• 생태와환경
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• 제55권4호
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• pp.360-367
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• 2022

본 연구에서는 이매패류 3종인 대칭이, 펄조개, 말조개의 위 내용물을 DNA metabarcoding으로 분석한 결과, 공식 전 먹이원은 22문, 35강, 51목, 71과, 87속으로 나타났다. 3종의 공식 전 공통 동식물플랑크톤은 좁쌀공말목, 유글레나목, 유영목, 스파이로플레아목, 고리돌기돌말목으로 조사되었다. 공식 후에는 대부분의 동식물플랑크톤이 검출되지 않아 소화 및 흡수, 배출된 것으로 보여진다. 먹이원 폭 분석 결과, 펄조개의 Bi 지수가 0.3으로 대칭이(0.14)와 말조개(0.21)에 비해 높아 다양한 먹이원을 섭식하는 것으로 확인되었다. 대칭이의 생태지위중첩(niche overlap)은 펄조개(0.78)와 말조개(0.7)와 다른 이매패류에서 높은 값을 보였다. 먹이원 정보를 바탕으로 계산된 대칭이, 말조개, 펄조개의 영양 단계는 각각 2.0, 2.0, 2.5로 조사되었다. 이러한 결과는 안전동위원소 문헌조사 연구에서도 이매패류의 영양 단계가 1.8~2.4로 나타나 유사하였다. 본 연구결과는 동식물플랑크톤을 주로 섭식하는 이매패류의 먹이원 분석에 DNA metabarcoding이 적용이 효과적이며 섭식생태 분석에도 활용할 수 있음을 시사한다.

• 대한바이러스학회지
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• 제26권2호
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• pp.215-225
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• 1996

Aseptic meningits, an acute inflammation of the meninges, is a common illness during childhood. Virus is the most important cause of aseptic meningitis. Especially enterovirus causes approximately above 85% of all cases of aseptic meningitis. In 1993, there was a big epidemic of aseptic meningitis by ECHO 9 and ECHO 30 viruses. And ECHO 3 virus was isolated as a causative agent of aseptic meningitis in 1994. This study was aimed to detect the causative agent of aseptic meningitis in 1995 and to analyze the 5'-noncoding region which was used to detect virus. Virus was isolated from 87 stools and cerebrospinal fluid specimens of the patients by cultured RD and HEp-2 cell. Neutralizing antibody tests using enterovirus serum pool were performed on the specimens with cytopathic effect. 3 of ECHO 7 viruses and 5 of Coxsackie B3 viruses were isolated from stool specimens and 1 of ECHO 7 and Coxsackie B3 mixed type was confirmed from cerebrospinal fluid specimens. RNA was isolated from the culture supernatants of infected cells and general primers were selected in highly conserved part of the 5'-noncoding region of the enteroviral genome for RT-PCR. PCR product from this virus showed a 152bp band on gel electrophoresis. Sequence of obtained DNA was compared with prototype sequences by accessing to the Genebank database. 5'-noncoding region of isolated Coxsackie B3 virus, which has point mutations in nucleotide sequence positions 493, 497, 502, 523, was closely related to that of polio virus type 1, Mahoney strain. In case of isolated ECHO 7 virus, nucleotide has been changed from cytosine to thymine at position 581 and from thymine to cytosine at position 583. We concluded the causative agents of the outbreak of aseptic meningitis during June to July in 1995 were both ECHO 7 and Coxsackie B3 virus, and the primer used in this study could allow a rapid diagnosis of enteroviruses by PCR.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제34권3호
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• pp.191-196
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• 1996

중합반응(W_R)은 극미량의 핵산을 찾아내어 소수의 감염병원체를 확인하는 매우 민감한 진단법이다. 폐포자충 같이 다수의 숙주세포에 소수의 병원제가 섞여 있는 가검물에서 핵산의 정제 여부에 따른 중합반응의 민감도를 관찰하고. 특이도가 높은 시발제(primer)를 개발하기 위하여 이 연구를 수행하였다 흰쥐를 실험적으로 감염시키고 폐 폐포세척액. 혈청을 화보하여 현미경적 검사와 중합반응을 실시하였다 또한 사람과 횐쥐의 핵산을 위시하여 여러 미생물과 기생충. 이스트 의 핵산을 절제하여 이 시발체의 특이도를 검증하였다. 그 결과 여러 시발체 중에서 rRNA의 염기 서열 중에서 선택한 #24 주서열과 #27 대서열 쌍이 가장 우수한 민감도와 특이도를 보였다. 형태학적으로 양성인 폐포세척액의 세포용해액으로 반응시킨 경우 민감도가 57.7%이며 핵산을 정제한 경우 84.6%로 증가하였다 병원체 음성인 경우와 다른 병원체와 숙주의 핵산과는 반응하지 않았다. 혈청을 이용한 경우 20개 양성 표본 중 2개가 양성이고 6개의 감염된 흰쥐의 혈액은 모두 음성이었다. 충합반응을 폐포자충증의 진단에 활용하기 위하여는 폐포세척액 보다는 가래나 기관지 분비물. 혈청이나 혈액같은 비침습적인 가검물을 이용하고 핵산시료를 준비하는 과정이 간편하고 재현성이 있도록 개발되어야 할 것이다.

• 대한의생명과학회지
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• 제6권2호
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• pp.141-149
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• 2000

우리 나라에서 발생하고 있는 급성 출혈성 질환인 신증후출혈열의 원인 바이러스는 Family Bunyaviridae의 Genus Hantavirus에 속하는 한탄과 서울바이러스에 의하여 발생되고 있다. 본 연구에서는 신증후출혈열로 의뢰된 환자에서 한탄바이러스에 대한 항체가를 간접면역형광항체법(indirect immunofluorescent antibody technique, IFAT), 면역효소측정법 (enzyme-linked immunosorbent assay, ELISA) (IgG, IgM), 고비중입자응집반응 (high density composite particle agglutination, HDPA) 및 플라크감소중화시험 (plaque reduction neutralization test, PRNT) 등으로 비교 측정하였고, 신증후출혈열 환자로 확진된 15명의 한탄바이러스 혈청형을 PRNT와 혈청형 특이 역전사 효소 중합효소연쇄반응(nested reverse transcriptase polymerase chain reaction, nested RT-PCR)으로 확인하였다. 신증후출혈열로 의뢰된 환자에서의 한탄바이러스에 대한 IFAT, ELISA (IgG, IgM), HDPA그리고 PRNT비교에서 형광항체, ELISA IgG,응집항체 및 중화항체는 8명 모두 높게 나타났으며, ELISA IgM은 5명에서는 현저히 높은 항체를 보유하고 있었다. 신증후출혈 열 환자 15명에서는 높은 형광항체와 중화항체 역가를 나타내었고, 15명 중 12명은 한탄바이러스, 2명은 서울바이러스에 대한 높은 중화항체를 갖고 있었으며, 1명은 두 바이러스에 대하여 동일한 항체 역가를 나타내었으며, 혈청형 특이 primer를 사용한 nested RT-PCR에서는 15명 중 3명과 1명만이 한탄바이러스와 서울바이러스 primer에 대해 RNA가 검출되었다.

• 식물병연구
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• 제17권1호
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• pp.52-58
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• 2011

우리나라에서 주로 재배되는 십자화과 작물(상추, 콜라비, 무, 배추, 양배추)의 종자 전염 병원균 중에서 세균성 병원균 Xanthomonns campestris pv. campestris(Xcc)와 바이러스 병원균 Lettuce Mosaic Virus(LMV)를 종자에서 동시검출하기 위한 One-step multiplex RT-PCR을 개발하였다. 각각의 병원균을 특이적으로 증폭시키는 병원균 검출용 프라이머 2종(Xcc-F/R, LMV-F/R)을 primerblast 프로그램을 이용하여 제작하였고 이들 프라이머 세트는 프라이머간 또는 병원균 cDNA간의 간섭없이 특이적으로 타겟 병원균만을 검출하였다. PCR을 이용한 병원균의 검출 최소 민감도는 1 ng이었다. 십자화과 작물중에서 유통 중인 콜라비 10품종, 상추 50품종, 무 20품종, 배추 20품종 그리고 양배추 20품종에 대한 종자 감염 병원균 검출을 위한 One-step multiplex RT-PCR 수행 결과, LMV는 전체 120품종 중에서 39품종에서 검출되었고, Xcc는 2개 품종에서 검출되었다. 그리고 50품종의 상추 종자 시료 중에 8품종의 시료에서 LMV와 Xcc가 동시 검출되었다.

• 생명과학회지
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• 제28권5호
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• pp.555-562
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• 2018

Swine influenza virus (SIV)는 돼지 개체군에서 가장 흔한 질병을 일으키는 바이러스 중 하나이며 그 subtype은 hemagglutinin (HA)와 neuraminidase (NA)에 의해 결정됩니다. 최근 SIV subtype 진단 방법이 개발되고 있으나 SIV의 리보뉴클레오타이드 서열의 많은 변이로 인해 PCR 보다는 항원-항체 반응을 이용하는 방법이 주로 사용되고 있다. 본 연구에서는 SIV 하위 유형의 신속한 결정을 위하여 2008년 이후 국내에서 발생한 SIV의 다중염기서열 정렬을 통하여 10개의 subtype 진단 프라이머 세트를 개발하고 이를 이용한 one-step RT-PCR 반응을 최적화하였다. 또한 감염력이 높고 독성이 있는 인플루엔자 H1N1 (pH1N1)의 아형에서 확인된 독특한 M 유전자서열을 검출함으로써 pandemic SIV를 조기에 결정하도록 특이적 프라이머를 설계하였다. 2008년부터 2014년까지 한국에서 발생한 9종의 SIV RNA를 활용하여 SIV의 아형 및 pandemic 가능성을 결정하기 위해 시험 분석한 결과 모든 진단 프라이머 세트는 SIV 아형을 정확하게 결정하였으며 pandemic SIV를 검출할 수 있는 것으로 확인되었다. 결과적으로 이들 프라이머 세트를 이용한 최적화된 one-step RT-PCR 분석이 SIV 아형의 신속한 진단에 유용하다는 것이 확인하였다. 이러한 결과는 SIV 하위 유형 및 pandemic SIV가 확산되기 전에 조기 발견을 위한 키트로 개발될 수 있음을 시사한다.

• 식물병연구
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• 제18권4호
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• pp.387-390
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• 2012

2011년에 고창 옥수수 재배지에서 RBSDV에 의한 벼 검은줄오갈병이 발생하였다. 병징은 키가 작아지고 잎에 줄무늬가 형성되면서 심하면 거의 수확이 되지 않는다. 이병주로부터 직접 dsRNA를 추출하여 RT-PCR에 의해 감염을 확인하였다. S8 및 S10 분절의 전 게놈에 특이적인 primer를 이용하여 유전자를 증폭하였다. 이것을 크로닝한 후 전 염기서열을 결정하였다. 염기서열 분석결과 S8 및 S10의 전염기서열은 각각 1,936 nt 및 1,801 nt로 구성되었다. 이는 벼에서 분리된 RBSDV와 같은 크기로 확인되었다. 벼에서 분리된 RBSDV와 상동성 분석결과 S8은 94.9-99.6%, S10은 94.1-98.4%로 나타났다. Phylogenetic tree 분석결과 옥수수에서 분리한 RBSDV S8 및 S10 모두 벼에서 분리된 RBSDV와 같은 그룹으로 분류되었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제36권1호
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• pp.34-42
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• 2008

소의 혈액, 세포, 조직, 기관 등 소 유래 물질을 원료로 사용한 생물의약품, 조직공학제제, 세포치료제의 경우 소 유래원료 물질에 다양한 바이러스가 오염된 사례가 있기 때문에 바이러스 안전성 검증이 필수적이다. BVDV는 동물세포주, 우혈청 등에 가장 흔하게 오염되는 바이러스이다. 소 유래물질을 원료로 하는 생물의약품, 조직공학제제, 세포치료제 등에서 BVDV안전성을 확보하기 위해, 원료물질, 제조공정, 완제품에서 BVDV를 정량적으로 검출하고, 제조공정에서 BVDV제거 검증을 위한 시험법으로 활용이 가능한 BVDV real-time RT-PCR시험법을 확립하였다. BVDV에 특이적인 primer를 선별하였으며, 형광염료 SYBR Green I을 사용하여 BVDV RNA 정량 검출 시험법을 최적화하였다. 세포배양법에 의한 감염역가와 비교한 결과 real-time RT-PCR 민감도는 $1TCID_{50}/mL$이었다. 확립된 시험법의 신뢰성(reliability)을 보증하기 위해 시험법 검증을 실시한 결과 특이성 (specificity)과 재현성(reproducibility)이 우수함을 확인하였다. 확립된 real-time RT-PCR을 생물의약품 제조공정 검증에 적용할 수 있는지 확인하기 위하여 인위적으로 BVDV를 오염시킨 CHO 세포주와 소 유래콜라겐에서 BVDV검출 시험을 실시하였다. BVDV를 감염시킨 CHO 세포와 세포배양 상청액에서 BVDV를 정량적으로 검출할 수 있었다. 소 유래 콜라겐에서도 $10TCID_{50}/mL$까지 정량적으로 검출할 수 있었다.

• Journal of Gastric Cancer
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• 제6권3호
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• pp.132-138
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• 2006

목적: 도파민은 중추신경전달물질이지만 위장관에서 도파민수용체와 결합하여 점막상피세포 증식, 상피세포의 보호, 위암 세포증식과 관련이 있는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 위암에서 기원한 세포주를 이용하여 도파민과 각각의 도파민 수용체가 위암 세포 증식과 억제에 작용하는 역할에 대해 알아보았다. 대상 및 방법: 위암세포기원에서 각각 유래한 세포주인 SNU601과 KCU-C2를 이용하여 RNA 추출 후 RT-PCR 시행 후 도파민수용체 D1, D2L과 D2S 각각에 대한 primer로 PCR을 시행하여 수용체 유전자의 상대적인 발현정도를 측정하였다. 도파민과 Dl 수용체의 대항제인 SCH 23390과 D2 수용체 대항제인 raclopride를 사용하여 약물처리에 따른 위암세포주에서 세포 증식에 대한 분석을 하였다. 결과: KCU-C2 세포주에서 D1과 D2L과 D2S 유전자 mRNA의 상대적인 발현정도는 모두 높은 발현을 보였지만, SNU 601 세포주에는 mRNA의 발현이 모두 낮은 수준이었으며, 특히 D2L mRNA는 발현되고 있지 않았다. 약물처리에 따른 위암세포주에서 세포증식에 대한 분석에서는 D1과 D2S 수용체를 통한 도파민의 신호는 세포의 증식을 억제하였고 D2L 수용체를 통한 도파민의 신호는 세포의 증식을 유도하였다. 결론: 본 연구를 통해 도파민이 위암의 세포증식과 억제에 관여하며, 도파민의 이러한 효과는 도파민의 신호가 어느 수용체를 통해 전달되었느냐에 따라 위암세포의 증식과 억제가 이루어짐을 알 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제31권4호
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• pp.267-273
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• 1993

Escherichia coli 의 superoxide 라디칼 유도발현성 유전자의 탐색을 위하여 먼저 superoxide 라디칼에 의하여 발현이 유도되는 프로모터를 탐색하였다. 이를 위햐여, 프로모터 탐색벡터인 pJAC4 를 이용하여 E. coli MG1655 균주로부터 프로모터 library 를 구성하였다. Ampicillin 농도구 배정판법을 이용하여 프로모터 세기가 다른 클론들을 구별하여 프로모터 세기가 약한 것부터 중간정도까지 383개의 클론을 선별하였다. 이들 프로모터 클론들의 superoxide 라디칼 유도발현성을 paraquat 를 첨가한 ampicilin 농도구배평판에서 조사하였다. 이중 3개의 클론이 paraquat 에 의하여 유도됨을 확인하였고, 유도배율은 1.4-4배 정도이었다. 이들 프로모터의 염기서열을 결정한 결과 기종의 database 에 등록되어 있는 E. coli 염기서열들과는 다른 새로운 유전자임을 알았다. 이들 프로모터에 대하여 primer 연장법과 SS1 뉴클리아제 분석을 총하여 전사개시 자리를 결정하였고, paraquat 처리시 mRNA 의 양이 증가함을 관찰하였다. 특히 클론5의 경우는 두개의 전사개시 위치를 가지고 있으며, paraquat 처리시 상위 부분의 전사개시자리가 성택적으로 사용됨을 알 수 있었다. 프로모터 서열을 검색한 결과, RNA 중합효소($E\sigma^{70}$)에 의햐여 인지되는 -10과 -35부위를 가진 클론은 클론 5 뿐이었고, 나머지는 보존된 염기서열을 찾을 수 없었다. 이는 이들 프로모터들이 독특한 부류에 속하는 종류들로서, 새로운 전사조절인자를 요구할 가능성을 시사한다.