipelines.

• 한국정보기술학회논문지
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• 제16권12호
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• pp.25-30
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• 2018

유전자 규정 네트워크 (GRN)에 RNA-시퀀싱 데이터를 활용할 때, 해당 유전자와 환경과의 상호 작용에 의해서 생기는 형질들 중에서 연관성이 높은 유전자로 GRN을 구성하는 것은 상당히 어려운 일이다. 본 연구에서는 Big-Data의 RNA-시퀀싱 자료들로, 지지 벡터 머신 회귀 특징 추출(SVM-RFE) 에 근거하여, 연관성이 높은 유전자(maximum-relevancy)는 추출하고, 연관성이 낮은 유전자(minimum-redundancy)는 제거하는 MRMR 필터 방법을 집중도 의존 정규화(intensity-dependent normalization, DEGSEQ)에 기반 하여 데이터의 정밀성을 높여, 소수 연관성 높은 유전자만 판별해 내는 방법을 사용한다. 제안한 방법은 R 언어 패키지를 사용하여 편리함과 동시에, 다른 기존의 방법을 비교하였을 때, Big-Data의 시간 활용도를 높이면서, 동시에 높은 연관성 있는 유전자만을 잘 추출해 냄을 확인하였다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제56권1호
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• pp.10-20
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• 2024

RNA-시퀀싱은 표본에 대한 전사체 전체의 패턴을 제공하는 기법이다. 그러나 RNA-시퀀싱은 표본 내 전체 세포에 대한 평균 유전자 발현만 제공할 수 있으며, 표본 내의 이질성(heterogeneity)에 대한 정보는 제공하지 못한다. 단일 세포 RNA-시퀀싱 기술의 발전을 통해 우리는 표본의 단일 세포 수준에서 이질성과 유전자 발현의 동역학(dynamics)에 대한 이해를 할 수 있게 되었다. 예를 들어, 우리는 단일 세포 RNA-시퀀싱을 통해 복잡한 조직을 구성하는 다양한 세포 유형을 식별할 수 있으며, 특정 세포 유형의 유전자 발현 변화와 같은 정보를 알 수 있다. 단일 세포 RNA-시퀀싱은 처음 도입된 이후 많은 이들의 관심을 끌게 되었으며, 이를 활용하기 위한 대규모 생물정보학(bioinformatics) 도구가 개발되었다. 그러나 단일 세포 RNA-시퀀싱에서 생성된 빅데이터 분석에는 데이터 전처리에 대한 이해와 전처리 이후 다양한 분석 기술에 대한 이해가 필요하다. 본 종설에서는 단일 세포 RNA-시퀀싱 데이터분석과 관련된 작업과정의 개요를 제시한다. 먼저 데이터의 품질 관리, 정규화 및 차원 감소와 같은 데이터의 전 처리 과정에 대해 설명한다. 그 이후, 가장 일반적으로 사용되는 생물정보학 도구를 활용한 데이터의 후속 분석에 대해 설명한다. 본 종설은 이 분야에 관심이 있는 새로운 연구자를 위한 가이드라인을 제공하는 것을 목표로 한다.

• 미생물학회지
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• 제35권2호
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• pp.121-127
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• 1999

염기서열 해독작업에서 각 핵산 단편을 조립하는 contig 구성문제에 활용이 가능한 computer program을 개발하였다. 본 프로그램은 국내에서 광범위하게 사용되고 있는 MS-Windows 운영체제의 개인용 컴퓨터에서 작동이 가능하며, GenBank, FASTA, ASCII 등과 같은 다양한 형태의 염기서열 자료를 입력할 수 있다. 두 단편에서 최대 유사도를 나타내는 부분을 정렬하는 작업에는 염기서열의 국부적 상동성을 계산하고 dynamic programming 알고리즘을 적용하는 방법을 이용하였다. 또한 사용하기 편리한 그래픽 방식의 인터페이스를 제공하여 초보자라도 손쉽게 조작할 수 있다는 장점을 갖는다. 본 프로그램의 성능을 검증하기 위하여 세균과 곰팡이로부터 해독된 16S rRNA 와 18S rRNA 유전자의 단편 염기서열을 재구성하는 작업에 프로그램을 사용하였을 때에 효율적인 작업이 가능하였다.

• Molecules and Cells
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• 제42권10호
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• pp.687-692
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• 2019

Transfer RNA-derived small RNAs (tsRNAs) play a role in various cellular processes. Accumulating evidence has revealed that tsRNAs are deeply implicated in human diseases, such as various cancers and neurological disorders, suggesting that tsRNAs should be investigated to develop novel therapeutic intervention. tsRNAs provide more complexity to the physiological role of transfer RNAs by repressing or activating protein synthesis with distinct mechanisms. Here, we highlight the detailed mechanism of tsRNA-mediated dual regulation in protein synthesis and discuss the necessity of novel sequencing technology to learn more about tsRNAs.

• 한국잠사곤충학회지
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• 제42권1호
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• pp.14-23
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• 2000

The mitochondrial genome of domesticated silkworm (Bombyx mori) was mapped with five restriction endonucleases (BamHI, EcoRI, HindIII, PstI and XbaI), the entire genome was cloned with HindIII and EcoRI. From the end sequencing results of 5$^1$and 3$^1$region for full genome set of eleven mitochondrial clones, the seven mitochondrial genes (NADH dehydrogenase 6, ATPase 6, ATPase 8, tRN $A^{Lys}$, tRN $A^{Asp}$, tRN $A^{Thr}$ and tRN $A^{Phe}$ of mori were identified on the basis of their nucleotide sequence homology. The nucleotide composition of NADH dehydrogenase 6 was heavily biased towards adenine and thymine, which accounted for 87.76%. On basis of the sequence similarity with published tRNA genes from six insect species, the tRN $A^{Lys}$, tRN $A^{Asp}$ and tRN $A^{Thr}$ were showed stable canonical clover-leaf tRNA structures with acceptible anticodons. However, both the DHU and T$\psi$C arms of tRN $A^{Phe}$ could not form any stable stem-loop structure. The two overlapping gene pairs (tRN $A^{Lys}$ -tRN $A^{ASP}$ and ATPase8-ATPase6) were found from our sequencing results. The genes are encoded on the same strad. ATPase8 and ATPase6 overlaps (ATGATAA) which are a single example of overlapping events between abutted protein-coding genes are common, and there is evidence that the two proteins are transcribed from a single bicistronic message by initiation at 5$^1$terminal start site for ATPase8 and at an internal start site for ATPase6. Ultimately, this result will provide assistance in designing oligo-nucleotides for PCR amplification, and sequencing the specific mitochondrial genes for phylogenetics of geographic races, genetically improved silkworm strains and wild silkworm (mandarina) which is estimated as ancestal of domesticated silkworm.sticated silkworm.